diff --git a/src/Makefile b/src/Makefile index 4e11e6f..a6d5098 100644 --- a/src/Makefile +++ b/src/Makefile @@ -10,7 +10,7 @@ NLIB=$(HOMEL)/admixlib/nicklib.a IDIR=$(HOMEL)/admixinclude VPATH=.:nicksrc -DEBUG_OPTIONS= -g +DEBUG_OPTIONS= -g CFLAGS= -c -g -p -I$(IDIR) -Wimplicit BLAS=openblas @@ -29,36 +29,36 @@ T20=dowtjack.o M1=qpDstat M1O=qpDstat.o qpsubs.o mcio.o ldsubs.o admutils.o egsubs.o regsubs.o - + M2=qp3Pop M2O=qp3Pop.o qpsubs.o mcio.o ldsubs.o admutils.o egsubs.o regsubs.o - + M3=qpF4ratio M3O=qpF4ratio.o qpsubs.o mcio.o ldsubs.o admutils.o egsubs.o regsubs.o - + M4=rolloff M4O=rolloff.o qpsubs.o mcio.o ldsubs.o admutils.o egsubs.o regsubs.o - + M5=qpBound M5O=qpBound.o qpsubs.o mcio.o ldsubs.o admutils.o egsubs.o regsubs.o - + M6=qpdslow M6O=qpdslow.o qpsubs.o mcio.o ldsubs.o admutils.o egsubs.o regsubs.o - + M6B=qpdweight M6BO=qpdweight.o qpsubs.o mcio.o ldsubs.o admutils.o egsubs.o regsubs.o - + M7=qpwest M7O=qpwest.o qpsubs.o mcio.o ldsubs.o admutils.o egsubs.o regsubs.o M8=qpAdm M8O=qpAdm.o qpsubs.o mcio.o ldsubs.o admutils.o egsubs.o regsubs.o f4rank.o eigsubs.o eigx.o - + M9=qpWave M9O=qpWave.o qpsubs.o mcio.o ldsubs.o admutils.o egsubs.o regsubs.o f4rank.o eigsubs.o eigx.o ## was qp4wave2 - - + + M2=qp3Pop X1=convertf X1O=convertf.o mcio.o admutils.o egsubs.o h2d.o exclude.o @@ -68,7 +68,7 @@ X2O=grabpars.o X3=contam1 X3O=contam1.o qpsubs.o mcio.o ldsubs.o admutils.o egsubs.o regsubs.o - + X4=mksamp1 X4O=mksamp1.o qpsubs.o mcio.o admutils.o egsubs.o h2d.o exclude.o regsubs.o @@ -81,62 +81,64 @@ X6O=qpginv.o qpgsubs.o qpsubs.o mcio.o admutils.o egsubs.o regsubs.o ldsubs.o expfit.sh: expfit.templ sed -e "s&BBBIN&$(BIN)&" < expfit.templ > expfit.sh chmod +x expfit.sh - + IDIR=$(HOMEL)/admixinclude ##ISTR= -I$(HOME)/include -I/opt/nag/libC/include $(M1): nicklib $(M1O) - gcc -I$(IDIR) $(DEBUG_OPTIONS) -lm -o $(M1) $(M1O) $(NLIB) + gcc -I$(IDIR) $(DEBUG_OPTIONS) -o $(M1) $(M1O) $(NLIB) -lm $(M6): nicklib $(M6O) - gcc -I$(IDIR) $(DEBUG_OPTIONS) -lm -o $(M6) $(M6O) $(NLIB) + gcc -I$(IDIR) $(DEBUG_OPTIONS) -o $(M6) $(M6O) $(NLIB) -lm $(M6B): nicklib $(M6BO) - gcc -I$(IDIR) $(DEBUG_OPTIONS) -lm -o $(M6B) $(M6BO) $(NLIB) + gcc -I$(IDIR) $(DEBUG_OPTIONS) -o $(M6B) $(M6BO) $(NLIB) -lm $(M7): nicklib $(M7O) - gcc -I$(IDIR) $(DEBUG_OPTIONS) -lm -o $(M7) $(M7O) $(NLIB) + gcc -I$(IDIR) $(DEBUG_OPTIONS) -o $(M7) $(M7O) $(NLIB) -lm $(T2): nicklib $(T20) - gcc -I$(IDIR) $(DEBUG_OPTIONS) -lm -o $(T2) $(T20) $(NLIB) + gcc -I$(IDIR) $(DEBUG_OPTIONS) -o $(T2) $(T20) $(NLIB) -lm $(M2): nicklib $(M2O) - gcc -I$(IDIR) $(DEBUG_OPTIONS) -lm -o $(M2) $(M2O) $(NLIB) + gcc -I$(IDIR) $(DEBUG_OPTIONS) -o $(M2) $(M2O) $(NLIB) -lm $(M3): nicklib $(M3O) - gcc -I$(IDIR) $(DEBUG_OPTIONS) -lm -o $(M3) $(M3O) $(NLIB) + gcc -I$(IDIR) $(DEBUG_OPTIONS) -o $(M3) $(M3O) $(NLIB) -lm $(M4): nicklib $(M4O) - gcc -I$(IDIR) $(DEBUG_OPTIONS) -lm -o $(M4) $(M4O) $(NLIB) + gcc -I$(IDIR) $(DEBUG_OPTIONS) -o $(M4) $(M4O) $(NLIB) -lm $(M5): nicklib $(M5O) - gcc -I$(IDIR) $(DEBUG_OPTIONS) -lm -o $(M5) $(M5O) $(NLIB) + gcc -I$(IDIR) $(DEBUG_OPTIONS) -o $(M5) $(M5O) $(NLIB) -lm $(X1): nicklib $(X1O) - gcc -I$(IDIR) $(DEBUG_OPTIONS) -lm -o $(X1) $(X1O) $(NLIB) + gcc -I$(IDIR) $(DEBUG_OPTIONS) -o $(X1) $(X1O) $(NLIB) -lm $(X2): nicklib $(X2O) - gcc -I$(IDIR) $(DEBUG_OPTIONS) -lm -o $(X2) $(X2O) $(NLIB) + gcc -I$(IDIR) $(DEBUG_OPTIONS) -o $(X2) $(X2O) $(NLIB) -lm $(X4): nicklib $(X4O) - gcc -I$(IDIR) $(DEBUG_OPTIONS) -lm -o $(X4) $(X4O) $(NLIB) + gcc -I$(IDIR) $(DEBUG_OPTIONS) -o $(X4) $(X4O) $(NLIB) -lm $(X5): nicklib $(X5O) - gcc -I$(IDIR) $(DEBUG_OPTIONS) -lm -o $(X5) $(X5O) $(NLIB) + gcc -I$(IDIR) $(DEBUG_OPTIONS) -o $(X5) $(X5O) $(NLIB) -lm $(X6): nicklib $(X6O) - gcc -I$(IDIR) $(DEBUG_OPTIONS) -lm -o $(X6) $(X6O) $(NLIB) + gcc -I$(IDIR) $(DEBUG_OPTIONS) -o $(X6) $(X6O) $(NLIB) -lm $(M8): nicklib $(M8O) - gcc -I$(IDIR) $(DEBUG_OPTIONS) -l$(BLAS) -fopenmp $(M8O) $(NLIB) $(QCC) -o $(M8) + gcc -I$(IDIR) $(DEBUG_OPTIONS) -l$(BLAS) -fopenmp $(M8O) $(NLIB) $(QCC) -o $(M8) -llapack + $(M9): nicklib $(M9O) - gcc -I$(IDIR) $(DEBUG_OPTIONS) -l$(BLAS) -fopenmp $(M9O) $(NLIB) $(QCC) -o $(M9) + gcc -I$(IDIR) $(DEBUG_OPTIONS) -l$(BLAS) -fopenmp $(M9O) $(NLIB) $(QCC) -o $(M9) -llapack + @@ -167,7 +169,7 @@ nicklib: dirs tables libnick.a tables: echo "tables made" > tables cp twtable $(HOMEL)/admixtables - + dirs: mkdir -p $(HOMEL)/admixlib mkdir -p $(HOMEL)/admixtables @@ -205,11 +207,11 @@ M9GO=qpreroot.o qpgsubs.o qpsubs.o mcio.o ldsubs.o admutils.o egsubs.o regsubs. $(M9F2): nicklib $(M9F2O) - gcc -I$(IDIR) $(DEBUG_OPTIONS) -lgsl -lopenblas -lm -llapack -o $(M9F2) $(M9F2O) $(NLIB) + gcc -I$(IDIR) $(DEBUG_OPTIONS) -o $(M9F2) $(M9F2O) $(NLIB) -lgsl -lopenblas -lm -llapack $(M9G): $(M9GO) - gcc -I$(IDIR) $(DEBUG_OPTIONS) -lm -o $(M9G) $(M9GO) $(NLIB) + gcc -I$(IDIR) $(DEBUG_OPTIONS) -o $(M9G) $(M9GO) $(NLIB) -lm $(X3): nicklib $(X3O) - gcc -I$(IDIR) $(DEBUG_OPTIONS) -lm -o $(X3) $(X3O) $(NLIB) + gcc -I$(IDIR) $(DEBUG_OPTIONS) -o $(X3) $(X3O) $(NLIB) -lm