Maquinas curso facilities en AWS

Laura edited this page Jun 21, 2018 · 5 revisions

Existe una AMI para el curso, se llama En esta AMI está instalado:

  • Scipion en /usr/local/scipion:
    • Scipion tag june_2018_course (sacada de devel)
    • EM packages:
      • Xmipp compilado sin CUDA
      • chimera
      • ctffind4 4.1.10
      • eman 2.12
      • frealign 9.07
      • gautomatch 0.53
      • gctf 1.06
      • motioncor2 1.0.5
      • relion 2.1
      • resmap 1.1.5s2
      • spider 21.13
  • Cuda 7.5, 8.0 y 9.1 en /usr/local/ (default a la 8.0)
  • TurboVNC, VirtualGL y noVNC en /opt (sirven para el remote desktop y para hacer funcionar chimera)
  • Pycharm en el home de scipion (creo). En el .bashrc se carga el LD_LIBRARY_PATH para usar el debug pero si se lanza pycharm desde el icono no se si lo carga.

El acceso a la maquina se podrá hacer por ssh al usuario ubuntu desde las maquinas cuyas claves publicas habeis dado (Pablo, Yaiza, David y Marabini) o por navegador a traves de https://IP-maquina/vnc.html y pwd Scipion4u To resize screen clicks on the Settings icon and set Scaling Mode to Remote Resizing:

noVNC - resize

To disconnect from the session click on the little arrow that appears on the left (see menu below) and click on the last option:

noVNC - disconnect

IMPORTANT!! Do not disconnect from the top right corner, as in a physical machine. If you do so the machine will need to be reboot.

Para lanzar Scipion usar el icono de escritorio o el alias scipion (asi se lanza con vglrun lo que garantiza que chimera funcione).

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