From 452cb0ac41718b09484c36ae5e03d580c3622b1f Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: aviczhl2 Date: Sat, 6 Apr 2024 21:10:59 +0800 Subject: [PATCH] add_1_from_main_31_from_lineage_proposal --- automated-issue-ref.ipynb | 64 +++++++++++++++++++++++----------- autoref/milestone.txt | 72 ++++++++++++++++++++++++++++++++------- autoref/missing_refs.txt | 43 ++++++++++++++++------- lineage_notes.txt | 64 +++++++++++++++++----------------- 4 files changed, 166 insertions(+), 77 deletions(-) diff --git a/automated-issue-ref.ipynb b/automated-issue-ref.ipynb index eb579ba2..dd35c9c2 100755 --- a/automated-issue-ref.ipynb +++ b/automated-issue-ref.ipynb @@ -2,7 +2,7 @@ "cells": [ { "cell_type": "code", - "execution_count": 1, + "execution_count": 11, "id": "f64573a2", "metadata": { "scrolled": true @@ -148,7 +148,12 @@ "processed 1340 milestones\n", "processed 1350 milestones\n", "processed 1360 milestones\n", - "processed 1370 milestones\n" + "processed 1370 milestones\n", + "processed 1380 milestones\n", + "processed 1390 milestones\n", + "processed 1400 milestones\n", + "processed 1410 milestones\n", + "processed 1420 milestones\n" ] } ], @@ -245,7 +250,7 @@ }, { "cell_type": "code", - "execution_count": 2, + "execution_count": 12, "id": "88a367db", "metadata": {}, "outputs": [], @@ -282,7 +287,7 @@ }, { "cell_type": "code", - "execution_count": 3, + "execution_count": 13, "id": "f5b15585", "metadata": {}, "outputs": [], @@ -305,7 +310,7 @@ }, { "cell_type": "code", - "execution_count": 4, + "execution_count": 14, "id": "a56544a8", "metadata": {}, "outputs": [ @@ -313,19 +318,38 @@ "name": "stdout", "output_type": "stream", "text": [ - "['JN.1.2.1', 'sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1322']\n", - "['JN.1.4.1', 'sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1175']\n", - "['JN.1.9.1', 'sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1097']\n", - "['JN.1.11.1', 'sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1253']\n", - "['KP.1', 'sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1364']\n", - "['JN.1.12', 'sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1253']\n", - "['JN.1.13', '#2464']\n", - "['JN.1.16', 'sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1253']\n", - "['JN.1.18', 'sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1089']\n", - "['JN.1.21', 'sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1162']\n", - "['JN.12', 'sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1102']\n", + "['KR.1', 'sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1253']\n", + "['KV.2', 'sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1097']\n", + "['JN.1.4.6', 'sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1097']\n", + "['JN.1.7.1', 'sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1371']\n", + "['JN.1.7.3', 'sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1343']\n", + "['JN.1.8.2', 'sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1089']\n", + "['KP.2.1', 'sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1440']\n", + "['KP.2.2', 'sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1446']\n", + "['KP.3', 'sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1410']\n", + "['JN.1.18.1', 'sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1414']\n", + "['JN.1.18.2', 'sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1441']\n", + "['JN.1.26', 'sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1089']\n", + "['JN.1.28.1', 'sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1244']\n", + "['KW.1', 'sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1244']\n", + "['KW.1.1', 'sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1244']\n", + "['JN.1.30.1', 'sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1089']\n", + "['KU.2', 'sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1089']\n", + "['JN.1.31', 'sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1319']\n", + "['JN.1.35', 'sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1362']\n", + "['JN.1.36', 'sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1326']\n", + "['JN.1.36.1', 'sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1326']\n", + "['JN.1.40', 'sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1451']\n", + "['JN.1.41', 'sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1256']\n", + "['JN.1.42.1', 'sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1474']\n", + "['JN.1.44', 'sars-cov-2-variants/lineage-proposals#987']\n", + "['JN.13.1', 'sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1386']\n", + "['JQ.2.1', 'sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1373']\n", "['JH.2', '#2068']\n", - "['GN.1.4', '#2349']\n" + "['GE.1.2.2', 'sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1340']\n", + "['XDD.1.1.1', 'sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1450']\n", + "['XDK.1', 'sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1407']\n", + "['XDP.1', 'sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1358']\n" ] } ], @@ -382,7 +406,7 @@ }, { "cell_type": "code", - "execution_count": 5, + "execution_count": 15, "id": "1c9369e1", "metadata": {}, "outputs": [ @@ -390,9 +414,9 @@ "name": "stdout", "output_type": "stream", "text": [ - "Add 3 references from cov-lineages/pango-designation.\n", + "Add 1 references from cov-lineages/pango-designation.\n", "Upgrade 0 references from cov-lineages/pango-designation.\n", - "Add 10 references from sars-cov-2-variants/lineage-proposals.\n" + "Add 31 references from sars-cov-2-variants/lineage-proposals.\n" ] } ], diff --git a/autoref/milestone.txt b/autoref/milestone.txt index e9113e0a..9e24035a 100755 --- a/autoref/milestone.txt +++ b/autoref/milestone.txt @@ -1323,8 +1323,9 @@ sars#375 GK.1.11 GW.5.1.1+GK.1.6+GK.1.6.1+GK.4+GK.3.1+GK.8.1+GK.1.2.1+GK.1.8+JF. sars#376 GK.1.8.1 GK.1.8.1 sars#377 FL.2.7 FL.2.7+FL.2.7.1 sars#377 FL.2.7.1 FL.2.7+FL.2.7.1 -sars#378 JN.1.1 JN.1.1+JN.1.4 -sars#378 JN.1.4 JN.1.1+JN.1.4 +sars#378 JN.1.1 JN.1.1+JN.1.4+JN.1.44 +sars#378 JN.1.4 JN.1.1+JN.1.4+JN.1.44 +sars#378 JN.1.44 JN.1.1+JN.1.4+JN.1.44 sars#379 XDL XDL sars#381 JN.1.5 JN.1.5 sars#382 JN.1.1.2 JN.1.1.2 @@ -1334,14 +1335,13 @@ sars#385 XDD.1 XDD.1+XDD.1.1 sars#385 XDD.1.1 XDD.1+XDD.1.1 sars#386 XDD.2 XDD.2 sars#387 JN.1.9 JN.1.9 -sars#389 JN.1.1.1 JN.1.1.1+JN.1.8.1+JN.1.7+JN.1.9.1+JN.1.4.3 -sars#389 JN.1.8.1 JN.1.1.1+JN.1.8.1+JN.1.7+JN.1.9.1+JN.1.4.3 -sars#389 JN.1.7 JN.1.1.1+JN.1.8.1+JN.1.7+JN.1.9.1+JN.1.4.3 -sars#389 JN.1.9.1 JN.1.1.1+JN.1.8.1+JN.1.7+JN.1.9.1+JN.1.4.3 -sars#389 JN.1.4.3 JN.1.1.1+JN.1.8.1+JN.1.7+JN.1.9.1+JN.1.4.3 -sars#390 JN.1.1.3 JN.1.1.3+JN.1.6.1+JN.1.18 -sars#390 JN.1.6.1 JN.1.1.3+JN.1.6.1+JN.1.18 -sars#390 JN.1.18 JN.1.1.3+JN.1.6.1+JN.1.18 +sars#389 JN.1.1.1 JN.1.1.1+JN.1.8.1+JN.1.7+JN.1.9.1+JN.1.4.3,+JN.1.4.6+KV.2 +sars#389 JN.1.8.1 JN.1.1.1+JN.1.8.1+JN.1.7+JN.1.9.1+JN.1.4.3,+JN.1.4.6+KV.2 +sars#389 JN.1.7 JN.1.1.1+JN.1.8.1+JN.1.7+JN.1.9.1+JN.1.4.3,+JN.1.4.6+KV.2 +sars#389 JN.1.9.1 JN.1.1.1+JN.1.8.1+JN.1.7+JN.1.9.1+JN.1.4.3,+JN.1.4.6+KV.2 +sars#389 JN.1.4.3 JN.1.1.1+JN.1.8.1+JN.1.7+JN.1.9.1+JN.1.4.3,+JN.1.4.6+KV.2 +sars#389 JN.1.4.6 JN.1.1.1+JN.1.8.1+JN.1.7+JN.1.9.1+JN.1.4.3,+JN.1.4.6+KV.2 +sars#389 KV.2 JN.1.1.1+JN.1.8.1+JN.1.7+JN.1.9.1+JN.1.4.3,+JN.1.4.6+KV.2 sars#391 JN.2.3 JN.2.3 sars#392 HN.8 HN.8 sars#393 XDM XDM @@ -1360,9 +1360,6 @@ sars#404 JN.11 JN.11 sars#405 JN.12 JN.12 sars#408 JN.1.4.1 JN.1.4.1 sars#409 JN.1.2.1 JN.1.2.1 -sars#410 JN.1.12 JN.1.12+JN.1.11.1+JN.1.16 -sars#410 JN.1.11.1 JN.1.12+JN.1.11.1+JN.1.16 -sars#410 JN.1.16 JN.1.12+JN.1.11.1+JN.1.16 sars#411 XDQ XDQ sars#412 XDR XDR sars#413 JN.1.4.2 JN.1.4.2 @@ -1372,3 +1369,52 @@ sars#416 XDT XDT sars#417 JN.1.1.4 JN.1.1.4 sars#418 HK.13.2.1 HK.13.2.1 sars#419 KP.1 KP.1 +sars#420 JN.1.7.1 JN.1.7.1 +sars#422 XDQ.1 XDQ.1 +sars#423 XDK.1 XDK.1 +sars#424 JN.1.12 JN.1.12+JN.1.11.1+JN.1.16+KR.1+JN.1.1.6+KS.1 +sars#424 JN.1.11.1 JN.1.12+JN.1.11.1+JN.1.16+KR.1+JN.1.1.6+KS.1 +sars#424 JN.1.16 JN.1.12+JN.1.11.1+JN.1.16+KR.1+JN.1.1.6+KS.1 +sars#424 KR.1 JN.1.12+JN.1.11.1+JN.1.16+KR.1+JN.1.1.6+KS.1 +sars#424 JN.1.1.6 JN.1.12+JN.1.11.1+JN.1.16+KR.1+JN.1.1.6+KS.1 +sars#424 KS.1 JN.1.12+JN.1.11.1+JN.1.16+KR.1+JN.1.1.6+KS.1 +sars#425 JN.1.1.3 JN.1.1.3+JN.1.6.1+JN.1.18+JN.1.1.5+KP.1.1+KP.2+JN.1.26,+JN.1.4.4,+JN.1.8.2,+JN.1.16.1+JN.1.30.1+KU.2 +sars#425 JN.1.6.1 JN.1.1.3+JN.1.6.1+JN.1.18+JN.1.1.5+KP.1.1+KP.2+JN.1.26,+JN.1.4.4,+JN.1.8.2,+JN.1.16.1+JN.1.30.1+KU.2 +sars#425 JN.1.18 JN.1.1.3+JN.1.6.1+JN.1.18+JN.1.1.5+KP.1.1+KP.2+JN.1.26,+JN.1.4.4,+JN.1.8.2,+JN.1.16.1+JN.1.30.1+KU.2 +sars#425 JN.1.1.5 JN.1.1.3+JN.1.6.1+JN.1.18+JN.1.1.5+KP.1.1+KP.2+JN.1.26,+JN.1.4.4,+JN.1.8.2,+JN.1.16.1+JN.1.30.1+KU.2 +sars#425 KP.1.1 JN.1.1.3+JN.1.6.1+JN.1.18+JN.1.1.5+KP.1.1+KP.2+JN.1.26,+JN.1.4.4,+JN.1.8.2,+JN.1.16.1+JN.1.30.1+KU.2 +sars#425 KP.2 JN.1.1.3+JN.1.6.1+JN.1.18+JN.1.1.5+KP.1.1+KP.2+JN.1.26,+JN.1.4.4,+JN.1.8.2,+JN.1.16.1+JN.1.30.1+KU.2 +sars#425 JN.1.26 JN.1.1.3+JN.1.6.1+JN.1.18+JN.1.1.5+KP.1.1+KP.2+JN.1.26,+JN.1.4.4,+JN.1.8.2,+JN.1.16.1+JN.1.30.1+KU.2 +sars#425 JN.1.4.4 JN.1.1.3+JN.1.6.1+JN.1.18+JN.1.1.5+KP.1.1+KP.2+JN.1.26,+JN.1.4.4,+JN.1.8.2,+JN.1.16.1+JN.1.30.1+KU.2 +sars#425 JN.1.8.2 JN.1.1.3+JN.1.6.1+JN.1.18+JN.1.1.5+KP.1.1+KP.2+JN.1.26,+JN.1.4.4,+JN.1.8.2,+JN.1.16.1+JN.1.30.1+KU.2 +sars#425 JN.1.16.1 JN.1.1.3+JN.1.6.1+JN.1.18+JN.1.1.5+KP.1.1+KP.2+JN.1.26,+JN.1.4.4,+JN.1.8.2,+JN.1.16.1+JN.1.30.1+KU.2 +sars#425 JN.1.30.1 JN.1.1.3+JN.1.6.1+JN.1.18+JN.1.1.5+KP.1.1+KP.2+JN.1.26,+JN.1.4.4,+JN.1.8.2,+JN.1.16.1+JN.1.30.1+KU.2 +sars#425 KU.2 JN.1.1.3+JN.1.6.1+JN.1.18+JN.1.1.5+KP.1.1+KP.2+JN.1.26,+JN.1.4.4,+JN.1.8.2,+JN.1.16.1+JN.1.30.1+KU.2 +sars#426 JQ.2 JQ.2+JQ.2.1 +sars#426 JQ.2.1 JQ.2+JQ.2.1 +sars#427 JN.13.1 JN.13.1 +sars#428 JN.1.1.7 JN.1.1.7 +sars#429 JN.1.27 JN.1.27 +sars#430 JN.1.4.5 JN.1.4.5 +sars#431 JN.1.18.1 JN.1.18.1 +sars#432 JN.1.31 JN.1.31 +sars#433 GE.1.2.2 GE.1.2.2 +sars#434 KP.3 KP.3 +sars#435 JN.1.33 JN.1.33 +sars#437 JN.1.35 JN.1.35 +sars#438 KP.2.2 KP.2.2 +sars#439 KP.2.1 KP.2.1 +sars#440 XDD.1.1.1 XDD.1.1.1 +sars#441 JN.1.18.2 JN.1.18.2 +sars#442 JN.1.40 JN.1.40 +sars#443 JN.1.36 JN.1.36+JN.1.36.1 +sars#443 JN.1.36.1 JN.1.36+JN.1.36.1 +sars#444 JN.1.41 JN.1.41 +sars#447 JN.1.28.1 JN.1.28.1+KW.1+KW.1.1 +sars#447 KW.1 JN.1.28.1+KW.1+KW.1.1 +sars#447 KW.1.1 JN.1.28.1+KW.1+KW.1.1 +sars#448 XDU XDU +sars#449 XDP.1 XDP.1 +sars#450 JN.14 JN.14 +sars#451 JN.1.42.1 JN.1.42.1 +sars#452 JN.1.7.3 JN.1.7.3 diff --git a/autoref/missing_refs.txt b/autoref/missing_refs.txt index 8667a639..2e080d9c 100755 --- a/autoref/missing_refs.txt +++ b/autoref/missing_refs.txt @@ -1,13 +1,32 @@ -JN.1.2.1 sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1322 -JN.1.4.1 sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1175 -JN.1.9.1 sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1097 -JN.1.11.1 sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1253 -KP.1 sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1364 -JN.1.12 sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1253 -JN.1.13 #2464 -JN.1.16 sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1253 -JN.1.18 sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1089 -JN.1.21 sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1162 -JN.12 sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1102 +KR.1 sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1253 +KV.2 sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1097 +JN.1.4.6 sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1097 +JN.1.7.1 sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1371 +JN.1.7.3 sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1343 +JN.1.8.2 sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1089 +KP.2.1 sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1440 +KP.2.2 sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1446 +KP.3 sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1410 +JN.1.18.1 sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1414 +JN.1.18.2 sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1441 +JN.1.26 sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1089 +JN.1.28.1 sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1244 +KW.1 sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1244 +KW.1.1 sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1244 +JN.1.30.1 sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1089 +KU.2 sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1089 +JN.1.31 sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1319 +JN.1.35 sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1362 +JN.1.36 sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1326 +JN.1.36.1 sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1326 +JN.1.40 sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1451 +JN.1.41 sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1256 +JN.1.42.1 sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1474 +JN.1.44 sars-cov-2-variants/lineage-proposals#987 +JN.13.1 sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1386 +JQ.2.1 sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1373 JH.2 #2068 -GN.1.4 #2349 +GE.1.2.2 sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1340 +XDD.1.1.1 sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1450 +XDK.1 sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1407 +XDP.1 sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1358 diff --git a/lineage_notes.txt b/lineage_notes.txt index 6b560da0..5b243de9 100644 --- a/lineage_notes.txt +++ b/lineage_notes.txt @@ -1056,7 +1056,7 @@ JN.1.1.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.1.2, S:G181E, France, from sars-cov-2-varia JN.1.1.3 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.1.3, S:R346T, ORF1b:H2388Y, France/Sweden, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1089 JN.1.1.4 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.1.4, S:V1264L on C9142T branch, from #2476 JN.1.1.5 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.1.5, S:R346T on C9142T branch, from #2492 -KR.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.1.5.1, S:F456L, after C28498T +KR.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.1.5.1, S:F456L, after C28498T, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1253 JN.1.1.6 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.1.6, S:F456L,from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1253 KZ.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.1.6.1, ORF1b:V1092F KZ.1.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.1.6.1.1, S:R346T from #2548 @@ -1073,19 +1073,19 @@ KQ.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.4.3.1, S:R346T, USA from #2487 JN.1.4.4 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.4.4, S:R346T,from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1089 JN.1.4.5 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.4.5, ORF8:S103L, after T18453C, from #2426 KV.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.4.5.1, S:S680F, after C28948T then A2356T -KV.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.4.5.2, S:T572I, ORF1a:P971L, C11956T, USA -JN.1.4.6 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.4.6, S:T572I, after T18453C +KV.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.4.5.2, S:T572I, ORF1a:P971L, C11956T, USA, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1097 +JN.1.4.6 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.4.6, S:T572I, after T18453C, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1097 JN.1.4.7 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.4.7, ORF3a:G18D JN.1.5 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.5, ORF1b:V1271T, Singapore/Malaysia/Indonesia, from #2419 JN.1.6 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.6, G22627A JN.1.6.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.6.1, S:R346T, Sweden, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1089 JN.1.7 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.7, S:T572I, S:E1150D, USA/France, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1097 -JN.1.7.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.7.1, S:R346K, England +JN.1.7.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.7.1, S:R346K, England, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1371 JN.1.7.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.7.2, ORF1b:C1563F, Americas -JN.1.7.3 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.7.3, S:R346T +JN.1.7.3 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.7.3, S:R346T, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1343 JN.1.8 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.8, ORF7a:T28I JN.1.8.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.8.1, S:T572I, after A12928G, USA/Denmark, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1097 -JN.1.8.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.8.2, S:R346T, after A12928G +JN.1.8.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.8.2, S:R346T, after A12928G, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1089 KY.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.8.2.1, ORF1a:N3774D, Nigeria JN.1.8.3 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.8.3, C13821T, C14925T JN.1.9 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.9, S:Q183H, USA/UK/Canada, from #2410 @@ -1097,9 +1097,9 @@ KP.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.1, S:K1086R, from sars-cov-2-variants/line KP.1.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.1.1, S:R346T, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1089 KP.1.1.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.1.1.1, S:K182N from #2510 KP.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.2, S:R346T on JN.1.11.1 polytomy, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1089 -KP.2.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.2.1, S:Q1201K -KP.2.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.2.2, S:F59L, S:K1266R -KP.3 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3, S:Q493E +KP.2.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.2.1, S:Q1201K, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1440 +KP.2.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.2.2, S:F59L, S:K1266R, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1446 +KP.3 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3, S:Q493E, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1410 JN.1.12 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.12, S:F456V, ORF7a:A8T, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1253 JN.1.13 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.13, S:A1087S, after C26894T, C25680T, USA, from #2464 JN.1.13.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.13.1, S:R346T, S:F59S, USA, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals/issues/1386 @@ -1110,8 +1110,8 @@ JN.1.16 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.16, S:F456L, from sars-cov-2-variants/lineag JN.1.16.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.16.1, S:R346T,from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1089 JN.1.17 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.17, S:A222V, USA JN.1.18 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.18, S:R346T, directly on JN.1 polytomy, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1089 -JN.1.18.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.18.1, S:T250N -JN.1.18.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.18.2, S:F59S, after C4331T, T22321C +JN.1.18.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.18.1, S:T250N, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1414 +JN.1.18.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.18.2, S:F59S, after C4331T, T22321C, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1441 JN.1.19 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.19, ORF8:I71V JN.1.20 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.20, S:S31F, directly on JN.1 polytomy JN.1.21 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.21, S:H1058Y, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1162 @@ -1120,34 +1120,34 @@ JN.1.23 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.23, S:K444R, S:Y453F, ORF1a:A307V, ORF1a:P21 JN.1.24 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.24, S:C1243F, USA JN.1.25 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.25, C706T, A7708T, India JN.1.25.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.25.1, S:R346T, India -JN.1.26 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.26, S:R346T, after C26894T, USA +JN.1.26 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.26, S:R346T, after C26894T, USA, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1089 JN.1.27 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.27, S:M153I, after C26894T, C25680T, USA, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1403 JN.1.28 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.28, C24034T, A29700G, East Asia/Oceania -JN.1.28.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.28.1, ORF1a:P1640L, C19545T, C24370T -KW.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.28.1.1, S:T572I, Australia -KW.1.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.28.1.1.1, S:F456L, ORF1b:R2009K, Australia/Japan +JN.1.28.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.28.1, ORF1a:P1640L, C19545T, C24370T, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1244 +KW.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.28.1.1, S:T572I, Australia, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1244 +KW.1.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.28.1.1.1, S:F456L, ORF1b:R2009K, Australia/Japan, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1244 JN.1.29 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.29, ORF1a:T3224A, after C2644T, Brazil JN.1.30 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.30, G21255T -JN.1.30.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.30.1, S:R346T, after T7789C, India +JN.1.30.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.30.1, S:R346T, after T7789C, India, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1089 KU.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.30.1.1, S:K182Q -KU.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.30.1.2, S:F456L -JN.1.31 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.31, ORF3a:V13L, C19186T +KU.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.30.1.2, S:F456L, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1089 +JN.1.31 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.31, ORF3a:V13L, C19186T, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1319 JN.1.32 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.32, S:T572I, directly on JN.1 polytomy JN.1.33 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.33, S:A67V, G2782T, C5512T, China from #2498 JN.1.34 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.34, S:S704L -JN.1.35 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.35, S:S680Y, after T18471C, Australia/New Zealand -JN.1.36 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.36, S:Q677H, after A29086T -JN.1.36.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.36.1, S:S680F, South Korea +JN.1.35 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.35, S:S680Y, after T18471C, Australia/New Zealand, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1362 +JN.1.36 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.36, S:Q677H, after A29086T, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1326 +JN.1.36.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.36.1, S:S680F, South Korea, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1326 JN.1.37 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.37, S:S680F JN.1.38 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.38, ORF1b:R1736K, USA JN.1.39 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.39, G2782T -JN.1.40 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.40, S:S31P, Mexico -JN.1.41 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.41, S:S1252F, on A29086T, USA +JN.1.40 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.40, S:S31P, Mexico, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1451 +JN.1.41 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.41, S:S1252F, on A29086T, USA, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1256 JN.1.42 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.42, C5581A, South America -JN.1.42.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.42.1, S:F59S +JN.1.42.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.42.1, S:F59S, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1474 JN.1.43 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.43, A25237G JN.1.43.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.43.1, C19488T, C29218T, Brazil -JN.1.44 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.44, ORF6:P57L +JN.1.44 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.44, ORF6:P57L, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#987 JN.1.45 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.45, G18756T JN.1.46 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.46, ORF1a:L3116F, T4885C JN.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.2, ORF1a:Y621C, Europe/North America, from #2284 @@ -1172,13 +1172,13 @@ JN.10 Alias of B.1.1.529.2.86.1.10, S:A475V, on T3565C branch with JN.1, Spain/F JN.11 Alias of B.1.1.529.2.86.1.11, S:V1104L, Asia, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1303 JN.12 Alias of B.1.1.529.2.86.1.12, S:F456V, ORF1a:A498G, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1102 JN.13 Alias of B.1.1.529.2.86.1.13, A14397G -JN.13.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.13.1, S:A475V, USA/Malaysia +JN.13.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.13.1, S:A475V, USA/Malaysia, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1386 JN.14 Alias of B.1.1.529.2.86.1.14, C29614T, S:S680F, Thailand/Japan，from #2424 BA.2.86.2 Alias of B.1.1.529.2.86.2, ORF7a:E22D, South Africa/Botswana，from sars-cov-2-variants/lineage-proposals/issues/756 BA.2.86.3 Alias of B.1.1.529.2.86.3, C222T, C1960T, T12775C, South Africa JQ.1 Alias of B.1.1.529.2.86.3.1, S:T95I, Denmark/France/South Africa, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#906 JQ.2 Alias of B.1.1.529.2.86.3.2, S:R346T, G2944A, South Africa, from #2505 -JQ.2.1 Alias of B.1.1.529.2.86.3.2.1, S:L455S, South Africa +JQ.2.1 Alias of B.1.1.529.2.86.3.2.1, S:L455S, South Africa, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1373 BA.2.86.4 Alias of B.1.1.529.2.86.4, S:A222V, ORF1a:V3892A, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1032 BA.2.86.5 Alias of B.1.1.529.2.86.5, S:I197V, C5575T, T6085C, T23278C BA.2.87 Alias of B.1.1.529.2.87, C18744T, no C9866T @@ -1642,7 +1642,7 @@ FB.1 Alias of B.1.1.529.5.3.1.1.1.1.1.2.1.1 S:D253G, Singapore/Taiwan/Japan, fro FB.2 Alias of B.1.1.529.5.3.1.1.1.1.1.2.1.2 S:478R, USA/South Korea/Mongolia BQ.1.2.2 Alias of B.1.1.529.5.3.1.1.1.1.1.2.2, S:K147E, S:R346T, S:V445A, West Africa, from #1861 JH.1 Alias of B.1.1.529.5.3.1.1.1.1.1.2.2.1, S:K182E, S:486A, S:S494P, S:E554K, from #2068 -JH.2 Alias of B.1.1.529.5.3.1.1.1.1.1.2.2.2, S:A484K, S:V486A, USA/Canada/Finland, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#650, from #2068, from #2068, from #2068, from #2068 +JH.2 Alias of B.1.1.529.5.3.1.1.1.1.1.2.2.2, S:A484K, S:V486A, USA/Canada/Finland, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#650, from #2068, from #2068, from #2068, from #2068, from #2068, from #2068 BQ.1.2.3 Alias of B.1.1.529.5.3.1.1.1.1.1.2.3, E:V24L, Canada BQ.1.3 Alias of B.1.1.529.5.3.1.1.1.1.1.3, found globally, defined by S:E619Q, from #1082 BQ.1.3.1 Alias of B.1.1.529.5.3.1.1.1.1.1.3.1, C2509T, Spain @@ -3696,7 +3696,7 @@ GE.1.2.1 Alias of XBB.2.3.10.1.2.1, S:478T, S:A376S, ORF7a-ORF8 possibly complet KT.1 Alias of XBB.2.3.10.1.2.1.1, S:K77R, US/UK KT.1.1 Alias of XBB.2.3.10.1.2.1.1.1, C683T, G15957A, USA KT.1.2 Alias of XBB.2.3.10.1.2.1.1.2, ORF1b:N2328S, C583T -GE.1.2.2 Alias of XBB.2.3.10.1.2.2, S:S408N, ORF1b:A517V, ORF1b:D1899E, ORF7a-ORF8 possibly completed deleted, Kenya +GE.1.2.2 Alias of XBB.2.3.10.1.2.2, S:S408N, ORF1b:A517V, ORF1b:D1899E, ORF7a-ORF8 possibly completed deleted, Kenya, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1340 GE.1.3 Alias of XBB.2.3.10.1.3, S:T732I, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#102 GE.1.4 Alias of XBB.2.3.10.1.4, ORF1a:P3359S GE.1.5 Alias of XBB.2.3.10.1.5, G6352A, C11653T, T16242A @@ -3872,7 +3872,7 @@ XDC Recombinant lineage of HK.3, XBB.1.16 (breakpoint 22996-27506), China/Singap XDD Recombinant lineage of EG.5.1.1, JN.1, EG.5.1.1 (breakpoints at 6541-7842 and 25416-26270), USA/France/Spain, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1024 XDD.1 S:S704L, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1203 XDD.1.1 S:I584V, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1203 -XDD.1.1.1 S:R346T +XDD.1.1.1 S:R346T, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1450 XDD.2 S:T307I, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1176 XDE Recombinant lineage of GW.5.1 and FL.13.4 (breakpoint at 24034-24046), Pakistan, from #2352 XDF Recombinant lineage of XBB* (with C335T) and EG.5.1.3 (breakpoint around 2335-9692), from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1088 @@ -3880,12 +3880,12 @@ XDG Recombinant lineage of FL.37 and EG.5.2.4 (breakpoint at 6729-9693), from #2 XDH Recombinant lineage of BN.1.2.8 and XBB.1.9.1 (or XBB.1.22) (breakpoint between 22630-22663), Lithuania/Belarus, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#128 XDJ Recombinant lineage of XBB.1.16.6 and HK.3.1 (breakpoint between 14857 and 16877), France, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#997 XDK Recombinant lineage of XBB.1.16.11 (likely) and JN.1.1.1 (breakpoint between 5315 and 6182), France, from #2415 -XDK.1 S:R346T, G11596A +XDK.1 S:R346T, G11596A, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1407 XDL Recombinant lineage of EG.5.1.1 and non-EG.5 (breakpoint between 25573-29624) with S:I1114T, most with S:L455F(G22927T), China, from #2351 XDM Recombinant lineage of XDA, GW.5, XDA (breakpoints between 22107-22926 and 24047-25838), from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1163 XDN Recombinant lineage of JN.1.1 and JD.1 (breakpoint between 24379 and 24989), from #2448 XDP Recombinant lineage of JN.1.4 and FL.15 (breakpoint between 26834 and 27809), from #2451 -XDP.1 S:E1092D, after ORF1a:L397P, ORF1a:H388Y +XDP.1 S:E1092D, after ORF1a:L397P, ORF1a:H388Y, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1358 XDQ Recombinant lineage of BA.2.86.1 and FL.15.1.1 (breakpoint between 23605 and 24377), most with T22846C, Vietnam/Japan/South Korea, from #2481 XDQ.1 S:A475V, Japan/South Korea, from #2497 XDR Recombinant lineage of JD.1.1.1 and JN.1.1 (breakpoint between 11043 and 11726), Brazil, from #2477