From 0a0ca90469e37149d56ce9730aec805736348d04 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Daniel Standage Date: Mon, 23 Oct 2023 12:43:53 -0400 Subject: [PATCH] Swap out merged rsids during database build --- dbbuild/build-summary.txt | 84 ------------------- dbbuild/lib/variant.py | 2 +- dbbuild/marker.csv | 34 ++++---- .../byrskabishop2022/marker-latest.csv | 34 ++++---- microhapdb/data/marker.csv | 34 ++++---- 5 files changed, 52 insertions(+), 136 deletions(-) diff --git a/dbbuild/build-summary.txt b/dbbuild/build-summary.txt index dd428cc..ff6ad5a 100644 --- a/dbbuild/build-summary.txt +++ b/dbbuild/build-summary.txt @@ -1,34 +1,5 @@ swapping out rs74812635 for rs602427 swapping out rs75324027 for rs602875 -swapping out rs74812635 for rs602427 -swapping out rs75324027 for rs602875 -swapping out rs281863504 for rs71542446 -swapping out rs281863503 for rs41270931 -swapping out rs281863502 for rs28724261 -swapping out rs281863499 for rs71542447 -swapping out rs281863486 for rs2854267 -swapping 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{refr} coordinate for {rsid}") diff --git a/dbbuild/marker.csv b/dbbuild/marker.csv index 09c2ba4..de0a12d 100644 --- a/dbbuild/marker.csv +++ b/dbbuild/marker.csv @@ -119,9 +119,9 @@ mh01LS-1pG,3,139,chr1,115842550,115842688,115842550;115842667;115842688,11638517 mh01SCUZJ-0357248,5,206,chr1,121661438,121661643,121661438;121661538;121661631;121661639;121661643,121403236;121403336;121403429;121403437;121403441,,Zhu2023 mh01SCUZJ-0357485,10,347,chr1,121695143,121695489,121695143;121695172;121695175;121695200;121695213;121695219;121695243;121695307;121695486;121695489,121436941;121436970;121436973;121436998;121437011;121437017;121437041;121437105;121437284;121437287,,Zhu2023 mh01WL-099,3,192,chr1,147677197,147677388,147677197;147677355;147677388,147149313;147149471;147149504,rs4950335;rs11240103;rs10900388,Yu2022G1 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