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Title:La sélection génomique de la semaine #3 Slug: selection-3 Date: 2017-09-11 12:22:09 Tags: selection, génomique Category: biologie Author: Sacha Schutz SIDEBARIMAGE:../images/common/selection_banner.jpg summary: Voici ma sélection de l'actualité en génétique/génomique de la semaine du 04/09/2017.

Voici ma sélection de l'actualité en génétique/génomique de la semaine du 04/09/2017.

Craig Venter publie un article montrant comment reconstruire un portrait robot à partir d'un génome... Quelques heures après, le papier se prend une sévère critique.

SOURCE: PNAS

C'était l'ambiance sur twitter jeudi dernier, suite à la dernière publication de Craig Venter et de son équipe Human Longevity. Le papier sorti le 5 septembre dans PNAS propose de reconstruire numériquement le visage, la voix, la couleur de la peau, l'âge et la taille d'un individu simplement à partir de son ADN. Pour cela, ils ont entrainé un algorithme sur 1061 patients en recherchant une corrélation entre les SNPs de leurs génomes et leurs valeurs biométriques. Puis ils ont testé leur intelligence artificielle avec une série de génomes anonymisés pour reconstruire leurs visages avec 74% de réussite!
Quelques heures après, c'est un déluge de critique qui tombe sur twitter. Et notamment une review salée de Yaniv Erlich dans biorxiv publiée en des temps records. En résumé, les visages reconstruits ne sont pas assez précis pour reconnaitre un individu. À part si vous devez trouver un individu noir parmi 999 individus blancs.
Bref, ce n’est pas encore au point... Mais gardons quand même à l'esprit que la reconstruction d'un visage à partir d'un génome est en théorie possible vu que deux jumeaux se ressemblent comme deux gouttes d'eau.

http://www.pnas.org/content/early/2017/08/29/1711125114.abstract
http://www.biorxiv.org/content/early/2017/09/06/185330
http://www.nature.com/news/geneticists-pan-paper-that-claims-to-predict-a-person-s-face-from-their-dna-1.22580

Un algorithme de reconnaissance faciale qui reconnait l'homosexualité

Dans le même registre, cette news à la limite de l'éthique dont je me passerais de commentaires...

https://www.theguardian.com/technology/2017/sep/07/new-artificial-intelligence-can-tell-whether-youre-gay-or-straight-from-a-photograph

23andme vu par un célèbre youtubeur américain

@SmarterEveryDay, un youtubeur américain, très influençant dans la vulgarisation scientifique, fait la publicité de la société 23andMe en filmant toute la logistique de l'intérieur. Après avoir précisé qu'il avait la liberté de paroles, il en dépeint un joli portrait. Sauf que...
Voilà, le CEO de 23andMe (Anne Wojcicki) n'est autre que la soeur du CEO de YouTube (Susan Wojcicki). Il n' y aura pas à s'étonner de voir cette vidéo excessivement mise en avant sur YouTube...

<iframe width="560" height="315" src="https://www.youtube.com/embed/U3EEmVfbKNs?rel=0" frameborder="0" allowfullscreen></iframe>

Sortie du livre : « Il était une fois le gène »

Écrit par l'indien Siddhartha Mukherjee, médecin chercheur et gagnant du prix Pulitzer pour le livre « L'Empereur de toutes les maladies ».

http://editions.flammarion.com/Catalogue/hors-collection/sciences/il-etait-une-fois-le-gene

Personal Genom project

Je ne connaissais pas. Une plateforme pour partager et télécharger des génomes. http://www.personalgenomes.org/harvard

AddGene: De la biologie moléculaire bien expliquée

AddGene est une base de données de plasmide à but non lucratif. Mais le site contient surtout, pas mal de docs très claires sur des concepts clés en génétique moléculaire (CRISPR, plasmide, vecteur..) http://www.addgene.org/crispr/guide/

Single base editing avec CRISPR

Encore un autre variant de CRISPR-CAS9. En l'associant à la protéine APOBEC, on peut switcher une Cytosine en Uracile sans faire de coupure.

http://blog.addgene.org/single-base-editing-with-crispr

connaissez-vous les thérapies anti-sens ?

Les thérapies anti-sens permettent de traiter des maladies génétiques en injectant l'ARN anti-sens du gène muté. Par exemple le Nusinersen utilisé dans l'amyotrophie spinale.

https://en.m.wikipedia.org/wiki/Nausinersen

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