¿Sabrías decirme por qué todo junto se escribe separado y separado se escribe todo junto?
Por supuesto. Esta es una aparente paradoja, que trata de ironizar sobre cómo las letras que conforman todo junto y separado se separan y se juntan, respectivamente. 

En realidad, puedes replantear tu pregunta de la siguiente manera:

¿Por qué «todo junto» se escribe con un espacio y «separado» se escribe sin espacio?

Dejando atrás el sentido irónico y humorístico, la respuesta a esta última pregunta surge naturalmente: todo junto es una expresión formada por dos palabras (por lo que entre ellas debe estar un espacio), y separado es una sola palabra, la cual no puede tener espacios. 

Espero que mi respuesta te sea útil, y recuerda que puedes preguntarme sobre algunos aspectos curiosos de palabras, frases y usos del idioma español.