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213r/MolecularSimulation

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MolecularSimulationTool

Currently, followings are implemented.

  • MoleculearDynamics (MD)
  • QM-MD(Molpro only), MM-MD, QM/MM-MD
  • Excited state Simulation is also OK. Tully's Surface Hopping Algorithm is adopted.
  • MonteCarlo (MC)
  • Metropolis method is adopted.

In the future, following functions will be implemented.

  • The Format for the other famous quantum chemistry calculation packaged like GAUSSIAN or GAMESS
  • Visualization Tool

研究用の自作分子シミュレーションプログラムです。 原子間に互いに作用する力を計算しながら、原子群の運動の時間発展を追う分子動力学(MD)法と、乱数を発生させ、熱力学的平衡状態を再現するモンテカルロ(MC)法を実装しています。 全体はpythonで記述していますが、律速箇所である相互作用エネルギーの計算をFortranで書くことで実行速度の改善を行っています。 現段階は、adhocなプログラムの集積なので、今後はより汎用的な用途に対応していくことを目的としています。

srcディクレクトリ内で python run.pyを行うとプログラムが走ります。例ではar結晶のモンテカルロ計算となっています。 mc_energy.datに系のエネルギーを、mc.xyzに系の座標を随時出力していきます。

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