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このページでは「Rでつなぐ次世代オミックス情報統合解析研究会」で、二階堂愛が担当する「R + Bioconductor を使った ChIP-seq データ解析の基礎」の講義資料を提供します。
ご質問があるかたはメールしてください。その際に質問のガイドラインを参考にして頂けると幸いです。
- ChIP-seq 解析の前処理、peak calling などを理解する
- ChIP-seq データを R + Bioconductor で扱えるようにする
- ChIP-seq の Peak へアノテーションする
- ChIP-seq の peak 内DNA配列からDNAモチーフを検索する
- 2つの異なる転写因子の ChIP-seq データを比較をする
詳しくは講義内容をご覧ください。
講義で使用するプレゼンテーションファイルは以下からダウンロードできます。 20120222_JSBI_ChIP-seq_Tsurumi.pdf (PDF)
- R 2.14.1
- GSL 1.6 以上 (MotIV のために必要)
- Bioconductor 2.9
OSは問いませんが、Mac や Linux を強くお勧めします。
発展: 必須ではありませんが Ruby 1.9.2 以上と、Rake 0.9.2.2 以上があると便利です。
Rを起動します。
sudo R
パッケージをインストールします。
## software package
source("http://www.bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite()
biocLite("ChIPpeakAnno")
biocLite("rGADEM")
biocLite("MotIV")
## data package
biocLite("org.Mm.eg.db")
biocLite("BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm9")
データパッケージはファイルサイズが大きいので時間がかかります。QuGAcomp のみインストールの方法が違います。
sudo R CMD INSTALL QuGAcomp_0.99.1.tar.gz
QuGAcomp_0.99.1.tar.gz はここからダウンロードしてください。
以下のURLにアクセスし、ZIPファイルを解凍します。 https://github.com/dritoshi/jsbi_chipseq/zipball/master
解凍されたファイルは jsbi_chipseq というディレクトリにあるとします。
発展: git が使えるかたは以下のようにします。
git clone git@github.com:dritoshi/jsbi_chipseq.git
cd jsbi_chiipseq
ソースコードや解析結果のファイルをウェブブラウザで閲覧したい場合は以下のURLにアクセスします。 https://github.com/dritoshi/jsbi_chipseq
