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Latest commit 0d0394a Oct 17, 2019
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data データアップロード Nov 5, 2018
images README編集 Jun 2, 2019
textbook_2017 no message Jul 8, 2019
textbook_2018 upload L04 images Oct 3, 2019
textbook_2019 fix L03 notebook Oct 17, 2019
.gitignore update 04 textbook Nov 6, 2018
README.md update readme Oct 16, 2019

README.md

ゲノム博物学入門 [2019年度 ILASセミナー]

2019年度 予定表

No. 講義内容 講義日 集合場所
01 セミナー全体の説明 4月15日(月) 農学部W302
02 植物採集(大文字山方面) 4月22日(月) 農学部W302
03 植物採集(貴船方面) 5月12日(日) 後日連絡
04 京大博物館見学(植物標本庫) 5月13日(月) 農学部W302
05 植物同定・標本作成 5月18日(土) 栽培植物起源学研究室
(向日市物集女町)
06 休み 5月27日(月) 農学部W302
07 植物同定・標本作成 6月3日(月) 農学部W302
08 Pythonプログラミング入門 6月10日(月) 農学部W302
09 Python: pandasライブラリの使い方
Python: グラフ描画
RNA-seq解析入門
6月24日(月) 農学部W302
10 データ解析 7月1日(月) 農学部W302
11 研究発表 7月6日(土) 栽培植物起源学研究室
(向日市物集女町)

Pythonプログラミング解析環境

Google Colaboratoryと呼ばれるサービスを利用します。
Googleアカウントが必要です。持っていない場合は作成してください。
Googleアカウント新規作成

  1. Googleアカウントにログインする
  2. 予定表のリンクをクリックして、Google Colabノートブックページに移動する

こちらの解析環境も利用可能です。
Binder


ゲノム情報解析入門 [2019年度 学部講義]

  • 時間:毎週火曜 14:45 - 16:15
  • 部屋:農学部総合館 W214

必要なもの

実習では、Google ColaboratoryというPython解析環境を利用します。

  • インターネットブラウザ
    • 対応ブラウザ(推奨)
      • Google Chrome
      • FireFox
      • Safari
    • 非推奨ブラウザ(動作検証されていない)
      • Microsoft Edge
    • 非対応ブラウザ(利用不可)
      • Internet Explorer
  • Googleアカウント

講義・実習表

授業開始前の準備

授業開始前までに、Googleアカウントへの ログイン を済ませ、このページで待機しておいてください。

No. 講義・実習内容 日付 資料 その他
01 ガイダンス 10月1日 シラバス
02 解析環境セットアップ・使い方 10月8日 スライド / テキスト / 課題 / 課題解答例 提出者リスト / Q&A
03 Pythonをはじめる - 基礎 - 10月15日 テキスト / 課題 提出者リスト
04 Pythonをはじめる - 実践 - 10月29日 テキスト / 課題
05 Pythonライブラリを使う - 基礎 - 11月5日 テキスト / 課題
06 Pythonライブラリを使う - 実践 - 11月12日 テキスト / 課題
07 機械学習 - 概要 - 11月19日 テキスト / 課題
08 機械学習 - 分類 (1) - 11月26日 テキスト / 課題
09 機械学習 - 分類 (2) - 12月3日 テキスト / 課題
10 機械学習 12月17日 テキスト / 課題
11 機械学習 12月24日 テキスト / 課題

実習内容は、進捗等により変更することがあります。

ノートブック内容の確認方法

以下に、2通りの方法を紹介しています。

1. Google Colaboratoryにアップロードする

こちらの方法は、ノートブックファイルを編集可能です。

手順:

  1. Google Colaboratoryを開く
    (開くページは、どのページでも構いません。例: Google Colaboratory Welcomeページ
  2. ヘッダー「ファイル」 > 「ノートブックをアップロード...」
  3. アップロード画面で「ファイルを選択」> アップロードしたいファイルを選ぶ
    (アップロードしたいファイルアイコンをドラッグ&ドロップしてもOK)
  4. アップロードしたノートブックが自動的に開きます

参考: ノートブックファイルをアップロードする

2. nbviewer.jsにアップロードする

こちらの方法では、ノートブックファイルを編集できません

手順:

  1. nbviewer.js アップロードページ を開く
  2. アップロードしたいファイルアイコンをドラッグ&ドロップする

「提出者リスト」について

上記の実習表のページリンクから、各課題の「提出者リスト(課題提出者の学籍番号のリスト)」を見ることが可能です。
課題を提出したのに学籍番号がリストにない場合は講義スタッフまでご連絡ください。
なお、「提出者リスト」に反映されるまでに提出後1~3日程度かかります。

「Q&A」について

各課題提出時に寄せられた質問や要望、それらへの回答を掲載しています。
上記の実習表のページリンク「Q&A」を参照してください。


過去の年度のテキスト


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