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bioportal_web_ui

A rails application for biological ontologies, see http://bioportal.bioontology.org/

Todo

Finir les metadata (grosse prio)

Grosses tâches

  • Faire en sorte de bien récupèrer quand on a des array de metadata (en ajoutant les champs)

    • Faire une method générique (genre une class) qui permet de facilement distinguer les types de metadata (pas besoin d'ajouter les champs en dur dans le code)
  • Passer à bootstrap pour faire le joli layout?

    • Dans un premier temps import bootstrap seulement dans le form?
    • On pourrait faire des col pour ranger les metadata par "dates", "description", "links" dans des panels bootstrap
  • Meilleur affichage des metadata :

    • Bouton pour les valeurs qui reviennent tout le temps

Plein de petits todo

Le but c'est d'avoir des résultats visibles

  • 3 blocks dans edit submission metadata
    • Origin
    • Toutes les prop qui ont la valeur S (colonne Q de docs.google Review of metadata prop) pour Simple
    • Toutes les prop qui ont la valeur C (colonne Q de docs.google Review of metadata prop) pour Complete

SEPARER License, onto hasSyntax, etc. Des meatdata de base de NCBO

Change tout

  • Premier bloc avec les metadata pas du tout extraites (formats, contact, file upload...)
  • 2eme bloc avec les metadata que le portal utilise: description, documentation...
  • Expliquer que quand on ajoute un fichier les metadata sont updatés avec les metadata contenues dans le fichier (après le bloc des metadata non extraites)a

X Add contact > même type de bouton que Add new Language

Petit ? quand tu le survoles on dit qu'on extrait normalement cette metadata de l'onto à partir de: list des metadata mappings Et on note "omv:description + rdfs:comment" quand on prend les valeurs de chaque propriété Trouver comment montrer qu'on prend omv:naturalLanguage plusieurs fois si remplis plusieurs fois

Rassembler toutes les dates ensembles (au lieu de simple et complete) dans un même table

X Attention date picker par défaut marche pas sur firefox (utiliser date picker de jQuery, celui used par NCBO)

Mettre des espaces : HASCONTRIBUTOR & cie

Afficher dans l'interface graphique quelle metadata on remplis par défaut (on les met toutes au même endroit ?)

TODO list : mettre un champ text plus gros ? (comme description)

Le but est d'éviter d'avoir un gros listing indigeste de metadata

Exemple : Sous description ajouter bouton "voulez-vous ajouter un abstract?" Sous release date "voulez-vous ajouter d'autre dates" Sous contact "voulez-vous ajouter d'autres peoples" ? Sous publisher "voulez-vous ajouter d'autre rôle d'institut etc"

Depiction et logo à côté l'un de l'autre

Generalizes, HASDISJUNCTIONSWITH, et toutes les metadata de relations entre onto: faire en sorte de pouvoir choisir des ontos dans BioPortal (pitit popip)

Dans Default Properties sur le spreadsheet des metadata elles sont groupées

  • Dans browse: permettre de trier dans l'ordre alphabétique

  • Ajouter des petits drapeaux à côté des naturalLang (dans browse et dans la page de présentation des submissions)

  • IncludedInDataCatalog: faudrait avoir des boutons plutôt (voir avec logo, pour les catalogs connus comme ontobee)

  • Handling des metadata plus propre et

Fermer les issues

Page Welcome

https://github.com/sifrproject/bioportal_web_ui/issues/12 https://github.com/agroportal/agroportal_web_ui/issues/59

Dans links par exemple on peut mettre "need an ontology mapper: yamplusplus.lirmm.fr"

Feed twitter: https://support.twitter.com/articles/20170071 https://twitter.com/agrohackathon

Resolve problems

  • Ca lag beaucoup sur des ontos avec beaucoup de submissions (comme TRANSMAT sur AgroPortal)

  • En particulier quand on ajoute une nouvelle submission

  • Add New submission bug parfois (avec uploadFile) : faire des tests, s'il faut ça fait un moment que ça plante sans qu'on s'en rende compte (on utilise beaucoup l'URL en ce moment)

TypeError (no implicit conversion of Symbol into Integer):
  app/controllers/submissions_controller.rb:28:in `[]'
  app/controllers/submissions_controller.rb:28:in `create'


# Following line bugs
if @errors[:error][:uploadFilePath] && @errors[:error][:uploadFilePath].first[:options]
end

How to

Add a facet filter for a metadata in browse

In 3 files :

  • app/views/ontologies/browse.html.erb
  • public/browse/app.js
  • app/controllers/ontologies_controller.rb

Log to production.log

Rails.logger.warn "Submission params: #{params[:submission]}"