Erro no Rscript

[moreiradaniel]

Olá Ronnie, tudo bem?

O pipeline de montagem está funcionando normalmente?
Porque eu implementei ele na Fiocruz e estava dando um erro, que ao "debugar" o script percebi que era na linha 175 do script com as funções para gerar o consenso (https://github.com/alvesrco/covid19_itvds/blob/master/dockerfiles/R/wgs_functions.R). A linha está escrita assim:
"poor_cov<-which(colSums(cm)<0);"

Olhando o script original (https://github.com/proychou/ViralWGS/blob/master/wgs_functions.R), percebi que ao invés do '0', seria '10'.
"poor_cov<-which(colSums(cm)<10);"

Foi intencional essa modificação? E não gerou um erro para vocês?

Um abraço,
Daniel Moreira

[alvesrco]

Olá Daniel, tudo bem? Desculpas pelo atraso na resposta. Sim, tá funcionando! Estou copiando 2 colegas que poderão comentar melhor a alteração ou se é um “bug”. Ou se falta subir uma release ok! ;) Vc trabalha com quem? De qual instituição? Obrigado, Ronnie

…

On 18 Nov 2020, at 19:41, Daniel Moreira ***@***.***> wrote: Olá Ronnie, tudo bem? O pipeline de montagem está funcionando normalmente? Porque eu implementei ele na Fiocruz e estava dando um erro, que ao "debugar" o script percebi que era na linha 175 do script com as funções para gerar o consenso (https://github.com/alvesrco/covid19_itvds/blob/master/dockerfiles/R/wgs_functions.R <https://github.com/alvesrco/covid19_itvds/blob/master/dockerfiles/R/wgs_functions.R>). A linha está escrita assim: "poor_cov<-which(colSums(cm)<0);" Olhando o script original (https://github.com/proychou/ViralWGS/blob/master/wgs_functions.R <https://github.com/proychou/ViralWGS/blob/master/wgs_functions.R>), percebi que ao invés do '0', seria '10'. "poor_cov<-which(colSums(cm)<10);" Foi intencional essa modificação? E não gerou um erro para vocês? Um abraço, Daniel Moreira — You are receiving this because you are subscribed to this thread. Reply to this email directly, view it on GitHub <#2>, or unsubscribe <https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/ABHPUWSTXRR64D75TVMV2DDSQRESDANCNFSM4T2TTCJQ>.

------------------------------------------------ Ronnie Alves (alvesrco@gmail.com) https://sites.google.com/site/alvesrco/

[reinator]

Oi, Daniel! Tudo bem?

Sim, a mudança foi intencional.
O que acontece é que originalmente o script em R não permitia que escolhêssemos uma cobertura mínima para os contigs. Já tava definido como cobertura mínima de 10X.

Pra que a gente pudesse escolher a cobertura que quiséssemos, tive que fazer tal alteração.
Qual foi a cobertura mínima que você especificou para o pipeline? Já adianto que o pipeline deu erro muito provavelmente porque o resultado da montagem do SPAdes não obteve contigs com a cobertura mínima especificada. Você pode verificar isso abrindo o arquivo fasta gerado na etapa do SPAdes.

Se não chegou na etapa do SPAdes, pode enviar pra gente o log de output e de erros gerados? Aí poderemos ver mais a fundo o que pode ter acontecido.

Abcs,

[moreiradaniel]

Oi, Ronnie,
Trabalho na Plataforma de Bioinformática da Fiocruz Rio.

Oi, @reinator, eu usei a cobertura de 10 (default). Não sei se o erro veio da montagem do Spades, porque o script hcov_make_seq.R onde usei a informação de cobertura mínima passou sem problemas. O erro veio no script wgs_functions.R.
Para você escolher a cobertura desejada, essa linha do Rscript não precisaria entrar como variável?

Abraços,

[reinator]

Oi, Daniel.

Quando trocamos o valor para zero, basicamente estamos dizendo para o script wgs_functions.R que nenhum contig deve ser considerado "poor", uma vez que o que é passado pra ele já é o arquivo Isso já é feio ao se gerar o arquivo "scaffolds_filtered.fasta", que é o que ele usa.

Novamente, se puder mandar o log de erros e o também o scaffolds_filtered.fasta, poderemos ver melhor o que pode ter acontecido ou se é como eu falei: muito provavelmente sua amostra não teve reads o suficiente mapeadas contra o genoma de referência, para o pipeline continuar.

Uma sugestão para teste: diminua o valor da cobertura e inclua mais sequências de sars-cov-2 no seu arquivo fasta de referência.

Se continuar dando erro, nos envie os logs e o arquivo scaffolds_filtered.
Abcs,

[Rohit-Satyam]

How can I translate your comments?? Is there a feature in github ?

[reinator]

I am sorry @Rohit-Satyam. I guess you will have to use some translator tool.
But if you have any doubts, just create a new issue with your problem and we will help you.

Cheers,