diff --git a/.gitignore b/.gitignore index ac4206b..3cf1707 100644 --- a/.gitignore +++ b/.gitignore @@ -165,3 +165,7 @@ cython_debug/ # --- **/ro-crate-metadata.json +sapporo_example/run +sapporo_example/results +sapporo_example/ro-crate-metadata.json +sapporo_example/ro-crate-metadata_failed.json diff --git a/sapporo_example/complete/ro-crate-metadata.json b/sapporo_example/complete/ro-crate-metadata.json deleted file mode 100644 index 6637d8b..0000000 --- a/sapporo_example/complete/ro-crate-metadata.json +++ /dev/null @@ -1,130 +0,0 @@ -{ - "@context": "https://w3id.org/ro/crate/1.1/context", - "@graph": [ - { - "@id": "./", - "@type": "Dataset", - "hasPart": [ - { - "@id": "outputs/ERR034597_1.small_fastqc.html" - }, - { - "@id": "outputs/ERR034597_1.small.fq.trimmed.1U.fq" - }, - { - "@id": "outputs/ERR034597_1.small.fq.trimmed.2P.fq" - }, - { - "@id": "outputs/ERR034597_1.small.fq.trimmed.2U.fq" - }, - { - "@id": "outputs/ERR034597_2.small_fastqc.html" - }, - { - "@id": 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b/sapporo_example/compose.yml new file mode 100644 index 0000000..8d088d1 --- /dev/null +++ b/sapporo_example/compose.yml @@ -0,0 +1,32 @@ +version: "3.5" +services: + nii-dg: + build: + context: .. + dockerfile: Dockerfile-api + image: nii-dg + container_name: nii-dg + ports: + - 0.0.0.0:5000:5000 + restart: on-failure + networks: + - nii-dg-network + sapporo-service: + image: ghcr.io/sapporo-wes/sapporo-service:1.4.9 + container_name: sapporo-service + volumes: + - ${PWD}/run:${PWD}/run + - /var/run/docker.sock:/var/run/docker.sock + - /tmp:/tmp + environment: + - SAPPORO_DEBUG=False + - SAPPORO_RUN_DIR=${PWD}/run + ports: + - 0.0.0.0:1122:1122 + restart: on-failure + networks: + - nii-dg-network + +networks: + nii-dg-network: + name: nii-dg-network diff --git a/sapporo_example/download_results.py b/sapporo_example/download_results.py new file mode 100644 index 0000000..f9a403d --- /dev/null +++ b/sapporo_example/download_results.py @@ -0,0 +1,48 @@ +#!/usr/bin/env python3 +# coding: utf-8 + +import argparse +import json +from pathlib import Path +from typing import List +from urllib.request import urlopen + + +def fetch_output_file_list(run_id: str, endpoint: str) -> List[str]: + with urlopen(f"{endpoint.rstrip('/')}/runs/{run_id}") as response: + result = json.load(response) + return [output["file_name"] for output in result["outputs"]] + + +def download_results(endpoint: str, run_id: str, output_dir: Path) -> None: + output_dir.mkdir(parents=True, exist_ok=True) + output_file_list = fetch_output_file_list(run_id, endpoint) + + for output_file in output_file_list: + with urlopen(f"{endpoint.rstrip('/')}/runs/{run_id}/data/outputs/{output_file}") as response: + file_path = output_dir.joinpath("outputs").joinpath(output_file).resolve() + file_path.parent.mkdir(parents=True, exist_ok=True) + with open(file_path, "wb") as f: + f.write(response.read()) + + # download run_request.json + with urlopen(f"{endpoint.rstrip('/')}/runs/{run_id}/data/run_request.json") as response: + file_path = output_dir.joinpath("run_request.json").resolve() + with open(file_path, "wb") as f: + f.write(response.read()) + + +def main() -> None: + parser = argparse.ArgumentParser() + parser.add_argument("endpoint", help="The endpoint to send the request (default: http://localhost:1122)", + default="http://localhost:1122", nargs="?") + parser.add_argument("run_id", help="The RUN_ID of the executed workflow") + parser.add_argument("output_dir", help="The output directory to save the results (default: ./results)", + default="./results", nargs="?") + args = parser.parse_args() + + download_results(args.endpoint, args.run_id, Path(args.output_dir).resolve()) + + +if __name__ == "__main__": + main() diff --git a/sapporo_example/execute_workflow.py b/sapporo_example/execute_workflow.py new file mode 100644 index 0000000..2ca8f5f --- /dev/null +++ b/sapporo_example/execute_workflow.py @@ -0,0 +1,46 @@ +#!/usr/bin/env python3 +# coding: utf-8 + +import argparse +import json +from urllib.parse import urlencode +from urllib.request import Request, urlopen + + +def execute_workflow(endpoint: str) -> None: + data = { + "workflow_params": json.dumps({ + "fastq_1": {"location": "ERR034597_1.small.fq.gz", "class": "File"}, + "fastq_2": {"location": "ERR034597_2.small.fq.gz", "class": "File"}, + "nthreads": 2 + }), + "workflow_type": "CWL", + "workflow_type_version": "v1.0", + "workflow_url": "https://raw.githubusercontent.com/sapporo-wes/sapporo-service/main/tests/resources/cwltool/trimming_and_qc.cwl", + "workflow_engine_name": "cwltool", + "workflow_attachment": json.dumps([ + {"file_url": "https://raw.githubusercontent.com/sapporo-wes/sapporo-service/main/tests/resources/cwltool/ERR034597_2.small.fq.gz", "file_name": "ERR034597_2.small.fq.gz"}, + {"file_url": "https://raw.githubusercontent.com/sapporo-wes/sapporo-service/main/tests/resources/cwltool/ERR034597_1.small.fq.gz", "file_name": "ERR034597_1.small.fq.gz"} + ]) + } + + data = urlencode(data).encode("utf-8") # type: ignore + headers = {"Content-Type": "application/x-www-form-urlencoded"} + # remove trailing slash from endpoint + request = Request(f"{endpoint.rstrip('/')}/runs", data=data, headers=headers) # type: ignore + + with urlopen(request) as response: + result = json.load(response) + print(result) + + +def main() -> None: + parser = argparse.ArgumentParser() + parser.add_argument("endpoint", help="The endpoint to send the request (default: http://localhost:1122)", + default="http://localhost:1122", nargs="?") + args = parser.parse_args() + execute_workflow(args.endpoint) + + +if __name__ == "__main__": + main() diff --git a/sapporo_example/failed/ro-crate-metadata.json b/sapporo_example/failed/ro-crate-metadata.json deleted file mode 100644 index e047173..0000000 --- a/sapporo_example/failed/ro-crate-metadata.json +++ /dev/null @@ -1,134 +0,0 @@ -{ - "@context": "https://w3id.org/ro/crate/1.1/context", - "@graph": [ - { - "@id": "./", - "@type": 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check=True) - req_dict = json.loads(proc.stdout) - return req_dict["run_id"] - - -def get_run_results(run_id: str, endpoint: str) -> Dict[str, Any]: - run_result = requests.get(endpoint + "/runs/" + run_id, timeout=(10, 30)) - - return run_result.json() - - -def execute_initial_run(sh_path: Path, run_dir: Path, endpoint: str) -> None: - run_id = get_initial_run_id(sh_path) - state = get_sapporo_run_status(run_id, endpoint) - - if state not in ["COMPLETE", "EXECUTOR_ERROR"]: - raise ValueError("Initial execution didn't run successfully.") - run_results = get_run_results(run_id, endpoint) - - file_list = ["outputs/" + file_dict["file_name"] for file_dict in run_results["outputs"]] - file_list += ["run_request.json"] - - for file_name in file_list: - download_file_from_url(endpoint + "/runs/" + run_id + "/data/" + file_name, run_dir.joinpath(file_name)) - - -if __name__ == "__main__": - dir_path = Path(__file__).with_name("initial_run_dir") - sapporo_endpoint = "http://sapporo-service:1122" - - execute_initial_run(Path(__file__).with_name("initial_run.sh"), dir_path, sapporo_endpoint) diff --git a/sapporo_example/initial_run.sh b/sapporo_example/initial_run.sh deleted file mode 100644 index 5e6e83d..0000000 --- a/sapporo_example/initial_run.sh +++ /dev/null @@ -1,8 +0,0 @@ -curl -X POST \ - -F 'workflow_params={"fastq_1":{"location":"ERR034597_1.small.fq.gz","class":"File"},"fastq_2":{"location":"ERR034597_2.small.fq.gz","class":"File"},"nthreads":2}' \ - -F 'workflow_type=CWL' \ - -F 'workflow_type_version=v1.0' \ - -F 'workflow_url=https://raw.githubusercontent.com/sapporo-wes/sapporo-service/main/tests/resources/cwltool/trimming_and_qc.cwl' \ - -F 'workflow_engine_name=cwltool' \ - -F 'workflow_attachment=[{"file_url": "https://raw.githubusercontent.com/sapporo-wes/sapporo-service/main/tests/resources/cwltool/ERR034597_2.small.fq.gz","file_name": "ERR034597_2.small.fq.gz"},{"file_url": "https://raw.githubusercontent.com/sapporo-wes/sapporo-service/main/tests/resources/cwltool/ERR034597_1.small.fq.gz","file_name": "ERR034597_1.small.fq.gz"}]' \ - http://localhost:1122/runs diff --git a/sapporo_example/initial_run_dir/outputs/ERR034597_1.small.fq.trimmed.1P.fq b/sapporo_example/initial_run_dir/outputs/ERR034597_1.small.fq.trimmed.1P.fq deleted file mode 100644 index 24f9382..0000000 --- a/sapporo_example/initial_run_dir/outputs/ERR034597_1.small.fq.trimmed.1P.fq +++ /dev/null @@ -1,94556 +0,0 @@ -@ERR034597.3 FCB06A1ABXX:6:1101:1190:1997#ACTTGAAT/1 -TAAATCCAAACTATAGCTGTCGTTTTTATCATTTCCCAATACAGAAGCTTTTCTTTTGCTTGTTCGTAATGCTACACTTTTTGTTCAGCT -+ -HHHHHHHGHHHFGFHHHHHFHHHHHHHHHCEHHHHGFFHHHHHHEHDHHHEHEEHHFDHHHEHHBFCAEEHHHFHHFHHHHF?HEHFCBF -@ERR034597.4 FCB06A1ABXX:6:1101:1447:1971#ACTTGAAT/1 -CTTTTGACCGCTAAGAACCAAGGTCTTACCTGTTTTTTCAGCTTTTTCTTCTCCTTTTTGCTAAGATGAGCATAGGGATCATCTGCCT -+ -626<<79: -@ERR034597.6 FCB06A1ABXX:6:1101:1296:1976#ACTTGAAT/1 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-ATGAGGATGAGCGCAACGTCAGCACGGGGGAGGTGGAGCTGAAGCTTTCTGTGCTTGAC -+ -E?FGDCBFDF54<<:??:A:C?=8A/52162::<@3<>9=7B;C;13;6:>@??6@?.@ -@ERR034597.24063 FCB06A1ABXX:6:1101:17234:4586#ACTTGAAT/2 -GCTTATTGTTTTAAGCCACTGAGATGTTACGTTTCTTTTTAGTGTAGAATAACCTACTCGGTCCTGATTGATGCAACTACTGACCAATCC -+ -HHHFHHGHFHHGHHHFHHHHHHFBHHHFHEHFHHFHHHGHHHDHDGGFBFHHHHHHHHHHCEHHHHHEFHBDFHFHHBFHFFBHHHDECE -@ERR034597.24126 FCB06A1ABXX:6:1101:17606:4666#ACTTGAAT/2 -TTTTAGTGTGTTTCTTTTGGTCATTTAATTGTTGAACACACACCCGTGTTGCCCTGTCTCTGG -+ -HGIFFCCE?EB9<;;A -@ERR034597.24406 FCB06A1ABXX:6:1101:20266:4617#ACTTGAAT/2 -CTGCGATCAGGATGTCCAGGGGGTCGCTGGGGGCCGACCACCTAGGGGAGAGGTTGTGTGCACCGTAGCATCTGTACTGG -+ -GHHGHFDHFGFHFHBHHBHEGGGBEFGBFGC;C*E>>C=AFGEEED6BDC(?A4<<21->?5C@C:@>=:CCAD9=@,8@ -@ERR034597.24425 FCB06A1ABXX:6:1101:20524:4507#ACTTGAAT/2 -TATTTTTCTCTTTGATTAGGTTCACTACCTTATGGTTCTGTCTGCCAACTGGGCCTATGTGAAAGACGCCTGCCGGA -+ -@CEFFD?EED@EEBECBDDC=EEBCDDDDBDEE8F@>9EB>E@C8DDCFFF@EGGG@=FGB6FFFEF;.A -@ERR034597.24442 FCB06A1ABXX:6:1101:20591:4680#ACTTGAAT/2 -GGTGAGTTTCCCAGAATCTGATGACCCCTTGCAATCTGGACCTTTTATACACCTGGCCTCCAAAGTTTCCACCAA -+ -9>.<>:463;B-512<36/57B@B5BD8D@D66<+>3-279@AA6A -@ERR034597.24456 FCB06A1ABXX:6:1101:20753:4547#ACTTGAAT/2 -TGGCTCCCCTATTCCATCCTGGCTAGAGCCTGCCTGCTCCTTTGGGGG -+ -@D=BEEECA=DBCDDD/@D?@@;A:1*622>>.57<5>::B=DDCB@@ -@ERR034597.24498 FCB06A1ABXX:6:1101:21055:4702#ACTTGAAT/2 -CCCAACCTTCAGCATCTCAAGTCTAGCCCACCTGGATTTCCATTTCCAGGGCCTCCTAATTTTCCCCCACAAAGCATGTTTGGATTTCCA -+ -HHHHHHHHHHGEEEGHHHHFDFHFGGGADGFEEGECEHGHHHH6HHHFE:DGGGGHCHHH;?B0>DCDEFFFF6FC.D>@+:<;;D-1=D -@ERR034597.24522 FCB06A1ABXX:6:1101:1221:4979#ACTTGAAT/2 -GAAATCCTTACCTTCGGAAATGGCTTTTTTCACAGCTGCCACGTAGGTCTCTGGCTCATCGTCACAGGCG -+ -D7@C;DDCD:@@C;B=BC>;EE@>EGDGB?8?=?@A<>?A@C;4ABC6><92:<=>:DCBCBD?DCA@CB@@FFEFF?9>@@+@>:A::=GFGDGD=/>D -@ERR034597.24700 FCB06A1ABXX:6:1101:2643:4982#ACTTGAAT/2 -TATCCGGCAGGAGATTAGCATCATGAACTGCCTCCACCACCCTAAGCTGGTCCAGTGTGTGGATGCCTTTGAAGAAAAGGCCAACATCGT -+ -DDB@=CBDDD=FG=EEEEEEGGDEG@DDCDFFFF8@EE@62@2@;@@CAA@@@BACDBB@;B@AB-34::0-314B=@'BAERR034597_1.small.fq.gz FastQC Report
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Tue 7 Mar 2023
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-import json -import os -import sys -from pathlib import Path - -from nii_dg.ro_crate import ROCrate -from nii_dg.schema.sapporo import Dataset, File, SapporoRun -from nii_dg.utils import get_file_sha256 - - -def package(state: str, run_dir: Path, endpoint: str, validate_pattern: str = "complete") -> None: - ro_crate = ROCrate() - ro_crate.root["name"] = "example research project" - outputs_dir = Dataset("outputs/", {"name": "outputs", "hasPart": []}) - - with open(run_dir.joinpath("run_request.json"), "r", encoding="utf_8") as f: - run_req = json.load(f) - run_req_content = {key: str(value) for key, value in run_req.items() if value is not None} - run_req_content.update({ - "sapporo_location": endpoint, - "state": state, - "outputs": outputs_dir}) - - sapporo_run = SapporoRun(props=run_req_content) - - outputs_iter = run_dir.joinpath("outputs").iterdir() - for file_path in outputs_iter: - file = File(str(file_path.relative_to(run_dir)), {"name": file_path.name}) - outputs_dir["hasPart"].append(file) - - if validate_pattern == "complete" and str(file_path).endswith("html"): - pass - else: - file["contentSize"] = str(os.path.getsize(file_path)) + "B" - file["sha256"] = get_file_sha256(file_path) - - ro_crate.add(file) - - ro_crate.add(outputs_dir, sapporo_run) - ro_crate.dump(str(run_dir.parent.joinpath(validate_pattern, "ro-crate-metadata.json"))) - - -if __name__ == "__main__": - dir_path = Path(__file__).with_name("initial_run_dir") - sapporo_endpoint = "http://sapporo-service:1122" - run_state = "COMPLETE" - - package(run_state, dir_path, sapporo_endpoint, sys.argv[1]) diff --git a/sapporo_example/sapporo_use_case.md b/sapporo_example/sapporo_use_case.md index 6a36842..4aa17f0 100644 --- a/sapporo_example/sapporo_use_case.md +++ b/sapporo_example/sapporo_use_case.md @@ -1,129 +1,269 @@ -# nii-dgを利用したガバナンス事例 -以下では、nii-dg機能を利用する研究データガバナンスの一例として、 `sapporo-service` によるワークフロー実行結果の検証を行う流れを示す。 sapporo-serviceについてはこの[githubリポジトリ](https://github.com/sapporo-wes/sapporo-service)を参照のこと。 +# nii-dg を利用したガバナンス事例 -### 前提 -- sapporoを用いたワークフロー実行の結果を、研究データとしてパッケージングしro-crateを生成する。この時、新たに定義した`sapporo` スキーマを利用している。 -- sapporoは remote REST API server として扱う。ただし本事例においては、sapporoはnii-dgコンテナから `http://sapporo-service:1122` を介してアクセス可能なローカルサーバーを remote REST API server と見立てている。 -- 検証として、以下の三点を確認している。 - 1. ro-crate内の値に基づいて、ワークフローが再実行可能である - 2. 再実行のステータスが、ro-crateに記載されているステータスと同一である - 3. 再実行で得られた結果ファイルのサイズ・チェックサムが、ro-crateの値と同一である (ro-crateに記載がある場合のみ) +以下では、nii-dg 機能を利用した研究データガバナンスの一例として、 Sapporo によるワークフロー実行結果の検証を行う流れを示す。 +Sapporo については [GitHub - sapporo-wes/sapporo-service](https://github.com/sapporo-wes/sapporo-service) を参照のこと。 +## 前提 + +- Sapporo を用いたワークフロー実行の結果を、研究データとしてパッケージングし RO-Crate を生成する +- Sapporo と NII-DG REST API server は、Docker container として起動し、同一ネットワークに接続されている +- 検証として、以下の三点を確認する + 1. RO-Crate 内の値に基づいて、ワークフローが再実行可能である + 2. 再実行のステータスが、RO-Crate に記載されているステータスと同一である + 3. 再実行で得られた結果ファイルのサイズ・チェックサムが、RO-Crate の値と同一である (RO-Crate に記載がある場合のみ) + +## 0.1. Sapporo and NII-DG REST API Server の起動 -## sapporoサーバーの準備 -[sapporo](https://github.com/sapporo-wes/sapporo-service)サーバーを docker container として起動する。 ```bash -$ git clone https://github.com/sapporo-wes/sapporo-service.git -Cloning into 'sapporo-service'... -... -Resolving deltas: 100% (XXX/XXX), done. -$ cd sapporo-service -sapporo-service$ docker compose up -d -sapporo-service$ localhost:1122/service-info +# At this directory (sapporo_example) +$ docker compose up -d +[+] Running 2/2 + ✔ Container sapporo-service Running 0.0s + ✔ Container nii-dg Started 0.9s +$ docker compose ps +NAME IMAGE COMMAND SERVICE CREATED STATUS PORTS +nii-dg nii-dg "tini -- python /app…" nii-dg 12 seconds ago Up 11 seconds 0.0.0.0:5000->5000/tcp +sapporo-service ghcr.io/sapporo-wes/sapporo-service:1.4.9 "tini -- uwsgi --yam…" sapporo-service About a minute ago Up About a minute 0.0.0.0:1122->1122/tcp +``` + +疎通確認として、 + +```bash +# Host -> Sapporo +$ curl localhost:1122/service-info +{ + "auth_instructions_url"... +} + +# Host -> NII-DG REST API Server +$ curl localhost:5000/healthcheck +{"message":"OK"} + +# NII-DG REST API Server -> Sapporo +$ docker compose exec nii-dg bash +# In container +$ apt update +$ apt install -y curl +$ curl sapporo-service:1122/service-info { - "auth_instructions_url": - ... + "auth_instructions_url"... } ``` -## sapporoでのワークフロー実行と結果の取得 -次に、sapporoでワークフローを実行し、`outputs/` 以下のファイルと `run_request.json` をダウンロードする。 本事例では、ワークフロー実行例として、curlリクエストを行う[シェルスクリプト](./initial_run.sh)を用いた。これは、[post_runs.sh](https://github.com/sapporo-wes/sapporo-service/blob/main/tests/curl_example/post_runs/cwltool/attach_all_files/post_runs.sh)の内容を一部リモートファイルのfetch方式に書き換えたものである。 +## 0.2. NII-DG library の install + +`0.1. Sapporo and NII-DG REST API Server の起動` にて、起動した NII-DG container は、validation のためのものである。 +この項では、packaging 用の nii-dg library を install する。 + ```bash -$ source sapporo_example/initial_run.sh -{"run_id":"3a9bbc21-e078-4169-afd7-0d3109889328"} -$ curl localhost:1122/runs/3a9bbc21-e078-4169-afd7-0d3109889328 -{"outputs": +# root directory に移動する +$ cd ../ +$ ls setup.py +setup.py +$ python3 -m pip install . ... -} -$ curl -OL localhost:1122/runs/3a9bbc21-e078-4169-afd7-0d3109889328/data/run_request.json +$ python3 -m pip list | grep nii-dg +nii-dg 1.0.0 ``` -また、[initial_run_dir](./initial_run)配下に実行結果の該当ファイルが格納されている。 +## 1. Sapporo でのワークフロー実行 (`execute_workflow.py`) + +実行する workflow として、[trimming_and_qc.cwl](https://raw.githubusercontent.com/sapporo-wes/sapporo-service/main/tests/resources/cwltool/trimming_and_qc.cwl) を用いる。 +この workflow は CommonWorkflowLanguage (CWL) によって書かれており、FASTQ ファイル (塩基配列ファイル) を入力とし、FASTQC による QC と、Trimmomatic によるトリミングを行う。 +workflow を `curl` を用いて実行する場合、以下のようになる。(下のコマンドの実行は skip してよい) + +```bash +$ curl -X POST \ + -F 'workflow_params={"fastq_1":{"location":"ERR034597_1.small.fq.gz","class":"File"},"fastq_2":{"location":"ERR034597_2.small.fq.gz","class":"File"},"nthreads":2}' \ + -F 'workflow_type=CWL' \ + -F 'workflow_type_version=v1.0' \ + -F 'workflow_url=https://raw.githubusercontent.com/sapporo-wes/sapporo-service/main/tests/resources/cwltool/trimming_and_qc.cwl' \ + -F 'workflow_engine_name=cwltool' \ + -F 'workflow_attachment=[{"file_url": "https://raw.githubusercontent.com/sapporo-wes/sapporo-service/main/tests/resources/cwltool/ERR034597_2.small.fq.gz","file_name": "ERR034597_2.small.fq.gz"},{"file_url": "https://raw.githubusercontent.com/sapporo-wes/sapporo-service/main/tests/resources/cwltool/ERR034597_1.small.fq.gz","file_name": "ERR034597_1.small.fq.gz"}]' \ + http://localhost:1122/runs +{'run_id': 'd45a404e-8d8a-43ac-bbf8-b686ee426062'} ``` -initial_run_dir -├─ outputs -│ ├── ERR034597_1.small_fastqc.html -│ ├── ERR034597_1.small.fq.trimmed.1P.fq -│ ├── ERR034597_1.small.fq.trimmed.1U.fq -│ ├── ERR034597_1.small.fq.trimmed.2P.fq -│ ├── ERR034597_1.small.fq.trimmed.2U.fq -│ └── ERR034597_2.small_fastqc.html -└─ run_request.json + +この command を python で実装したものとして、`execute_workflow.py` であり、これを用いて、ワークフローを実行する。 + +```bash +$ python3 execute_workflow.py -h +usage: execute_workflow.py [-h] [endpoint] + +positional arguments: + endpoint The endpoint to send the request (default: http://localhost:1122) + +optional arguments: + -h, --help show this help message and exit + +$ python3 execute_workflow.py http://localhost:1122 +{'run_id': 'd45a404e-8d8a-43ac-bbf8-b686ee426062'} ``` -本事例では、上記ワークフロー実行+ファイルダウンロードは、[initial_run.py](./initial_run.py)の実行により行なっている。 +Sapporo の `RUN_ID` は、出力される `d45a404e-8d8a-43ac-bbf8-b686ee426062` などである。 +実際に Sapporo における run の状態の確認は、この `RUN_ID` を用いて行う。 +(run の状態などの元の source は、`${PWD}/run` 以下に配置されている) + ```bash -$ python3 sapporo_example/initial_run.py +$ curl localhost:1122/runs/d45a404e-8d8a-43ac-bbf8-b686ee426062 | jq .state +"COMPLETE" ``` -## パッケージング -nii-dgライブラリがインストールされたpython環境で、[packaging.py](./packaging.py)を実行することで、上記結果をro-crateとしてパッケージングしjsonを生成する。 -検証に成功する[ro-crate](./complete/ro-crate-metadata.json), 失敗する[ro-crate](./failed/ro-crate-metadata.json)の2種が生成できるようになっているため、コマンドライン引数でどちらかを指定する。 +この state が `COMPLETE` になったら、次のステップに進む。 + +## 2. Sapporo でのワークフロー実行結果の取得 (`download_results.py`) + +想定として、Sapporo は REST API Server として、例えばどこかの cloud instance にデプロイされている。 +そのため、実行結果 (e.g., 出力ファイル, etc.) を Sapporo からダウンロードする必要がある。 + +そのためのスクリプトとして、`download_results.py` が用意されている。 + ```bash -$ python3 sapporo_example/packaging.py complete -$ python3 sapporo_example/packaging.py failed +$ python3 download_results.py -h +usage: download_results.py [-h] [endpoint] run_id [output_dir] + +positional arguments: + endpoint The endpoint to send the request (default: http://localhost:1122) + run_id The RUN_ID of the executed workflow + output_dir The output directory to save the results (default: ./results) + +optional arguments: + -h, --help show this help message and exit + +$ python3 download_results.py http://localhost:1122 d45a404e-8d8a-43ac-bbf8-b686ee426062 ./results + +$ tree results/ +results/ +├── outputs +│   ├── ERR034597_1.small_fastqc.html +│   ├── ERR034597_1.small.fq.trimmed.1P.fq +│   ├── ERR034597_1.small.fq.trimmed.1U.fq +│   ├── ERR034597_1.small.fq.trimmed.2P.fq +│   ├── ERR034597_1.small.fq.trimmed.2U.fq +│   └── ERR034597_2.small_fastqc.html +└── run_request.json + +1 directory, 7 files ``` +結果が `results` 以下にダウンロードされる。 + +## 3. NII-DG による RO-Crate の生成 (`package_ro_crate.py`) + +前項で download した結果を、nii-dg library を用いて RO-Crate として packaging する。 -## 検証実施 -NII-DGのAPIサーバーの起動方法は[api-quick-start.md](../api-quick-start.md)を参照のこと。本事例では `localhost:5000` でAPIサーバーにアクセスできるものとする。 -また、NII-DG サーバーから sapporo へ通信できるよう、本事例では nii-dg のネットワークに sapporo を追加している。 ```bash -$ curl localhost:5000/healthcheck +$ python3 package_ro_crate.py -h +usage: package_ro_crate.py [-h] [sapporo_endpoint] [wf_results_dir] + +positional arguments: + sapporo_endpoint The endpoint of Sapporo, which is as seen from NII-DG server + (default: http://sapporo-service:1122) + wf_results_dir The directory where the results of the workflow are stored + (default: ./results) + +optional arguments: + -h, --help show this help message and exit + +$ python3 package_ro_crate.py + +$ ls ro-crate-metadata.json +ro-crate-metadata.json +$ head ro-crate-metadata.json { - "message": "OK" -} -$ dockcer network connect nii-dg-network sapporo-service + "@context": "https://w3id.org/ro/crate/1.1/context", + "@graph": [ + { + "@id": "./", + "@type": "Dataset", + "hasPart": [ + { + "@id": "outputs/ERR034597_1.small.fq.trimmed.2U.fq" + }, +``` + +## 4. NII-DG API Server による RO-Crate の検証 + +NII-DG API Server の詳細については、[api-quick-start.md](../api-quick-start.md)を参照のこと。 +`0.1. Sapporo and NII-DG REST API Server の起動` より、`localhost:5000` に NII-DG API Server が起動している。 + +```bash +$ curl localhost:5000/healthcheck +{"message": "OK"} +``` + +`/validate` に生成した `ro-crate-metadata.json` を POST する。 + +``` +$ curl -X POST -H "Content-Type: application/json" -d @./ro-crate-metadata.json http://localhost:5000/validate +{"request_id":"bd6f18a4-1599-41d2-bcbd-75f2cda2209d"} ``` -エンドポイント`/validate`に生成したro-crate-metadata.jsonをリクエストボディとしてPOST通信を行うと、request_idが返ってくる。次にそのrequest_idをエンドポイントとしてGET通信を行い、検証が終わっていれば結果が返ってくる。 +レスポンスとして、`request_id` が返ってくる。 +この `request_id` を用いて、`/{request_id}` に GET し、検証結果を取得する。 -以下では検証が無事終了し、結果も問題がなかったため、statusが `COMPLETE`, resultsは空のリストになっている。 ```bash -$ curl -X POST localhost:5000/validate -d @sapporo_example/complete/ro-crate-metadata.json -H "Content-Type: application/json" -{"request_id": "8d107027-2d80-4b8e-bd6c-4783286a0dd8"} -$ curl localhost:5000/8d107027-2d80-4b8e-bd6c-4783286a0dd8 +$ curl localhost:5000/bd6f18a4-1599-41d2-bcbd-75f2cda2209d { - ... - "requestId": "8d107027-2d80-4b8e-bd6c-4783286a0dd8", + "request": { + "entityIds": [], + "roCrate": { + "@context": "https://w3id.org/ro/crate/1.1/context", + "@graph": [ + { + ... + } + ] + } + }, + "requestId": "bd6f18a4-1599-41d2-bcbd-75f2cda2209d", "results": [], "status": "COMPLETE" } ``` -以下では検証が無事終了したが、スキーマのルールに対して不適合な箇所が見つかっている。statusは `FAILED`で, resultsに修正のためのメッセージが `エンティティ・プロパティ・不適合理由` の組み合わせでリストになっている。 +検証に問題がなかったため、`status` が `COMPLETE` 、`results` は空のリストになっている。 + +--- + +検証に問題がある例 (例えば、出力ファイルの名前が一致しないなど) として、`./ro-crate-metadata.json` を編集する。 -今回の例では、outputs/に含まれる2つのhtmlファイルが、ワークフローの実行日を内容として含んでいるため、初回実行時と検証実施時で差分が生まれてしまう。よってファイルサイズ・チェックサムがro-crateに記述された値と異なるため、検証の結果は失敗となっている。 ```bash -$ curl -X POST localhost:5000/validate -d @sapporo_example/failed/ro-crate-metadata.json -H "Content-Type: application/json" -{"request_id": "8c28f892-a669-481e-9fa2-e119e5a146bb"} -$ curl localhost:5000/8d107027-2d80-4b8e-bd6c-4783286a0dd8 +$ cp ./ro-crate-metadata.json ./ro-crate-metadata_failed.json +$ sed -i 's/ERR034597_1.small_fastqc.html/ERR034597_1.small_fastqc_failed.html/' ./ro-crate-metadata_failed.json +$ diff -u ./ro-crate-metadata.json ./ro-crate-metadata_failed.json +``` + +編集した RO-Crate `ro-crate-metadata_failed.json` を用いて、検証を実行する。 + +```bash +$ curl -X POST -H "Content-Type: application/json" -d @./ro-crate-metadata_failed.json http://localhost:5000/validate +{"request_id":"32012249-d8f7-4f64-b20d-853ea5be67b5"} + +$ curl localhost:5000/32012249-d8f7-4f64-b20d-853ea5be67b5 { - ... - "requestId": "8c28f892-a669-481e-9fa2-e119e5a146bb", + "request": { + "entityIds": [], + "roCrate": { + "@context": "https://w3id.org/ro/crate/1.1/context", + "@graph": [ + { + ... + } + ] + } + }, + "requestId": "32012249-d8f7-4f64-b20d-853ea5be67b5", "results": [ { "entityId": "#sapporo-run", - "props": "sapporo.SapporoRun:outputs, ERR034597_1.small_fastqc.html:contentSize", - "reason": "The file size of ERR034597_1.small_fastqc.html, 592394B, does not match the `contentSize` value 592393B in ." - }, - { - "entityId": "#sapporo-run", - "props": "sapporo.SapporoRun:outputs, ERR034597_1.small_fastqc.html:sha256", - "reason": "The hash of ERR034597_1.small_fastqc.html does not match the `sha256` value e8b481c75d81f97080d8d61b9a21558c91e94488cc89dd20d09de4f7171df32d in " - }, - { - "entityId": "#sapporo-run", - "props": "sapporo.SapporoRun:outputs, ERR034597_2.small_fastqc.html:contentSize", - "reason": "The file size of ERR034597_2.small_fastqc.html, 592566B, does not match the `contentSize` value 592565B in ." - }, - { - "entityId": "#sapporo-run", - "props": "sapporo.SapporoRun:outputs, ERR034597_2.small_fastqc.html:sha256", - "reason": "The hash of ERR034597_2.small_fastqc.html does not match the `sha256` value 0f977665918cfebd9be552bb670c7c78cb70df83f1eb6af3303381062f9ff8d4 in " + "props": "sapporo.SapporoRun:outputs_ERR034597_1.small_fastqc.html", + "reason": "The file ERR034597_1.small_fastqc.html is included in the result of re-execution, so File entity with @id ERR034597_1.small_fastqc.html is required in this crate." } ], "status": "FAILED" } ``` + +検証に問題があったため、`status` が `FAILED` 、`results` に問題があることが示されている。
DBECFFGFGGGF>CFFABEEEFBDDEB@FE9CAC:B>GGGGGHEH=BBEEEE -@ERR034597.1090 FCB06A1ABXX:6:1101:8539:2139#ACTTGAAT/1 -CACCCTGAGAGCCTGGTGCTGGAGGGCTGGGTATCCCCTTGGCCTGCCACCAGCACCTGCACCCACACCAGGCTGGAGCCACGCTCTGCG -+ -HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHBHHHHHHHFFFFHFHHHHHHHHHHHHFHHFHHHHHHHHFEA?CEHHHDHFHFFFHFEFE -@ERR034597.1091 FCB06A1ABXX:6:1101:8717:2141#ACTTGAAT/1 -AATGTTTAGAAACACTAAATTGTTATTAAATCCTATGAAGTTGCATGCATTTGAGCAAATAAATTGATATTAGAATAATCACACTTTAAA -+ -HHHHHHHFHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHEFB -@ERR034597.1093 FCB06A1ABXX:6:1101:8674:2184#ACTTGAAT/1 -GATCTCCAACCTCACCGCGGCTCGAAATGGACCCCAACTGCTCCTGCGCCACTGGTAAGGGATGCTAGGTTTCTGGTCCTTAGGATACCT -+ -HGHGHHHFGFHHHHHBGEEFEHHHGGEF?FEGDFEFFEFFHFDEHBDFCHDFE?FEAB:FF2CCFA??B4FD?9C57;>;DBD;AA>;CDCFCFEE7C; -@ERR034597.1095 FCB06A1ABXX:6:1101:8589:2194#ACTTGAAT/1 -CCCTGTCTCACCCACTGACTGTAGGAAGTTATATGTCCTTACTGTATCTCAGTTTCCTTTATCTTTAAAATGGGAAATAAAAAACTGCCT -+ -HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHEFHHHHHHHHHHHHFHFFHHFHHHHHHGHHHHHFHHHH -@ERR034597.1096 FCB06A1ABXX:6:1101:8718:2232#ACTTGAAT/1 -CTCAGCTTCCCCATCTGCCACGTGGGGAGGGATGCAATCTCAGCACCGGAAGGTCCCTGAAAGATCAATTTCAGGCCTACCTCTCACAGC -+ -HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHFHHHHHHHHFFHHHHHHHHHHHHHHHEHHHD@BEFECEHHH?FHFDFHHEFDFFHHBFHHHEHCEA9E -@ERR034597.1097 FCB06A1ABXX:6:1101:8593:2236#ACTTGAAT/1 -GCAGCTAGAAAAACTCTTAGAAAGTTTGCCTGACGTTCGGAACCAAGCAGACGTTATTTACGTCAATACACAGTTGCTGGAGAGCTCTTA -+ -GHHGHHHFHFHGGFHGHGHHFHHHHHGHHHHGFHFFFGGGFGFGG@GGGGHHHBHF@FGCFHEHHGGFBFEBDCAFGBC=EE@ADFAFEBF@F=FHHGAF -@ERR034597.1101 FCB06A1ABXX:6:1101:8872:2023#ACTTGAAT/1 -CTTGCAAAGCATATTAAGGTACTTGAACCTTAGCTTAAGTGAAACTGGAAGTCACTGAAGTGATTTAAGCATAGGAAAGGTATGTTCAGT -+ -HHHHHHHHHHDGGGGHHHHEGHHHHHGHHHHGHFHHHHHHHHHHHHHHHHHEHHHHHFFHEHHHEHHEHHHHHHFFHGHHEGHHEFHGFF -@ERR034597.1102 FCB06A1ABXX:6:1101:8985:2035#ACTTGAAT/1 -GGAGTCAGGAAAGGGATGGGTTAAGTTCTTCCCACAACTCACACCTCCCCTAACACACATGTATCCCGTAGATTTGACAGTATTATTAAA -+ -EGGDGGGGGFFGEGGGGFGGEGEG@EFDFFGGFGGGDGGGFGGGF@FEFFGGEGGGGFGGEBEEFBFFCDA:@?CDCDDDEGGDEGGAGF -@ERR034597.1103 FCB06A1ABXX:6:1101:8827:2037#ACTTGAAT/1 -CTTTGTGAAAGGAAACATATTTTAGGAAGCACTTGCTTTTAATTAATGAATATAACAATAGAAATAGACACTAACTTGCACTGCCAGACA -+ -HHHHHHHHHHHGHHHHHHHHHHHHHHGFHHHHGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGHHHHHHGDHHHHHHEHFFHFHHGHFHHDHHEGHHH -@ERR034597.1104 FCB06A1ABXX:6:1101:8847:2053#ACTTGAAT/1 -AGATCACTGTGTCGTCCCTAGTGATCTGATACATAGTAGCTATTTATTATTTACTGATCAGTTTTAGTAGAGAAAATTTTTAGATAATCT -+ -HHHGHHHHHHHFHHFHHHHHHHHHHFHHDHHHDHDEEFFEHEHHHHHHHHHHCHHHEHE?FDHFHDFBEFCFDDFBHFHHFFCHFHEHHH -@ERR034597.1105 FCB06A1ABXX:6:1101:8792:2061#ACTTGAAT/1 -CTTCAGACCCCACAGGATTCTTGCTGTGATCAAAAGGGATGACCTCCATGGAAGCAATTTGAAAAGCAGAAATCACCTTAAATATGTAGA -+ -BGGFDFGBGGFBGEGGGFFGGFEGEGFGDGGGGGGEEFBGGEGGDGGEEDGFGEGGE@FGGGBDGEBGGGGF@FGGGGGGEGGGGGGGEG -@ERR034597.1106 FCB06A1ABXX:6:1101:8862:2076#ACTTGAAT/1 -TTTGATTTCAAAGTCCCTTTCCTTCAGCAGCTTATACAATCGCCCGTTCTCGTCCACCGTTTCCCTGAGCTCATTTCGAAGGTGTTCAAT -+ -HHHHHHHHHHHHHHHHHGHHHHHHHHFGHHEHHHHFHHHHHFHHHFHHHHDCEEFEFFFEFFCAH3;;8:8759>4;9<: -@ERR034597.1109 FCB06A1ABXX:6:1101:8990:2112#ACTTGAAT/1 -TGCTCTGGTCATGGGAAGTGTACAACTAGTGTCTCTGTTCCAAGTCAAGTATATTGTGAATGTGATAAATACTGGAAGGGTGAAGCTTGT -+ -HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHFHHHHHHHHFHHHHHHHHHHHHHHHHHFHEHGFHHHEHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH@FEHGGGGFB -@ERR034597.1110 FCB06A1ABXX:6:1101:8806:2127#ACTTGAAT/1 -TGAGGTCTTGATGCGGATGAAGCCGGAGGAATGTTGTCTCTCCTCAGTCTCATGGCAAGGACTGATCTTGTTTTCTGTTCCCCACAGGGG -+ -FD@FFDEDEEBB@BBBGCGGEB?EBBDDDDEFEGGB>EE;EEEBE9<;<8EBDD;CFFDF?DD=5>;><;,4.30737=8>@B5@5?<FEECFEEEFFHEFFHHFBFHHEFC9C@A6>=@==> -@ERR034597.1121 FCB06A1ABXX:6:1101:9233:2005#ACTTGAAT/1 -ACCAAGGTGGTAGAACTGCTGAAAGATGGCAGTGGCAGG -+ -CDCCDDB?B@DDCDDDE=D@@>?B?;BA -@ERR034597.1122 FCB06A1ABXX:6:1101:9179:2008#ACTTGAAT/1 -AGATAGGTTGAGAAATCTGCATTTGCCTTGATGCTTTTCTGTTTCCTATCTAGGTCATCCTCGATTTTTCAACCAGCTCTCCACTGGATT -+ -HHHHHGHHHHGHEHHHHHHHGHHHHGHHHHHHHHHHHHFHHHEEHHHHHHHHHHBEEFGFHHHDAFFFDHHEHHBHGFHEFHGHGBGDEE -@ERR034597.1123 FCB06A1ABXX:6:1101:9127:2022#ACTTGAAT/1 -TGTTCCCGGCTATAATGTCTATCTGCTAGGTAGGGATAAGAATTCATTCTGACTTTACGCTGTGATGATGGTGTACCTTGGCGCCACTGG -+ -HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGHHHHHHHHHCFGHGFFHHHHFGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHEFEHFFHHA:C>DGGEFBHHHHHHHFHH -@ERR034597.1124 FCB06A1ABXX:6:1101:9144:2041#ACTTGAAT/1 -CTCTAAATGGCAAGAAAATCAAAGAAAGAAAAAAGAAAAGAAAAAATATATATATATATTATATATATGTCATCTAAATCAAGTTTTAAA -+ -FFFBFFFDFDEDBEE=BBBBF@EEEEEF8EC8?BCEFB9FEF@=D@EEEFFFFEFFFEFFFFFE?FFDFEDEBFFFFCDF@BDACFFFBB -@ERR034597.1125 FCB06A1ABXX:6:1101:9071:2047#ACTTGAAT/1 -CCCACAGCTCCACAAGCACTTATGTGCCTGGCCTTCTCTTCTCCCCTGGCCCCTCCAGGAAATCCTACAGGACAAGGACGGGCTGAACCA -+ -GGFGDGHGHGGGHHGFHHHGHGHHHEGGGFFDFGGGGGHHHHHHFHDHDAFHHEEGDDDFF@GFFBGFED:?DD?FFFECHFHBGHEFHF -@ERR034597.1126 FCB06A1ABXX:6:1101:9165:2050#ACTTGAAT/1 -AATACTAAAATCAATGGCAGTGCAAATATTTAACTCTCTTCTAAATCACATCTGCCAAGTTATCAAAACCATAGTTCTCCACCTCCAGGC -+ -DGDGGGGDEFEFEGDGEGDDGEGGFGFBGGEEEDEBDCDDGGGGGEGFBEG@GFGBGFDFFBEFE@FGFGBEECCEEEEEFFEDAGGEFG -@ERR034597.1127 FCB06A1ABXX:6:1101:9180:2074#ACTTGAAT/1 -CCTTTTTTCTTCTTTCCATTTTTCCTCCTTCCAGCTGTTCAATAATATGTCTTATAACATGTCACTAATGTATCTAATCAGTGGACCTGG -+ -HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHFHFHHHFHHFFHHHHHHHHHHHHDHHHHH -@ERR034597.1128 FCB06A1ABXX:6:1101:9150:2083#ACTTGAAT/1 -TTTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTTTCTTGTCTGTTTCATTACAGGAGAGTTACAATGCAGGAGTTAAACATTATGAGGC -+ -HHHHHGHHHHHHHEHBGGFGHHHHGHHHGHHHHHHEHHHHHHGGFHHHGFHBHFFF=FEHBHEFEFFFFFAA?A=GFFEGHEHHHHFCEH -@ERR034597.1130 FCB06A1ABXX:6:1101:9020:2107#ACTTGAAT/1 -ACTATATAGGAATGTATCCATACAGAAACTAAAATAAGTAAACACTTACTTTTCTTTGTCTGATTTATAGATTTGTGCAATATCTGGTAC -+ -DDD6DEEEEEHHGHHHHHHHGHHHFHHHHHHGHHGGGHEHHGHHHGHGHHHHHHHHHHHHHHEHFHHHHHFFHHHHGHHHFHHHGHHEHH -@ERR034597.1131 FCB06A1ABXX:6:1101:9172:2110#ACTTGAAT/1 -CCAGGGGGCGCGTGGTGGGACCGCTCCTACTTCGCGCAGAGGCCAGGGGGTAAAGAGGCGCTACCAGGCGGGCGGGCCAAGGCGCTTCTG -+ -HHHGHHHHEHHHFHFAHHHDHHCHEHHHFFHHFHHCHDHCCEHHHFBEED-BABABA>;A0@@D8E>FA<@@C@C=0= -@ERR034597.1132 FCB06A1ABXX:6:1101:9129:2118#ACTTGAAT/1 -GTGTGCTGCACATAAGTCAGCCACTTCTTTGGTATATTGATTTGCTTCATTTTAAGAAAGAAAAATGAACTACAGTTTCCTTAATGGTAT -+ -HHHHHHHHGHHHHHHHHGGHHHHHHHHGHHHGHHHHHHHHHHHEHHHHHHHHFEGHFEHEHHEHDHFHFHBFFFHHHHHHHHFHHBGFGF -@ERR034597.1133 FCB06A1ABXX:6:1101:9051:2118#ACTTGAAT/1 -GGGGGAGCTCAGGGCACAGATGGGCCGGCGAGGTACTCACCAGAACCACTTCAGAGCTGCAGGAGCTGAAGACTTCACGGGTCCAGGTCT -+ -HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHFHHBHHHHHFHHHHHHFHHHHHHHHHHFFHHFF@?FFFEHHECEECFFCEE:FGFDDCFC -@ERR034597.1134 FCB06A1ABXX:6:1101:9061:2141#ACTTGAAT/1 -TCAGCATTGCCATCTCCAAGTGCTCTTCGTAGGGAAATAGTTTCTGGTCATGACGAGGTTCCACTTCCCATCTGATCCTGGCCCGGCCTG -+ -EFFEFFEFFDD@@DD@A@BCACEEEEEDEEFFFEFFFFEFCFFFFA;DDDF:DDDDCE2DEBEEBDFCFE;@?EEEE@3C;? -@ERR034597.1135 FCB06A1ABXX:6:1101:9206:2141#ACTTGAAT/1 -CATTTCAGTAATACAGAGAGAAGCCATTCCCCTCCCCAACACTTCCTCGAGCCCTCCGGGGAGAGGGGAGCCAGCCGCTGCCCCACCTTG -+ -HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHEHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHFHH?AEDFCDHHFHHHHHFFBEHHHEIE?>D7@D>DB4DDADD=B:=-.+>9;BEEEC>@>@> -@ERR034597.1137 FCB06A1ABXX:6:1101:9044:2155#ACTTGAAT/1 -AATTCATACTAGGAATATTGGGGAATGGATACATTGCACTAGTCAACTGGATTGACTGGATTAAGAAGAAAAAGATTTCCACAGTTGACT -+ -GHHHHHHGHHHHEHGHGHHHHHHEHHGGHHEEFEHHFHHHHHHFHHHFHCEAFDEE?FF?EEBD<>A9;C@EA4/@EEDB?FDF9CGFEDG -@ERR034597.1144 FCB06A1ABXX:6:1101:9182:2228#ACTTGAAT/1 -ATCATCCTTTCCGAGACTAATTATAGAATATACCCAAGGAAACATACCTGGACTCGGAAATTGGTCTTCTATGAGTACATCGCCAAGGGT -+ -HFEEEHGGFFHHGDFDEGEGFHFHHHFHDHHFGEHHHHGFFHHHFHHEFDGFG?GGEFCGGHGFEHEEHHFHHBFGHHHHHGHEGDFFF? -@ERR034597.1145 FCB06A1ABXX:6:1101:9010:2228#ACTTGAAT/1 -AGCCACTGCGCCCGGCCTCAATCAATGTTTATTTGACAAATATATTCCCCATCTTAATGTCTGGATACATTCAATACTTTAAAAGCTGAG -+ -HHHHHHHHHGHFHHEHHHHHHHHHHEHFHGGHHHHEHHHHHHHHHFHGHHHHHHHHHHHAHFDF@5AAADEECF?GFAGFBBEE6B?AC9 -@ERR034597.1146 FCB06A1ABXX:6:1101:9163:2235#ACTTGAAT/1 -GCCTTGCCCTCCCTGCCCTGTCTCCTAGGTGACCCTGGCAAAGATGAGAGTGCACATTTCGTCCTGCCTGAAGGTCCAGGAGCAGATGGC -+ -GGGFFEGFGGGFEGGGFGEGGEGGGGFGEDBDDDDEGGEGEFGGGGGFGGAGGFGCDEEEEGEGG@@CCADDED:EEEEBDGGGGFFGGG -@ERR034597.1147 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