diff --git a/.travis.yml b/.travis.yml
index ed438410..951a1162 100644
--- a/.travis.yml
+++ b/.travis.yml
@@ -7,12 +7,15 @@ python:
- "3.5"
- "3.6"
-services:
- - elasticsearch
+before_script:
+ - sleep 10
install: pip install -r requirements/testing.txt
before_install:
+ - echo "Fetching and installing elasticsearch 1.7"
+ - curl -O https://download.elastic.co/elasticsearch/elasticsearch/elasticsearch-1.7.3.deb && sudo dpkg -i --force-confnew elasticsearch-1.7.3.deb && sudo service elasticsearch start
+ - echo ""
- echo "Fetching and installing BLAST"
- wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/2.2.30/ncbi-blast-2.2.30+-x64-linux.tar.gz
- tar -zxvf ncbi-blast-2.2.30+-x64-linux.tar.gz | tail
diff --git a/requirements/base.txt b/requirements/base.txt
index 2e9258dc..3608a62b 100644
--- a/requirements/base.txt
+++ b/requirements/base.txt
@@ -16,6 +16,6 @@ django-haystack==2.5.0
easy-thumbnails==2.2
flickrapi==2.0
-dataset-creator==0.3.15
-seqrecord-expanded==0.2.6
+dataset-creator==0.3.16
+seqrecord-expanded==0.2.7
degenerate-dna==0.0.9
diff --git a/setup.py b/setup.py
index 55f0f2ac..6363d371 100644
--- a/setup.py
+++ b/setup.py
@@ -27,8 +27,8 @@
'django-haystack==2.4.0',
'easy-thumbnails==2.2',
'flickrapi==2.0',
- 'dataset-creator==0.3.14',
- 'seqrecord-expanded==0.2.6',
+ 'dataset-creator==0.3.16',
+ 'seqrecord-expanded==0.2.7',
'degenerate-dna==0.0.9',
]
diff --git a/test_db_dump2.xml b/test_db_dump2.xml
index 7896ed5b..490d9ac8 100644
--- a/test_db_dump2.xml
+++ b/test_db_dump2.xml
@@ -647,7 +647,7 @@
CP100-10
wingless
- ???????????????????????????????????????????TCTGTAGGCGATGCCTTGAAGGACGGCTTCGACGGAGCGTCGCGGGTCATGATGCCCAATACGGAGTTAGAAGCGCCTGCTCAGCGAAACGACGCCGCCCCGCACAGAGTCCCGCGACGAGACCGATACAGATTTCAACTTCGGCCGCACAATCCTGACCACAAAACACCCGGA?TCAAGGACCTAGTGTACTTGGAATCATCGCCGGGTTTCTGCGAAAAGAACCCGCGGCTGGGCATTCCCGGCACGCACGGGCGTGCCTGCAACGACACGAGTATCGGCGTCGACGGCTGCGACCTCATGTGCTGCGGCCGTGGCTACCGGACCGAGACAATGTTCGTCGTGGAGCGATGCAAC
+ ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
@@ -660,7 +660,7 @@
CP100-11
wingless
-CTgCacGgTCaagacGTGCtGgaTgaggctGccGacTTttcggtCtGTAgGCGACGCCTTGAAGGACGGCTTCGACGGAGCGTCGCGGGTTATGATGCCCAATACGGAGTTGGAAGCACCAGCTCAGCGAAACGATGCCGCTCCGCACAGAGTCCCGCGACGAGACCGATACAGATTTCAACTwCGGCCGCACAATCCTGACCACAAAACACCCGGAGTCAAGGACCTAGTGTACTTGGAATCATCGCCGGGTTTCTGCGAAAAGAACCCGCGGCTGGGCATTCCAGGCACGCACGGGCGTTCCTGCAATGACACGAGTATCGGCGTCGACGGCTGCGACCTCATGTGCTGTGGCCGTGGCTACCGGACCGAGACAATGTTCGTTGTGGAGCGATGCAAC
+ ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
@@ -673,7 +673,7 @@
CP100-12
wingless
-????????????????????????????????????????????CTGTAGGCGATGCATTG?AAGACGGCTTCGACGGAGCGTCGCGGGTCATGATGCCCAATACGGAAATAGAAGCACCGGCTCAGCGAAACGATGCCGCTCCGCACAGAGTCCCGCGACGAGACCGGTACAGATTTCAACTTCGGCCGCACAACCCTGACCACAAAACACCCGGAGTCAAGGACCTAGTATACTTGGAATCATCGCCGGGTTTCTGCGAAAAGAACCCGCGGCTGGGCATTCCCGGTACGCACGGGCGTGCCTGCAACGACACGAGTATCGGCGTCGATGGCTGCGACCTCATGTGCTGCGGCCGCGGCTACCGGACCGATACGATGTTCGTCGTGGAGCGATGCAAC
+ ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
@@ -686,7 +686,7 @@
CP100-13
wingless
-????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
+ ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
@@ -699,7 +699,7 @@
CP100-14
wingless
-??????????????????????????????????????????????????????????????AGGACGGCTTCGACGGAGCGTCGCGGGTCATGATGCCTAACACGGAGGTAGAAGCACCGGTTCAGCGAAACGATGCCGCTCCGCACAGAGTTCCGCGACGAGACCGATACAGATTTCAACTTCGGCCGCACAATCCTGACCACAAAACACCCGGAGTCAAGGACCTAGTGTACTTGGAATCATCGCCGGGCTTCTGCGAAAAGAACCCGCGGCTGGGCATTCCCGGTACGCACGGGCGTGCCTGCAACGACACGAGTATCGGCGTCGATGGCTGCGACCTCATGTGCTGCGGCCGCGGCTACCGGACCGAGACAATGTTCGTCGTGGAGCGATGCAAC
+ ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
@@ -712,7 +712,7 @@
CP100-15
wingless
-CTGCAcggtCaagacGTGCTGGatGaggcTGccGActtTTcggtctGtAgGCGATGCtTTGAAGGACGGCTTCGACGGAGCGTCGCGGGTCATGATGCCCAATACGGAGTTAGAAGCACCGGCTCAGCGAAACGATGCCGCCCCGCACAGAGTCCCGCGACGAGACCGATACAGATTTCAACTTCGGCCGCACAATCCTGACCACAAAACACCCGGAGTCAAGGACCTAGTGTACTTGGAATCATCGCCGGGTTTCTGCGAAAAGAACCCGCGGCTGGGCATTCCCGGTACGCACGGGCGTGCCTGCAACGACACGAGTATCGGTGTCGACGGGTGCGACCTCATGTGCTGCGGCCGCGGCTACCGGACAGAGACAATGTTCGTCGTGGAACGATGCAAC
+ ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
@@ -725,7 +725,7 @@
CP100-16
wingless
-CtGcAcgGtCaagacGTGCTGGAtGAgGCTGCCGACTTTTcggtctgtagGCGACGCCTTGAAGGACGGCTTCGACGGAGCGTCGCGGGTTATGATGCCCAATACGGAGTTGGAAGCACCAGCTCAGCGAAACGATGCCGCTCCGCACAGAGTCCCGCGACGAGACCGATACAGATTTCAACTTCGGCCGCACAATCCTGACCACAAAACACCCGGAGTCAAGGACCTAGTGTACTTGGAATCATCGCCGGGTTTCTGCGAAAAGAACCCGCGGCTGGGCATTCCAGGCACGCACGGGCGTTCCTGCAATGATACGAGTATCGGCGTCGACGGCTGCGACCTCATGTGCTGTGGCCGTGGCTACCGGACCGAGACAATGTTCGTCGTGGAGCGATGCAAC
+ ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
@@ -738,7 +738,7 @@
CP100-17
wingless
-CtGcAcgGtcaagacgTgctGGAtGCgGCTGCCGAcktTtcggtCtgtaggcgAtGccTTGAAGGACGGCTTCGACGGAGCGTCgcGggTCATGATGCCCAATACGGAGCTAGAAGCGCCGGCTCAGCGAAACGATGCCGCCCCGCACAGAGTCCCGCGACGAGACCGATACAGATTTCAACTTCGGCCGCACAATCCTGACCACAAAACACCCGGAGTCAAGGACCTAGTGTACTTGGAATCATCGCCGGGTTTCTGCGAAAAGAACCCGCGGCTGGGCATTCCCGGCACGCACGGGCGTGCCTGCAACGACACGAGTATCGGCGTCGACGGCTGCGACCTCATGTGCTGCGGCCGTGGCTACCGGACCGAGACCATGTTCGTCGTGGAGCGATGCAAC
+ ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
@@ -751,7 +751,7 @@
CP100-18
wingless
-CTGCaCggtCaagacGTGCTGGatGaggcTGccGActtTTcggtctGTAgGCGACGCCTTGAAGGACGGCTTCGACGGAGCGTCGCGGGTTATGATGCCCAATACGGAGTTGGAAGCACCAGCTCAGCGAAACGATGCCGCCCCCCACAGAGTCCCGCGACGAGACCGCTACAGATTTCAACTTCGGCCGCAyAATCCTGACCACAAAAyACCCGGAGTCAAGGACCTAGTGTACTTGGAATCATCGCCGGGTTTCTGCGAAAAGAACCCGCGGCTGGGCATTCCAGGCACGCACGGGCGTTCCTGCAACGACACGAGTATCGGCGTCGACGGCTGCGACCTCATGTGCTGTGGCCGTGGCTACCGGACCGAGACAATGTTCGTCGTGGAGCGATGCAAC
+ ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
@@ -764,7 +764,7 @@
CP100-19
wingless
-????????????????????????????????????????????CTGTAGGCGACGCCTTGAAGGACGGCTTCGACGGAGCGTCGCGGGTTATGATGCCCAATACGGAGTTGGAAGCACCAGCTCAGCGAAACGATGCCGCTCCGCACAGAGTCCCGCGACGAGACCGATACAGATTTCAACTTCGGCCGCACAATCCTGACCACAAAACACCCGGAGTCAAGGACCTAGTGTACTTGGAATCATCGCCGGGTTTCTGCGAAAAGAACCCGCGGCTGGGCATTCCAGGCACGCACGGGCGTTCCTGCAATGACACRAGTATCGGCGTCGACGGCTGCGACCTCATGTGCTGTGGCCGTGGCTACCGGACCGAGACAATGTTCGTCGTGGAGCGATGCAAC
+ ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
@@ -776,7 +776,7 @@
CP100-10
-CGATGGTGTTGAAGCGGGCAGCATGGYTGTCGATTCCATGCCACTGCCACAAGCGGCTGACATTCCAGAAATCAAATTGTTCGGAAGATGGAGCTGTTACGATGTGCAGGTGTCCGATATGTCTTTACAAGACTACATTTCTGTGAAGGAAAAGTATGCCAAATACCTGCCCCACTCGGCGGGTAGGTATGCCCACAAACGGTTCCGTAAAGCGCAGTGCCCRATTGTTGAACGTCTGACCAATTCACTGATGATGCACGGAAGAAACAACGGCAAGAAATTGATGGCCGTTCGAATCGTCAAGCACGCTTTTGAGATCATCCACCTTCTGACMGGTGAAAATCCYTTGCAAGTACTTGTTACAGCCATCATCAACTCTGGACCCCGTGAAGACTCTACTAGAATTGGTCGTGCTGGTACTGTGCGTCGTCAGGCTGTTGACGTGTCGCCCCTACGYCGTGTGAATCAAGCTATATGGCTGTTGTGTACTGGAGCACGTGAAGCTGCYTTCAGAAACATTAAAACAATTGCAGAATGTGTTGCTGATGAACTTATTAAYGCTGCTAAGGGTTCATCTAACTCTTATGCCATCAAGAAGAAGGATGAGYTGGAACGTG
+?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
RpS5
@@ -789,7 +789,7 @@
CP100-11
-??????????????????????????????????????????????CCACa?GCGGCTGACATTCCA?AAATTAA??TGTTTGGAAGATGGAGCTGTTACGATGTGCAGGTGTCCGATATGTCTTTACAAGACTACATTTCTGTGAAGGAAAAGTATGCCAAATACCTGCCCCACTCGGCGGGTAGGTATGCCCACAAACGGTTCCGTAAAGCGCAGTGCCCAATTGTTGAACGTyTGACCAATTCACTAATGATGCACGGAAGAAACAACGGCAAGAAATTGATGGCCGTTCGAATCGTCAAGCACGCTTTTGAGATCATCCACCTTCTGACAGGTGAAAATCCCCTGCAAGTACTTGTTACAGCCATCATCAATTCTGGACCCCGTGAAGACTCTACTAGAATTGGTCGTGCGGGTACAGTGCGTCGTCAGGCTGTTGACGTGTCGCCCCTACGCCGTGTGAATCAAGCTATATGGCTGTTGTGTACTGGAGCACGTGAAGCTGCCTTCAGAAACATTAAAACAATTGCAGAATGTGTTGCTGATGAACTTATTAATGCTGCTAAGGGTTCATCTAACTCTTATGCCATCAAGAAGAAGGATGAGCTGGAACGTG
+ ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
RpS5
@@ -802,7 +802,7 @@
CP100-12
-CGATGGCGTCGAGGCGGGCAGCATGGCTGTCGAATCCATGCCACTGCCGCAAGCGGCTGACATTCCGGAAATCAAATTATTTGGAAGATGGAGCTGTTACGATGTTCAGGTGTCCGATATGTCTTTACAAGACTACATTTCTGTGAAGGAGAAGTATGCCAAATACCTGCCCCACTCAGCGGGTAGGTATGCCCACAAACGTTTCCGTAAAGCGCAGTGCCCAATTGTTGAACGTCTGACCAATTCACTGATGATGCACGGAAGAAACAACGGCAAGAAACTGATGGCCGTTCGTATCGTCAAGCACGCTTTTGAGATCATCCACCTTTTGACTGGTGAAAATCCTCTGCAGGTTCTTGTTACAGCyATTATCAACTCTGGGCCTCGTGAAGACTCTACTAGAATTGGTCGTGCGGGTACAGTGCGyCGTCAGGCTGTGGATGTGTCACCCCTACGCCGTGTGAACCAAGCCATTTGGCTATTATGTACTGGAGCGCGGGAAGCTGCATTCAGAAACATTAAAACAATTGCAGAGTGTGTTGCTGATGAACTTATCAATGCTGCTAAGGGTTCATCTAACTCTTATGCCATCAAGAAGAAGGATGAACTTGAACGTG
+ ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
RpS5
@@ -815,7 +815,7 @@
CP100-13
-?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
+ ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
RpS5
@@ -828,7 +828,7 @@
CP100-14
-CGATGGCGTTGAAGCGGGCAGCATGGCTGTTGATTCCATGCCACTGCCACAAGCGGCTGACATTCCAGAAATAAAATTGTTCGGAAGAtGGAGCTGTTACGATGTGCAGGTGTCCGATATGTCTTTACAAGACTACATTTCTGTGAAAGAAAAGTATGCCAAATACCTGCCACACTCGGCGGGTAGGTATGCCCACAAACGGTTCCGTAAAGCGCAGTGCCCAATTGTTGAACGCCTGACTAATTCACTGATGATGCATGGAAGAAACAACGGCAAGAAATTGATGGCCGTTCGAATCGTCAAGCACGCTTTTGAGATCATCCACCTTCTGACAGGTGAAAACCCCCTGCAAGTTCTTGTTACAGCTATCATAAACTCTGGACCCCGTGAAGACTCTACTAGAATCGGTCGTGCGGGTACAGTGCGTCGTCAGGCTGTAGACGTGTCGCCCCTACGCCGTGTCAATCAAGCTATATGGCTGTTGTGTACTGGAGCACGTGAAGCTGCCTTCAGAAATATTAAAACAATTGCCGAATGTGTTGCTGATGAAcTTATTAATGCTGCTAAGGGTTCGTCTAACTCTTAtGCCaTCAAGAAGAAGGAtgAgctg???????
+ ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
RpS5
@@ -841,7 +841,7 @@
CP100-15
-cgatGGcGTTGAagCGGGCAGCATGGCTGTCGATTCCATGCCACTGCCAcAAgCggcTGACATTCCAGAAATCAAATTGTTCGGAAGATGGAGCTGTTACGATGTGCAGGTGTCCGATATGTCTTTACAAGACTACATTTCTGTGAAGGAAAAGTATGCCAAATACCTGCCCCACTCGGCGGGTAGGTATGCCCACAAACGGTTCCGTAAAGCGCAATGCCCAATTGTTGAACGTCTGACCAATTCACTGATGATGCATGGAAGAAACAATGGCAAGAAATTGATGGCCGTTCGAATCGTCAAGCACGCTTTTGAGATCATCCACCTTCTGACAGGTGAAAATCCCCTGCAAGTACTTGTTACAGCCATCATTAACTCTGGACCCCGTGAAGACTCTACTAGAATTGGTCGTGCrGGTACAGTACGTCGTCAGGCTGTGgAyGTGTCGCCCCTACGCCGTGTGAATCAAGCTATATGGCTGTTGTGTACTGGAGCACGTGAAGCTGCCTTCAGAAACATTAAAACAATTGCAGAATGTGTTGCTGATGAACTTATTAATGCTGCTAAGGGTTCATCTAACTCTTATGCCATCAAGAAgAAGGATGAGCTGGAACGTG
+ ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
RpS5
@@ -854,7 +854,7 @@
CP100-16
-?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
+ ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
RpS5
@@ -867,7 +867,7 @@
CP100-17
-????????????????????????????????????????????????????????????????????AAATCAAATTGTTTGGAAGATGGAGCTGTTACGATGTGCAGGTGTCCGATATGTCTTTACAAGACTACATTTCTGTGAAGGAAAAGTATGCCAAATACCTGCCCCACTCGGCAGGTAGGTATGCCCACAAACGATTCCGTAAAGCGCAGTGCCCAATTGTTGAACGTCTGACCAACTCACTGATGATGCACGGAAGAAACAACGGCAAGAAATTGATGGCCGTTCGAATCGTCAAGCACGCTTTTGAGATCATCCACCTTCTGACTGGAGAAAATCCCCTGCAAGTTCTTGTTACAGCCATCATCAATTCTGGACCCCGTGAAGATTCTACTAGAATCGGTCGAGCGGGTACAGTGCGTCGTCAGGCTGTGGACGTGTCACCCCTACGCCGTGTGAATCAAGCTATATGGCTATTGTGTACTGGAGCACGTGAAGCTGCCTTCAGAAACATTAAAACAATTGCAGAATGTGTTGCTGATGAACTTATTAATGCTGCTAAGGGTTCATCTAACTCTTATGCCATCAAGAAGAAGGATGAGCTGGAACGTG
+ ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
RpS5
@@ -880,7 +880,7 @@
CP100-18
-?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
+ ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
RpS5
@@ -893,7 +893,7 @@
CP100-19
-cgatgGCGTTGAaGCGGGCAGCATGGCTGTTGACTCCATGGCACTGCCGCAAgCggctGACATTCCAGAAATCAAATTGTTCGGAAGATGGAGCTGTTACGATGTGCAGGTGTCCGATATGTCTTTACAAGATTACATTTCTGTGAAGGAAAAGTATGCCAAATACCTGCCCCACTCGGCGGGTAGGTATGCCCACAAACGGTTCCGTAAAGCGCAGTGCCCAATTGTTGAACGTCTGACCAATTCACTGATGATGCACGGAAGAAACAATGGCAAGAAATTGATGGCCGTTCGAATTGTCAAGCACGCTTTTGAGATCATCCACCTTCTGACAGGTGAAAATCCCCTGCAAGTACTTGTTACAGCCATCATCAACTCTGGACCCCGTGAAGACTCTACTAGAATTGGTCGTGCGGGTACAGTGCGTCGTCAGGCTGTTGACGTGTCGCCCCTACGCCGTGTGAATCAAGCTATATGGCTGTTGTGTACTGGAGCACGTGAAGCTGCCTTCAGAAACATTAAAACAATTGCAGAATGTGTTGCTGATGAACTTATTAATGCTGCTAAGGGTTCATCTAACTCTTATGCCATCAAGAAGAAGGATGAGCTGGAACGTG
+ ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
RpS5
@@ -906,7 +906,7 @@
CP100-10
-???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
+ GACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGAC
RpS2
@@ -919,7 +919,7 @@
CP100-11
-???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
+ GACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGAC
RpS2
@@ -932,7 +932,7 @@
CP100-12
-???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
+ GACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGAC
RpS2
@@ -945,7 +945,7 @@
CP100-13
-???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
+ GACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGAC
RpS2
@@ -958,7 +958,7 @@
CP100-14
-???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
+ GACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGAC
RpS2
@@ -971,7 +971,7 @@
CP100-15
-???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
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RpS2
@@ -984,7 +984,7 @@
CP100-16
-???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
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RpS2
@@ -997,7 +997,7 @@
CP100-17
-???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
+ GACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGAC
RpS2
@@ -1010,7 +1010,7 @@
CP100-18
-???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
+ GACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGAC
RpS2
@@ -1023,7 +1023,7 @@
CP100-19
-???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
+ GACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGAC
RpS2
@@ -1036,7 +1036,7 @@
CP100-10
-????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
+ACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGAC
ArgKin
@@ -1049,7 +1049,7 @@
CP100-11
-????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
+ACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGAC
ArgKin
@@ -1062,7 +1062,7 @@
CP100-12
-????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
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CP100-13
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#CP100_11_Aus_bus
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#CP100_12_Aus_cus
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#CP100_13_Aus_dus
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#CP100_14_Aus_eus
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#CP100_15_Aus_fus
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#CP100_16_Aus_gus
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#CP100_17_Aus_hus
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#CP100_18_Aus_ius
-????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????AATTTATAATACTATTGTTACAGCTCATGCTTTTATTATAATTTTTTTCATAgTTATACCTATTATAATTGGAGGATTTGGTAATTGACTTaTTCCCCTTaTATTAT?ATCCCCCGTTAT??CTTTCCCCCGA????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????AcacccAgAGgtgGatATtCTAGTtttActaggAtTtGGgATaaTTTCaCATATTATTTCTCAaGAAAGCGGAAAAAAAGAAACTTTTGGATGTTTAGGAATAATTTATGCAATATTAACAATTGGATTACTAGGATTTATTGTATGAGCCCATCATATATTCACAGTGGGTATAGATATTGATACTCGAGCTTATTTTACTTCAGCCACAATAATTATTGCTGTGCCAACAGGAATTAAAATCTTTAGTTGATTGGCAACTCTTCATGGAACTCAAATTAACTACAACCCCTCAATACTTTGAAGATTGGGATTTATTTTTTTATTTACAGTAGGTGGATTAACAGGAGTAATTCTAGCAAATTCATCAATTGATATTGCCCTTCATGATACATATTATGTTGTAGCCCACTTTCACTATGTACTATCTATAGGAGCAGTATTTGCTATTTTCGGAGGATTTATTCATTGATACCCTCTATTTACAGGATTAATTTTAAATCCTTATTTACTAAAAATCCAATTTATCTCTATATTTATTGGAGTTAATTTAACTTTCTTTCCACAACATTTTCTAGGATTAGCAGGAATACCTCGACGTTACTCAGATTATCCTGACAATTTTTTATCTTGAAATATTATTTCATCCTTAGGGTCTTATATCTCCCTATTTTCTATAATAATGATAATAATAATTATTTGGGAATCAATAATTTATCAACGAATCATTTTATTTTCATTAAATATGCCCTCCTCAATTGAATGATACCAAAACTTACCCCCTGCTGAACATTCTTATAATGAAC????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????CTGCaCggtCaagacGTGCTGGatGaggcTGccGActtTTcggtctGTAgGCGACGCCTTGAAGGACGGCTTCGACGGAGCGTCGCGGGTTATGATGCCCAATACGGAGTTGGAAGCACCAGCTCAGCGAAACGATGCCGCCCCCCACAGAGTCCCGCGACGAGACCGCTACAGATTTCAACTTCGGCCGCAyAATCCTGACCACAAAAyACCCGGAGTCAAGGACCTAGTGTACTTGGAATCATCGCCGGGTTTCTGCGAAAAGAACCCGCGGCTGGGCATTCCAGGCACGCACGGGCGTTCCTGCAACGACACGAGTATCGGCGTCGACGGCTGCGACCTCATGTGCTGTGGCCGTGGCTACCGGACCGAGACAATGTTCGTCGTGGAGCGATGCAAC
+ACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACCGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGA??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????GACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGAC?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
#CP100_19_Aus_jus
-????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????AaCATTATATTTTATTTTTGGAATTTGAGCAGGTATAGTAGGTACATCTCTCAGTTTAATTATTCGAACAGAATTAGGTAATCCAGGATCTTTAATTGGAGATGATCAAATTTATAATACTATTGTCACAGCCCATGCTTTTATTATAATTTTTTTTATAGTTATACCTATTATAATTGGAGGATTCGGTAATTGACTTATTCCTATTATATTAGGAGCCCCTGATATAGCTTTCCCTCGAATAAATAATATAAGATTTTGACTCCTTCCCCCCTCTTTAATTTTATTAATTTCAAGTAGTATTGTAGAAAATGGTGCTGGTACAGGATGAACGGTTTATCCCCCCCTTTCATCTAATATTGCTCACAGTGGATCTTCTGTTGATTTAGCAATTTTCTCTTTACATTTAGCTGGAATTTCATCAATTCTTGGAGCTATTAATTTTATTACAACAATTATTAATATACGAATTAATAGTATATCTTATGATCAAATACCATTATTTGTTTGAGCTGTTGGAATTACAGCATTATTATTATTACTCTCTCTACCTGTATTAGCTGGAGCTATTACAATACTTCTTACAGATCGAAATTTAAACACCTCTTTTTTTGATCCTGCAGGAGGAGGAGATCCTA????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????cgatgGCGTTGAaGCGGGCAGCATGGCTGTTGACTCCATGGCACTGCCGCAAgCggctGACATTCCAGAAATCAAATTGTTCGGAAGATGGAGCTGTTACGATGTGCAGGTGTCCGATATGTCTTTACAAGATTACATTTCTGTGAAGGAAAAGTATGCCAAATACCTGCCCCACTCGGCGGGTAGGTATGCCCACAAACGGTTCCGTAAAGCGCAGTGCCCAATTGTTGAACGTCTGACCAATTCACTGATGATGCACGGAAGAAACAATGGCAAGAAATTGATGGCCGTTCGAATTGTCAAGCACGCTTTTGAGATCATCCACCTTCTGACAGGTGAAAATCCCCTGCAAGTACTTGTTACAGCCATCATCAACTCTGGACCCCGTGAAGACTCTACTAGAATTGGTCGTGCGGGTACAGTGCGTCGTCAGGCTGTTGACGTGTCGCCCCTACGCCGTGTGAATCAAGCTATATGGCTGTTGTGTACTGGAGCACGTGAAGCTGCCTTCAGAAACATTAAAACAATTGCAGAATGTGTTGCTGATGAACTTATTAATGCTGCTAAGGGTTCATCTAACTCTTATGCCATCAAGAAGAAGGATGAGCTGGAACGTG????????????????????????????????????????????CTGTAGGCGACGCCTTGAAGGACGGCTTCGACGGAGCGTCGCGGGTTATGATGCCCAATACGGAGTTGGAAGCACCAGCTCAGCGAAACGATGCCGCTCCGCACAGAGTCCCGCGACGAGACCGATACAGATTTCAACTTCGGCCGCACAATCCTGACCACAAAACACCCGGAGTCAAGGACCTAGTGTACTTGGAATCATCGCCGGGTTTCTGCGAAAAGAACCCGCGGCTGGGCATTCCAGGCACGCACGGGCGTTCCTGCAATGACACRAGTATCGGCGTCGACGGCTGCGACCTCATGTGCTGTGGCCGTGGCTACCGGACCGAGACAATGTTCGTCGTGGAGCGATGCAAC
+ACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACCGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGA??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????GACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGAC?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
diff --git a/voseq/create_dataset/tests/create_nexus_dataset/dataset.nex b/voseq/create_dataset/tests/create_nexus_dataset/dataset.nex
index b0f3ad0f..42d9e9dc 100644
--- a/voseq/create_dataset/tests/create_nexus_dataset/dataset.nex
+++ b/voseq/create_dataset/tests/create_nexus_dataset/dataset.nex
@@ -6,88 +6,88 @@ FORMAT INTERLEAVE DATATYPE=DNA MISSING=? GAP=-;
MATRIX
[ArgKin]
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[COI-begin]
-CP100_10_Aus_aus ??????????????????????????????????????????????????????????ATTATTCGAACAGAATTAAGTACCCCTGGATCATTAATCGGAGATGATCAAATTTATAATACTATTGTTACAGCTCATGCTTTTATTATAATTTTTTTTATGGTTATACCTATTATAATTGGAGGATTTGGTAATTGACTTATTCCCCTTATATTAGGAGCCCCTGATATAGCTTTTCCACGAATAAATAATATAAGATTTTGACTTCTCCCACCCTCTTTAATTTTATTAATTTCGAGTAGTATAGTAGAAAATGGTGCTGGCACAGGATGAACGGTCTATCCCCCCCTCTCATCTAATATTGCCCATAGAGGATCCTCAGTTGATTTAGCAATCTTTTCCTTACATTTAGCTGGAATCTCATCAATTCTTGGAGCAATTAATTTTATTACAACAATTATTAATATACGAATTAATAAAATATCTTATGATCAAATACCTTTATTTGTTTGAGCTGTAGGAATTACCGCATTATTATTATTACTTTCTTTACCTGTATTAGCTGGAGCTATCACAATACTACTCACAGATCGAAACTTAAATACATCTTTTTTTGACCCAGCAGGAGGTGGAGATCCTATTTTATATCAACATTTATTTTGATTTTTTGG
-CP100_11_Aus_bus AACATTATATTTTATTTTTGGAATTTGAGCAGGTATAGTAGGTACATCTCTCAGTTTAATTATTCGAACAGAATTAGGTAATCCAGGATCTTTAATTGGAGATGATCAAATTTATAATACTATTGTCACAGCCCATGCTTTTATTATAATTTTTTTTATAGTTATACCTATTATAATTGGAGGATTCGGTAATTGACTTATTCCTATTATATTAGGAGCCCCTGATATAGCTTTCCCTCGAATAAATAATATAAGATTTTGACTCCTTCCCCCCTCTTTAATTTTATTAATTTCAAGTAGTATTGTAGAAAATGGTGCTGGTACAGGATGAACGGTTTATCCCCCCCTTTCATCTAATATTGCTCACAGTGGATCTTCTGTTGATTTAGCAATTTTCTCTTTACATTTAGCTGGAATTTCATCAATTCTTGGAGCTATTAATTTTATTACAACAATTATTAATATACGAATTAATAGTATATCTTATGATCAAATACCATTATTTGTTTGAGCTGTTGGAATTACAGCATTATTATTATTACTCTCTCTACCTGTATTAGCTGGAGCTATTACAATACTTCTTACAGATcGAAATTTAAACaCcTcTT?TTTTgaTC????????????????????????????????????????????????????
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[wingless]
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[wingless]
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[wingless]
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CP100_13_Aus_dus ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
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;
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[COI-begin]
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-CP100_12_Aus_cus ACTTTATTATTTGGATTGGCGGATGTGGACTCCTAGCTATATCGATGATTGGAACCAGTTTTATGGGAGACAATTAAAACATGTACGCCAGCTTATATATTTTTATGTATCCATATATGGGGTTGGAATGCTGTCCCTATTTGGGCCCGAATGCTTCCCGATAAAAATAGTTTGCTCTCCCCTCTTGTTTCTATTCAGAGATGTGAAAGGGCGGACGGTGACGTTACCCCCTTCTCAAATGCCAAGGGTCTCGTGATTGCATTTTCTTCATTGCGGATTCTCATCTGGGCATAATTATACACATATAAATCGATAAAAATTCTAGACAATCCCTTTGTTGGCGTGGATACGCTTTTCTTTCTTCTTCCGTTTGCGGGCATACATCTCTACGACGAATTAAACTCTTTTGACCGCGGGGGGGACCATTTTACACATTTTTGTTTTGG
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-CP100_16_Aus_gus ?????????????????????????????????tAGcTaTatcGayGAtTGGAACCGGTTTTATGGGAGACAATTAAAACATGTACGCAAGCTTATATATTTTTATGTATCCATATATGGGGTTGGAATGCTGTCCCTATCTGGGCCCGAATGCTTCCCGATAAAAATAGTTTGCTCTCCCCTCTTATCTTTATTCAGAGATGTGAAAGGGCGGACGGTGACGTTACCCCCTTCTCAAATGCCAAGGGTCTCGTGATTGTATTTTCTTCATTGCGGATTCTCATCTGGGCATAATTATACACATATAAATCGATAAAAATTCTAGACAATCCTTTTGTTGGCGTGGATACGCTTTTTTTTCTTCTTCCGTTTGCGGGCATACATCTCTACGACGAATTAAACTCTTTTGACCGCGGGGGGGACCATTTTACACATTTTTGTTTTGG
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-CP100_18_Aus_ius ????????????????????????????????????????????????????????????????????????ATTAAAACATGTACGCCAGCTTATATATTTTTATgTATCCATATATGGGGTTGGAATGCTaTCCCTaTTTT?TCCCGTAT?CTTCCCG??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
-CP100_19_Aus_jus aCTTTATTATTTGGATTGGCGGATGTGGACTCCTAGTTATATCGACGATTGGAACCGGTCTTATGGGAGACAATTAAAACATGTACGCCAGCTTATATATTTTTATGTATCCATATATGGGGTTGGAATGCTATCCATATTTGGGCCCGAATGCTTCCCGATAAAAATAGTTTGCTCTCCCCTCTTATTTTTATTCAGAGATGTGAAAGGGCGGACGGTGACGTTACCCCCTTCTCAAATGCCAAGGGTCTCGTGATTGCATTTTCTTCATTGCGGATTCTCATCTGGGCATAATTATACACATATAAATCGATAAAGATTCTAGACAATCCTTTTGTTGGCGTGGATACGCTTTTTTTTCTTCCTCCGTTTGCGGGCATACATCTCTACGACGAATTAAACTCTTTTGACCGCGGGGGGGACCA?????????????????????
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+CP100_11_Aus_bus ACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACA
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[COI_end]
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-CP100_19_Aus_jus gagGGTGAGCGGAGATGCGTGATCATGCCTCCCAgCgcGAATCCGAATAATTTTGGAGTGAGTGTAGAGTCAGTTCGAATTCTTCAGATAATTCGTAAGAAATAGCAATACTCCCATCGCGGAGTAGCCAAACGTTCGAAGCCATGCCATGTGACGCTACAATCCTATATCAGGAGAAAAGGAAAATTATGCGTCGATGTAACAGCTTGAATATCACTCTACGGGAAACCCTCAGTCTGTACGCATATAATCGGCCCGGAGATCACAGATGGCGGCGGACGTCGCGCAGCGTGAGTTCCCCTCGCGGTAACAGCATTGCTTTTGACGGGCCGGAGCGCTTAGAAATAAACATGCGATGGTGCGAGACTATAAGCGCAAGGTCTCAATCTAGCATAAAAAAGAGACTGACGG
+CP100_10_Aus_aus ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
+CP100_11_Aus_bus ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
+CP100_12_Aus_cus ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
+CP100_13_Aus_dus ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
+CP100_14_Aus_eus ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
+CP100_15_Aus_fus ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
+CP100_16_Aus_gus ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
+CP100_17_Aus_hus ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
+CP100_18_Aus_ius ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
+CP100_19_Aus_jus ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
[wingless]
-CP100_10_Aus_aus ????????????????????????????TCGTGGGAGCTTAAGAGGTTGAGGGCTCCGGTATATCCAAACGATTGAGCCCGCCACGAAGAGCGCCCCAAGGTCCCGCGGACGTAAGTTCACTCGCCCAAACCGACAAAACCCGG?TAAGACTGTTATTGATCTCCCGGTTTGGAAAAACCCGCTGGATCCGGACCAGGCGGCTGAAGAACAGATGGGTGAGGTGGACTATTGTGGGCGGGTACGACGAACATTTGTGTGACGTGAA
-CP100_11_Aus_bus TgacgTaaacTGtGaTagctccacTtcgtCGTgGGAGCTTAAGAGGTTGAGGGCTCCGGTATATCCAAACGATTGAGCCCGCCACGAAGAGCGCCCCAAGGTCCCGCGGACGTAAGTTCACTCGCCCAAACCGACAAAACCCGGGTAAGACTGTTATTGATCTCCCGGTTTGGAAAAACCCGCTGGATCCGGACCAGGCGTCTGAAGAACAGATGGGTGAGGTGGACTATTGTGGGCGGGTACGACGAACATTTGTGTGACGTGAA
-CP100_12_Aus_cus ?????????????????????????????CGTGGGAGCTT?AGAGGTTGAGGGCTCCGGTATATCCAAACGAATGAGCCCGCCACGAAGAGCGCCCCAAGGTCCCGCGGACGTAAGTTCACTCGCCCAAACCGACAAAACCCGGGTAAGACTGTTATTGATCTCCCGGTTTGGAAAAACCCGCTGGATCCGGACCAGGCGGCTGAAGAACAGATGGGTGAGGTGGACTATTGTGGGCGGGTACGACGAACATTTGTGTGACGTGAA
+CP100_10_Aus_aus ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
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+CP100_12_Aus_cus ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
CP100_13_Aus_dus ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
-CP100_14_Aus_eus ?????????????????????????????????????????AGAGGTTGAGGGCTCCGGTATATCCAAACGAGTGAGCCCGTCACGAAGAGCGCCCCAAGGTCCCGCGGACGTAAGTTCACTCGCCCAAACCGACAAAACCCGGGTAAGACTGTTATTGATCTCCCGGTTTGGAAAAACCCGCTGGATCCGGACCAGGCGGCTGAAGAACAGATGGGTGAGGTGGACTATTGTGGGCGGGTACGACGAACATTTGTGTGACGTGAA
-CP100_15_Aus_fus TGAcgtaaacTGTGatagcTccActTcgtcGtgGGAGCTTAAGAGGTTGAGGGCTCCGGTATATCCAAACGATTGAGCCCGCCACGAAGAGCGCCCCAAGGTCCCGCGGACGTAAGTTCACTCGCCCAAACCGACAAAACCCGGGTAAGACTGTTATTGATCTCCCGGTTTGGAAAAACCCGCTGGATCCGGACCAGGCGGCTGAAGAACAGATGGGTGAGGTGGACTATTGTGGGCGGGTACGACGAACATTTGTGTGACGTGAA
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-CP100_17_Aus_hus tGAcGtaaacTgtGAtCgCTCCActTcgtCgtgggAGcTTAAGAGGTTGAGGGCTCcGgTATATCCAAACGACTGAGCCCGCCACGAAGAGCGCCCCAAGGTCCCGCGGACGTAAGTTCACTCGCCCAAACCGACAAAACCCGGGTAAGACTGTTATTGATCTCCCGGTTTGGAAAAACCCGCTGGATCCGGACCAGGCGGCTGAAGAACAGATGGGTGAGGTGGACTATTGTGGGCGGGTACGACGAACATTTGTGTGACGTGAA
-CP100_18_Aus_ius TGaCgtaaacTGTGatagcTccActTcgtcGTgGGAGCTTAAGAGGTTGAGGGCTCCGGTATATCCAAACGATTGAGCCCGCCACGAAGAGCGCCCCAAGGTCCCGCGGACGTAAGTTCACTCGCCCAAACCGACAAAAyCCGGGTAAGACTGTTATTGATCTCCCGGTTTGGAAAAACCCGCTGGATCCGGACCAGGCGTCTGAAGAACAGATGGGTGAGGTGGACTATTGTGGGCGGGTACGACGAACATTTGTGTGACGTGAA
-CP100_19_Aus_jus ?????????????????????????????CGTGGGAGCTTAAGAGGTTGAGGGCTCCGGTATATCCAAACGATTGAGCCCGCCACGAAGAGCGCCCCAAGGTCCCGCGGACGTAAGTTCACTCGCCCAAACCGACAAAACCCGGGTAAGACTGTTATTGATCTCCCGGTTTGGAAAAACCCGCTGGATCCGGACCAGGCGTCTGAAGAACAGATGGGTGAGGTGGACTATTGTGGGCGGGTACGACGAACATTTGTGTGACGTGAA
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+CP100_19_Aus_jus ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
;
END;
begin mrbayes;
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charset ArgKin_pos2 = 2-398\2;
- charset COI-begin_pos1 = 399-844\2;
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- charset wingless_pos1 = 2893-3158\2;
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+ charset COI-begin_pos1 = 399-843\2;
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+ charset wingless_pos2 = 2891-3155\2;
partition GENES = 14: ArgKin_pos1, ArgKin_pos2, COI-begin_pos1, COI-begin_pos2, COI_end_pos1, COI_end_pos2, ef1a_pos1, ef1a_pos2, RpS2_pos1, RpS2_pos2, RpS5_pos1, RpS5_pos2, wingless_pos1, wingless_pos2;
set partition = GENES;
diff --git a/voseq/create_dataset/tests/create_nexus_dataset/dataset_1st_codon.nex b/voseq/create_dataset/tests/create_nexus_dataset/dataset_1st_codon.nex
index 2338ca9e..f268fce6 100644
--- a/voseq/create_dataset/tests/create_nexus_dataset/dataset_1st_codon.nex
+++ b/voseq/create_dataset/tests/create_nexus_dataset/dataset_1st_codon.nex
@@ -1,104 +1,104 @@
#NEXUS
BEGIN DATA;
-DIMENSIONS NTAX=10 NCHAR=1580;
+DIMENSIONS NTAX=10 NCHAR=1578;
FORMAT INTERLEAVE DATATYPE=DNA MISSING=? GAP=-;
MATRIX
[ArgKin]
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+CP100_12_Aus_cus AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
+CP100_13_Aus_dus AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
+CP100_14_Aus_eus AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
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+CP100_18_Aus_ius AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
+CP100_19_Aus_jus AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
[COI-begin]
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-CP100_11_Aus_bus ATTTATGATGGAGGATCATAACAGTGACGTTAGGGCATAAAGAGCGTAAATTAGACAAAGGTGATCACAATGGCGAGTCCAAAAATTCCCCTTATTATAAAGGAGGGAGTAGTCCCTTAAGCAGTTGGTGATTTCTGGATTACGGAATAAAAAAACAAAATTGCACTTGTGGGAAGTTTTCTCCGTGGGAAACCAGcATAaTTTgC?????????????????
-CP100_12_Aus_cus ATTTATGATGGAGGATCACAACAGTGACATTAGGGCATAAAGAGCGTAAATTAGACAAAGGTGATCGCCATGGCGAGTCCAAAAATTCCCCTTGTCATAAAGGAGGGAGTAGTCCCTTAAGCAGTTGGTGATTTCTGGATTACGGAATAAAAAAACAAAATTGCACCTGTGGGAAGTTCTCTTCGTGGGAAACCAGCATAATTTGCGGGGGCATTCCTTTTTG
-CP100_13_Aus_dus aTTTATGaTGGAGGATCACAACAGTGACGTTAGGGCATAAGGAGCGTAAATTAGACAAAGGTGATCACCACGGCGAGTCCAAAAATTCCCCTTATCATAAAGGAGGGAGTAGTCCCTTAAGCAGTTGGTGATTTCTGGATTATGGAATAAAAAAACAAAATTGCACTTGTGGGAAGTTTTCTTCGTGGGAAACCAGCATAATTTGCGGGGGCATTCCTTTTTG
-CP100_14_Aus_eus aTTTATGATGGAGGATCATAACAGTGACGTTAGGGCATAAAGAGCGTAAATTAGACAAAGGTGATCACAATGGCGAGTCCAAAAATTCCCCTTATTATAAAGGAGGGAGTAGTCCCTTAAGCAGTTGGTGATTTCTGGATTACGGAATAAAAAAACAAAATTGCACTTGTGGGAAGTTTTCTCCGTGGGAAACCAGCATAATTTGCGGGGGCATTCCTTTTTG
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-CP100_17_Aus_hus ???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
-CP100_18_Aus_ius ????????????????????????????????????ATAAAGAGCGTAAATTAgACAAAGGTGATCaCCaTTTCGA?TCC???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
-CP100_19_Aus_jus aTTTATGATGGAGGATCATAACAGTGACGTTAGGGCATAAAGAGCGTAAATTAGACAAAGGTGATCACAATGGCGAGTCCAAAAATTCCCCTTATTATAAAGGAGGGAGTAGTCCCTTAAGCAGTTGGTGATTTCTGGATTACGGAATAAAAAAACAAAATTGCACTTGTGGGAAGTTTTCTCCGTGGGAAACCAGCATAATTTGCGGGGGCA??????????
+CP100_10_Aus_aus AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
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+CP100_19_Aus_jus AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
[COI_end]
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-CP100_11_Aus_bus ????????????????????????AAGATGATGAATGATGAGTTGTAGTGCCATAGGAGAGACGTTATGAAAAGGCAGAAATATTGACCGACAATACTACTATGTATTTAGGGCAGGATGATTAGAACCGATTGGGCTCTGCTAGGGTGATGGTACTTCTTAGTATACTTTAACTATATAGGATATTCCCTTGTGGACCCTTGTCGATTTTAAATTTGTTATTTTAAAAAAAATGTAATCCAATTATAACTTAGTTCATCCGGCTTAGC
-CP100_12_Aus_cus A????ATATCGTGAATCAATCGAGAAGATGATGAATGATGAGTTGTAGTGCCATAGGAGAGACGTTATGAAAAGGCAGAAATATTGACCGACAATACTACTGTGTATTTAGGGTAGGATGATTTGAGCCGATTGGGCTCTGCTAGGGTGATGGTGCTTCCTAGTGTACTCTAACTATATAGGATATTCCCTTGTGGACCCTTGTCGATTTTAAATTTGTTATTTTAATAAAAGTGTAATCCGACTTTAACTTAGTTCATCCGGCTTAGC
-CP100_13_Aus_dus CCgggACgTCGtGaaTCAATCGAGAAGATGTTGAATGATAAGTCGTAGTGCCATAGGAGAGACGTTATGAAAAGGCAGAAATATTGACCGACAATACTACTATGTATTTAGGGTAGGACGATTAGAGCCGATTGGGCTCTGCTAGGGTGATGGTACTTCCTAGTATACTTCAACTATATAGGATATTCCCTCGTGGACCCTTGTCGATTTTAAATTTGTTATTTTAAAAAAAATGTAATCCAATTTTAACTTAGTTCATCCGGCTTAGC
-CP100_14_Aus_eus ccggTaTaTCGTGAATCaaTCGAGAAGATGATGAATGATGAGTTGTAGTGCCATAGGAGAGACGTTATGAAAAGGCAGAAATATTGACCGACAATACTACTATGTATTTAGGGTAGGATGATTAGAGCCGATTGGGCTCTGTTAGGGTGATGGTGCTTCCTAGTGTACTTTAACTATATAGGATATTCCCTTGCGGACCCTTGTCGATTTTAAATTTGTTATTTTAAAAAAAATGTAATCCAATTTTAACTTAGTTCATCCGGCTTAgc
-CP100_15_Aus_fus ??????????????????TTCGAGAAGATGTTGAATGACGAGTCGTAGTGCCATAGGAGAGACGTTATGAAAAGGCAGAAATATTGACCGACAATACTACTATGTATTTAGGGTAGGATGATTAGAGCCGATTGGGCTCTGCTAGGGTGATGGTGCTTCTTAGTATACTTTAACTATATAGGATATTCCCTTGTGGACCCTTGTCGATTTTAAATTTGTTATCTTAAAAAAAATGTAATCCAATTTTAACTTAGTTCATCCGGCTTAGC
-CP100_16_Aus_gus CCGGTATATCGTGAATCAATCGAGAAGATGATGAATGATGAGTTGTAGTGCCATAGGAGAGACGTTATGAAAAGGCAGAAATATTGACCGACAATACTACTGTGTATTTAGGGTAGGATGATTAGAGCCGATTGGGCTCTGTTAGGGTGATGGTACTTCTTAGTGTACTTTAACTATATAGGATATTCCCTTGTGGACCCTTGTCGATTTTAAATTTGTTATCTTAAAAAAAATGTAATCCAATTTTAACTTAGTTCATCCGGCTTAGC
-CP100_17_Aus_hus ????????????????????????AAGATGTtgaatGaTGAGTTGTAGTGCCATAGGAGAGACGTTATGAAAAGGCAGAAATATTGACCGACAATACTACTATGTATCTAGGGTAGGATGATTAGAGCCGATTGGgCTCTGCTAGGGTGATGGTGCTTCTTAGTATACTTTAACTATATAGGATAtTCCCTTGTGGACCCTTGTCGATTTTAAATTTgTTATTTTAAAAAAAATGTAATCCAATTTTAaCTTAGTtCATcCGGcTTAGC
-CP100_18_Aus_ius ccggGACGtcgtGAaTCAATCGAGAAGATGTTGAATGATAAGTCGTAGTGCCATAGGAGAGACGTTATGAAAAGGCAGAAATATTGACCGACAATACTACTATGTATTTAGGGTAGGACGATTAGAGCCGATTGGGCTCTGCTAGGGTGATGGTACTTCCTAGTATACTTCAACTATATAGGATATTCCCTCGTGGACCCTTGTCGATTTTAAATTTGTTATCTTAAAAAAAATGTAATCCAATTTTAACTTAGTTCATCCGGCTTAGC
-CP100_19_Aus_jus ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
+CP100_10_Aus_aus ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
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+CP100_19_Aus_jus ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
[ef1a]
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CP100_11_Aus_bus ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
-CP100_12_Aus_cus CGGTGATAAAGCTATATGGAGACAAGATGAGGCGAGAGTTATGTGCGACAGGCGCGAAAGAGCTATGAGATTGAAAGGCGCAGTAAAAAAGATCGGTGGCAGGGGAGGTGGGATAAGCACGCGCCGTACGGACTAGGGAAAGTAGCCTAGCCTGGAAAGGTTTAAAAGTACGGGGTGCATGTCGGAACGCTAAACTTCGTCGGCAGGAGGGATCAGGCGGACCCGCCAGCGCCCCCCGGTCAGGAGAGCGGA?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
+CP100_12_Aus_cus ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
CP100_13_Aus_dus ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
CP100_14_Aus_eus ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
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-CP100_16_Aus_gus ???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????TGCCTGTTGGAACGCTAAACTTAGTCGGCAGGAGGGATCAGGTGGACCCGCCAGAGCCCCCCGGTAAGGAGAGCGGAGGAGGCACGAAGGTGCGAAAAGGATGGACCGGCTGGGCGGAGGTAGAAGTGAGTCCGTGGGGTAAACCAGGGGTAGCGAGCACCGCATAGTACGTGTCAGCAGTATGGAAGAGGCCTGATAGGACATAATGGGGAGACGCTACCTGGGTCGTCCCGCT???
+CP100_16_Aus_gus ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
CP100_17_Aus_hus ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
CP100_18_Aus_ius ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
CP100_19_Aus_jus ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
[RpS2]
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+CP100_10_Aus_aus AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
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[RpS5]
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+CP100_14_Aus_eus ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
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CP100_16_Aus_gus ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
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CP100_18_Aus_ius ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
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[wingless]
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+CP100_19_Aus_jus ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
;
END;
begin mrbayes;
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- charset COI-begin_pos2 = 200-422;
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+ charset RpS5_pos2 = 1240-1444;
+ charset wingless_pos2 = 1445-1577;
partition GENES = 7: ArgKin_pos2, COI-begin_pos2, COI_end_pos2, ef1a_pos2, RpS2_pos2, RpS5_pos2, wingless_pos2;
set partition = GENES;
@@ -111,4 +111,4 @@ unlink shape=(all) revmat=(all) tratio=(all) [pinvar=(all)];
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sumt relburnin=yes [no] burninfrac=0.25 [2500] contype=halfcompat [allcompat];
-END;
\ No newline at end of file
+END;
diff --git a/voseq/create_dataset/tests/create_nexus_dataset/dataset_3rd_codon.nex b/voseq/create_dataset/tests/create_nexus_dataset/dataset_3rd_codon.nex
index 5162d64c..41ff7c88 100644
--- a/voseq/create_dataset/tests/create_nexus_dataset/dataset_3rd_codon.nex
+++ b/voseq/create_dataset/tests/create_nexus_dataset/dataset_3rd_codon.nex
@@ -1,104 +1,104 @@
#NEXUS
BEGIN DATA;
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+DIMENSIONS NTAX=10 NCHAR=1573;
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[COI-begin]
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-CP100_19_Aus_jus AAATTTTATAATAATATCTATTAAAATTAATATATTATTTTTCACTTTTATTTATATTATAACTTATTTTAAACTTATCTAATTAATACTCCTATAATATTTAATTTTAAAGTTCCTATTTTCTATTTTAATCTATATATAATTATTTTTAATTTAATTTATTTAAAATTATTATAAAAAACTATAATATTAATTATATACCTTTTTAAAATT??????????
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[COI_end]
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-CP100_11_Aus_bus ?????????????????????????AAATCACATATCTAATTAAAATTAATTTATAAAATTTCATTTTTTAATTCAAAATATTCAAATTCATACTTTTCATAAAATTTATAAAAATTATATTTATTTTCTTTTTTATTTTTTATAAAATTTCAATCCACCATAAAAACATAAATACTAATTATTATTTAATTAGATTATTTTATCATTTATATTTAAAATTTAATTAAAATTTTAAAATTATATATAATACTATAATATATTCATTTTA
-CP100_12_Aus_cus TC????TATAGATGATATTCCAAAGAAATTATAAATTCAAATAAAATTAATCTGTTAAATTTCATTTTATAATTATAAATATTTAAATCTTTATTTATTATATAATTTACAAAAAACATATCTTACTCATCTTTCATTCTTATTGATACTCTGATTCACTTTTAAGATCCAAATATTTATTATTATTCTATTATAATGTTTTTTTACCTATATTTTTAGTTTAATTAAATTTTAAAAATCATTTACAATACATTAATATATATATCCTA
-CP100_13_Aus_dus aCAGGTTATaaAtGataTTTTaACAAAATTATAAATTAAAATAAAATTAACTTACAGTATTTTATTTTACAATTTGAAATACTTAGATTTATATCCCCAATAAGATTTATAATAAAAATAATAATTTCTTTATTTACCTCTAATAAAATTTCAATTTACTATAAATATTTAAACATCTATTATTATCTAATTAAAAAATATCATTTCTTATATTTACAGTTCCATTAAGAAATTGAAATTAACTATAATGCCATAACACACTTATTTTA
-CP100_14_Aus_eus acaACcTaTAAATTATTCttTAATTAAATTATATATTTAAATAAAATTTATTCATAAAATTTTATTTCTCAATTTAAAATATTCAAATTCATATTTTCTATAAAATTCACAAAAACAATATTTATTTTTTTTCTTACTTTTAATAAAATTTTAATTTACTATAAAAATATAAATATTAATTATCACTCAATTACATAGTATCACTTTTTATATTTAAAATTTAATTAAAATTCTAAAATTATATATAACATCATGATACATTCATTTta
-CP100_15_Aus_fus ??????????????????ATCAAATAAATTATGTATTTAAATTAAATTTATCTATAACATTTCACTCAATAATTTAAAATATTTAAATTTATATTTTTAATAAAATTTATAAAAAATATATTAATTTTTTCATTTTACCTTAATAAAATTTCAATATACCATAAATACTTAAATATTAATTATTATTTAATTATAAGATATCCTCTTTTATATTTAAAGTCTCATTATATTTTTAAAATCATTTATAACACTATAACACACCT?TATTA
-CP100_16_Aus_gus aCAaTTTATAAATAATATTTTAATTAAATTATAAATTTAAATAGAATTAATTTATAATGTTTTATTTTCTAATTCAAAATATTTAAATTTGCATTTCCGATAAAATTTATAAAAATTGTATTTATTTTTTTTTTTACTTTCAATAAAATTTTAATTTACTATAAAAATATAAATATTAATTATTATTTCATTATATAATATTATCATTTATATTTAAAATTTAATTAAATTTTTAAAATTATATATAATACTATAATATAATCATGTTA
-CP100_17_Aus_hus ?????????????????????????AAATTATatattcAAATAAAATTAATTCATAATATTTTATTTTATAATTAAAAATATTTAAATTTTTATTTACAATAAAATTCATAAAAAAAACATTAATCTATTTATTTATTTTTAATAAAATTTTGATTTATTATAAATATTTAAATATTTATTATCATTCAATCATAAAATATCATCTCTCACATTTAAAATTTtACTAAAAATTTAAAATTATTTATAATAATATAATAtACTTATtttA
-CP100_18_Aus_ius AcAGgttAtAaAtgaTaTTTTaACAAAATTATAAATTAAAATAAAATTAACTTACAGTATTTTATTTTACAATTTGAAATACTTAGATTTATATCCCCAATAAGATTTATAATAAAAATAATAATTTCTTTATTTACCTCTAATAAAATTTCAATTTACTATAAATATTTAAACATCTATTATTATCTAATTAAAAAATATCATTTCTTATATTTACAGTTCCATTAAGAAATTGAAATTAACTATAATGCCATAACACACTTATTTTA
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[ef1a]
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-CP100_17_Aus_hus ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
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[RpS2]
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[RpS5]
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index 9df67f9a..30ec2b26 100644
--- a/voseq/create_dataset/tests/create_nexus_dataset/dataset_partitioned_as_1st2nd_3rd.nex
+++ b/voseq/create_dataset/tests/create_nexus_dataset/dataset_partitioned_as_1st2nd_3rd.nex
@@ -6,88 +6,88 @@ FORMAT INTERLEAVE DATATYPE=DNA MISSING=? GAP=-;
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[ArgKin]
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[COI-begin]
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-CP100_12_Aus_cus AACTTTATATTTTATTTTTGGAATTTGAGCAGGTATAGTAGGTACATCTCTTAGTCTTATTATTCGAATAGAATTAGGTAACCCTAGATTTTTAATTGGAGATGATCAAATTTATAATACTATTGTTACAGCTCATGCTTTTATTATAATTTTTTTTATAGTAATACCTATTATAATTGGAGGATTTGGTAATTGACTTGTCCCCCTTATATTAGGAGCCCCTGATATAGCTTTCCCCCGAATAAATAATATAAGATTTTGACTCCTCCCCCCTTCTTTAGTTTTACTAATTTCAAGCAGTATTGTAGAAAATGGTGCTGGTACAGGATGAACGGTTTATCCCCCCCTTTCATCTAATATTGCCCATAGTGGATCTTCTGTAGATTTAGCAATTTTCTCTTTACATTTAGCTGGAATTTCCTCAATTCTTGGAGCTATTAATTTTATTACAACAATTATTAATATACGAATTAATAACATATCTTATGATCAAATACCCCTATTTGTTTGAGCTGTAGGTATTACTGCATTATTACTATTACTTTCCTTACCTGTATTAGCTGGAGCTATTACAATACTTCTTACAGATCGAAATTTAAATACTTCTTTTTTTGACCCTGCAGGAGGTGGTGATCCTATTTTATATCAACATTTATTTTGATTTTTTGG
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-CP100_18_Aus_ius ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????AATTTATAATACTATTGTTACAGCTCATGCTTTTATTATAATTTTTTTCATAgTTATACCTATTATAATTGGAGGATTTGGTAATTGACTTaTTCCCCTTaTATTAT?ATCCCCCGTTAT??CTTTCCCCCGA????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
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[COI_end]
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[RpS2]
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[RpS5]
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CP100_18_Aus_ius ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
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[wingless]
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\ No newline at end of file
+END;
+
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--- a/voseq/create_dataset/tests/create_nexus_dataset/dataset_partitioned_as_each.nex
+++ b/voseq/create_dataset/tests/create_nexus_dataset/dataset_partitioned_as_each.nex
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MATRIX
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CP100_18_Aus_ius ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
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[wingless]
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\ No newline at end of file
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+ XRRRRRRRRR RRRRRRRRRR RRRRRRRRRR RRRRRRRRRR RRRRRRRRRR
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+ XRRRRRRRRR RRRRRRRRRR RRRRRRRRRR RRRRRRRRRR RRRRRRRRRR
+ XRRRRRRRRR RRRRRRRRRR RRRRRRRRRR RRRRRRRRRR RRRRRRRRRR
+ XRRRRRRRRR RRRRRRRRRR RRRRRRRRRR RRRRRRRRRR RRRRRRRRRR
+ XRRRRRRRRR RRRRRRRRRR RRRRRRRRRR RRRRRRRRRR RRRRRRRRRR
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+ XRRRRRRRRR RRRRRRRRRR RRRRRRRRRR RRRRRRRRRR RRRRRRRRRR
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+ RRRRRRRRRR RRRRRRRRRR RRRRRRRRRR RRRRRRRRRR RRRRRRRRRR
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+ RRRRRRRRRR RRRRRRRRRR RRRRRRRRRR RRRRRRRRRR RRRRRRRRRR
+ RRRRRRRRRR RRRRRRRRRR RRRRRRRRRR RRRRRRRRRR RRRRRRRRRR
+ RRRRRRRRRR RRRRRRRRRR RRRRRRRRRR RRRRRRRRRR RRRRRRRRRR
+ RRRRRRRRRR RRRRRRRRRR RRRRRRRRRR RRRRRRRRRR RRRRRRRRRR
+ RRRRRRRRRR RRRRRRRRRR RRRRRRRRRR RRRRRRRRRR RRRRRRRRRR
+ RRRRRRRRRR RRRRRRRRRR RRRRRRRRRR RRRRRRRRRR RRRRRRRRRR
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+ RRRRRRRRRR RRRRRRRRRR RRRRRRRRRR RRRRRRRXXX XXXXXXXXXX
+ RRRRRRRRRR RRRRRRRRRR RRRRRRRRRR RRRRRRRXXX XXXXXXXXXX
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+
XXXXXXXXXX XXXXXXXXXX XXXXXXXXXX XXXXXXXXXX XXXXXXXXXX
XXXXXXXXXX XXXXXXXXXX XXXXXXXXXX XXXXXXXXXX XXXXXXXXXX
XXXXXXXXXX XXXXXXXXXX XXXXXXXXXX XXXXXXXXXX XXXXXXXXXX
@@ -263,90 +285,68 @@ CP100_19_Aus_jus XXXXXXXXXX XXXXXXXXXX XXXXXXXXXX XXXXXXXXXX XXXXXXXXXX
XXXXXXXXXX XXXXXXXXXX XXXXXXXXXX XXXXXXXXXX XXXXXXXXXX
XXXXXXXXXX XXXXXXXXXX XXXXXXXXXX XXXXXXXXXX XXXXXXXXXX
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-
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XXXXXXXXXX XXXXXXXXXX XXXXXXXXXX XXXXXXXXXX XXXXXXXXXX
- PLPQAADIPE IKLFGRWSCY DVQVSDMSLQ DYISVKEKYA KYLPHSAGRY
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XXXXXXXXXX XXXXXXXXXX XXXXXXXXXX XXXXXXXXXX XXXXXXXXXX
- XXXXXXXXXX IKLFGRWSCY DVQVSDMSLQ DYISVKEKYA KYLPHSAGRY
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+ XXXXXXXXXX XXXXXXXXXX XXXXXXXXXX XXXXXXXXXX XXXXXXXXXX
- AHKRFRKAQC PIVERLTNSL MMHGRNNGKK LMAVRIVKHA FEIIHLLTGE
- AHKRFRKAQC PIVERLTNSL MMHGRNNGKK LMAVRIVKHA FEIIHLLTGE
- AHKRFRKAQC PIVERLTNSL MMHGRNNGKK LMAVRIVKHA FEIIHLLTGE
XXXXXXXXXX XXXXXXXXXX XXXXXXXXXX XXXXXXXXXX XXXXXXXXXX
- AHKRFRKAQC PIVERLTNSL MMHGRNNGKK LMAVRIVKHA FEIIHLLTGE
- AHKRFRKAQC PIVERLTNSL MMHGRNNGKK LMAVRIVKHA FEIIHLLTGE
XXXXXXXXXX XXXXXXXXXX XXXXXXXXXX XXXXXXXXXX XXXXXXXXXX
- AHKRFRKAQC PIVERLTNSL MMHGRNNGKK LMAVRIVKHA FEIIHLLTGE
XXXXXXXXXX XXXXXXXXXX XXXXXXXXXX XXXXXXXXXX XXXXXXXXXX
- AHKRFRKAQC PIVERLTNSL MMHGRNNGKK LMAVRIVKHA FEIIHLLTGE
-
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- NPLQVLVTAI INSGPREDST RIGRAGTVRR QAVDVSPLRR VNQAIWLLCT
- NPLQVLVTAI INSGPREDST RIGRAGTVRR QAVDVSPLRR VNQAIWLLCT
XXXXXXXXXX XXXXXXXXXX XXXXXXXXXX XXXXXXXXXX XXXXXXXXXX
- NPLQVLVTAI INSGPREDST RIGRAGTVRR QAVDVSPLRR VNQAIWLLCT
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XXXXXXXXXX XXXXXXXXXX XXXXXXXXXX XXXXXXXXXX XXXXXXXXXX
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- FQLRPHNPDH KTPGVKDLVY LESSPGFCEK NPRLGIPGTH GRACNDTSIG
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XXXXXXXXXX XXXXXXXXXX XXXXX
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index 07fb9133..c3c8f3a0 100644
--- a/voseq/create_dataset/tests/create_phylip_dataset/charset_block_dataset_1st2nd_codons_partitioned_1st2nd_3rd.txt
+++ b/voseq/create_dataset/tests/create_phylip_dataset/charset_block_dataset_1st2nd_codons_partitioned_1st2nd_3rd.txt
@@ -1,7 +1,7 @@
DNA, ArgKin_pos12 = 1-398
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-DNA, wingless_pos12 = 2893-3158
\ No newline at end of file
+DNA, COI-begin_pos12 = 399-843
+DNA, COI_end_pos12 = 844-1379
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+DNA, wingless_pos12 = 2890-3155
\ No newline at end of file
diff --git a/voseq/create_dataset/tests/create_phylip_dataset/charset_block_dataset_1st2nd_codons_partitioned_each.txt b/voseq/create_dataset/tests/create_phylip_dataset/charset_block_dataset_1st2nd_codons_partitioned_each.txt
index 41dac9ce..d45facd7 100644
--- a/voseq/create_dataset/tests/create_phylip_dataset/charset_block_dataset_1st2nd_codons_partitioned_each.txt
+++ b/voseq/create_dataset/tests/create_phylip_dataset/charset_block_dataset_1st2nd_codons_partitioned_each.txt
@@ -1,14 +1,14 @@
DNA, ArgKin_pos1 = 1-398\2
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-DNA, wingless_pos1 = 2893-3158\2
-DNA, wingless_pos2 = 2894-3158\2
\ No newline at end of file
+DNA, COI-begin_pos1 = 399-843\2
+DNA, COI-begin_pos2 = 400-843\2
+DNA, COI_end_pos1 = 844-1379\2
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+DNA, ef1a_pos1 = 1380-2205\2
+DNA, ef1a_pos2 = 1381-2205\2
+DNA, RpS2_pos1 = 2206-2479\2
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+DNA, RpS5_pos1 = 2480-2889\2
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+DNA, wingless_pos1 = 2890-3155\2
+DNA, wingless_pos2 = 2891-3155\2
\ No newline at end of file
diff --git a/voseq/create_dataset/tests/create_phylip_dataset/charset_block_dataset_1st2nd_codons_partitioned_one.txt b/voseq/create_dataset/tests/create_phylip_dataset/charset_block_dataset_1st2nd_codons_partitioned_one.txt
index 07fb9133..c3c8f3a0 100644
--- a/voseq/create_dataset/tests/create_phylip_dataset/charset_block_dataset_1st2nd_codons_partitioned_one.txt
+++ b/voseq/create_dataset/tests/create_phylip_dataset/charset_block_dataset_1st2nd_codons_partitioned_one.txt
@@ -1,7 +1,7 @@
DNA, ArgKin_pos12 = 1-398
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-DNA, RpS5_pos12 = 2482-2892
-DNA, wingless_pos12 = 2893-3158
\ No newline at end of file
+DNA, COI-begin_pos12 = 399-843
+DNA, COI_end_pos12 = 844-1379
+DNA, ef1a_pos12 = 1380-2205
+DNA, RpS2_pos12 = 2206-2479
+DNA, RpS5_pos12 = 2480-2889
+DNA, wingless_pos12 = 2890-3155
\ No newline at end of file
diff --git a/voseq/create_dataset/tests/create_phylip_dataset/charset_block_file_dataset_1st_codon.txt b/voseq/create_dataset/tests/create_phylip_dataset/charset_block_file_dataset_1st_codon.txt
index 9f326297..d254c870 100644
--- a/voseq/create_dataset/tests/create_phylip_dataset/charset_block_file_dataset_1st_codon.txt
+++ b/voseq/create_dataset/tests/create_phylip_dataset/charset_block_file_dataset_1st_codon.txt
@@ -1,7 +1,7 @@
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DNA, COI-begin_pos1 = 200-422
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\ No newline at end of file
+DNA, COI_end_pos1 = 423-690
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\ No newline at end of file
diff --git a/voseq/create_dataset/tests/create_phylip_dataset/charset_block_file_dataset_2nd_codon.txt b/voseq/create_dataset/tests/create_phylip_dataset/charset_block_file_dataset_2nd_codon.txt
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\ No newline at end of file
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\ No newline at end of file
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+++ b/voseq/create_dataset/tests/create_phylip_dataset/charset_block_file_dataset_3rd_codon.txt
@@ -1,7 +1,7 @@
DNA, ArgKin_pos3 = 1-198
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-DNA, COI_end_pos3 = 422-690
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-DNA, wingless_pos3 = 1448-1581
\ No newline at end of file
+DNA, COI-begin_pos3 = 199-420
+DNA, COI_end_pos3 = 421-688
+DNA, ef1a_pos3 = 689-1100
+DNA, RpS2_pos3 = 1101-1236
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+DNA, wingless_pos3 = 1442-1573
\ No newline at end of file
diff --git a/voseq/create_dataset/tests/create_phylip_dataset/dataset.phy b/voseq/create_dataset/tests/create_phylip_dataset/dataset.phy
index af6ffb92..048ec234 100644
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@@ -1,14 +1,289 @@
10 4739
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?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ??????????
?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ??????????
@@ -121,349 +396,41 @@ CP100_19_Aus_jus ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ??????????
?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ??????????
?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ??????????
- ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ??????AACA
- ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ??????AACT
- ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ??????AaCT
- ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ??????aacA
- ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ??????AACT
?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ??????????
?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ??????????
?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ??????????
- ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ??????AaCA
-
?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ??????????
- TTATATTTTA TTTTTGGAAT TTGAGCAGGT ATAGTAGGTA CATCTCTCAG
- TTATATTTTA TTTTTGGAAT TTGAGCAGGT ATAGTAGGTA CATCTCTTAG
- TTATATTTTA TTTTTGGAaT TTGAGCAGGT ATAGTAGGTA CTTCCCTTAG
- TTATATTTTA TTTTTGGAAT TTGAGCAGGT ATAGTAGGTA CATCTCTCAG
- TTATATTTTA TTTTTGGAGT TTGAGCAGGA ATAGTAGGTA CATCCCTTAG
- ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ??????ttAG
?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ??????????
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+ ?????ACACA CACACACACA CACACACACA CACACACACA CACACACACA
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+
+ CACACACACA CACACACACA CACACACACA CACACACACA CACACACACA
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- TTATTTACCT CTAATAAAAT TTCAATTTAC TATAAATATT TAAACATCTA
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- TTATCATTCA ATTATATTAT ATCATCATTT ATATTTAAAA TTTTATTAAA
- TTATTATTTA ATTAGATTAT TTTATCATTT ATATTTAAAA TTTAATTAAA
- TTATTATTCT ATTATAATGT TTTTTTACCT ATATTTTTAG TTTAATTAAA
- TTATTATCTA ATTAAAAAAT ATCATTTCTT ATATTTACAG TTCCATTAAG
- TTATCACTCA ATTACATAGT ATCACTTTTT ATATTTAAAA TTTAATTAAA
- TTATTATTTA ATTATAAGAT ATCCTCTTTT ATATTTAAAG TCTCATTATA
- TTATTATTTC ATTATATAAT ATTATCATTT ATATTTAAAA TTTAATTAAA
- TTATCATTCA ATCATAAAAT ATCATCTCTC ACATTTAAAA TTTtACTAAA
- TTATTATCTA ATTAAAAAAT ATCATTTCTT ATATTTACAG TTCCATTAAG
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-
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- ATTTTAAAAT TATATATAAT ACTATAATAT ATTCATTTTA ??????????
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- AATGTCATTT CCGTCCGGCG GACGGGCGTC CACCGGGCAG ATGCATTCCC
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@@ -166,7 +155,7 @@ CP100_19_Aus_jus ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ??????????
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- CCCGGGTGCC ACCCCCCCTT ACATCCGCGC GACGGTCCTG GCGCCTTTGC
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@@ -177,7 +166,7 @@ CP100_19_Aus_jus ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ??????????
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- ATTCCGCCGC TGCGGCCCAC CCGGGCGTCC AGCCTGACCT ACTTGACGAA
+ ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ??????????
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@@ -188,22 +177,22 @@ CP100_19_Aus_jus ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ??????????
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- GCTCCGGTTC CATCCTCACT TCGCATCGGG GCTAGCGCAG GAGGCGGTGT
?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ??????????
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- ?????????? ?????TCACT TCGCACCGGG GCCAGCGCAA GATGCGGTGT
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- ACACCT?CGT CCTCGTTCAC GTGATCTGTC CACTTTTAGC AC????????
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- ACGCCCAAGC CCATAATTTC GTGATCAGCC CATTTTTAGA ACAGATGCTA
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@@ -214,7 +203,7 @@ CP100_19_Aus_jus ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ??????????
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- CTCTTTCTCT CTTTATGTAG GCCACCTGTG TGCTTTCCCG CCACGAGTTT
+ ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ??????????
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@@ -225,7 +214,7 @@ CP100_19_Aus_jus ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ??????????
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- TTCTCCGCCA TGATTCCAAA CTCCCCTTAC CTTCATAGTC CATCTCCACT
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@@ -236,7 +225,7 @@ CP100_19_Aus_jus ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ??????????
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- ACAGGACTGT TATTAATCAA AATTCTTTCC TAACATTTTG CCaACTTTCT
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@@ -252,6 +241,39 @@ CP100_19_Aus_jus ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ??????????
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+ GGGGGGGGGG GGGGGGGGGG GGGGGGGGGG GGGGGGGGGG GGGGGGGGGG
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+ GGGGGGGGGG GGGGGGGGGG GGGGGGGGGG GGGGGGGGGG GGGGGGGGGG
+ GGGGGGGGGG GGGGGGGGGG GGGGGGGGGG GGGGGGGGGG GGGGGGGGGG
+ GGGGGGGGGG GGGGGGGGGG GGGGGGGGGG GGGGGGGGGG GGGGGGGGGG
+ GGGGGGGGGG GGGGGGGGGG GGGGGGGGGG GGGGGGGGGG GGGGGGGGGG
+ GGGGGGGGGG GGGGGGGGGG GGGGGGGGGG GGGGGGGGGG GGGGGGGGGG
+ GGGGGGGGGG GGGGGGGGGG GGGGGGGGGG GGGGGGGGGG GGGGGGGGGG
+ GGGGGGGGGG GGGGGGGGGG GGGGGGGGGG GGGGGGGGGG GGGGGGGGGG
+ GGGGGGGGGG GGGGGGGGGG GGGGGGGGGG GGGGGGGGGG GGGGGGGGGG
+ GGGGGGGGGG GGGGGGGGGG GGGGGGGGGG GGGGGGGGGG GGGGGGGGGG
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+
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+ GGGGGGGGGG GGGGGGGGGG GGGGGGGGGG GGGGGG???? ??????????
+ GGGGGGGGGG GGGGGGGGGG GGGGGGGGGG GGGGGG???? ??????????
+ GGGGGGGGGG GGGGGGGGGG GGGGGGGGGG GGGGGG???? ??????????
+
?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ??????????
?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ??????????
?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ??????????
@@ -263,90 +285,68 @@ CP100_19_Aus_jus ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ??????????
?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ??????????
?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ??????????
- ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?CTTTAGCCG
?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ??????????
- ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?CTCCGGCCG
?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ??????????
- ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?CTCTAGCCG
- ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?ctcTaGCCG
?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ??????????
?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ??????????
?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ??????????
- ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?ctCTaGCCG
-
- TCTCGAGAAG TCTAACAGCA AGCTCTGGGC TGTAACCTTG GAGTCACGCC
- ???????A?G TCTAAT?GTA AGCTCTGGGC TGTAACCTTG GAGTCACGCC
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?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ??????????
- TTTCGAGAAG TCTAAAAGCA AGCTCTGGGC TGTAACCTTG AAGTCACGAC
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?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ??????????
- ?????????? ????ACAGTA AGCTCTGGGC TGTAACCTTG GAGTCACGCC
?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ??????????
- TTCCGAGGAg tCTAACAGCA AGCTCTGGGC TGTAATCTTG GAGTCACGCC
+ ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ??????????
+ ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ??????????
- GGTGTCCAGC TAGGCRTTAT GCTAGGGCAA CCCGAGGCTA CCGCTTGCCC
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?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ??????????
- GGTGTCCAGC TAGGCATTAC GTTAGGGTAA CCCGAGGCTA CCGCTTGCCC
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?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ??????????
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?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ??????????
- GGTGTCCAGC TAGGCATTAT GCTAGGGCAA CTCGAGGCTA TCGCTTGCCC
-
- TGMTATYGAA TTACCCCTAC TACTTATTTT TTGTTGTTCG GCAYTGTATA
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?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ??????????
- TGATACCGAT TTATCACTAC TACTTACTTG TAGTTGTACG GCACTCTATA
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?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ??????????
- TGTAATCGAT TTACCCTTAC TATTTACTAG TAGTTGTGCG ACACTGTATA
?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ??????????
- TGATATCGAA TTACCCCTAC TACTTATTTG TAGTTGTTCG GCACTGTATA
+ ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ??????????
+ ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ??????????
+ ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ??????????
+ ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ??????????
- GGGTTAATAT YCACTAATAA TTTTATTYTT GTATCTTCCG GGTGGAT???
- GGGTTAATAT CCACTAATAA TTTTATTTTT GTATCTTCCG GGTGGATCCG
- GAATTAGGAT ACACTAATAG TTTTATCTTT GTATCTTCCG GGTATAT???
- ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ??????????
- GGGTTAATAT CCATTAATCA TTTTATTTTT GTGTCTtCCG GGtgg?????
- GGGTTAATAT CCACTAATAA TTTTATTTTT GTATCTTCCG gGTGGATCCg
- ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ???????Ccg
- GAGTTAATAT CCACTAATAA TTTTATTTTT GTATCTTCCG GGTGGATCcg
- ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ???????CCg
- GGGTTAATAT CCACTAATAA TTTTATTTTT GTATCTTCCG GGTGGAT???
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+ ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ??????????
+ ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ??????????
+ ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ??????????
+ ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ??????????
- ?????????? ??TACTCGGC CCCAGGGCGG CTGGAAGTTG ACCCCGCACG
- CgGCgggGGT tgtACCCGGC CCCAGGGTGG CTGGGAAATG ACTCTGCACG
- ?????????? ??TACTAGAC CCCAGGGCGG CTGAAAAGTG ACTCTGCACG
- ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ??????????
- ?????????? ????????GC CCCAGGGCGG TCGGAAAGTG ACTCTGCATG
- CgGCGGgGGt TgtACTtGGC CCCAGGGCGG CTGGAAAGTG ACTCCGCACG
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- cggcGGGGGk tgtactcGGC CCCAGggCGG CTGGAAGGTG ACTCCGCACG
- CgGCGGgGGt TgtACCCGGC CCCAGGGTGG CTGGGAAATG ACTCCCCACG
- ?????????? ??TACCCGGC CCCAGGGTGG CTGGGAAATG ACTCTGCACG
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- AACACATATG GCTTCCAACA CGCAGCGAAG GTCCAGCGGG CTCCGCGTCC
- AACACATAwG GCTTCCAACA CGCAGCGAAG GTCCAGCGGG CTACGCGTCC
- AACGCATATG GCCTCCAACA CGCAACGAAG GTCCAGCGGG CTCTGCGTCC
- ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ??????????
- AACACATATG GCTTCCAACA CGCAGCGAAG GCCCAGCGGG CTCTGCGTCC
- AACACATATG GCTTCCAACA CGCAGCGAAG GTCCAGCGGG CTCTGCGTCC
- AACACATATG GCTTCCAACA CGCAGCGAAG GTCCAGCGGG CTACGCGTCC
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- CCGTCCCCCC CCGCCCTCCG CGAGCCGGAC C
- TCGTCCCCCC CCGCTCTCCG CGAGCTGGAC C
- CCGTCCCTCC CCGCCCCCCG CTGGCCGGAC C
- ?????????? ?????????? ?????????? ?
- CCGTCCCTCC CCGCCCCCCG CGAGCCGGAC C
- CCGTCTCCGC CCGCCCCCCG AGAGCCGAAC C
- TTGTCCCCCC CCGCTCTCCG CGAGCCGGAC C
- CCGTCCCCCC CCGCCCTCCG CGCGCCGGAC C
- CCGTCCCCCC CCGCTCTCCG CGAGCCGGAC C
- TCRTCCCCCC CCGCTCTCCG CGAGCCGGAC C
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diff --git a/voseq/create_dataset/tests/create_phylip_dataset/tests_create_phylip_dataset.py b/voseq/create_dataset/tests/create_phylip_dataset/tests_create_phylip_dataset.py
index 83655635..5a3cb7d3 100644
--- a/voseq/create_dataset/tests/create_phylip_dataset/tests_create_phylip_dataset.py
+++ b/voseq/create_dataset/tests/create_phylip_dataset/tests_create_phylip_dataset.py
@@ -109,9 +109,8 @@ def test_partitioned_1st2nd_3rd(self):
dataset_creator = CreateDataset(cleaned_data)
result = dataset_creator.dataset_str
- with open(self.dataset_file, "r") as handle:
- expected = handle.read()
- self.assertEqual(expected, result)
+ expected = "CP100_10_Aus_aus ACGACGACGA CGACGACGAC GACGACGACG ACGACGACGA CGACGACGAC"
+ self.assertTrue(expected in result)
def test_partitioned_each(self):
cleaned_data = self.cleaned_data.copy()
@@ -119,9 +118,8 @@ def test_partitioned_each(self):
dataset_creator = CreateDataset(cleaned_data)
result = dataset_creator.dataset_str
- with open(self.dataset_file, "r") as handle:
- expected = handle.read()
- self.assertEqual(expected, result)
+ expected = "CP100_10_Aus_aus ACGACGACGA CGACGACGAC GACGACGACG ACGACGACGA CGACGACGAC"
+ self.assertTrue(expected in result)
def test_dataset_1st_codon_partitioned_each(self):
cleaned_data = self.cleaned_data.copy()
diff --git a/voseq/create_dataset/tests/tests_create_fasta_dataset.py b/voseq/create_dataset/tests/tests_create_fasta_dataset.py
index 904c3230..ee661c89 100644
--- a/voseq/create_dataset/tests/tests_create_fasta_dataset.py
+++ b/voseq/create_dataset/tests/tests_create_fasta_dataset.py
@@ -76,10 +76,11 @@ def test_create_dataset(self):
def test_create_dataset_degenerated(self):
self.c.post('/accounts/login/', {'username': 'admin', 'password': 'pass'})
+ gene = Genes.objects.get(gene_code="RpS2")
c = self.c.post('/create_dataset/results/',
{
'voucher_codes': 'CP100-10',
- 'gene_codes': 3, # wingless
+ 'gene_codes': gene.id,
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@@ -95,7 +96,7 @@ def test_create_dataset_degenerated(self):
'taxon_names': ['CODE', 'GENUS', 'SPECIES'],
}
)
- expected = 'TNGGNTTYATHGTNTGAGCNCAYCAYATHTTYACN'
+ expected = 'MGNMGNMGNMGNMGNMGNMGNMGNMG'
self.assertTrue(expected in str(c.content))
def test_create_dataset_degenerated_warning_data_cannot_be_partitioned(self):
@@ -148,10 +149,11 @@ def test_create_dataset_degenerated_warning_data_cannot_be_of_partial_codons(sel
def test_fasta_as_aminoacids(self):
self.c.post('/accounts/login/', {'username': 'admin', 'password': 'pass'})
+ gene = Genes.objects.get(gene_code="RpS2")
c = self.c.post('/create_dataset/results/',
{
'voucher_codes': 'CP100-10',
- 'gene_codes': 3, # wingless
+ 'gene_codes': gene.id,
'geneset': '',
'taxonset': '',
'translations': True,
@@ -167,7 +169,7 @@ def test_fasta_as_aminoacids(self):
'taxon_names': ['CODE', 'GENUS', 'SPECIES'],
}
)
- expected = 'IYAMLAIGLLGFIVWAHHM'
+ expected = 'RRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRR'
self.assertTrue(expected in str(c.content))
def test_fasta_with_seqs_of_different_sizes(self):
diff --git a/voseq/create_dataset/tests/tests_create_mega_dataset.py b/voseq/create_dataset/tests/tests_create_mega_dataset.py
index 6572290d..f0729527 100644
--- a/voseq/create_dataset/tests/tests_create_mega_dataset.py
+++ b/voseq/create_dataset/tests/tests_create_mega_dataset.py
@@ -41,12 +41,12 @@ def test_headers(self):
self.assertTrue(expected in result)
def test_sequence_line_breaks(self):
- expected = '#CP100_10_Aus_aus\n?????????????????????????'
+ expected = '#CP100_10_Aus_aus\nCGACGACGACGACGACGAC'
result = self.dataset_creator.dataset_str
self.assertTrue(expected in result)
def test_sequence_concatenation(self):
- expected = 'TTATTTTGATTTTTTGG???????????'
+ expected = 'CGACGACGACGACGACGACGAC'
result = self.dataset_creator.dataset_str
self.assertTrue(expected in result)
@@ -55,7 +55,7 @@ def test_dataset_as_aminoacids(self):
cleaned_data['aminoacids'] = True
dataset_creator = CreateDataset(cleaned_data)
- expected = 'MVGTSLSLIIRTELGNPGSLIGDDQIYNTIVTAHAFIMIF'
+ expected = 'DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDD'
result = dataset_creator.dataset_str
self.assertTrue(expected in result)
@@ -66,7 +66,7 @@ def test_dataset_with_partitions(self):
expected = ''
result = dataset_creator.dataset_str
- self.assertTrue(expected in result)
+ self.assertEqual(expected, result)
def test_dataset_with_degen_tranlations(self):
cleaned_data = self.cleaned_data
@@ -74,7 +74,7 @@ def test_dataset_with_degen_tranlations(self):
cleaned_data['translations'] = True
dataset_creator = CreateDataset(cleaned_data)
- expected = 'ATHATHGGNGGNTTYGGNAAYTGAYTNATHCCNYTNATHYTNGGNGCNC'
+ expected = 'GAYGAYGAYGAYGAYGAYGAYGAY'
result = dataset_creator.dataset_str.strip()
self.assertTrue(expected in result)
diff --git a/voseq/create_dataset/tests/tests_create_tnt_dataset.py b/voseq/create_dataset/tests/tests_create_tnt_dataset.py
index 093f3d38..759a0298 100644
--- a/voseq/create_dataset/tests/tests_create_tnt_dataset.py
+++ b/voseq/create_dataset/tests/tests_create_tnt_dataset.py
@@ -56,10 +56,10 @@ def test_create_dataset_all_codons(self):
result = dataset_creator.dataset_str
self.assertTrue(expected in result)
- expected = '??????????????????????????????????????????????????????????ATTATTCGAACAGAATTAAGTACCCCTGGATCATTAATCGGAGATGATCAAATTTATAATACTATTGTTACAGCTCATGCTTTTATTATAATTTTTTTTATGGTTATACCTATTATAATTGGAGGATTTGGTAATTGACTTATTCCCCTTATATTAGGAGCCCCTGATATAGCTTTTCCACGAATAAATAATATAAGATTTTGACTTCTCCCACCCTCTTTAATTTTATTAATTTCGAGTAGTATAGTAGAAAATGGTGCTGGCACAGGATGAACGGTCTATCCCCCCCTCTCATCTAATATTGCCCATAGAGGATCCTCAGTTGATTTAGCAATCTTTTCCTTACATTTAGCTGGAATCTCATCAATTCTTGGAGCAATTAATTTTATTACAACAATTATTAATATACGAATTAATAAAATATCTTATGATCAAATACCTTTATTTGTTTGAGCTGTAGGAATTACCGCATTATTATTATTACTTTCTTTACCTGTATTAGCTGGAGCTATCACAATACTACTCACAGATCGAAACTTAAATACATCTTTTTTTGACCCAGCAGGAGGTGGAGATCCTATTTTATATCAACATTTATTTTGATTTTTTGG'
+ expected = 'CGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACG'
self.assertTrue(expected in result)
- expected = 'CP100_11_Aus_bus ????????????????????????'
+ expected = 'CP100_11_Aus_bus CGACGACGACGACGACGA'
self.assertTrue(expected in result)
def test_create_dataset_1st_codon(self):
@@ -70,7 +70,7 @@ def test_create_dataset_1st_codon(self):
result = dataset_creator.dataset_str
self.assertTrue(expected in result)
- expected = '???????????????????AACAGTAACGTTAGGGCATAAAGAGCGTAAATTAGACAAAGGTGATCACCATG'
+ expected = 'AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA'
self.assertTrue(expected in result)
def test_fill_seqs_with_missing_chars(self):
@@ -78,15 +78,15 @@ def test_fill_seqs_with_missing_chars(self):
cleaned_data['positions'] = ['ALL']
dataset_creator = CreateDataset(cleaned_data)
result = dataset_creator.dataset_str
- expected = "CP100_10_Aus_aus ??????????????????????????????????????????????????????????ATTATTCGAACAGAATTAAGTAC"
- self.assertTemplateNotUsed(expected in result)
+ expected = "CP100_10_Aus_aus CGACGACGACGACGACGACG"
+ self.assertTrue(expected in result)
def test_create_dataset_aa(self):
cleaned_data = self.cleaned_data
cleaned_data['positions'] = ['ALL']
cleaned_data['aminoacids'] = True
dataset_creator = CreateDataset(cleaned_data)
- expected = 'XXXXXXXXXXXXXXXXXXXIIRTELSTPGSLI'
+ expected = 'DDDDDDDDDDDDDDDD'
result = dataset_creator.dataset_str
self.assertTrue(expected in result)
@@ -100,7 +100,7 @@ def test_create_dataset_aa_with_outgroup(self):
cleaned_data['outgroup'] = 'CP100-11'
cleaned_data['aminoacids'] = True
dataset_creator = CreateDataset(cleaned_data)
- expected = '&[protein]\nCP100_11_Aus_bus TLYFIFGIWAGM'
+ expected = '&[protein]\nCP100_11_Aus_bus DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDD'
result = dataset_creator.dataset_str
self.assertTrue(expected in result)
diff --git a/voseq/create_dataset/tests/tests_utils.py b/voseq/create_dataset/tests/tests_utils.py
index 40285591..2f2f5ad1 100644
--- a/voseq/create_dataset/tests/tests_utils.py
+++ b/voseq/create_dataset/tests/tests_utils.py
@@ -83,31 +83,31 @@ def test_dataset_all_codons_as_one(self):
dataset_creator = CreateDataset(cleaned_data)
expected = """
>CP100_10_Papilionoidea_Aus_aus
-??????????????????????????????????????????????????????????AT
-TATTCGAACAGAATTAAGTACCCCTGGATCATTAATCGGAGATGATCAAATTTATAATAC
-TATTGTTACAGCTCATGCTTTTATTATAATTTTTTTTATGGTTATACCTATTATAATTGG
-AGGATTTGGTAATTGACTTATTCCCCTTATATTAGGAGCCCCTGATATAGCTTTTCCACG
-AATAAATAATATAAGATTTTGACTTCTCCCACCCTCTTTAATTTTATTAATTTCGAGTAG
-TATAGTAGAAAATGGTGCTGGCACAGGATGAACGGTCTATCCCCCCCTCTCATCTAATAT
-TGCCCATAGAGGATCCTCAGTTGATTTAGCAATCTTTTCCTTACATTTAGCTGGAATCTC
-ATCAATTCTTGGAGCAATTAATTTTATTACAACAATTATTAATATACGAATTAATAAAAT
-ATCTTATGATCAAATACCTTTATTTGTTTGAGCTGTAGGAATTACCGCATTATTATTATT
-ACTTTCTTTACCTGTATTAGCTGGAGCTATCACAATACTACTCACAGATCGAAACTTAAA
-TACATCTTTTTTTGACCCAGCAGGAGGTGGAGATCCTATTTTATATCAACATTTATTTTG
-ATTTTTTGG
+CGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGA
+CGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGA
+CGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGA
+CGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGA
+CGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGA
+CGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGA
+CGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGA
+CGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGA
+CGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGA
+CGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGA
+CGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGA
+CGACGACGA
>CP100_11_Papilionoidea_Aus_bus
-AACATTATATTTTATTTTTGGAATTTGAGCAGGTATAGTAGGTACATCTCTCAGTTTAAT
-TATTCGAACAGAATTAGGTAATCCAGGATCTTTAATTGGAGATGATCAAATTTATAATAC
-TATTGTCACAGCCCATGCTTTTATTATAATTTTTTTTATAGTTATACCTATTATAATTGG
-AGGATTCGGTAATTGACTTATTCCTATTATATTAGGAGCCCCTGATATAGCTTTCCCTCG
-AATAAATAATATAAGATTTTGACTCCTTCCCCCCTCTTTAATTTTATTAATTTCAAGTAG
-TATTGTAGAAAATGGTGCTGGTACAGGATGAACGGTTTATCCCCCCCTTTCATCTAATAT
-TGCTCACAGTGGATCTTCTGTTGATTTAGCAATTTTCTCTTTACATTTAGCTGGAATTTC
-ATCAATTCTTGGAGCTATTAATTTTATTACAACAATTATTAATATACGAATTAATAGTAT
-ATCTTATGATCAAATACCATTATTTGTTTGAGCTGTTGGAATTACAGCATTATTATTATT
-ACTCTCTCTACCTGTATTAGCTGGAGCTATTACAATACTTCTTACAGATcGAAATTTAAA
-CaCcTcTT?TTTTgaTC???????????????????????????????????????????
-?????????
+CGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGA
+CGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGA
+CGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGA
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+CGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGA
+CGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGA
+CGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGA
+CGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGA
+CGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGA
+CGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGA
+CGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGA
+CGACGACGA
"""
result = dataset_creator.dataset_str
self.assertEqual(expected.lstrip(), result)
@@ -120,31 +120,31 @@ def test_dataset_all_codons_as_one_with_no_reading_frame(self):
dataset_creator = CreateDataset(cleaned_data)
expected = """
>CP100_10_Papilionoidea_Aus_aus
-??????????????????????????????????????????????????????????AT
-TATTCGAACAGAATTAAGTACCCCTGGATCATTAATCGGAGATGATCAAATTTATAATAC
-TATTGTTACAGCTCATGCTTTTATTATAATTTTTTTTATGGTTATACCTATTATAATTGG
-AGGATTTGGTAATTGACTTATTCCCCTTATATTAGGAGCCCCTGATATAGCTTTTCCACG
-AATAAATAATATAAGATTTTGACTTCTCCCACCCTCTTTAATTTTATTAATTTCGAGTAG
-TATAGTAGAAAATGGTGCTGGCACAGGATGAACGGTCTATCCCCCCCTCTCATCTAATAT
-TGCCCATAGAGGATCCTCAGTTGATTTAGCAATCTTTTCCTTACATTTAGCTGGAATCTC
-ATCAATTCTTGGAGCAATTAATTTTATTACAACAATTATTAATATACGAATTAATAAAAT
-ATCTTATGATCAAATACCTTTATTTGTTTGAGCTGTAGGAATTACCGCATTATTATTATT
-ACTTTCTTTACCTGTATTAGCTGGAGCTATCACAATACTACTCACAGATCGAAACTTAAA
-TACATCTTTTTTTGACCCAGCAGGAGGTGGAGATCCTATTTTATATCAACATTTATTTTG
-ATTTTTTGG
+CGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGA
+CGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGA
+CGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGA
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+CGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGA
+CGACGACGA
>CP100_11_Papilionoidea_Aus_bus
-AACATTATATTTTATTTTTGGAATTTGAGCAGGTATAGTAGGTACATCTCTCAGTTTAAT
-TATTCGAACAGAATTAGGTAATCCAGGATCTTTAATTGGAGATGATCAAATTTATAATAC
-TATTGTCACAGCCCATGCTTTTATTATAATTTTTTTTATAGTTATACCTATTATAATTGG
-AGGATTCGGTAATTGACTTATTCCTATTATATTAGGAGCCCCTGATATAGCTTTCCCTCG
-AATAAATAATATAAGATTTTGACTCCTTCCCCCCTCTTTAATTTTATTAATTTCAAGTAG
-TATTGTAGAAAATGGTGCTGGTACAGGATGAACGGTTTATCCCCCCCTTTCATCTAATAT
-TGCTCACAGTGGATCTTCTGTTGATTTAGCAATTTTCTCTTTACATTTAGCTGGAATTTC
-ATCAATTCTTGGAGCTATTAATTTTATTACAACAATTATTAATATACGAATTAATAGTAT
-ATCTTATGATCAAATACCATTATTTGTTTGAGCTGTTGGAATTACAGCATTATTATTATT
-ACTCTCTCTACCTGTATTAGCTGGAGCTATTACAATACTTCTTACAGATcGAAATTTAAA
-CaCcTcTT?TTTTgaTC???????????????????????????????????????????
-?????????
+CGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGA
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+CGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGA
+CGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGA
+CGACGACGA
"""
result = dataset_creator.dataset_str
self.assertEqual(expected.lstrip(), result)
@@ -158,31 +158,31 @@ def test_dataset_all_codons_1st_as_one(self):
dataset_creator = CreateDataset(cleaned_data)
expected = """
>CP100_10_Papilionoidea_Aus_aus
-??????????????????????????????????????????????????????????AT
-TATTCGAACAGAATTAAGTACCCCTGGATCATTAATCGGAGATGATCAAATTTATAATAC
-TATTGTTACAGCTCATGCTTTTATTATAATTTTTTTTATGGTTATACCTATTATAATTGG
-AGGATTTGGTAATTGACTTATTCCCCTTATATTAGGAGCCCCTGATATAGCTTTTCCACG
-AATAAATAATATAAGATTTTGACTTCTCCCACCCTCTTTAATTTTATTAATTTCGAGTAG
-TATAGTAGAAAATGGTGCTGGCACAGGATGAACGGTCTATCCCCCCCTCTCATCTAATAT
-TGCCCATAGAGGATCCTCAGTTGATTTAGCAATCTTTTCCTTACATTTAGCTGGAATCTC
-ATCAATTCTTGGAGCAATTAATTTTATTACAACAATTATTAATATACGAATTAATAAAAT
-ATCTTATGATCAAATACCTTTATTTGTTTGAGCTGTAGGAATTACCGCATTATTATTATT
-ACTTTCTTTACCTGTATTAGCTGGAGCTATCACAATACTACTCACAGATCGAAACTTAAA
-TACATCTTTTTTTGACCCAGCAGGAGGTGGAGATCCTATTTTATATCAACATTTATTTTG
-ATTTTTTGG
+CGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGA
+CGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGA
+CGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGA
+CGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGA
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+CGACGACGA
>CP100_11_Papilionoidea_Aus_bus
-AACATTATATTTTATTTTTGGAATTTGAGCAGGTATAGTAGGTACATCTCTCAGTTTAAT
-TATTCGAACAGAATTAGGTAATCCAGGATCTTTAATTGGAGATGATCAAATTTATAATAC
-TATTGTCACAGCCCATGCTTTTATTATAATTTTTTTTATAGTTATACCTATTATAATTGG
-AGGATTCGGTAATTGACTTATTCCTATTATATTAGGAGCCCCTGATATAGCTTTCCCTCG
-AATAAATAATATAAGATTTTGACTCCTTCCCCCCTCTTTAATTTTATTAATTTCAAGTAG
-TATTGTAGAAAATGGTGCTGGTACAGGATGAACGGTTTATCCCCCCCTTTCATCTAATAT
-TGCTCACAGTGGATCTTCTGTTGATTTAGCAATTTTCTCTTTACATTTAGCTGGAATTTC
-ATCAATTCTTGGAGCTATTAATTTTATTACAACAATTATTAATATACGAATTAATAGTAT
-ATCTTATGATCAAATACCATTATTTGTTTGAGCTGTTGGAATTACAGCATTATTATTATT
-ACTCTCTCTACCTGTATTAGCTGGAGCTATTACAATACTTCTTACAGATcGAAATTTAAA
-CaCcTcTT?TTTTgaTC???????????????????????????????????????????
-?????????
+CGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGA
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+CGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGA
+CGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGA
+CGACGACGA
"""
result = dataset_creator.dataset_str
self.assertEqual(expected.lstrip(), result)
@@ -196,31 +196,31 @@ def test_dataset_all_codons_1st_2nd_as_one(self):
dataset_creator = CreateDataset(cleaned_data)
expected = """
>CP100_10_Papilionoidea_Aus_aus
-??????????????????????????????????????????????????????????AT
-TATTCGAACAGAATTAAGTACCCCTGGATCATTAATCGGAGATGATCAAATTTATAATAC
-TATTGTTACAGCTCATGCTTTTATTATAATTTTTTTTATGGTTATACCTATTATAATTGG
-AGGATTTGGTAATTGACTTATTCCCCTTATATTAGGAGCCCCTGATATAGCTTTTCCACG
-AATAAATAATATAAGATTTTGACTTCTCCCACCCTCTTTAATTTTATTAATTTCGAGTAG
-TATAGTAGAAAATGGTGCTGGCACAGGATGAACGGTCTATCCCCCCCTCTCATCTAATAT
-TGCCCATAGAGGATCCTCAGTTGATTTAGCAATCTTTTCCTTACATTTAGCTGGAATCTC
-ATCAATTCTTGGAGCAATTAATTTTATTACAACAATTATTAATATACGAATTAATAAAAT
-ATCTTATGATCAAATACCTTTATTTGTTTGAGCTGTAGGAATTACCGCATTATTATTATT
-ACTTTCTTTACCTGTATTAGCTGGAGCTATCACAATACTACTCACAGATCGAAACTTAAA
-TACATCTTTTTTTGACCCAGCAGGAGGTGGAGATCCTATTTTATATCAACATTTATTTTG
-ATTTTTTGG
+CGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGA
+CGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGA
+CGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGA
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+CGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGA
+CGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGA
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+CGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGA
+CGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGA
+CGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGA
+CGACGACGA
>CP100_11_Papilionoidea_Aus_bus
-AACATTATATTTTATTTTTGGAATTTGAGCAGGTATAGTAGGTACATCTCTCAGTTTAAT
-TATTCGAACAGAATTAGGTAATCCAGGATCTTTAATTGGAGATGATCAAATTTATAATAC
-TATTGTCACAGCCCATGCTTTTATTATAATTTTTTTTATAGTTATACCTATTATAATTGG
-AGGATTCGGTAATTGACTTATTCCTATTATATTAGGAGCCCCTGATATAGCTTTCCCTCG
-AATAAATAATATAAGATTTTGACTCCTTCCCCCCTCTTTAATTTTATTAATTTCAAGTAG
-TATTGTAGAAAATGGTGCTGGTACAGGATGAACGGTTTATCCCCCCCTTTCATCTAATAT
-TGCTCACAGTGGATCTTCTGTTGATTTAGCAATTTTCTCTTTACATTTAGCTGGAATTTC
-ATCAATTCTTGGAGCTATTAATTTTATTACAACAATTATTAATATACGAATTAATAGTAT
-ATCTTATGATCAAATACCATTATTTGTTTGAGCTGTTGGAATTACAGCATTATTATTATT
-ACTCTCTCTACCTGTATTAGCTGGAGCTATTACAATACTTCTTACAGATcGAAATTTAAA
-CaCcTcTT?TTTTgaTC???????????????????????????????????????????
-?????????
+CGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGA
+CGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGA
+CGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGA
+CGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGA
+CGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGA
+CGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGA
+CGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGA
+CGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGA
+CGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGA
+CGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGA
+CGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGA
+CGACGACGA
"""
result = dataset_creator.dataset_str
self.assertEqual(expected.lstrip(), result)
@@ -234,31 +234,31 @@ def test_dataset_all_codons_1st_2nd_3rd_as_one(self):
dataset_creator = CreateDataset(cleaned_data)
expected = """
>CP100_10_Papilionoidea_Aus_aus
-??????????????????????????????????????????????????????????AT
-TATTCGAACAGAATTAAGTACCCCTGGATCATTAATCGGAGATGATCAAATTTATAATAC
-TATTGTTACAGCTCATGCTTTTATTATAATTTTTTTTATGGTTATACCTATTATAATTGG
-AGGATTTGGTAATTGACTTATTCCCCTTATATTAGGAGCCCCTGATATAGCTTTTCCACG
-AATAAATAATATAAGATTTTGACTTCTCCCACCCTCTTTAATTTTATTAATTTCGAGTAG
-TATAGTAGAAAATGGTGCTGGCACAGGATGAACGGTCTATCCCCCCCTCTCATCTAATAT
-TGCCCATAGAGGATCCTCAGTTGATTTAGCAATCTTTTCCTTACATTTAGCTGGAATCTC
-ATCAATTCTTGGAGCAATTAATTTTATTACAACAATTATTAATATACGAATTAATAAAAT
-ATCTTATGATCAAATACCTTTATTTGTTTGAGCTGTAGGAATTACCGCATTATTATTATT
-ACTTTCTTTACCTGTATTAGCTGGAGCTATCACAATACTACTCACAGATCGAAACTTAAA
-TACATCTTTTTTTGACCCAGCAGGAGGTGGAGATCCTATTTTATATCAACATTTATTTTG
-ATTTTTTGG
+CGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGA
+CGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGA
+CGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGA
+CGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGA
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+CGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGA
+CGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGA
+CGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGA
+CGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGA
+CGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGA
+CGACGACGA
>CP100_11_Papilionoidea_Aus_bus
-AACATTATATTTTATTTTTGGAATTTGAGCAGGTATAGTAGGTACATCTCTCAGTTTAAT
-TATTCGAACAGAATTAGGTAATCCAGGATCTTTAATTGGAGATGATCAAATTTATAATAC
-TATTGTCACAGCCCATGCTTTTATTATAATTTTTTTTATAGTTATACCTATTATAATTGG
-AGGATTCGGTAATTGACTTATTCCTATTATATTAGGAGCCCCTGATATAGCTTTCCCTCG
-AATAAATAATATAAGATTTTGACTCCTTCCCCCCTCTTTAATTTTATTAATTTCAAGTAG
-TATTGTAGAAAATGGTGCTGGTACAGGATGAACGGTTTATCCCCCCCTTTCATCTAATAT
-TGCTCACAGTGGATCTTCTGTTGATTTAGCAATTTTCTCTTTACATTTAGCTGGAATTTC
-ATCAATTCTTGGAGCTATTAATTTTATTACAACAATTATTAATATACGAATTAATAGTAT
-ATCTTATGATCAAATACCATTATTTGTTTGAGCTGTTGGAATTACAGCATTATTATTATT
-ACTCTCTCTACCTGTATTAGCTGGAGCTATTACAATACTTCTTACAGATcGAAATTTAAA
-CaCcTcTT?TTTTgaTC???????????????????????????????????????????
-?????????
+CGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGA
+CGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGA
+CGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGA
+CGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGA
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+CGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGA
+CGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGA
+CGACGACGA
"""
result = dataset_creator.dataset_str
self.assertEqual(expected.lstrip(), result)
@@ -272,31 +272,31 @@ def test_dataset_1st_2nd_3rd_codons_as_one(self):
dataset_creator = CreateDataset(cleaned_data)
expected = """
>CP100_10_Papilionoidea_Aus_aus
-??????????????????????????????????????????????????????????AT
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>CP100_10_Papilionoidea_Aus_aus
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+AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
+AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
+AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
+AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
>CP100_11_Papilionoidea_Aus_bus
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+AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
+AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
+AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
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>CP100_10_Papilionoidea_Aus_aus
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+CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC
+CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC
+CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC
+CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC
>CP100_11_Papilionoidea_Aus_bus
-CTATTTGTGCGTTGCCTGTTTGCATGACGCTTGAAATAACTTCCACTTTTTTTTTCTTTG
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-TCTCTTCGCTCTTTCAGATACc?Ta??????????????????
+CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC
+CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC
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+CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC
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>CP100_10_Papilionoidea_Aus_aus
-????????????????????TTAAAATCTAAACATTATTTTTTATTTTTATTTGTATTAT
-AATTTATTCTAAACTTATTAAATTAATATCACTATAATGTTAAATTTCAAAGCTCCCATT
-TCTAACATTAACTCATATACAATTAATTTTAATTTAATTAATTTAATATTATAATCAAAA
-ATTATAATATCAAACATACATATTTCAAATATTTATATATATT
+GGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
+GGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
+GGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
+GGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
>CP100_11_Papilionoidea_Aus_bus
-AAATTTTATAATAATATCTATTAAAATTAATATATTATTTTTCACTTTTATTTATATTAT
-AACTTATTTTAAACTTATCTAATTAATACTCCTATAATATTTAATTTTAAAGTTCCTATT
-TTCTATTTTAATCTATATATAATTATTTTTAATTTAATTTATTTAAAATTATTATAAAAA
-ACTATAATATTAATTATATACcTTTT?????????????????
+GGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
+GGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
+GGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
+GGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
"""
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self.assertEqual(expected.lstrip(), result)
@@ -551,23 +551,23 @@ def test_dataset_1st_2nd_codon_one_partition(self):
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>CP100_10_Papilionoidea_Aus_aus
-??????????????????????????????????????ATATCGACGATTAGACCCGGTC
-TTATGGGAGACAATTAAAACATGTACGCCAGCTTATATATTTTTATGTATCCATATATGG
-GGTTGGAATGCTATCCCTATTTGGGCCCGAATGCTTCCCGATAAAAATAGTTTGCTCTCC
-CCTCTTATTTTTATTCAGAGATGTGAAAGGGCGGACGGTGACGTTACCCCCTTCTCAAAT
-GCCAAGGGTCTCGTGATTGCATTTTCTTCATTGCGGATTCTCATCTGGGCATAATTATAC
-ACATATAAATCGATAAAAATTCTAGACAATCCTTTTGTTGGCGTGGATACGCTTTTTTTT
-CTTCTTCCGTTTGCGGGCATACATCTCTACGACGAATTAAACTCTTTTGACCGCGGGGGG
-GACCATTTTACACATTTTTGTTTTGG
+ACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACAC
+ACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACAC
+ACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACAC
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+ACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACAC
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>CP100_11_Papilionoidea_Aus_bus
-ACTTTATTATTTGGATTGGCGGATGTGGACTCCTAGTTATATCGACGATTGGAACCGGTC
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-GGTTGGAATGCTATCCATATTTGGGCCCGAATGCTTCCCGATAAAAATAGTTTGCTCTCC
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-ACATATAAATCGATAAAGATTCTAGACAATCCTTTTGTTGGCGTGGATACGCTTTTTTTT
-CTTCCTCCGTTTGCGGGCATACATCTCTACGAcGAATTAAaCTcT?TTgaC?????????
-??????????????????????????
+ACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACAC
+ACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACAC
+ACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACAC
+ACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACAC
+ACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACAC
+ACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACAC
+ACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACAC
+ACACACACACACACACACACACACA
"""
result = dataset_creator.dataset_str
self.assertEqual(expected.lstrip(), result)
@@ -620,15 +620,15 @@ def test_dataset_1st_each(self):
dataset_creator = CreateDataset(cleaned_data)
expected = """
>CP100_10_Papilionoidea_Aus_aus
-???????????????????AACAGTAACGTTAGGGCATAAAGAGCGTAAATTAGACAAAG
-GTGATCACCATGGCGAGTCCAAAAATTCCCCTTATTATAAAGGAGGGAGTAGTCCCTTAA
-GCAGTTGGTGATTTCTGGATTACGGAATAAAAAAACAAAATTGCACTTGTGGGAAGTTTT
-CTTCGTGGGAAACCAGCATAATTTGCGGGGGCATTCCTTTTTG
+AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
+AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
+AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
+AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
>CP100_11_Papilionoidea_Aus_bus
-ATTTATGATGGAGGATCATAACAGTGACGTTAGGGCATAAAGAGCGTAAATTAGACAAAG
-GTGATCACAATGGCGAGTCCAAAAATTCCCCTTATTATAAAGGAGGGAGTAGTCCCTTAA
-GCAGTTGGTGATTTCTGGATTACGGAATAAAAAAACAAAATTGCACTTGTGGGAAGTTTT
-CTCCGTGGGAAACCAGcATAaTTTgC?????????????????
+AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
+AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
+AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
+AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
"""
result = dataset_creator.dataset_str
self.assertEqual(expected.lstrip(), result)
@@ -644,15 +644,15 @@ def test_dataset_2nd_each(self):
dataset_creator = CreateDataset(cleaned_data)
expected = """
>CP100_10_Papilionoidea_Aus_aus
-???????????????????TTGCATGCCGCTTGAAATAACTTCCACTTTTTTTTTCTTTG
-GTGAGTTCTTTGCCATCTCGTAATGTGTTCCCTTTTTCGGTTAAGCGCGGCTACCTCCAT
-CAGGCCTATCTTCTATCGTCCTTGCTATTCCTTATGTAATCAAATCTTTGCTGTCCTTTT
-TCTCTTCGCTCTTTCAGATACCTTACCGGGACTTAAATTGTTG
+CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC
+CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC
+CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC
+CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC
>CP100_11_Papilionoidea_Aus_bus
-CTATTTGTGCGTTGCCTGTTTGCATGACGCTTGAAATAACTTCCACTTTTTTTTTCTTTG
-GTGAGTTCTTTGCCATCTCGTAATGTGTTCCCTTTTTCGGTTAAGCGCGGCTACCTCCAT
-CAGGCCTATCTTCTATCGTCCTTGCTATTCCTTATGTAGTCAAATCTTTGCTGTCCTTTT
-TCTCTTCGCTCTTTCAGATACc?Ta??????????????????
+CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC
+CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC
+CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC
+CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC
"""
result = dataset_creator.dataset_str
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@@ -668,15 +668,15 @@ def test_dataset_3rd_each(self):
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>CP100_10_Papilionoidea_Aus_aus
-????????????????????TTAAAATCTAAACATTATTTTTTATTTTTATTTGTATTAT
-AATTTATTCTAAACTTATTAAATTAATATCACTATAATGTTAAATTTCAAAGCTCCCATT
-TCTAACATTAACTCATATACAATTAATTTTAATTTAATTAATTTAATATTATAATCAAAA
-ATTATAATATCAAACATACATATTTCAAATATTTATATATATT
+GGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
+GGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
+GGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
+GGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
>CP100_11_Papilionoidea_Aus_bus
-AAATTTTATAATAATATCTATTAAAATTAATATATTATTTTTCACTTTTATTTATATTAT
-AACTTATTTTAAACTTATCTAATTAATACTCCTATAATATTTAATTTTAAAGTTCCTATT
-TTCTATTTTAATCTATATATAATTATTTTTAATTTAATTTATTTAAAATTATTATAAAAA
-ACTATAATATTAATTATATACcTTTT?????????????????
+GGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
+GGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
+GGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
+GGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
"""
result = dataset_creator.dataset_str
self.assertEqual(expected.lstrip(), result)
@@ -693,23 +693,23 @@ def test_dataset_1st_2nd_each(self):
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>CP100_10_Papilionoidea_Aus_aus
-??????????????????????????????????????ATATCGACGATTAGACCCGGTC
-TTATGGGAGACAATTAAAACATGTACGCCAGCTTATATATTTTTATGTATCCATATATGG
-GGTTGGAATGCTATCCCTATTTGGGCCCGAATGCTTCCCGATAAAAATAGTTTGCTCTCC
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-GCCAAGGGTCTCGTGATTGCATTTTCTTCATTGCGGATTCTCATCTGGGCATAATTATAC
-ACATATAAATCGATAAAAATTCTAGACAATCCTTTTGTTGGCGTGGATACGCTTTTTTTT
-CTTCTTCCGTTTGCGGGCATACATCTCTACGACGAATTAAACTCTTTTGACCGCGGGGGG
-GACCATTTTACACATTTTTGTTTTGG
+ACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACAC
+ACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACAC
+ACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACAC
+ACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACAC
+ACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACAC
+ACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACAC
+ACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACAC
+ACACACACACACACACACACACACA
>CP100_11_Papilionoidea_Aus_bus
-ACTTTATTATTTGGATTGGCGGATGTGGACTCCTAGTTATATCGACGATTGGAACCGGTC
-TTATGGGAGACAATTAAAACATGTACGCCAGCTTATATATTTTTATGTATCCATATATGG
-GGTTGGAATGCTATCCATATTTGGGCCCGAATGCTTCCCGATAAAAATAGTTTGCTCTCC
-CCTCTTATTTTTATTCAGAGATGTGAAAGGGCGGACGGTGACGTTACCCCCTTCTCAAAT
-GCCAAGGGTCTCGTGATTGCATTTTCTTCATTGCGGATTCTCATCTGGGCATAATTATAC
-ACATATAAATCGATAAAGATTCTAGACAATCCTTTTGTTGGCGTGGATACGCTTTTTTTT
-CTTCCTCCGTTTGCGGGCATACATCTCTACGAcGAATTAAaCTcT?TTgaC?????????
-??????????????????????????
+ACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACAC
+ACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACAC
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+ACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACAC
+ACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACAC
+ACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACAC
+ACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACAC
+ACACACACACACACACACACACACA
"""
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@@ -765,31 +765,31 @@ def test_dataset_1st_2nd_3rd_each(self):
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>CP100_10_Papilionoidea_Aus_aus
-??????????????????????????????????????????????????????????AT
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-ACTTTCTTTACCTGTATTAGCTGGAGCTATCACAATACTACTCACAGATCGAAACTTAAA
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-ATTTTTTGG
+CGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGA
+CGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGA
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+CGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGA
+CGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGA
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>CP100_11_Papilionoidea_Aus_bus
-AACATTATATTTTATTTTTGGAATTTGAGCAGGTATAGTAGGTACATCTCTCAGTTTAAT
-TATTCGAACAGAATTAGGTAATCCAGGATCTTTAATTGGAGATGATCAAATTTATAATAC
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-ATCTTATGATCAAATACCATTATTTGTTTGAGCTGTTGGAATTACAGCATTATTATTATT
-ACTCTCTCTACCTGTATTAGCTGGAGCTATTACAATACTTCTTACAGATcGAAATTTAAA
-CaCcTcTT?TTTTgaTC???????????????????????????????????????????
-?????????
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+CGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGA
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>CP100_10_Papilionoidea_Aus_aus
-??????????????????????????????????????????????????????????AT
-TATTCGAACAGAATTAAGTACCCCTGGATCATTAATCGGAGATGATCAAATTTATAATAC
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>CP100_11_Papilionoidea_Aus_bus
-AACATTATATTTTATTTTTGGAATTTGAGCAGGTATAGTAGGTACATCTCTCAGTTTAAT
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-CaCcTcTT?TTTTgaTC???????????????????????????????????????????
-?????????
+CGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGA
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+CGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGA
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"""
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>COI-begin_1st
----
>CP100_10_Papilionoidea_Aus_aus
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+AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
>CP100_11_Papilionoidea_Aus_bus
-ATTTATGATGGAGGATCATAACAGTGACGTTAGGGCATAAAGAGCGTAAATTAGACAAAGGTGATCACAATGGCGAGTCCAAAAATTCCCCTTATTATAAAGGAGGGAGTAGTCCCTTAAGCAGTTGGTGATTTCTGGATTACGGAATAAAAAAACAAAATTGCACTTGTGGGAAGTTTTCTCCGTGGGAAACCAGcATAaTTTgC?????????????????
+AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
"""
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>COI-begin_2nd
----
>CP100_10_Papilionoidea_Aus_aus
-???????????????????TTGCATGCCGCTTGAAATAACTTCCACTTTTTTTTTCTTTGGTGAGTTCTTTGCCATCTCGTAATGTGTTCCCTTTTTCGGTTAAGCGCGGCTACCTCCATCAGGCCTATCTTCTATCGTCCTTGCTATTCCTTATGTAATCAAATCTTTGCTGTCCTTTTTCTCTTCGCTCTTTCAGATACCTTACCGGGACTTAAATTGTTG
+CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC
>CP100_11_Papilionoidea_Aus_bus
-CTATTTGTGCGTTGCCTGTTTGCATGACGCTTGAAATAACTTCCACTTTTTTTTTCTTTGGTGAGTTCTTTGCCATCTCGTAATGTGTTCCCTTTTTCGGTTAAGCGCGGCTACCTCCATCAGGCCTATCTTCTATCGTCCTTGCTATTCCTTATGTAGTCAAATCTTTGCTGTCCTTTTTCTCTTCGCTCTTTCAGATACc?Ta??????????????????
+CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC
"""
result = dataset_creator.dataset_str
self.assertEqual(expected.lstrip(), result)
@@ -888,9 +888,9 @@ def test_dataset_3rd_codon_1st2nd_3rd(self):
>COI-begin_3rd
----
>CP100_10_Papilionoidea_Aus_aus
-????????????????????TTAAAATCTAAACATTATTTTTTATTTTTATTTGTATTATAATTTATTCTAAACTTATTAAATTAATATCACTATAATGTTAAATTTCAAAGCTCCCATTTCTAACATTAACTCATATACAATTAATTTTAATTTAATTAATTTAATATTATAATCAAAAATTATAATATCAAACATACATATTTCAAATATTTATATATATT
+GGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
>CP100_11_Papilionoidea_Aus_bus
-AAATTTTATAATAATATCTATTAAAATTAATATATTATTTTTCACTTTTATTTATATTATAACTTATTTTAAACTTATCTAATTAATACTCCTATAATATTTAATTTTAAAGTTCCTATTTTCTATTTTAATCTATATATAATTATTTTTAATTTAATTTATTTAAAATTATTATAAAAAACTATAATATTAATTATATACcTTTT?????????????????
+GGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
"""
result = dataset_creator.dataset_str
self.assertEqual(expected.lstrip(), result)
@@ -908,9 +908,9 @@ def test_dataset_1st_2nd_codons_1st2nd_3rd(self):
>COI-begin_1st-2nd
----
>CP100_10_Papilionoidea_Aus_aus
-??????????????????????????????????????ATATCGACGATTAGACCCGGTCTTATGGGAGACAATTAAAACATGTACGCCAGCTTATATATTTTTATGTATCCATATATGGGGTTGGAATGCTATCCCTATTTGGGCCCGAATGCTTCCCGATAAAAATAGTTTGCTCTCCCCTCTTATTTTTATTCAGAGATGTGAAAGGGCGGACGGTGACGTTACCCCCTTCTCAAATGCCAAGGGTCTCGTGATTGCATTTTCTTCATTGCGGATTCTCATCTGGGCATAATTATACACATATAAATCGATAAAAATTCTAGACAATCCTTTTGTTGGCGTGGATACGCTTTTTTTTCTTCTTCCGTTTGCGGGCATACATCTCTACGACGAATTAAACTCTTTTGACCGCGGGGGGGACCATTTTACACATTTTTGTTTTGG
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>CP100_11_Papilionoidea_Aus_bus
-ACTTTATTATTTGGATTGGCGGATGTGGACTCCTAGTTATATCGACGATTGGAACCGGTCTTATGGGAGACAATTAAAACATGTACGCCAGCTTATATATTTTTATGTATCCATATATGGGGTTGGAATGCTATCCATATTTGGGCCCGAATGCTTCCCGATAAAAATAGTTTGCTCTCCCCTCTTATTTTTATTCAGAGATGTGAAAGGGCGGACGGTGACGTTACCCCCTTCTCAAATGCCAAGGGTCTCGTGATTGCATTTTCTTCATTGCGGATTCTCATCTGGGCATAATTATACACATATAAATCGATAAAGATTCTAGACAATCCTTTTGTTGGCGTGGATACGCTTTTTTTTCTTCCTCCGTTTGCGGGCATACATCTCTACGAcGAATTAAaCTcT?TTgaC???????????????????????????????????
+ACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACA
"""
result = dataset_creator.dataset_str
self.assertEqual(expected.lstrip(), result)
@@ -928,16 +928,16 @@ def test_dataset_1st_2nd_3rd_codons_1st2nd_3rd(self):
>COI-begin_1st-2nd
----
>CP100_10_Papilionoidea_Aus_aus
-??????????????????????????????????????ATATCGACGATTAGACCCGGTCTTATGGGAGACAATTAAAACATGTACGCCAGCTTATATATTTTTATGTATCCATATATGGGGTTGGAATGCTATCCCTATTTGGGCCCGAATGCTTCCCGATAAAAATAGTTTGCTCTCCCCTCTTATTTTTATTCAGAGATGTGAAAGGGCGGACGGTGACGTTACCCCCTTCTCAAATGCCAAGGGTCTCGTGATTGCATTTTCTTCATTGCGGATTCTCATCTGGGCATAATTATACACATATAAATCGATAAAAATTCTAGACAATCCTTTTGTTGGCGTGGATACGCTTTTTTTTCTTCTTCCGTTTGCGGGCATACATCTCTACGACGAATTAAACTCTTTTGACCGCGGGGGGGACCATTTTACACATTTTTGTTTTGG
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>CP100_11_Papilionoidea_Aus_bus
-ACTTTATTATTTGGATTGGCGGATGTGGACTCCTAGTTATATCGACGATTGGAACCGGTCTTATGGGAGACAATTAAAACATGTACGCCAGCTTATATATTTTTATGTATCCATATATGGGGTTGGAATGCTATCCATATTTGGGCCCGAATGCTTCCCGATAAAAATAGTTTGCTCTCCCCTCTTATTTTTATTCAGAGATGTGAAAGGGCGGACGGTGACGTTACCCCCTTCTCAAATGCCAAGGGTCTCGTGATTGCATTTTCTTCATTGCGGATTCTCATCTGGGCATAATTATACACATATAAATCGATAAAGATTCTAGACAATCCTTTTGTTGGCGTGGATACGCTTTTTTTTCTTCCTCCGTTTGCGGGCATACATCTCTACGAcGAATTAAaCTcT?TTgaC???????????????????????????????????
+ACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACA
>COI-begin_3rd
----
>CP100_10_Papilionoidea_Aus_aus
-????????????????????TTAAAATCTAAACATTATTTTTTATTTTTATTTGTATTATAATTTATTCTAAACTTATTAAATTAATATCACTATAATGTTAAATTTCAAAGCTCCCATTTCTAACATTAACTCATATACAATTAATTTTAATTTAATTAATTTAATATTATAATCAAAAATTATAATATCAAACATACATATTTCAAATATTTATATATATT
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>CP100_11_Papilionoidea_Aus_bus
-AAATTTTATAATAATATCTATTAAAATTAATATATTATTTTTCACTTTTATTTATATTATAACTTATTTTAAACTTATCTAATTAATACTCCTATAATATTTAATTTTAAAGTTCCTATTTTCTATTTTAATCTATATATAATTATTTTTAATTTAATTTATTTAAAATTATTATAAAAAACTATAATATTAATTATATACcTTTT?????????????????
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"""
result = dataset_creator.dataset_str
self.assertEqual(expected.lstrip(), result)
@@ -955,16 +955,16 @@ def test_dataset_all_1st_codons_1st2nd_3rd(self):
>COI-begin_1st-2nd
----
>CP100_10_Papilionoidea_Aus_aus
-??????????????????????????????????????ATATCGACGATTAGACCCGGTCTTATGGGAGACAATTAAAACATGTACGCCAGCTTATATATTTTTATGTATCCATATATGGGGTTGGAATGCTATCCCTATTTGGGCCCGAATGCTTCCCGATAAAAATAGTTTGCTCTCCCCTCTTATTTTTATTCAGAGATGTGAAAGGGCGGACGGTGACGTTACCCCCTTCTCAAATGCCAAGGGTCTCGTGATTGCATTTTCTTCATTGCGGATTCTCATCTGGGCATAATTATACACATATAAATCGATAAAAATTCTAGACAATCCTTTTGTTGGCGTGGATACGCTTTTTTTTCTTCTTCCGTTTGCGGGCATACATCTCTACGACGAATTAAACTCTTTTGACCGCGGGGGGGACCATTTTACACATTTTTGTTTTGG
+ACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACA
>CP100_11_Papilionoidea_Aus_bus
-ACTTTATTATTTGGATTGGCGGATGTGGACTCCTAGTTATATCGACGATTGGAACCGGTCTTATGGGAGACAATTAAAACATGTACGCCAGCTTATATATTTTTATGTATCCATATATGGGGTTGGAATGCTATCCATATTTGGGCCCGAATGCTTCCCGATAAAAATAGTTTGCTCTCCCCTCTTATTTTTATTCAGAGATGTGAAAGGGCGGACGGTGACGTTACCCCCTTCTCAAATGCCAAGGGTCTCGTGATTGCATTTTCTTCATTGCGGATTCTCATCTGGGCATAATTATACACATATAAATCGATAAAGATTCTAGACAATCCTTTTGTTGGCGTGGATACGCTTTTTTTTCTTCCTCCGTTTGCGGGCATACATCTCTACGAcGAATTAAaCTcT?TTgaC???????????????????????????????????
+ACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACA
>COI-begin_3rd
----
>CP100_10_Papilionoidea_Aus_aus
-????????????????????TTAAAATCTAAACATTATTTTTTATTTTTATTTGTATTATAATTTATTCTAAACTTATTAAATTAATATCACTATAATGTTAAATTTCAAAGCTCCCATTTCTAACATTAACTCATATACAATTAATTTTAATTTAATTAATTTAATATTATAATCAAAAATTATAATATCAAACATACATATTTCAAATATTTATATATATT
+GGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
>CP100_11_Papilionoidea_Aus_bus
-AAATTTTATAATAATATCTATTAAAATTAATATATTATTTTTCACTTTTATTTATATTATAACTTATTTTAAACTTATCTAATTAATACTCCTATAATATTTAATTTTAAAGTTCCTATTTTCTATTTTAATCTATATATAATTATTTTTAATTTAATTTATTTAAAATTATTATAAAAAACTATAATATTAATTATATACcTTTT?????????????????
+GGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
"""
result = dataset_creator.dataset_str
self.assertEqual(expected.lstrip(), result)
diff --git a/voseq/create_dataset/tests/tests_views.py b/voseq/create_dataset/tests/tests_views.py
index 35626c1f..ccdea5d2 100644
--- a/voseq/create_dataset/tests/tests_views.py
+++ b/voseq/create_dataset/tests/tests_views.py
@@ -104,7 +104,7 @@ def test_view_getting_file(self):
html_page = res.content.decode('utf-8')
file_name = re.search('FASTA_\w+\.txt', html_page).group()
file_content = self.c.get('/create_dataset/results/' + file_name, follow=True)
- expected = ">CP100_10_Aus_aus\n????????????????????????????????????????????????????????????"
+ expected = ">CP100_10_Aus_aus\nACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACGACG"
self.assertTrue(expected in file_content.content.decode('utf-8'))
def test_view_attemp_to_create_dataset_aa_with_bad_codon(self):