From f5a2b11f80ba12df484f9b4d2264089f9fc3bee3 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: "David E. Kling" Date: Tue, 8 Sep 2015 15:29:54 -0400 Subject: [PATCH] Testing additional parameters --- .../fastq/NormalizeFastaIntegrationTest.java | 4 +- .../tools/picard/fasta/testFASTA_WS_4.fasta | 284 ++++++++++++++++++ .../tools/picard/fasta/testfasta.fasta | 15 + .../tools/picard/fasta/testfastq.fastq | 55 ++++ 4 files changed, 356 insertions(+), 2 deletions(-) create mode 100644 src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/picard/fasta/testFASTA_WS_4.fasta create mode 100644 src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/picard/fasta/testfasta.fasta create mode 100644 src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/picard/fasta/testfastq.fastq diff --git a/src/test/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/picard/fastq/NormalizeFastaIntegrationTest.java b/src/test/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/picard/fastq/NormalizeFastaIntegrationTest.java index 0be497ca1ce..eaf242ff4ef 100644 --- a/src/test/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/picard/fastq/NormalizeFastaIntegrationTest.java +++ b/src/test/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/picard/fastq/NormalizeFastaIntegrationTest.java @@ -24,8 +24,8 @@ public String getTestedClassName() { @Test public void testNormalize () throws IOException { - final File input = new File(TEST_DATA_PATH, "truncatedFASTA_WS.fasta"); - final File expectedFile = new File(TEST_DATA_PATH, "truncatedFASTA_WS_3.fasta"); + final File input = new File(TEST_DATA_PATH, "testfasta.fasta"); + final File expectedFile = new File(TEST_DATA_PATH, "testFASTA_WS_4.fasta"); final File outfile = BaseTest.createTempFile("normalized", ".fasta"); final String[] args = { diff --git a/src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/picard/fasta/testFASTA_WS_4.fasta b/src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/picard/fasta/testFASTA_WS_4.fasta new file mode 100644 index 00000000000..2bfb23df9a5 --- /dev/null +++ b/src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/picard/fasta/testFASTA_WS_4.fasta @@ -0,0 +1,284 @@ +>Chromosome +TGTTA +AAATT +CAACT +GACCA +TAGGT +GTATT +GGTTT +ATTTC +TGTAC +TCTTA +GTAGA +TTCCA +TTGAC +CTATA +TCTCT +ATCCT +TATGC +CAGTA +CCACA +CTGTT +TTGTT +AAAAT +TCAAC +TGACC +ATAGG +TGTAT +TGGTT +TATTT +CTGTA +CTCTT +AGTAG +ATTCC +ATTGA +CCTAT +ATCTC +TATCC +TTATG +CCAGT +ACCAC +ACTGT +TTTGT +TAAAA +TTCAA +CTGAC +CATAG +GTGTA +TTGGT +TTATT +TCTGT +ACTCT +TAGTA +GATTC +CATTG +ACCTA +TATCT +CTATC +CTTAT +GCCAG +TACCA +CACTG +TTTTG +TTAAA +ATTCA +ACTGA +CCATA +GGTGT +ATTGG +TTTAT +TTCTG +TACTC +TTAGT +AGATT +CCATT +GACCT +ATATC +TCTAT +CCTTA +TGCCA +GTACC +ACACT +GTTTA +AAACA +GTGTG +GTACT +GGCAT +AAGGA +TAGAG +ATATA +GGTCA +ATGGA +ATCTA +CTAAG +AGTAC +AGAAA +TAAAC +CAATA +CACCT +ATGGT +CAGTT +GAATT +TTAAC +AAAAC +AGTGT +GGTAC +TGGCA +TAAGG +ATAGA +GATAT +AGGTC +AATGG +AATCT +ACTAA +GAGTA +CAGAA +ATAAA +CCAAT +ACACC +TATGG +TCAGT +TGAAT +TTTAA +CAAAA +CAGTG +TGGTA +CTGGC +ATAAG +GATAG +AGATA +TAGGT +CAATG +GAATC +TACTA +AGAGT +ACAGA +AATAA +ACCAA +TACAC +CTATG +GTCAG +TTGAA +TTTTA +ACAAA +ACAGT +GTGGT +ACTGG +CATAA +GGATA +GAGAT +ATAGG +TCAAT +GGAAT +CTACT +AAGAG +TACAG +AAATA +AACCA +ATACA +CCTAT +GGTCA +GTTGA +ATTTT +AACTA +AAATT +CAACT +GACCA +TAGGT +GTATT +GGTTT +ATTTC +TGTAC +TCTTA +GTAGA +TTCCA +TTGAC +CTATA +TCTCT +ATCCT +TATGC +CAGTA +CCACA +CTGTT +TTGTT +AAAAT +TCAAC +TGACC +ATAGG +TGTAT +TGGTT +TATTT +CTGTA +CTCTT +AGTAG +ATTCC +ATTGA +CCTAT +ATCTC +TATCC +TTATG +CCAGT +ACCAC +ACTGT +TTTGT +TAAAA +TTCAA +CTGAC +CATAG +GTGTA +TTGGT +TTATT +TCTGT +ACTCT +TAGTA +GATTC +CATTG +ACCTA +TATCT +CTATC +CTTAT +GCCAG +TACCA +CACTG +TTTTG +TTAAA +ATTCA +ACTGA +CCATA +GGTGT +ATTGG +TTTAT +TTCTG +TACTC +TTAGT +AGATT +CCATT +GACCT +ATATC +TCTAT +CCTTA +TGCCA +GTACC +ACACT +GTTTT +GTACA +AAACA +GTGTG +GTACT +GGCAT +AAGGA +TAGAG +ATATA +GGTCA +ATGGA +ATCTA +CTAAG +AGTAC +AGAAA +TAAAC +CAATA +CACCT +ATGGT +CAGTT +GAATT +TTAAC +AAAAC +AGTGT +GGTAC +TGGCA +TAAGG +ATAGA +GATAT +AGGTC +AATGG +AATCT +ACTAA +GAGTA +CAGAA +ATAAA +CCAAT +ACACC +TATGG +TCAGT +TGAAT +TTTA diff --git a/src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/picard/fasta/testfasta.fasta b/src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/picard/fasta/testfasta.fasta new file mode 100644 index 00000000000..31b011ddd2d --- /dev/null +++ b/src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/picard/fasta/testfasta.fasta @@ -0,0 +1,15 @@ +>Chromosome 20 +TGTTAAAATTCAACTGACCATAGGTGTATTGGTTTATTTCTGTACTCTTAGTAGATTCCATTGACCTATATCTCTATCCTTATGCCAGTACCACACTGTTT +TGTTAAAATTCAACTGACCATAGGTGTATTGGTTTATTTCTGTACTCTTAGTAGATTCCATTGACCTATATCTCTATCCTTATGCCAGTACCACACTGTTT +TGTTAAAATTCAACTGACCATAGGTGTATTGGTTTATTTCTGTACTCTTAGTAGATTCCATTGACCTATATCTCTATCCTTATGCCAGTACCACACTGTTT +TGTTAAAATTCAACTGACCATAGGTGTATTGGTTTATTTCTGTACTCTTAGTAGATTCCATTGACCTATATCTCTATCCTTATGCCAGTACCACACTGTTT +AAAACAGTGTGGTACTGGCATAAGGATAGAGATATAGGTCAATGGAATCTACTAAGAGTACAGAAATAAACCAATACACCTATGGTCAGTTGAATTTTAAC +AAAACAGTGTGGTACTGGCATAAGGATAGAGATATAGGTCAATGGAATCTACTAAGAGTACAGAAATAAACCAATACACCTATGGTCAGTTGAATTTTAAC +AAAACAGTGTGGTACTGGCATAAGGATAGAGATATAGGTCAATGGAATCTACTAAGAGTACAGAAATAAACCAATACACCTATGGTCAGTTGAATTTTAAC +AAAACAGTGTGGTACTGGCATAAGGATAGAGATATAGGTCAATGGAATCTACTAAGAGTACAGAAATAAACCAATACACCTATGGTCAGTTGAATTTTAAC +TAAAATTCAACTGACCATAGGTGTATTGGTTTATTTCTGTACTCTTAGTAGATTCCATTGACCTATATCTCTATCCTTATGCCAGTACCACACTGTTTTGT +TAAAATTCAACTGACCATAGGTGTATTGGTTTATTTCTGTACTCTTAGTAGATTCCATTGACCTATATCTCTATCCTTATGCCAGTACCACACTGTTTTGT +TAAAATTCAACTGACCATAGGTGTATTGGTTTATTTCTGTACTCTTAGTAGATTCCATTGACCTATATCTCTATCCTTATGCCAGTACCACACTGTTTTGT +TAAAATTCAACTGACCATAGGTGTATTGGTTTATTTCTGTACTCTTAGTAGATTCCATTGACCTATATCTCTATCCTTATGCCAGTACCACACTGTTTTGT +ACAAAACAGTGTGGTACTGGCATAAGGATAGAGATATAGGTCAATGGAATCTACTAAGAGTACAGAAATAAACCAATACACCTATGGTCAGTTGAATTTTA +ACAAAACAGTGTGGTACTGGCATAAGGATAGAGATATAGGTCAATGGAATCTACTAAGAGTACAGAAATAAACCAATACACCTATGGTCAGTTGAATTTTA \ No newline at end of file diff --git a/src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/picard/fasta/testfastq.fastq b/src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/picard/fasta/testfastq.fastq new file mode 100644 index 00000000000..b1adcedfa5c --- /dev/null +++ b/src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/picard/fasta/testfastq.fastq @@ -0,0 +1,55 @@ +@20FUKAAXX100202:6:27:4968:125377 +TGTTAAAATTCAACTGACCATAGGTGTATTGGTTTATTTCTGTACTCTTAGTAGATTCCATTGACCTATATCTCTATCCTTATGCCAGTACCACACTGTTT ++ +DEDEFGGHFFFGHEHFGEFGGGGGEGFGGGGGFFFGGGCBHGFGEHFHGGGFGGGGGFFGGGGHEGHGGGGGHGHGGGGHGGGGGGHGGGEGHFHEHGFGG +@20FUKAAXX100202:6:27:4968:125377 +TGTTAAAATTCAACTGACCATAGGTGTATTGGTTTATTTCTGTACTCTTAGTAGATTCCATTGACCTATATCTCTATCCTTATGCCAGTACCACACTGTTT ++ +DEDEFGGHFFFGHEHFGEFGGGGGEGFGGGGGFFFGGGCBHGFGEHFHGGGFGGGGGFFGGGGHEGHGGGGGHGHGGGGHGGGGGGHGGGEGHFHEHGFGG +@20FUKAAXX100202:6:27:4986:125375 +TGTTAAAATTCAACTGACCATAGGTGTATTGGTTTATTTCTGTACTCTTAGTAGATTCCATTGACCTATATCTCTATCCTTATGCCAGTACCACACTGTTT ++ 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