Windows10 tools for Naopore
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CODE_OF_CONDUCT.md
Microsoft.Practices.ServiceLocation.dll
Microsoft.Practices.Unity.Configuration.dll
Microsoft.Practices.Unity.RegistrationByConvention.dll
Microsoft.Practices.Unity.dll
Microsoft.WindowsAPICodePack.Shell.dll
Microsoft.WindowsAPICodePack.ShellExtensions.dll
Microsoft.WindowsAPICodePack.dll
NanoTools.exe
NanoTools.exe.config
Prism.Unity.Wpf.dll
Prism.Wpf.dll
Prism.dll
README.md
System.Windows.Interactivity.dll
使い方.pdf
初期設定.pdf

README.md

nanotools

このツールはなに?

オクスフォードナノポア(リンク:https://nanoporetech.com/ )が提供するシーケンサから
出力されるデータ(Fast5形式)を用いて解析するLinux向けのツールをWindows10で
簡易に操作するためのI/Fです。

現在は以下のツールを利用できるように作成されています。
(※各ツールのすべての機能が利用できるわけではありません)
 - Nanopolish https://github.com/jts/nanopolish
 - poretools https://github.com/arq5x/poretools
 - canu https://github.com/marbl/canu/releases
 - bwa https://github.com/lh3/bwa
 - GraphMap https://github.com/isovic/graphmap
 - Sniffles https://github.com/fritzsedlazeck/Sniffles
 - NanoSV https://github.com/mroosmalen/nanosv
 - SvnSniffer https://github.com/Vladislav-Zolotaryov/SvnSniffer
 - Platypus http://www.well.ox.ac.uk/platypus
 - snpEff http://snpeff.sourceforge.net/index.html
 - Samtools http://www.htslib.org/

動作要件

Windows10 Pro 以上
CPU:Corei シリーズ
Mem:8GB 以上(高等生物をアセンブルする場合は64GB以上必要になります)
Storage:このツールは1GB未満ですが対象となるデータにより容量は変化します。

事前準備

Windows10の設定を行います。
以下のGoogleDriveから[初期設定]のセットを取得し実行してください。

初期設定の方法などは同フォルダに含まれるドキュメントを参照してください。
https://drive.google.com/open?id=1Q2XTkXumvbeXru3-MHM2_uDJXW4syqtN

上記の初期設定フォルダをZipは以下のURLよりダウンロード可能です。
(ダウンロード&解凍してください)
https://drive.google.com/open?id=1Q2XTkXumvbeXru3-MHM2_uDJXW4syqtN

インストール方法

このレポジトリに含まれているもの全てをダウンロードして
[C:\nanotools] のようなスペース、日本語の含まないディレクトリに展開します。
ダウンロードは、ファイルリストが表示されている右上の[Clone or download]
(緑色のボタン)から[Download ZIP]を選択することで一括ダウンロードができます。

起動方法

展開したファイルの中にある[NanoTools.exe]をダブルクリックします。

その他

本ツールの不具合や使いたいツールなどの要望はコメントにお願いします。
直接のお問い合わせは以下のURLより行えます。

<WorldFusion お問い合わせ>
https://www.w-fusion.co.jp/J/contactus.php

免責事項

本ツールの利用するにあたりトラブルが発生した場合、利用者又は第三者に損害が生じた場合であっても、
損害賠償その他一切の責任を負担致しません。