[Bookdown contest submission] MSc Dissertation on "Spatial Generalized Linear Mixed Models and Its Applications" (China University of Mining and Technology, Beijing/School of Science/Department of Computational Mathematics and Statistics/Data Analysis and Statistical Computing)
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code delete fonts and epub Jan 18, 2019
data log file binom-sglmm in stan Oct 15, 2018
figures delete fonts and epub Jan 18, 2019
images reorganization Sep 17, 2018
latex delete fonts and epub Jan 18, 2019
supplement fix citation Oct 18, 2018
.Rprofile hiden my home directory Sep 22, 2018
.gitattributes delete fonts and epub Jan 18, 2019
.gitignore update Oct 17, 2018
.travis.yml clean Nov 1, 2018
01-foundations.Rmd 完成前五章的修改 Oct 30, 2018
02-models.Rmd 全文统一 Stan-HMC 和预处理名称 Oct 29, 2018
03-estimations.Rmd 调整公式、表格去多余空行 Nov 1, 2018
04-simulations.Rmd 清理格式 Nov 1, 2018
05-cases.Rmd 清理格式 Nov 1, 2018
06-summary.Rmd 修改第7章结论与展望 Oct 30, 2018
07-acknowledge.Rmd 全文统一 Stan-HMC 和预处理名称 Oct 29, 2018
08-author.Rmd use latest bookdown Oct 18, 2018
09-appendix.Rmd 附录 -> 附录 A Oct 26, 2018
10-references.Rmd update format Oct 14, 2018
DESCRIPTION install rstan under sudo Oct 26, 2018
GBT7714-2005.bst delete fonts and epub Jan 18, 2019
LICENSE delete fonts and epub Jan 18, 2019
Makefile delete fonts and epub Jan 18, 2019
Makevars use g++-8 install rstan Oct 26, 2018
README.Rmd 使用说明放到 README.Rmd Oct 26, 2018
README.md 打开模版项目 Oct 21, 2018
Thesis-Template-Bookdown.Rproj reorganization Sep 17, 2018
ToDo.md 贝叶斯与先验分布(I) Oct 18, 2018
_bookdown.yml update format Oct 14, 2018
_common.R prepare to use rstan Oct 26, 2018
_deploy.sh 使用说明放到 README.Rmd Oct 26, 2018
_output.yml delete fonts and epub Jan 18, 2019
_render.R delete fonts and epub Jan 18, 2019
case-gambia.Rmd 继续改进rongelap数据集 Oct 22, 2018
index.Rmd 修改笔误 Oct 31, 2018
style.css delete fonts and epub Jan 18, 2019

README.md

Build Status

中国矿业大学(北京)论文模板

这个模版(非官方)是为中国矿业大学(北京)的研究生排版硕士学位论文服务的。

The template is used for Master Thesis of China University of Mining and Technology, Beijing.


最好的模板就是一篇基于模板的完整论文, 其所包含的公式、图片、表格等不再是 demo。 只有把真实场景中的使用形式呈现给使用者看, 才能真的让使用者少淌些坑。


感谢 PandocTinyTeXbookdown 的开发者们,特别是 John MacFarlaneYihui Xie


软件要求

  • TinyTeX: latest
  • Pandoc: 2.2.3.2 及以上
  • rmarkdown: 1.10.12
  • bookdown: 0.7.18

测试平台

  • Ubuntu 14.04.5 (64位)
  • Ubuntu 18.04.1 (64位)
  • Windows 8.1 (64位)
  • CentOS 7 (64位) 与 Pandoc 2.3

How to Use it 如何使用该模版

我假设你已经安装好了 GitRRStudio

  1. 克隆模版到本地
git clone --depth=1 --branch=release https://github.com/XiangyunHuang/Thesis-Template-Bookdown.git
  1. 用 RStudio 打开 Thesis-Template-Bookdown.Rproj 文件

下面是模版在各个系统上可能遇到的问题及解决方案

1. 中英文字体

Windows 系统自带新罗马字体和 Arial 字体,在 Ubuntu 系统上需要安装 Windows 下的两款字体 Times New Roman 和 Arial

sudo apt install ttf-mscorefonts-installer

在安装的过程中会自动下载字体,如果下载失败,就从网站 https://sourceforge.net/projects/corefonts/files/the%20fonts/final/ 手动下载字体,存放到 fonts/ 文件夹下,执行

sudo dpkg-reconfigure ttf-mscorefonts-installer

在弹出的窗口中填写字体所在路径,如 fonts/,安装完成后,刷新字体

sudo fc-cache -fsv

安装等宽字体 Inconsolata 显示代码

sudo apt install fonts-inconsolata

最终英文字体设置如下

mainfont: Times New Roman
sansfont: Arial
monofont: Inconsolata

推荐的方式是将相关中英文字体放在一块,拷贝到 Ubuntu/CentOS 系统上

sudo mkdir /usr/share/fonts/truetype/win/
sudo cp Thesis-Template-Bookdown/fonts/* /usr/share/fonts/truetype/win/
sudo fc-cache -fsv

2. 安装 Pandoc

Pandoc 在 Windows 和 Ubuntu 系统上提供了安装包,唯独 CentOS 系统上没有,需要用户自己编译(CentOS 系统包管理器带的 Pandoc 版本太低不能用)。Pandoc 源码可以从 Github 仓库中下载 https://github.com/jgm/pandoc/releases/,下面介绍安装最新版 Pandoc 的过程

  1. 安装 stack
curl -sSL https://s3.amazonaws.com/download.fpcomplete.com/centos/7/fpco.repo | sudo tee /etc/yum.repos.d/fpco.repo
sudo yum -y install stack zlib-devel
  1. 下载 pandoc 源文件,也可以克隆 Pandoc's repo
wget https://github.com/jgm/pandoc/releases/download/2.3/pandoc-2.3-linux.tar.gz
  1. 解压 pandoc-2.3-linux.tar.gz
tar -xzf pandoc-2.3-linux.tar.gz
  1. 安装依赖和 Pandoc
cd pandoc-2.3
stack setup # 安装 ghc 8.4.3 等依赖
stack install
stack install pandoc-citeproc
  1. 配置路径
sudo vi /etc/profile
export PATH=$HOME/.local/bin:$PATH
source /etc/profile

如果你安装了 zsh 和 oh-my-zsh ,再将这行 export PATH=$HOME/.local/bin:$PATH 放在 .zshrc 里。

3. 关于 Pandoc

R Markdown 文档 (*.Rmd) 首先通过 knitr 包 [@xie2015] 编译成 Markdown 文档 (*.md),然后 Markdown 文档再被 Pandoc 编译成其它格式,如 LaTeX (*.tex) 、 HTML 等,这个过程由 rmarkdown 包完成。你不需要分别安装 knitr 和 rmarkdown 两个包,因为它们被 bookdown 包 [@xie2016] 所依赖,当你安装 bookdown 的时候,会自动安装上。而 Pandoc 不是一个 R 包,所以需要单独安装,但如果你使用 RStudio IDE 的话,也不需要安装,因为 RStudio 自带了一份 Pandoc,你可以运行下面一行命令获取当前的 Pandoc 版本号

rmarkdown::pandoc_version()

如果你需要 Pandoc 的新特性,觉得自带的版本比较低,你可以从 Pandoc 官网 (http://pandoc.org) 手动安装一个新版本。 rmarkdown 会优先使用你安装的新版本。

4. bookdown

安装 R 的过程请看《R语言忍者秘笈》第二章的安装与配置 https://bookdown.org/yihui/r-ninja/setup.html

  • 从 CRAN 安装 bookdown 稳定版
install.packages("bookdown")
  • 从 Github 安装 bookdown 开发版
devtools::install_github("rstudio/bookdown")

遇到问题先试升级

# 一行命令升级所有安装的 R 包
update.packages(ask = FALSE)

有关 bookdown 的详细介绍请看谢益辉发布在网上的在线书 《bookdown: Authoring Books and Technical Documents with R Markdown》 https://bookdown.org/yihui/bookdown

5. LaTeX

LaTeX 只有当你需要把书转化为 PDF 格式时才会用到,从 LaTeX 官网 (https://www.latex-project.org/get/) 你可以学习到很多东西,如安装 LaTeX。我们强烈推荐你安装一个轻量的跨平台 LaTeX 发行版 --- TinyTeX。它基于 TeX Live,可以通过 R 包 tinytex 安装,tinytex 在之前安装 bookdown 时已经安装,所以安装 TinyTeX 你只需在 R 控制台下输入

tinytex::install_tinytex()

有了 TinyTeX, 你应该再也不会看到这样的错误消息:

! LaTeX Error: File `titling.sty' not found.

Type X to quit or <RETURN> to proceed,
or enter new name. (Default extension: sty)

Enter file name: 
! Emergency stop.
<read *> 
         
l.107 ^^M

pandoc: Error producing PDF
Error: pandoc document conversion failed with error 43
Execution halted

上面的消息日志告诉你,说系统中缺少宏文件 titling.sty。 LaTeX 宏包名称通常和宏文件 *.sty 的名字一样,所以你可以先尝试安装 titling 包。如果你和 TinyTeX 一起使用,缺失的 LaTeX 包会自动安装,所以你不用担心这类问题。

LaTeX 发行版和宏包随时间一直在更新,就像 R 软件和扩展包一样,当你遇到 LaTeX 问题的时候,可以先尝试升级 TinyTeX 发行版和 LaTeX 宏包,查看你所安装的 LaTeX 发行版

system("pdflatex --version")
cat(system("pdflatex --version", intern = TRUE),sep = "\n")

更新 TinyTeX 安装的宏包

tinytex::tlmgr_update()

TeX Live 每年都会更新,你可能需要升级 TinyTeX 发行版,否则你不能安装和升级任何 LaTeX 包。

tinytex::reinstall_tinytex()

版权说明

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