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MicroGeno

MicroGeno, une plate-forme ouverte et innovante pour le génotypage bactérien

Résumé

La production de cartes d'identité génétique de souches bactériennes responsables d'une épidémie permet de tracer l'apparition et/ou l'évolution d'une population bactérienne, et ainsi d'endiguer plus rapidement cette épidémie.

Il existe à l'heure actuelle plusieurs techniques de génotypage pour caractériser des souches bactériennes. Ces techniques génèrent des données qu'il convient de pouvoir facilement stocker et interroger. Plusieurs bases de données publiques existent, mais sont très souvent dédiées à une seule espèce bactérienne en particulier, et peuvent difficilement être alimentées par une source externe ou interrogées dans une interface homogène en ligne.

La plate-forme MicroGeno — boostée par Django et un soupçon de d3.js — a été développée en partenariat avec l'université Paris Sud pour palier ce manque. Notre objectif est de fournir une boite à outils collaborative pour stocker, interroger et analyser des collections de données issues d'études épidémiologiques. Cette solution en ligne — accessible gratuitement aux centres de recherche académique — est une opportunité pour les petits laboratoires avec peu de moyens techniques et financiers.

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http://comsource.github.io/MicroGeno-DjangoCong-2013/