Kann ich unter Windows einstellen, dass sich der Mauszeiger rückwärts bewegt?
Leider verstehe ich nicht, was du damit meinst, dass sich der Mauszeiger rückwärts bewegt, da der Mauszeiger die Bewegung der physischen Maus repräsentiert.
Falls du die Bewegung der Maus invertieren möchtest - das heißt eine Links-Bewegung wird eine Rechts-Bewegung und eine Oben-Bewegung wird eine Unten-Bewegung und vice versa - so muss ich dir leider mitteilen, dass es hierfür unter Windows keine Einstellung gibt. Es gibt allerdings fertige Tools, die diese Funktion übernehmen können und sie lässt sich mit geringem Entwicklungsaufwand auch selbst programmieren.
Gibt es dafür kostenlose Tools? Welche empfiehlst du?
Es gibt ein Tool namens SakasaMouse, das genau das tut. 
Es gibt auch selbstgeschriebene Software, zum Beispiel in einem Post auf dem Superuser/StackExchange Forum: 
[How can I reverse mouse movement (X & Y axis) system-wide?](https://superuser.com/questions/406502/how-can-i-reverse-mouse-movement-x-y-axis-system-wide-win-7-x64)