東京の首都はどこですか？
東京は国ではないため首都を持ちません。日本の首都は東京です。
日本の首都は昔から東京ですか？
首都が宮廷のある（あった）場所を指すとすると、
東京が首都になったのは、明治 2年（1869年）です。
東京の前の京は、京都でした。
京都の前は、奈良を中心に、転々としていたと考えられています。

実は、日本の首都は法令などによる定めがなく、一般的に東京都のことと認識されているだけです。
首都という言葉ができる前は、「京」または「都」が宮廷や天皇陛下の住む場所を指していました。

明治 2年（1869年）までは、平安京（京都府京都市）でした。
延暦13年（794年）までは、長岡京（京都府向日市～長岡京市）でした。
ただし、治承 4年（1180年）に一時的に福原京（現在の兵庫県神戸市）に移された時期があります。
延暦 3年（784年）までは、基本的に平城京（奈良県奈良市～大和郡山市）でした。
ただし、天平12年～17年（740～745年）の間、恭仁宮（京都府木津川市）、難波宮（大阪市）、紫香楽宮（滋賀県甲賀市）を転々としています。
和銅 3年（710年）までは、藤原京（現在の奈良県橿原市）でした。
持統天皇の8年（694年。年号なし）に遷都したのが始まりです。
それより前は、天皇家の代替わりに合わせて遷都が頻繁に行われていたと考えられています。