From 3a1a1e184747de7970e9350bfceaa96cd49cee0b Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: ftadel Date: Tue, 13 Oct 2020 16:49:29 +0200 Subject: [PATCH] FreeSurfer: Added more anatomical labels --- toolbox/gui/panel_scout.m | 157 ++++++++++++++++++++++++++++++++++++++ 1 file changed, 157 insertions(+) diff --git a/toolbox/gui/panel_scout.m b/toolbox/gui/panel_scout.m index 0f8560a6e..ea638e525 100644 --- a/toolbox/gui/panel_scout.m +++ b/toolbox/gui/panel_scout.m @@ -5254,6 +5254,7 @@ function SaveScouts(varargin) 3, 'Cortex L'; ... 4, 'Ventricle lat L'; ... 5, 'Ventricle inf-lat L'; ... + 6, 'Cerebellum ext L'; ... 7, 'Cerebellum white L'; ... 8, 'Cerebellum L'; ... 9, 'Thalamus L'; ... @@ -5266,16 +5267,33 @@ function SaveScouts(varargin) 16, 'Brainstem'; ... 17, 'Hippocampus L'; ... 18, 'Amygdala L'; ... + 19, 'Insula L'; ... + 20, 'Operculum L'; ... + 21, 'Line-1'; ... + 22, 'Line-2'; ... + 23, 'Line-3'; ... 24, 'CSF'; ... + 25, 'Lesion L'; ... 26, 'Accumbens L'; ... + 27, 'Substancia-Nigra L'; ... 28, 'VentralDC L'; ... + 29, 'Undetermined L'; ... 30, 'Vessel L'; ... 31, 'Choroid-plexus L'; ... + 32, 'F3orb L'; ... + 33, 'lOg L'; ... + 34, 'aOg L'; ... + 35, 'mOg L'; ... + 36, 'pOg L'; ... + 37, 'Stellate L'; ... + 38, 'Porg L'; ... + 39, 'Aorg L'; ... 40, 'Cortex ext R'; ... 41, 'White R'; ... 42, 'Cortex R'; ... 43, 'Ventricle lat R'; ... 44, 'Ventricle inf-lat R'; ... + 45, 'Cerebellum ext R'; ... 46, 'Cerebellum white R'; ... 47, 'Cerebellum R'; ... 48, 'Thalamus R'; ... @@ -5285,18 +5303,157 @@ function SaveScouts(varargin) 52, 'Pallidum R'; ... 53, 'Hippocampus R'; ... 54, 'Amygdala R'; ... + 55, 'Insula R'; ... + 56, 'Operculum R'; ... + 57, 'Lesion R'; ... 58, 'Accumbens R'; ... + 59, 'Substancia-Nigra R'; ... 60, 'VentralDC R'; ... + 61, 'Undetermined R'; ... 62, 'Vessel R'; ... 63, 'Choroid-plexus R'; ... + 64, 'F3orb R'; ... + 65, 'lOg R'; ... + 66, 'aOg R'; ... + 67, 'mOg R'; ... + 68, 'pOg R'; ... + 69, 'Stellate R'; ... + 70, 'Porg R'; ... + 71, 'Aorg R'; ... 72, '5th-Ventricle'; ... + 73, 'Interior L'; ... + 74, 'Interior R'; ... 77, 'WM-hypointensities'; ... 78, 'WM-hypointensities L'; ... 79, 'WM-hypointensities R'; ... 80, 'non-WM-hypointensities'; ... 81, 'non-WM-hypointensities L'; ... 82, 'non-WM-hypointensities R'; ... + 83, 'F1 L'; ... + 84, 'F1 R'; ... 85, 'Optic-Chiasm'; ... + 96, 'Amygdala ant L'; ... + 97, 'Amygdala ant R'; ... + 98, 'Dura'; ... + 100, 'WM-abnormal L'; ... + 101, 'Caudate-abnormal L'; ... + 102, 'Putamen-abnormal L'; ... + 103, 'Accumbens-abnormal L'; ... + 104, 'Pallidum-abnormal L'; ... + 105, 'Amygdala-abnormal L'; ... + 106, 'Hippocampus-abnormal L'; ... + 107, 'Thalamus-abnormal L'; ... + 108, 'VDC-intensity-abnormality L'; ... + 109, 'WM-abnormal R'; ... + 110, 'Caudate-abnormal R'; ... + 111, 'Putamen-abnormal R'; ... + 112, 'Accumbens-abnormal R'; ... + 113, 'Pallidum-abnormal R'; ... + 114, 'Amygdala-abnormal R'; ... + 115, 'Hippocampus-abnormal R'; ... + 116, 'Thalamus-abnormal R'; ... + 117, 'VDC-abnormal R'; ... + 118, 'Epidermis'; ... + 119, 'Conn-Tissue'; ... + 120, 'SC-Fat-Muscle'; ... + 121, 'Cranium'; ... + 122, 'CSF-SA'; ... + 123, 'Muscle'; ... + 124, 'Ear'; ... + 125, 'Adipose'; ... + 126, 'Spinal-Cord'; ... + 127, 'Soft-Tissue'; ... + 128, 'Nerve'; ... + 129, 'Bone'; ... + 130, 'Air'; ... + 131, 'Orbital-Fat'; ... + 132, 'Tongue'; ... + 133, 'Nasal-Structures'; ... + 134, 'Globe'; ... + 135, 'Teeth'; ... + 136, 'Caudate-Putamen L'; ... + 137, 'Caudate-Putamen R'; ... + 138, 'Claustrum L'; ... + 139, 'Claustrum R'; ... + 140, 'Cornea'; ... + 142, 'Diploe'; ... + 143, 'Vitreous-Humor'; ... + 144, 'Lens'; ... + 145, 'Aqueous-Humor'; ... + 146, 'Outer-Table'; ... + 147, 'Inner-Table'; ... + 148, 'Periosteum'; ... + 149, 'Endosteum'; ... + 150, 'R-C-S'; ... + 151, 'Iris'; ... + 152, 'SC-Adipose-Muscle'; ... + 153, 'SC-Tissue'; ... + 154, 'Orbital-Adipose'; ... + 155, 'IntCapsule-Ant L'; ... + 156, 'IntCapsule-Ant R'; ... + 157, 'IntCapsule-Pos L'; ... + 158, 'IntCapsule-Pos R'; ... + ... % These labels are for babies/children + 159, 'Cerebral-WM-unmyelinated L'; ... + 160, 'Cerebral-WM-unmyelinated R'; ... + 161, 'Cerebral-WM-myelinated L'; ... + 162, 'Cerebral-WM-myelinated R'; ... + 163, 'Subcortical-Gray-Matter L'; ... + 164, 'Subcortical-Gray-Matter R'; ... + 165, 'Skull'; ... + 166, 'Posterior-fossa'; ... + 167, 'Scalp'; ... + 168, 'Hematoma'; ... + 169, 'Basal-Ganglia L'; ... + 176, 'Basal-Ganglia R'; ... + ... % Label names and colors for Brainstem consituents + 170, 'Brainstem'; ... + 171, 'DCG'; ... + 172, 'Vermis'; ... + 173, 'Midbrain'; ... + 174, 'Pons'; ... + 175, 'Medulla'; ... + 177, 'Vermis-White-Matter'; ... + 178, 'SCP'; ... + 179, 'Floculus'; ... + 180, 'Cortical-Dysplasia L'; ... + 181, 'Cortical-Dysplasia R'; ... + 182, 'CblumNodulus'; ... + 193, 'Hippocampal_fissure L'; ... + 194, 'CADG-head L'; ... + 195, 'Subiculum L'; ... + 196, 'Fimbria L'; ... + 197, 'Hippocampal_fissure R'; ... + 198, 'CADG-head R'; ... + 199, 'Subiculum R'; ... + 200, 'Fimbria R'; ... + 201, 'Alveus'; ... + 202, 'Perforant_pathway'; ... + 203, 'Parasubiculum'; ... + 204, 'Presubiculum'; ... + 205, 'Subiculum'; ... + 206, 'CA1'; ... + 207, 'CA2'; ... + 208, 'CA3'; ... + 209, 'CA4'; ... + 210, 'GC-DG'; ... + 211, 'HATA'; ... + 212, 'Fimbria'; ... + 213, 'Lateral_ventricle'; ... + 214, 'Molecular_layer_HP'; ... + 215, 'Hippocampal_fissure'; ... + 216, 'Entorhinal_cortex'; ... + 217, 'Molecular_layer_subiculum'; ... + 218, 'Amygdala'; ... + 219, 'Cerebral_White_Matter'; ... + 220, 'Cerebral_Cortex'; ... + 221, 'Inf_Lat_Vent'; ... + 222, 'Perirhinal'; ... + 223, 'Cerebral_White_Matter_Edge'; ... + 224, 'Background'; ... + 225, 'Ectorhinal'; ... + 226, 'HP_tail'; ... + 250, 'Fornix'; ... 251, 'CC_Posterior'; ... 252, 'CC_Mid_Posterior'; ... 253, 'CC_Central'; ...