(Летняя) Практика студентов (второго курса) в группе интегративной биологии.

Цель практики

• Цель практики состоит в том, чтобы:
  • студенты могли попробовать себя в научной работе в определенной области, сформировали представление о характере и сути работы в данной области, определились с предпочтениями по выполнению курсовых и дипломных работ в данной области или необходимостью попробовать себя в других направлениях.
  • научные руководители оценили склонность студентов к тому или иному виду работы, рекомендовали студентам продложить научную работу в этой области или выбрать другую тематику/научную группу для дальнейшей научной работы.
• По результатам оценки работы на практике и подготовленных отчетных материалов руководителем группы принимается решение о том, чтобы предложить студенту продложить научную работу в группе или рекомендовать сменить тематику и научную группу.
• Данная практика обычно проходится после второго курса, но рекомендуется начинать ее раньше в самостоятельном режиме.

Правила практики

Для прохождения практики вам нужно до ее начала:

• Иметь представление о работе в командной строке операционной системы Linux. Некоторые полезные ссылки здесь, но они не заменяют умения искать нужную вам информацию в интеренете.
• Иметь представление о программировании на языке Python.
• Уметь читать статьи и руководства на английском.
• Быть готовым к самостоятельной работе, анализу литературы, уметь разобраться в работе программы по руководству, уметь планировать работу над проектом, уметь формулировать вопросы и искать на них ответы в интернете, уметь формулировать проблемы и предлагать план их решения.
• Уметь четко следовать интрукции или протоколу.
• Пройти этот тест и набрать хороший бал.
• Отправить свое CV/резюме и мотивационное письмо (о том, чем бы Вы хотели заниматься (направления работы описаны выше), какие методы освоить, какие у Вас уже есть навыки, сколько времени Вы готовы уделять научной работе), получить согласие руководителя группы.

Организационные моменты

• Вам необходимо подключиться к ИТ инфраструктуре группы согласно инструкции. У Вас должен быть е-mail, подключенный к intbio аккуанту на GitHub и подключение к Slack.
• Оперативные вопросы организационного характера обсуждаются в канале 20XX_sohp_labs , вам нужно к нему подключиться.
• Для вашего проекта вам необходимо завести репозиторий проекта на GitHub внутри организации IntBio. Репозиторий должен называться 20XX_soph_lab_NAME_NS , где XX - год начала практики цифрами, NAME - короткое название репозитория отражающее суть вашего проекта, NS - первые буквы вашего имени и фамилии. Например, 2019_soph_lab_Hi-C_AS . Необходимо дать права на запись в репозиторий всем участникам организации intbio.
• Внутри данного репозитория должен быть файл LOG.md,в котором будет ваш лабораторный журнал, где каждый день вы ведете записи и своей работе.
• Для обсуждения вопросов по вашему проекту вам необходмо создать в Slack канал с названием 20XX_sl_NAME_NS, гду NAME и NS описаны выше.
• В системе Zotero, вам нужно создать в организации Intbio в папке _USERS папку, имя которой соответствует вашему e-мейлу до собаки. Там нужно хранить статьи.
• В большинстве случаев вам понадобиться доступ на наше серовер Newton. Инструкция здесь https://github.com/intbio/IT_notes/blob/master/newton_cheatsheet.md .

По окончании практики вы должны предоставить:

• В репозитории вашего проекта файл LOG.md с лабораторным журналом.
• Внутри данного репозитория в файле README.md должен быть приведедна информация о цели работы, информация о содержании репозитория со ссылками и о результатах работы.
• Должен быть файл в формате MSWord с отчетом о практике со следующими разделами: Введение, Постановка задачи, Методы, Результаты, Обсуждение, Заключение, Дальнейшие планы. В файле должен быть оформлен список литературы с помощью Zotero. Можно писать в GoogleDocs и экспортировать в MSWord.
• Внутри репозитория вами должн быть подготовлен файл с презентацией lit_rev.pptx . В этой презентации содержится обзор литературных источников по вашей теме. С этой презентацией вы выступите на семинаре.
• Внутри репозитория вами должн быть подготовлен файл с презентацией otchet.pptx . В этой презентации содержится отчет по вашему проекту, с которым вы выступите на семинаре.

ИТ грамотность

Для выполнения большинства задач требуется высокий уровень ИТ-грамотности. Владение Linux, Python, GitHub и т.д. Рекомендуется оценить свой уровень грамотности и взять соответвующие онлайн курсы или воспользоваться подборкой материалов по ссылке https://github.com/intbio/IntBioEdu/blob/master/ITcc.md.

Виды задач для практического выполнения и рекомендованные для изучения материалы.

Задачи делятся на несколько групп в зависимости от того, какие навыки нужно осваивать в первую очередь:

Задачи в области молекулярного моделирования.

Материалы для изучения подбираются в репозитории https://github.com/intbio/MolModEdu . Рекомендуется начать с курса по молекулярной динамике https://github.com/intbio/MolModEdu/tree/master/GROMACS/beginner.

Задачи в области биоинформатики.

Материалы для изучения подбираются в репозитории https://github.com/intbio/BioInfEdu однако сильно зависят от типа проекта. Общую биоинформатическую грамотность можно поднять с помощью http://rosalind.info

Задачи в области математического и физического моделирования.

Обсуждается индивидуально.

Задачи в области синтетической биологии (в рамках команды iGEM).

Обсуждается индивидуально, так как спектр задач достаточно широк от приборной инженерии (дизайн и программирование электронных устройств, 3D печать), до дизайна генетических сетей и их экспериментальной сборки. Обычно это новые задачи, которые требуют высокого уровня самостоятельности и мотивации.

Материалы задач 2019 года

• 2019_tasks.md