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一个死锁问题的深入探究 #62

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Yikun opened this issue Dec 13, 2017 · 6 comments

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@Yikun
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@Yikun Yikun commented Dec 13, 2017

本篇文章可以看做是一个问题定位、分析、学习过程的记录,介绍了OpenStack Nova一个死锁问题的分析和解决的过程,你将从本文了解到SQLAlchemy的session中的语序排序机制、OpenStack的死锁重试机制及改进点以及一些调试的手段。

0. 背景

在Nova对虚拟机进行一些操作的时候,比如创建、停止虚拟机之类的操作的时候,会将这些事件记录在instance_actions表里面记录操作的时间、操作类型以及一些操作事件详情。

例如,我们可以通过instnace-action-list来查看虚拟机的操作,并可以通过对应的req id来查操作中的事件详情,如果是失败的话,还可以从事件详情中,看到对应的错误栈信息。

$ nova instance-action-list e92885a9-06d6-4491-ac43-6fd04e32ee72
+--------+------------------------------------------+---------+----------------------------+
| Action | Request_ID                               | Message | Start_Time                 |
+--------+------------------------------------------+---------+----------------------------+
| create | req-416cb88e-5adb-4c0f-9c32-6370d3661940 | -       | 2017-12-13T12:08:36.000000 |
| stop   | req-52155da3-d2ca-463c-b380-6034c0b5fdf1 | -       | 2017-12-13T12:09:17.000000 |
+--------+------------------------------------------+---------+----------------------------+

$ nova instance-action e92885a9-06d6-4491-ac43-6fd04e32ee72 req-52155da3-d2ca-463c-b380-6034c0b5fdf1
+---------------+--------------------------------------------------+
| Property      | Value                                            |
+---------------+--------------------------------------------------+
| action        | stop                                             |
| events        | [{u'event': u'compute_stop_instance',            |
|               |   u'finish_time': u'2017-12-13T12:09:23.000000', |
|               |   u'result': u'Success',                         |
|               |   u'start_time': u'2017-12-13T12:09:18.000000',  |
|               |   u'traceback': None}]                           |
| instance_uuid | e92885a9-06d6-4491-ac43-6fd04e32ee72             |
| message       | -                                                |
| project_id    | 0232cef222f7479fae3fd8fa24d8c382                 |
| request_id    | req-52155da3-d2ca-463c-b380-6034c0b5fdf1         |
| start_time    | 2017-12-13T12:09:17.000000                       |
| user_id       | 5b0b6a4c068f4c1ba78b50d8a4db5057                 |
+---------------+--------------------------------------------------+

在instance_action的表里面,记录着action的更新时间,比如event结束了,我们也期望能够action里面能记录update的时间,但是目前并没有进行刷新。

action

这个patch想做的事儿也比较简单,如上图所示,就是在event进行记录(比如开始和结束)的时候,也对action的更新时间也做刷新。也就是说,我们在写instance_event_action表后,也需要写instance_action表去记录下刷新时间。大致代码的关键逻辑如下所示(省略了一些无关的代码细节):

@pick_context_manager_writer
def action_event_finish(context, values):
    """Finish an event on an instance action."""
    # 原有获取action
    action = _action_get_by_request_id(context, values['instance_uuid'],
                                       values['request_id'])
    # 原有获取event
    event_ref = model_query(context, models.InstanceActionEvent).\
                            filter_by(action_id=action['id']).\
                            filter_by(event=values['event']).\
                            first()
    # 原有的event刷新流程
    event_ref.update(values)
    # **新增的刷新action时间逻辑**
    action.update({'updated_at': values['finish_time']})
    action.save(context.session)
    return event_ref

1. 起因

在修复Nova的这个事件时间刷新问题(bug/507473)的时候,CI会概率性地挂一些用例,先开始以为是CI不稳定,workflow+1之后,最终的门禁检查一直过不了。Matt recheck了几次都是失败的,然后问:

I'm not sure if the test failures this patch is hitting are related to this change or not - they definitely don't seem to be (I'm not sure why we'd get an UnexpectedTaskStateError during resize due to this change).

这才引起了我的注意,我找了下归档的日志发现:

Exception during message handling: DBDeadlock: (pymysql.err.InternalError) (1213, u'Deadlock found when trying to get lock; try restarting transaction') [SQL: u'UPDATE instance_actions SET updated_at=%(updated_at)s WHERE instance_actions.id = %(instance_actions_id)s'] [parameters: {'instance_actions_id': 23, 'updated_at': datetime.datetime(2017, 12, 4, 2, 48, 36, 91068)}]

第一反应是,我去!死锁了?简单的一个update怎么会死锁?确认了下where条件比较单一,并不是因为条件排序不稳定引起的死锁;也确认了下action数据库的索引,也比较简单,也不会有死锁问题。然后,就看业务代码,代码逻辑也很简单,一个事务里面包含了4件事,2个查询,2个刷新。不科学啊!

2. 发现

遇到这种活久见的问题,最好的办法就是把每一句SQL都dump出来,因为不是裸写SQL,鬼知道SQLAlchemy中间的ORM那层为我们做了什么。

OpenStack的oslo.db为我们提供了一个配置项:

[database]
# (Integer) Verbosity of SQL debugging information: 0=None, 100=Everything.
connection_debug = 100 

把他设置成100就可以dump出执行的每一句SQL了,这个方法在我们进行调试的时候很方便。然后,进行复现,结果让我震惊了(问号脸???代码是一样的,生成SQL的顺序却是不一致的):

-- 从API dump的结果
BEGIN (implicit)
SELECT ... FROM instance_actions WHERE ...
SELECT ... FROM instance_actions_events WHERE ...
-- 先刷新action
UPDATE instance_actions SET updated_at=%(updated_at)s WHERE instance_actions.id= %(instance_actions_id)s
-- 再刷新action_event
UPDATE instance_actions_events SET updated_at=%(updated_at)s, finish_time=%(finish_time)s, result=%(result)s WHERE instance_actions_events.id = %(instance_actions_events_id)s
COMMIT

-- 从Conductor dump的结果
BEGIN (implicit)
SELECT ... FROM instance_actions WHERE ...
SELECT ... FROM instance_actions_events WHERE ...
-- 先刷新action_event
UPDATE instance_actions_events SET updated_at=%(updated_at)s, finish_time=%(finish_time)s, result=%(result)s WHERE instance_actions_events.id = %(instance_actions_events_id)s
-- 再刷新action
UPDATE instance_actions SET updated_at=%(updated_at)s WHERE instance_actions.id= %(instance_actions_id)s
COMMIT

完整的SQL dump我贴在了paste/628609,可以分析出来,就是产生死锁的根本原因:在一个事务中,更新2个表的相反行。并发执行2个这样的事务,一个事务拿着action表的行锁,一个事务拿着action_event表的行锁,它们都互相等着对方释放,最终产生了死锁,如下图所示。

deadlockjpg

从MySQL官方DOC里,给的建议How to Minimize and Handle Deadlocks中,我们也看到了类似的建议:

When modifying multiple tables within a transaction, or different sets of rows in the same table, do those operations in a consistent order each time. Then transactions form well-defined queues and do not deadlock. For example, organize database operations into functions within your application, or call stored routines, rather than coding multiple similar sequences of INSERT, UPDATE, and DELETE statements in different places.

核心意思就是说,我们在一个transaction中更新多个表的时候,或者说在一个表中更新不同行的时候,一定要保证每一次调用的顺序是一致的。最终,临时解决这个问题的方式也比较简单,就是在这个函数上加一个死锁重试装饰器,即在发生死锁的时候进行重试,CI终于全绿了。

3. 进一步分析

问题解决就结束了吗?不,2个疑问一直在心中徘徊:

  1. 死锁重试的装饰器是怎么实现的,真的有效吗?
  2. SQLalchemy做了什么导致最终生成SQL的顺序是不稳定的,为什么要这么做?

3.1 oslo.db的死锁重试机制

这个问题的场景和上研的时候,在通信中搞的“退避算法”很类似(HINOC中信道接纳的时候,多个节点并行接纳时,如果发生冲突,需要退避重试),都是冲突避免,通信中是避免信道冲突,而这里则是避免数据库的死锁。

我们从oslo_db/api.py可以看到他的实现,原理比较简单,就是隔几秒(2的retry数次方秒),如果调用成功,就终止重试。伪代码大概如下:

t = 1
for i in range(try):
    sleep(t)
    # 指数递增
    t = t * 2
    # 超过上限取上限
    t = min(max_t, t)
    func()
    if not raise deadlock:
        break

虽然看着隔了一些时间,但是,这种指数递增的机制对于死锁这种问题没有什么卵用,大家一起等,然后再一起调,还是会再次产生死锁。对于这个问题,我提交了一个Patch对其进行优化,具体内容可以参考 #71 《oslo.db中的死锁重试机制优化》的详细分析。

3.2 SQLAlchemy Session中的排序机制

上文已经提到,造成死锁的根本原因实际上是在一个事务中,更新2个表的时候的顺序不一致。在并发调用的时候,产生了死锁。Python的代码是按顺序更新的(先更新event内容,再更新action),但是为什么SQLAlchemy产生的SQL是乱序的呢?

通过阅读SQLAlchemy的源码,最终找到了答案。先说结论:Session中的操作顺序,由UnitOfWork机制决定最终的调用顺序,如果没有依赖关系,最终执行顺序是不稳定的。

3.2.1. SQLAlchemy的缓存刷新机制

SQLAlchemy在进行数据刷新的时候,会有一个flush的过程(实现见lib/sqlalchemy/orm/session.py#def flush,这个过程会将所有的object的变化,刷新到数据库中。例如,会将插入、修改、删除,转换为INSERT、UPDATE、DELETE等操作。而刷新执行的顺序,是通过Session的"UNIT of Worker"依赖机制保证的。

我们可以从有SQLalchemy作者写的一篇关于其架构的文章《SQLAlchemy》中看到一些关于Session相关的数据结构:
session-overview

Session维护着如上图所示的结构,在每次刷新的时候,会将object的变动刷新到数据库中。如作者所说说,flush这个函数可能是 SQLAlchemy最复杂的函数。

3.2.2. SQLAlchemy的UNIT of WORK机制

我们先看看来自作者的介绍:

The job of the unit of work is to move all of the pending state present in a particular Session out to the database, emptying out the new, dirty, and deleted collections maintained by the Session. Once completed, the in-memory state of the Session and what's present in the current transaction match. The primary challenge is to determine the correct series of persistence steps, and then to perform them in the correct order.

UOW的工作主要是将session维护的new、dirty、deleted的集合清掉并落入数据库中。主要挑战就是决定正确的持久化步骤和顺序。我们看到了关键的地方,排序!

从这篇文章中,我们了解到,其实对于UOW来说,共有两级排序:
sort
1) 第一级排序,是针对于多个表(class)之前的排序,依赖信息从表之间的关系获取,例如文章中所举的User和Address的例子,需要在user插入后,有了主键,然后再去更新。
2)第二季排序,是针对于一个表(class)之中操作的排序,例如文章中所举的,前一个插入的user依赖后一个user。

然而,无论是哪个排序,如果表和表之间在SQLAlchemy定义模型的时候,并没有指定其顺序,那么便没有依赖关系,也便意味着,顺序是不稳定的。

在我们出现的问题中,action和action_event在model定义的代码中,并未指定action和event之前的关系,因此,SQLAlchemy分析依赖的时候,只是将这两个表当做独立的2个表。

3.2.3. 实战一把

为了证明我们的分析,我们在SQLAlchemy打印一些日志来记录依赖关系和最终执行的结果,代码见lib/sqlalchemy/ormunitofwork.py,取消掉这些注释即可。

dependencies: set([(SaveUpdateAll(Mapper|InstanceActionEvent|instance_actions_events), DeleteAll(Mapper|InstanceActionEvent|instance_actions_events)), (SaveUpdateAll(Mapper|InstanceAction|instance_actions), DeleteAll(Mapper|InstanceAction|instance_actions))])

cycles: set([])

sort: [SaveUpdateAll(Mapper|InstanceAction|instance_actions), SaveUpdateAll(Mapper|InstanceActionEvent|instance_actions_events), DeleteAll(Mapper|InstanceActionEvent|instance_actions_events), DeleteAll(Mapper|InstanceAction|instance_actions)]

COUNT OF POSTSORT ACTIONS 4

上面共4行信息,我们需要的是dependencies信息和sort信息,从依赖信息我们可以看到,我们进行的这个事务仅有2组依赖,分别是action和event_action的缓存入库先于缓存清空,而action和event_action之间是没有依赖关系的。所以,最终生成的sort列表,其实是无法保证稳定性的。

所以,才会出现我们本文所出的问题,一会先刷新action,一会先刷新action_event。然而,对于这种问题并不是无解,我们只需要在这两个表里加入relationship,使他们有依赖就可以了。如果确实没有什么关联,那我们就需要思考把更新拆分到更小的事务中了,就像MySQL官网说的那样:Keep transactions small and short in duration to make them less prone to collision

4. 总结。

TL;DR。写完这篇文章发现,有点太长了,不想细看的看看总结吧,哈哈。

  1. 遇到OpenStack数据库相关问题,可以通过设置[database]/connection_debug=100进行SQL打印。
  2. SQLAlchemy对于一个session中的更新顺序,如果表之间没有依赖,是无法保证顺序的。
  3. 在一个事务中,更新多张表,需要考虑顺序,若ORM无法保证的更新顺序,尽量不要放在同一个事务中,尽量确保事务做的事简单。
  4. oslo.db目前的死锁重试机制,是大家一起等X秒,很有可能再次死锁。

参考

  1. Instance action's updated_at issue
  2. How to Minimize and Handle Deadlocks
  3. Exponential Backoff And Jitter
  4. SQLAlchemy library(tutorials, arch doc, talks, posts
  5. Some discussion on backoff algorithm
  6. Is SQLAlchemy saves order in adding objects to session?
  7. SQLAlchemy at Architecture of Open Source Applications
@ZhengZhenyu

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@ZhengZhenyu ZhengZhenyu commented Dec 19, 2017

普通用户能否看到错误堆栈?普通用户和管理员用户在查看错误任务的event详情时得到的结果相同吗?

@ZhengZhenyu

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@ZhengZhenyu ZhengZhenyu commented Dec 19, 2017

为什么两个更新动作的顺序是相反的?

@Yikun

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Owner Author

@Yikun Yikun commented Dec 19, 2017

@ZhengZhenyu

普通用户能否看到错误堆栈?普通用户和管理员用户在查看错误任务的event详情时得到的结果相同吗?

不能,在2.51版本增加了限制,参考代码nova/api/openstack/compute/instance_actions.py#L142-L155,普通用户是无法看到traceback的。

为什么两个更新动作的顺序是相反的?

因为action和event并没有在SQLAlchemy注册relationship,即在UOW(Unit of Work)机制中,没有依赖能够保证他们的顺序,所以,更新顺序是不稳定的。

在SQLAlchemy里面,这些需要更新的对象也是通过无序的set来暂存的,有依赖的话,通过UOW来保证顺序,没有依赖,自然看到的是不稳定顺序。具体逻辑在这里:https://github.com/zzzeek/sqlalchemy/blob/b60461fb95bc78da16c5eb2948e1aff170b78bbc/lib/sqlalchemy/orm/unitofwork.py#L369-L391

@Yikun Yikun changed the title 一个update死锁问题分析与解决 一个死锁问题的深入探究 Jan 19, 2018
@zh-f

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@zh-f zh-f commented Mar 30, 2018

N天之前看到了这篇文章,TL;DR,今天再次点进来发现干货满满呐。手动点赞!Bravo!

@Yikun

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@Yikun Yikun commented Mar 31, 2018

@zh-f : ) 写完后才发现涉及的点太多了,以后尽量分开写。

@BZbyr

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@BZbyr BZbyr commented May 11, 2018

你好,想问一下,文中的图都是如何做的呀

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