R code for regenerating the figures of "Extracellular data analysis" in book Brain-Computer Interfaces
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figures-of-BCI-chapter

R code for regenerating the figures of "Extracellular data analysis" in book Brain-Computer Interfaces

English version

This repository contains the R code necessary for re-generating all (except one) of the figures of chapter Analysis of extracellular data in book Brain-Computer Interfaces 1: Methods and Perspectives edited by Maureen Clerc, Laurent Bougrain and Fabien Lotte, iSTE/Wiley.

The relevant files are:

  • do_sorting.R, that takes care of getting the (real) data and doing the spike sorting.
  • the_figures.R, that takes the oputput of the previous file and generates the figures.
  • BCI_Pouzat_Les_Figures.org, the source of the previous two files.

The (very detailed) code generating the second figure can be found on my LASCON course page.

Version française

Ce dépôt contient le code R nécessaire à la ré-génération de toutes les figures, sauf une, de mon chapitre « Analyse des données extracellulaires » du livre « Les interfaces cerveau-ordinateur 1. Fondements et méthodes. » édité par Maureen Clerc, Laurent Bougrain et Fabien Lotte chez iSTE editions.

Les fichiers pertinents sont :

  • do_sorting.R, qui télécharge les données réelles et effectue le tri des potentiels d'action ;
  • les_figures.R, qui prend le résultat de l'exécution du code précédent et génère les figures ;
  • BCI_Pouzat_Les_Figures.org, le fichier source à partir duquel les deux autres sont générés.

Une version très détaillée (mais en anglais) du code générant la deuxième figure se trouve sur la page de mon cours au LASCON.