Skip to content

Commit

Permalink
verify with independently computed MinHash signatures
Browse files Browse the repository at this point in the history
  • Loading branch information
ctb committed Dec 3, 2016
1 parent 9176cb5 commit a670df0
Show file tree
Hide file tree
Showing 7 changed files with 716 additions and 0 deletions.
137 changes: 137 additions & 0 deletions sourmash_lib/test-data/benchmark.dna.sig
@@ -0,0 +1,137 @@
class: sourmash_signature
email: ''
hash_function: 0.murmur64
name: gi|556503834:337-2799 Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655, complete genome
signatures:
- ksize: 21
md5sum: 3b3f65dba0dad5429f45e7023e269d7c
mins: [4519324738618364, 5243256295096602, 15176520465972589, 15680769339693652,
18497857373523252, 18755330737671003, 21624573369793591, 23062839395285483, 25725997040217348,
34666218892018070, 55529519525316327, 63656212937639342, 75298225208683694, 80926437301475488,
82402909138949714, 84251831438776403, 89592827748722822, 96489177501377939, 107016255164726803,
110175257989954062, 117055601844984303, 119550996164252532, 120076047914471482,
124833414081263892, 132504286561547362, 139936877543357875, 142399575232998988,
156589708717876073, 157600036558613226, 170884286104686349, 180176045311510443,
183173484525153304, 183191513011246829, 190851827918094774, 196816659105826119,
200502895665513902, 206617899443568343, 208648556119029728, 214757880775076502,
221439947106598531, 222377104477853357, 229634467206794208, 229858927555422443,
230403662973256315, 237754028275169642, 249662518251433611, 252081069902523525,
252795710958968226, 256338218563006981, 258290322120847078, 296740190453303443,
299105143441753695, 312212126552623732, 314500313110380519, 338527558449223148,
339105017353077094, 359206500033710227, 365718153590186420, 370930398442177501,
403815396160101602, 414182643590260521, 415731708245736342, 419730058340927733,
431255193450726462, 449959775652570015, 455665465786325870, 456545671551732504,
456749481847923790, 460465271562564119, 464691993746954567, 471969973719897424,
473292825271979324, 473947444832446512, 503900581727712533, 504893110543338426,
516254700454249722, 517558974040154693, 523042158632644287, 545925973186494361,
573089772132552719, 573224337350869238, 586237090548481729, 588355878869538600,
596427876319044649, 598478531121293759, 598766489696012982, 599121980285621763,
603345455278234761, 604332158663999379, 605161394232150749, 627953349748057426,
628288815373196979, 631467831068356910, 638930121032982754, 646268535348523426,
648766646957260149, 651957585584691918, 653734716277023714, 671176783675442398,
676449899983361696, 678087622994377643, 681209191264591886, 684442631447027859,
685245532727773945, 686539290304492030, 701759044462468520, 701934435706719454,
715706916902914970, 729109484741235585, 730252970558480668, 732263750898555337,
734986380512471581, 736361759870714723, 739966764979519208, 742537096162251665,
754742552548241672, 763733017463572138, 777085581844833631, 777453786599457901,
778458373774438377, 789327661010622672, 793256482262031210, 796573987605825156,
798410089280959798, 800975640267829726, 809713169356379329, 818462572733457560,
834457982392276800, 836147994239719748, 848246813795393775, 848387196404680558,
851455833321420577, 867503340479804435, 886670143014542260, 900865133144246679,
920025939482583144, 922015725707714710, 923708994455073967, 923982578113854156,
925099719285689242, 933319151978708573, 934263259985171652, 948528561267794041,
959782827337428307, 980807913068975752, 984838048286703305, 984881157805812413,
989280030569627198, 993660021418010680, 995298495947683416, 1026357438610600699,
1026722615218255446, 1030331839741280415, 1031921553827356732, 1039994399985206279,
1052972869877817167, 1077381073158598057, 1079047609887446506, 1086012621410603330,
1092338124404754997, 1112394971301281651, 1117021080640735011, 1122162917877620266,
1126566809884012978, 1129369092101879926, 1129433785712834018, 1145419176368039314,
1153868899172633617, 1159980668304032197, 1160481518917506640, 1160512527053304343,
1161440558231456077, 1168069068490863968, 1173220178183773678, 1182258147703991755,
1185994171719370556, 1189242596262087385, 1199717730168357222, 1211779716367591027,
1216201133346450995, 1229679666622766367, 1230656182628890758, 1233101334762226954,
1236354072127266198, 1243074495767543813, 1250949996412780851, 1259049375998863105,
1268020944079106958, 1286560352906372869, 1291261055811158406, 1299151697678883820,
1313774236907997207, 1313834872258564977, 1318142498175019026, 1336629913601611224,
1337290337233910885, 1342031747028108183, 1360788566971668171, 1360823748991542733,
1366745720828760834, 1367147206171898204, 1370259284900334087, 1391302969262236457,
1400304515373525090, 1404898683857088883, 1406201825417622770, 1417608977539552916,
1419999067354124723, 1427543737893659597, 1431352449477640883, 1432621209833260478,
1436585481635219363, 1450386337653025343, 1451885381036080122, 1453945751327348380,
1453948733063214166, 1465221936850960950, 1472164335029945743, 1475828201299850435,
1485152019595080685, 1492002816348121811, 1497806259765365076, 1501529834913216072,
1503557462202075564, 1510837352866191218, 1512642141967435480, 1532450820489707644,
1536357234676705810, 1536523421102184370, 1548963393451603019, 1581543022901963402,
1632981599015678946, 1637817473292590359, 1638901620191724364, 1650197718545038690,
1657066856918059654, 1661205611933086711, 1678149397196678002, 1683974340679182183,
1686068793380065392, 1687691611522851499, 1691889127065138930, 1692273012421555454,
1713216530254314524, 1718903384853258023, 1720385054113819339, 1730740015476700529,
1733968174857035959, 1758778781373204159, 1768140986650268438, 1771350911157917208,
1774013696963221559, 1782219010572055917, 1788767327145849387, 1789938326448838642,
1792421215274753274, 1795657369358693420, 1810819993167968413, 1816404656173349530,
1817055066496933728, 1820568892276037836, 1822962071471400097, 1825639555904054811,
1834053593334762228, 1837129341233539103, 1870937570599479553, 1872129592214099523,
1884339369858065032, 1893820897613243295, 1896232822216098555, 1906516256210041402,
1915315830121528302, 1920013365529191181, 1930723238411242399, 1930876119636722515,
1934093046569151778, 1936342417335652928, 1942727491988570656, 1961443182263664121,
1970163189183629183, 1980227172794045180, 1983067792340983364, 1991226619193590967,
1991757372586677703, 1994846379492089436, 1995397558673942110, 1998399501406778405,
2010774597913166049, 2023664635576891030, 2026143885654018577, 2030337421815491074,
2037951508415193077, 2053583989650168866, 2054292000947418619, 2058741158204567239,
2071695137931598692, 2078622190162551156, 2084410813573936943, 2090929346261178679,
2093937992541224605, 2107642136893914209, 2107802078510491904, 2119447471755743701,
2126517280203148378, 2130598817322888508, 2131159775922834200, 2144290045741408074,
2146550799732142880, 2174688491616269385, 2182350378775642431, 2182495780395207238,
2208728934520504861, 2213063025125587798, 2216045211154768385, 2224959614675946807,
2230462238420622356, 2258381747443868073, 2263796152233777888, 2278505586625664696,
2283065431645155418, 2284441040843337957, 2286648900818241539, 2295448339139811872,
2297526010900547541, 2299823172028285892, 2304554498529584840, 2332625609224629147,
2339375756765724029, 2347491726430767933, 2348838375021109037, 2355840300283764012,
2365452663940516736, 2378457784354669085, 2378516266347023145, 2384891006616031939,
2388019106715793809, 2398473838049688103, 2403334196097591244, 2409882547993093130,
2428072231424585984, 2428978814828024367, 2438570578138481180, 2440354108354493663,
2449325024734085858, 2451665978596034090, 2457715532828910646, 2457991397581156850,
2461594951732363213, 2474997665650744564, 2475869000158010761, 2504767299873430452,
2508919575429465809, 2510268831944191490, 2553262946850694743, 2553554258639171396,
2558022526516252085, 2558190745137184689, 2560097132748291323, 2574742088441021427,
2577436160301605322, 2580810685249191212, 2581436868379296736, 2582843240745954311,
2597446662573902694, 2617949472256625355, 2647764891290911793, 2655503369095476012,
2659756106331503134, 2659847566533896528, 2662764696090442853, 2670028013069951546,
2671437285399770849, 2686339012258676821, 2693432221956163444, 2695076334640323459,
2700230503858942259, 2702170362149250821, 2722618233472513355, 2735262227501225629,
2735399790361765204, 2736401556206271574, 2737523794693703117, 2742696243539725477,
2742725323803853318, 2750342749205377626, 2750962880808453593, 2767211794175800290,
2770492724049357466, 2773698349126661089, 2778259439953088600, 2778536944289919472,
2781055436339043258, 2784931508320045865, 2786068262360282733, 2788402065397740995,
2802718305571670043, 2803688320404732440, 2805699247995141926, 2820871697800450499,
2838638486493829008, 2839081500525257566, 2857684846089530341, 2869214032260177002,
2897250615174470364, 2898611078401408876, 2907297808381692787, 2911826942737329011,
2912399171850959001, 2917927014905288691, 2920318468275464055, 2928442303188940546,
2938663159845756313, 2952961813886494608, 2957504796722892583, 2969855958158578090,
2975008837852664025, 2979748479387304108, 2991108502810333073, 3001493793227284979,
3006033081391935982, 3024430717092521848, 3039608360044500288, 3041396875938219007,
3042780289115984639, 3042824712400253071, 3052059856694997649, 3057247052038313565,
3058556019203661583, 3063227788524327270, 3072447605791036746, 3077216324837998741,
3083704535159701417, 3094068587744684348, 3104465009534030626, 3109969722608734588,
3132232315277986023, 3132251615142410129, 3137360231796404095, 3137866721725159653,
3142530568901831050, 3143098026980194232, 3145357567219202415, 3147447324507890102,
3151208410561986743, 3153497729307887725, 3158086840306995462, 3168182845767792139,
3171311335767071310, 3172196483357758834, 3175770247360822520, 3176291981415390553,
3188967604342996040, 3204197026109730228, 3221232622671857919, 3231261365601695509,
3242574103497111853, 3243086161551174470, 3249549060036738262, 3257485475186759484,
3270771298921183734, 3271612627264331837, 3300146850093170921, 3310978389214829867,
3317803713725542045, 3326237421573977254, 3342090293414468725, 3350878148353134881,
3352651877374063578, 3358448729304128201, 3364218462146205870, 3364473376994669079,
3388562240502716743, 3389915034257361798, 3392673999750762566, 3406760409136676844,
3408073641908567893, 3412407728887187912, 3424289220282056215, 3432226410480394041,
3445682647990091419, 3446456007295741065, 3446548541137504392, 3451658369223712908,
3456156073753649946, 3460410899898532804, 3461253244569955031, 3475054620636748053,
3477865973545127599, 3489035233087890043, 3495678376357637248, 3498724394328816097,
3507337921191423932, 3514908858619879004, 3515615531953951985, 3523557567378948344,
3527861831568843924, 3528387260590764442, 3540378653931509135, 3544374012788067253,
3550178620588827665]
num: 500
type: mrnaseq
version: 0.4
---

0 comments on commit a670df0

Please sign in to comment.