diff --git a/lineage_notes.txt b/lineage_notes.txt index 5c6cf972..6b3bab6f 100644 --- a/lineage_notes.txt +++ b/lineage_notes.txt @@ -1179,6 +1179,7 @@ JN.1.40 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.40, S:S31P, Mexico, from sars-cov-2-variants JN.1.41 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.41, S:S1252F, on A29086T, USA, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1256 JN.1.42 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.42, C5581A, South America JN.1.42.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.42.1, S:F59S, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1474 +JN.1.42.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.42.2, S:R346T, Peru JN.1.43 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.43, A25237G JN.1.43.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.43.1, C19488T, C29218T, Brazil JN.1.44 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.44, ORF6:P57L, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#987 diff --git a/lineages.csv b/lineages.csv index f003eb31..249ddbfb 100644 --- a/lineages.csv +++ b/lineages.csv @@ -2531777,47 +2531777,6 @@ Chile/TA-15301/2024,JN.1.42 Chile/NB-15339/2024,JN.1.42 Chile/RM-12367/2024,JN.1.42 Chile/RM-11764/2024,JN.1.42 -Peru/LIM-INS-48466/2023,JN.1.42 -Peru/LIM-INS-48465/2023,JN.1.42 -PER/LIM-UPCH-4046/2023,JN.1.42 -USA/MS-MSPHL-0080/2024,JN.1.42 -Peru/JUN-INS-49048/2024,JN.1.42 -Peru/CAJ-INS-48904/2024,JN.1.42 -Peru/LIM-INS-49087/2024,JN.1.42 -Peru/LIM-INS-48677/2023,JN.1.42 -Peru/CAL-INS-48673/2023,JN.1.42 -USA/OH-ODH-SC4030863/2024,JN.1.42 -CostaRica/INC-12417-819197/2024,JN.1.42 -CostaRica/INC-12361-820918/2024,JN.1.42 -USA/MD-CDC-LC1088337/2024,JN.1.42 -Peru/LIM-INS-47791/2023,JN.1.42 -Peru/LIM-INS-48567/2023,JN.1.42 -Peru/CAL-INS-48652/2023,JN.1.42 -Peru/LIM-INS-48658/2023,JN.1.42 -Peru/CAJ-INS-48842/2024,JN.1.42 -USA/VA-GBW-H10-012-4059/2024,JN.1.42 -USA/VA-GBW-H20-356-9877/2024,JN.1.42 -USA/NY-Wadsworth-24014623-01/2024,JN.1.42 -USA/NY-CDC-QDX92621081/2024,JN.1.42 -Peru/LIM-INS-49120/2024,JN.1.42 -Peru/LIM-INS-48390/2023,JN.1.42 -USA/CA-CDC-2-7656740/2024,JN.1.42 -USA/NC-CDC-LC1092697/2024,JN.1.42 -USA/UT-UPHL-240229956734/2024,JN.1.42 -Peru/LIM-INS-48681/2023,JN.1.42 -Peru/LIM-INS-48680/2023,JN.1.42 -USA/IVY-G43R57C6/2023,JN.1.42 -USA/MD-CDC-LC1083662/2024,JN.1.42 -USA/MD-CDC-LC1077665/2023,JN.1.42 -Chile/CO-11611/2024,JN.1.42 -Brazil/SC-LACENSC-421888155/2024,JN.1.42 -Spain/MC-HCUVA-12145963/2024,JN.1.42 -USA/NC-CDC-LC1099284/2024,JN.1.42 -USA/NY-CDC-LC1089147/2024,JN.1.42 -USA/NY-CDC-LC1089486/2024,JN.1.42 -Canada/ON-PHL-202402695/2024,JN.1.42 -USA/MD-DHSS-B1325224/2024,JN.1.42 -USA/MD-CDC-LC1081704/2024,JN.1.42 Peru/LIM-INS-48971/2024,JN.1.42 Peru/LIM-INS-48641/2023,JN.1.42 Chile/LI-14381/2024,JN.1.42 @@ -2544045,3 +2544004,58 @@ USA/IL-RIPHL_14464_G/2024,LF.1.1 USA/PA-CDC-LC1103834/2024,LF.1.1 USA/VA-GBW-H10-013-3627/2024,LF.1.1 USA/VA-GBW-GKISBBBB20639/2024,LF.1.1 +Peru/LIM-INS-48466/2023,JN.1.42.2 +Peru/LIM-INS-48465/2023,JN.1.42.2 +PER/LIM-UPCH-4046/2023,JN.1.42.2 +USA/MS-MSPHL-0080/2024,JN.1.42.2 +Peru/JUN-INS-49048/2024,JN.1.42.2 +Peru/CAJ-INS-48904/2024,JN.1.42.2 +Peru/LIM-INS-49087/2024,JN.1.42.2 +Peru/CAL-INS-48673/2023,JN.1.42.2 +USA/OH-ODH-SC4030863/2024,JN.1.42.2 +USA/NY-SUNYQB-X9269/2024,JN.1.42.2 +USA/NLOL040212/2024,JN.1.42.2 +Peru/LIM-INS-48677/2023,JN.1.42.2 +Peru/LIM-INS-49251/2024,JN.1.42.2 +CostaRica/INC-12417-819197/2024,JN.1.42.2 +USA/VA-DCLS-16101/2024,JN.1.42.2 +Peru/LIM-INS-48658/2023,JN.1.42.2 +Peru/CAL-INS-48652/2023,JN.1.42.2 +Peru/LIM-INS-48567/2023,JN.1.42.2 +Peru/LIM-INS-47791/2023,JN.1.42.2 +USA/MD-CDC-LC1088337/2024,JN.1.42.2 +CostaRica/INC-12361-820918/2024,JN.1.42.2 +Peru/CAL-INS-49174/2024,JN.1.42.2 +Peru/LIM-INS-49185/2024,JN.1.42.2 +USA/VA-DCLS-16118/2024,JN.1.42.2 +USA/VA-DCLS-16102/2024,JN.1.42.2 +USA/VA-DCLS-16103/2024,JN.1.42.2 +USA/VA-DCLS-16104/2024,JN.1.42.2 +Peru/CAJ-INS-48842/2024,JN.1.42.2 +Peru/CAL-CITBM-CC03_17/2023,JN.1.42.2 +USA/NJ-CDC-LC1102555/2024,JN.1.42.2 +USA/MD-CDC-LC1101862/2024,JN.1.42.2 +USA/VA-GBW-H10-012-4059/2024,JN.1.42.2 +USA/VA-GBW-H20-356-9877/2024,JN.1.42.2 +USA/NY-Wadsworth-24014623-01/2024,JN.1.42.2 +USA/NY-CDC-QDX92621081/2024,JN.1.42.2 +Peru/LIM-INS-49120/2024,JN.1.42.2 +Peru/LIM-INS-48390/2023,JN.1.42.2 +USA/CA-CDC-2-7656740/2024,JN.1.42.2 +USA/NC-CDC-LC1092697/2024,JN.1.42.2 +USA/UT-UPHL-240229956734/2024,JN.1.42.2 +Peru/LIM-INS-48681/2023,JN.1.42.2 +Peru/LIM-INS-48680/2023,JN.1.42.2 +Chile/CO-11611/2024,JN.1.42.2 +Brazil/SC-LACENSC-421888155/2024,JN.1.42.2 +Spain/MC-HCUVA-12145963/2024,JN.1.42.2 +USA/MD-MDH-9460/2023,JN.1.42.2 +USA/IVY-G43R57C6/2023,JN.1.42.2 +USA/MD-CDC-LC1083662/2024,JN.1.42.2 +USA/MD-CDC-LC1077665/2023,JN.1.42.2 +USA/NC-CDC-LC1099284/2024,JN.1.42.2 +USA/NY-CDC-LC1089147/2024,JN.1.42.2 +USA/NY-CDC-LC1089486/2024,JN.1.42.2 +Canada/ON-PHL-202402695/2024,JN.1.42.2 +USA/MD-DHSS-B1325224/2024,JN.1.42.2 +USA/MD-CDC-LC1081704/2024,JN.1.42.2