diff --git a/lineage_notes.txt b/lineage_notes.txt index f1b46c5c..43651f30 100644 --- a/lineage_notes.txt +++ b/lineage_notes.txt @@ -1,4 +1,4 @@ -Lineage Description +Lineage Description A One of the two original haplotypes of the pandemic (A and B). Many sequences originating from China and many global exports; including to South East Asia Japan South Korea Australia the USA and Europe represented in this lineage A.1 USA lineage A.2 Mostly Spanish lineage now includes South and Central American sequences, other European countries and Kazakhstan. @@ -1137,6 +1137,7 @@ JN.1.41 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.41, S:S1252F, on A29086T, USA JN.1.42 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.42, C5581A, South America JN.1.43 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.43, A25237G JN.1.43.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.43.1, C19488T, C29218T, Brazil +JN.1.44 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.44, ORF6:P57L JN.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.2, ORF1a:Y621C, Europe/North America, from #2284 JN.2.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.2.1, S:S31F, Sweden/Australia JN.2.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.2.2, S:T572I, N:G25C, ORF1a:L3644F, Netherlands, from #2433 diff --git a/lineages.csv b/lineages.csv index f176eb93..e4691c30 100644 --- a/lineages.csv +++ b/lineages.csv @@ -2463026,8 +2463026,6 @@ USA/NY-NYULH-15946/2023,FL.15.3 USA/NY-NYULH-15832/2023,FL.15.3 Iceland/L-4423/2023,JN.1 Luxembourg/LNS8818436/2023,JN.1 -England/CLIMB-CM7YJMIJ/2023,JN.1 -Netherlands/UT-RIVM-131396/2023,JN.1 Denmark/DCGC-659729/2023,JD.1.1.3 France/IDF-IPP20015/2023,JD.1.1.3 France/GES-IPP17075/2023,JD.1.1.3 @@ -2534858,3 +2534856,314 @@ USA/CA-GBW-H10-020-3084/2024,KP.1.1.1 USA/CA-GBW-H20-360-4617/2024,KP.1.1.1 USA/NJ-GBW-H20-353-6821/2024,KP.1.1.1 USA/NJ-GBW-H10-019-0739/2024,KP.1.1.1 +Netherlands/NH-RIVM-135128/2023,JN.1.44 +Belgium/UGent-1979/2023,JN.1.44 +Germany/NI-RKI-I-1141776/2023,JN.1.44 +Germany/BY-MVP-000023251/2023,JN.1.44 +France/BFC-IPP29340/2023,JN.1.44 +Belgium/AZDelta-2348-05228/2023,JN.1.44 +Sweden/AB-01_SE100_23CS102571/2023,JN.1.44 +France/PDL-IPP33299/2023,JN.1.44 +Greece/PHLnetwork_KEDY_16130/2023,JN.1.44 +Italy/LAZ-FPG-1234/2023,JN.1.44 +France/ARA-HCL123046483701/2023,JN.1.44 +Greece/PHLnetwork_KEDY_26/2023,JN.1.44 +France/OCC-HCL723001577001/2023,JN.1.44 +Spain/CT-HUVH-E16650/2023,JN.1.44 +France/HDF-IPP27153/2023,JN.1.44 +Netherlands/FL-AUMC-001794/2023,JN.1.44 +Germany/BY-LGL-6071755/2023,JN.1.44 +France/BFC-IPP00755/2023,JN.1.44 +Netherlands/ZH-RIVM-135025/2023,JN.1.44 +Belgium/CHUNamur14792543/2023,JN.1.44 +France/CVF-IPP27553/2023,JN.1.44 +Spain/EX-BA_18611855/2023,JN.1.44 +France/NOR-IPP30331/2023,JN.1.44 +Canada/ON-PHL-23-44281/2023,JN.1.44 +France/PAC-HCL723001685101/2023,JN.1.44 +France/PAC-HCL023166465201/2023,JN.1.44 +France/ARA-HCL023149514401/2023,JN.1.44 +France/ARA-HCL023149382801/2023,JN.1.44 +USA/CA-GBW-H10-018-2960/2023,JN.1.44 +USA/CA-GBW-H20-353-0544/2023,JN.1.44 +Lithuania/MB231113_0197/2023,JN.1.44 +Lithuania/MB1113_0197/2023,JN.1.44 +France/ARA-HCL023203392301/2023,JN.1.44 +France/HDF-IPP32722/2023,JN.1.44 +Greece/PHLnetwork_KEDY_16713/2023,JN.1.44 +Greece/PHLnetwork_KEDY_16202/2023,JN.1.44 +England/CLIMB-CM7YEHX4/2024,JN.1.44 +France/NAQ-HCL723001851401/2023,JN.1.44 +France/NOR-IPP25761/2023,JN.1.44 +England/CLIMB-CM7YGXK8/2023,JN.1.44 +France/GES-IPP32684/2023,JN.1.44 +Belgium/UGent-1824/2023,JN.1.44 +Netherlands/UT-RIVM-131396/2023,JN.1.44 +Luxembourg/LNS3685506/2024,JN.1.44 +France/ARA-HCL023188226201/2023,JN.1.44 +France/BRE-IPP33090/2023,JN.1.44 +France/ARA-HCL023183435801/2023,JN.1.44 +France/ARA-HCL023196665401/2023,JN.1.44 +France/IDF-IPP24427/2023,JN.1.44 +Spain/MC-HCUVA-10398426/2024,JN.1.44 +USA/NY-GBW-H20-336-5320/2023,JN.1.44 +Canada/BC-BCCDC-703477/2024,JN.1.44 +Canada/BC-BCCDC-703481/2024,JN.1.44 +England/CLIMB-CM7Y87UY/2024,JN.1.44 +Germany/BE-RKI-I-1140981/2023,JN.1.44 +Germany/BE-RKI-I-1140978/2023,JN.1.44 +Germany/BE-RKI-I-1141761/2023,JN.1.44 +Germany/BY-LGL-6088220/2023,JN.1.44 +Germany/BY-LGL-6088221/2023,JN.1.44 +Germany/BE-RKI-I-1140896/2023,JN.1.44 +Ukraine/84572/2024,JN.1.44 +Ukraine/HCL024014245801/2024,JN.1.44 +USA/VA-CAV_VAS3N_00020811_01/2024,JN.1.44 +USA/VA-CAV_VAS3N_00020788_01/2024,JN.1.44 +USA/VA-CAV_VAS3N_00020799_01/2024,JN.1.44 +USA/VA-CAV_VAS3N_00020787_01/2024,JN.1.44 +Luxembourg/LNS1588104/2024,JN.1.44 +France/NOR-IPP00472/2023,JN.1.44 +France/NOR-IPP32330/2023,JN.1.44 +France/CVF-IPP25341/2023,JN.1.44 +France/CVF-IPP25340/2023,JN.1.44 +France/CVF-IPP26952/2023,JN.1.44 +Spain/CL-45253/2023,JN.1.44 +Spain/CL-44941/2023,JN.1.44 +Spain/CL-45256/2023,JN.1.44 +Spain/CL-44758/2023,JN.1.44 +Spain/CL-COV45864/2023,JN.1.44 +Spain/CL-COV45686/2023,JN.1.44 +France/GES-IPP30392/2023,JN.1.44 +Spain/CB-HUMV-279346/2023,JN.1.44 +France/ARA-RELAB-HCL723001601301/2023,JN.1.44 +France/OCC-HCL724000035401/2024,JN.1.44 +France/OCC-HCL024001046901/2023,JN.1.44 +Scotland/CLIMB-CM7YKAN4/2024,JN.1.44 +France/OCC-CHU-TLS-6004503129/2024,JN.1.44 +France/OCC-CHU-TLS-6004461324/2024,JN.1.44 +England/CLIMB-CM7YJMIJ/2023,JN.1.44 +England/CLIMB-CM7YFHWE/2023,JN.1.44 +England/CLIMB-CM7YMYNT/2023,JN.1.44 +England/CLIMB-CM7YJI3Q/2023,JN.1.44 +Belgium/UZA-UA-MI23510904/2023,JN.1.44 +England/CLIMB-CM7Y8CKK/2023,JN.1.44 +France/PAC-HCL023182473601/2023,JN.1.44 +France/ARA-HCL723001592501/2023,JN.1.44 +France/ARA-HCL023194375901/2023,JN.1.44 +Netherlands/NH-AUMC-001790/2023,JN.1.44 +England/CLIMB-CM7YGY73/2023,JN.1.44 +England/CLIMB-CM7YE1DA/2023,JN.1.44 +England/CLIMB-CM7YFPIS/2023,JN.1.44 +Denmark/DCGC-662441/2023,JN.1.44 +Denmark/DCGC-663491/2023,JN.1.44 +Denmark/DCGC-661774/2023,JN.1.44 +Finland/THL-10341/2023,JN.1.44 +Denmark/DCGC-670493/2024,JN.1.44 +Denmark/DCGC-668779/2023,JN.1.44 +Denmark/DCGC-662352/2023,JN.1.44 +Denmark/DCGC-662301/2023,JN.1.44 +USA/NJ-GBW-H10-017-6714/2023,JN.1.44 +USA/NJ-GBW-H20-345-5097/2023,JN.1.44 +USA/NJ-GBW-H20-345-5090/2023,JN.1.44 +Denmark/DCGC-664381/2023,JN.1.44 +Denmark/DCGC-663993/2023,JN.1.44 +Denmark/DCGC-669784/2023,JN.1.44 +France/GES-IPP23231/2023,JN.1.44 +France/GES-IPP23228/2023,JN.1.44 +Italy/UMB-LAOP-155-3-01-2024/2024,JN.1.44 +USA/MD-CDC-QDX90528341/2023,JN.1.44 +France/ARA-HCL723001666401/2023,JN.1.44 +France/HDF-IPP25678/2023,JN.1.44 +France/HDF-IPP25677/2023,JN.1.44 +France/HDF-IPP22220/2023,JN.1.44 +France/HDF-IPP33632/2023,JN.1.44 +France/PDL-IPP31279/2023,JN.1.44 +Austria/AGES-1144159/2023,JN.1.44 +Austria/AGES-1143657/2023,JN.1.44 +SouthKorea/KDCA279709/2023,JN.1.44 +SouthKorea/KDCA279698/2023,JN.1.44 +SouthKorea/KDCA278585/2023,JN.1.44 +SouthKorea/KDCA279657/2023,JN.1.44 +SouthKorea/KDCA279580/2023,JN.1.44 +SouthKorea/KDCA278632/2023,JN.1.44 +SouthKorea/KDCA278639/2023,JN.1.44 +Poland/0962WSN_wsseol/2023,JN.1.44 +Netherlands/GE-RIVM-134317/2023,JN.1.44 +Poland/Kce-1358/2023,JN.1.44 +Poland/WSSEGorzow-23S0582/2023,JN.1.44 +Poland/WSSEGorzow-24S0017/2024,JN.1.44 +Singapore/R95MR38/2023,JN.1.44 +Poland/0154WSN2024_wsseol/2023,JN.1.44 +Ukraine/84956/2024,JN.1.44 +Netherlands/UT-RIVM-131824/2023,JN.1.44 +USA/CA-HLX-STM-3UQSRQPWC/2023,JN.1.44 +Poland/0058WSN2024_wsseol/2023,JN.1.44 +Poland/0096WSN2024_wsseol/2023,JN.1.44 +Poland/PZH-NIZP-OBSERCO_036/2023,JN.1.44 +USA/RISHL24COV00248/2023,JN.1.44 +Poland/wompmodlin_2847a/2023,JN.1.44 +Poland/wompmodlin_2847/2023,JN.1.44 +Canada/MB-CPL-690442/2023,JN.1.44 +Canada/MB-CPL-690448/2023,JN.1.44 +Poland/0105WSN2024_wsseol/2023,JN.1.44 +Poland/0163WSN2024_wsseol/2023,JN.1.44 +Poland/0107WSN2024_wsseol/2023,JN.1.44 +Poland/Kce-213/2024,JN.1.44 +Poland/1018WSN2023_wsseol/2023,JN.1.44 +Poland/Kce-214/2024,JN.1.44 +Ukraine/85088/2024,JN.1.44 +Netherlands/NB-RIVM-136876/2023,JN.1.44 +Poland/24SNR118_wsserze/2023,JN.1.44 +Poland/WSSEGorzow-S0519/2023,JN.1.44 +Poland/WSSEGorzow-S0510/2023,JN.1.44 +Ireland/LK-UHL-679373/2024,JN.1.44 +Poland/0008WSN2024_wsseol/2023,JN.1.44 +Qatar/NIC-25-VI-0110177/2023,JN.1.44 +Italy/VEN-IZSVe-24RS8003-1_VI/2023,JN.1.44 +USA/GA-CDC-LC1068854/2023,JN.1.44 +France/ARA-HCL723001471301/2023,JN.1.44 +France/ARA-HCL723001483601/2023,JN.1.44 +France/PDL-IPP30226/2023,JN.1.44 +France/IDF-IPP24426/2023,JN.1.44 +France/ARA-CHUGA-3123228547/2023,JN.1.44 +Finland/THL-10380/2023,JN.1.44 +Germany/BY-MVP-000023437/2023,JN.1.44 +England/CLIMB-CM7YFWZJ/2024,JN.1.44 +France/ARA-CHUGA-3102997356/2023,JN.1.44 +France/ARA-CHUGA-3103023964/2023,JN.1.44 +France/BRE-IPP33100/2023,JN.1.44 +France/BRE-IPP31025/2023,JN.1.44 +Spain/PV-HUD-98074413/2024,JN.1.44 +France/OCC-HCL723001691301/2023,JN.1.44 +France/PAC-RELAB-HCL723001768701/2023,JN.1.44 +Israel/ICH-741200128/2023,JN.1.44 +Spain/MC-HCUVA-70014698/2023,JN.1.44 +France/IDF-IPP29520/2023,JN.1.44 +France/NAQ-HCL723001625101/2023,JN.1.44 +France/NAQ-HCL723001572001/2023,JN.1.44 +France/NAQ-HCL724000009701/2024,JN.1.44 +France/NAQ-HCL723001829101/2023,JN.1.44 +France/NAQ-HCL723001743001/2023,JN.1.44 +France/NAQ-HCL723001829001/2023,JN.1.44 +THA/CU-A230280/2023,JN.1.44 +USA/WA-GBW-H10-018-3764/2023,JN.1.44 +USA/WA-GBW-H20-343-4760/2023,JN.1.44 +Northern_Ireland/CLIMB-CM7YJGUT/2023,JN.1.44 +Thailand/NIC_BKK_8502/2023,JN.1.44 +USA/HI-H2327610/2024,JN.1.44 +USA/HI-H2327597/2024,JN.1.44 +USA/HI-TAMC_3241/2024,JN.1.44 +Micronesia/Y-H2327168/2024,JN.1.44 +Micronesia/Y-H2327216/2024,JN.1.44 +Oman/CPHL_724800/2024,JN.1.44 +France/IDF-IPP29187/2023,JN.1.44 +France/IDF-APHPSU_PSL-662312001708/2023,JN.1.44 +France/IDF-IPP28283/2023,JN.1.44 +France/IDF-IPP00774/2024,JN.1.44 +France/IDF-IPP31048/2023,JN.1.44 +England/CLIMB-CM7YG3FM/2024,JN.1.44 +Cameroon/LNSP-011-E078136/2024,JN.1.44 +Cameroon/LNSP-011-E078163/2024,JN.1.44 +Cameroon/LNSP-011-D013461/2024,JN.1.44 +Cameroon/LNSP-011-E078376/2024,JN.1.44 +Cameroon/LNSP-011-D013491/2024,JN.1.44 +Cameroon/LNSP-011-D013344/2024,JN.1.44 +Cameroon/LNSP-011-D013398/2024,JN.1.44 +Cameroon/LNSP-011-E078173/2024,JN.1.44 +Cameroon/LNSP-011-E078686/2024,JN.1.44 +Cameroon/LNSP-011-E078706/2024,JN.1.44 +Cameroon/LNSP-011-D013463/2024,JN.1.44 +Cameroon/LNSP-011-D013467/2024,JN.1.44 +Cameroon/LNSP-011-D013357/2024,JN.1.44 +Cameroon/LNSP-011-D013510/2024,JN.1.44 +Cameroon/LNSP-011-D013460/2024,JN.1.44 +Cameroon/LNSP-011-D013377/2024,JN.1.44 +Cameroon/LNSP-011-E078312/2024,JN.1.44 +France/ARA-RELAB-HCL724000069401/2024,JN.1.44 +France/PAC-HCL023182564601/2023,JN.1.44 +France/CVL-IPP00678/2024,JN.1.44 +France/IDF-IPP32147/2023,JN.1.44 +France/OCC-CHU-TLS-6004424887/2023,JN.1.44 +France/PAC-HCL723001667001/2023,JN.1.44 +France/ARA-CHUGA-3123318931/2023,JN.1.44 +France/ARA-CHUGA-3123230829/2023,JN.1.44 +France/ARA-HCL024019824501/2024,JN.1.44 +France/ARA-HCL024002123701/2024,JN.1.44 +France/ARA-HCL023205505101/2023,JN.1.44 +France/ARA-HCL723001619701/2023,JN.1.44 +France/ARA-HCL023197922301/2023,JN.1.44 +France/ARA-HCL023192409601/2023,JN.1.44 +France/ARA-HCL023186268101/2023,JN.1.44 +France/ARA-RELAB-HCL723001601401/2023,JN.1.44 +Sweden/AB-01_SE100_24CS500040/2023,JN.1.44 +Croatia/HZJZ_6737/2024,JN.1.44 +Sweden/D-6566047576/2023,JN.1.44 +Slovenia/IMI-V1-13941/2023,JN.1.44 +Netherlands/NB-PAMM-K12-0226/2023,JN.1.44 +Denmark/DCGC-662323/2023,JN.1.44 +Sweden/AB-01_SE100_23CS102611/2023,JN.1.44 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