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R Stan GCC Machine Description

README.md

StanとRでベイズ統計モデリング サポートページ

概要

このリポジトリではデータファイル, Stanコード, 実行するRコード, 図を描くRコード, 画像ファイルを公開しています.

本書では基本的に以下の3つの番号を一致させています.

  • モデル式X-Y
  • Stanコード(modelX-Y.stan
  • 実行するRコード(run-modelX-Y.R

この他に, 図を描くコードfigX-Y.Rがあります. また各章のディレクトリの構成は以下になっています.

  • input:データが格納されています.
  • model:モデルファイル(Stanコード)が格納されています.
  • output:作成した図が含まれています.
  • exercise:練習問題の解答例です.

実行方法

各章のディレクトリに移動してから実行することを想定しています. 例えば4章のrun-model4-5.Rを実行する場合にはRを起動後に以下のようにします.

setwd('RStanBook/chap04/')
source('run-model4-5.R')

練習問題の解答例を実行するには, さらにexerciseディレクトリに移動してから実行することを想定しています.

setwd('RStanBook/chap04/exercise/')
source('ex1.R')

StanやRStanのバージョンアップに伴う補足

こちら

  • バージョン2.14では, RからStanにデータを渡す場合data.frameだとエラーが出るようになりましたので注意してください.

正誤表

こちら

ソースコードの実行環境

ソフトやパッケージ名 執筆時点 サポートページ内の現状
OS Windows 7 SP1 (64bit) Windows 7 SP1 (64bit)
R 3.3.1 3.3.1
Rtools Rtools34 Rtools34
Stan 2.11 2.14
rstan 2.11.1 2.14.1
ggplot 2.1.0 2.2.0
ggmcmc 1.1 1.1
GGally 1.1.0 1.3.0
ellipse 0.3.8 0.3.8
hexbin 1.27.1 1.27.1
ggtern 2.1.1 2.2.0
mvtnorm 1.0.5 1.0.5
bda 5.1.6 5.1.6
gtools 3.5.0 3.5.0
Nippon 0.6.3.1 0.6.3.1
ggrepel 0.5 0.6.5