Skip to content

HTTPS clone URL

Subversion checkout URL

You can clone with HTTPS or Subversion.

Download ZIP
Ruby Python
branch: master

Fetching latest commit…

Cannot retrieve the latest commit at this time

Failed to load latest commit information.
texts & links
.gitignore
1A06.png
2A2A_C.png
README.md
analyze.rb
input.txt
output.txt
visualize.py
xbenes00.zip
zadani.txt
zadani2.txt

README.md

Spusteni analyzy

V ramci projektu byly vytvoreny 2 skripty. Prvni skript analyze.rb ziska a analyzuje molekuly z databaze PDB. Jako jediny parametr ocekava skript soubor s nazvy proteinu z PDB doplnene o retezec. Pro priklad uvedeme protein 1A06 a retezec A

1A06_A

bude pak v input.txt, ktery predame skriptu v parametru

./analyze.rb input.txt

Ke spusteni je nutne mit nainstalove Ruby minimalne verze 1.8.7 a mit v systemu balicek bio (BioRuby). Pro nainstalovani tohoto balicku staci spustit

gem install bio

Zpracovani a analyza

Prvne si skript zkusi stahnout soubory z PDB pokud existuji. Pote se prohlidne kazdy vlozeny protein a najdou se strukturni elementy zadane dle zadani na retezci zadanem ve vstupnim souboru. Pokud zadny neni zadan (napr 1A06_ nebo 1A06) tak se bere prvni dostupny (nejcasteji to je retezec A). Nakonec se udela prunik vysledku z jednotlivych nalezenych elementu.

Vystup

Vysledek se pak vypise na standardni vystup, ktery lze lehce presmerovat do souboru.

./analyze.rb input.txt > output.txt

Visualizace

Pro visualizaci je prilozen druhy skript a to visualize.py v jazyce Python. Jednoduse vezme prvni zkoumanou molekulu a v PyMol zobrazi spolecne nalezene elementy. Tento skript nacteme v PyMolu a spustime v nem definovanou funkci, kde jediny parametr obsahuje

run visualize.py
visualize("output.txt")

Výsledky analýzy

1A06

1A06

2A2A

2A2A_C

Something went wrong with that request. Please try again.