Introduction à Linux - RAQ hiver 2015
Branch: master
Clone or download
Fetching latest commit…
Cannot retrieve the latest commit at this time.
Permalink
Type Name Latest commit message Commit time
Failed to load latest commit information.
00_archive
01_scripts
02_cours
03_dossiers_cours
.gitignore
LICENSE
README.md
TODO.md

README.md

Introduction à Linux

Formation d'introduction à Linux offerte aux membres du groupe Ressources Aquatiques Québec (RAQ) à l'hiver 2015.

Description

Les besoins en calculs en science, incluant en biologie et en bioinformatique, sont de plus en plus importants. Afin de pouvoir analyser ces quantités d'informations, il faut avoir accès à des ordinateurs dédiés et à des programmes d'analyses puissants. Depuis quelques décennies, ce genre de capacité de calcul est disponible sur des serveurs de calculs UNIX ou, plus récemment, des serveurs Linux. De plus en plus, les logiciels d'analyse bioinformatique de pointe sont programmés pour être utiliser sur des systèmes UNIX-compatible, comme Linux et MacOSX.

Cette formation a pour but d'introduire à l'utilisation de systèmes Linux ou similaires dans le cadre de la recherche scientifique, plus spécifiquement en bioinformatique. Tout au long de la session, nous utiliserons le terminal pour se connecter à un serveur Linux, apprendre les commandes de bases, écrire des scripts, installer des programmes et lancer des analyses. Ces notions seront essentielles pour tous ceux qui auront à utiliser des serveurs de calcul pour effectuer leurs analyses bioinformatiques sur des systèmes Linux ou Mac dans le futur. Il s'agit également de connaissances très pertinentes à avoir à son CV à l'ère de la génomique.

Format

  • Deux heures de présentation par semaine
  • Environ 4-6 semaines
  • Questions interactives
  • Exercices durant les présentations
  • Connection à un serveur Linux
  • Exercices à faire chaque semaine (~30 min)
  • Liens pour en apprendre plus

Plan de cours (sujet à changements)

Vidéos des cours sur YouTube

Semaine 1

Document de cours : intro_linux_raq_semaine_01.pdf

  • Introduction à Linux
  • Connection au serveur Linux utilisé durant le cours
  • Introduction au terminal (Linux, MacOS, Windows avec putty.exe)
  • Commandes de base

Semaine 2

Document de cours : intro_linux_raq_semaine_02.pdf

  • Dossiers importants
  • Plus de commandes utiles
  • Entrées et sorties de programmes
  • Création de pipelines avec les commandes

Semaine 3

Document de cours : intro_linux_raq_semaine_03.pdf

  • Manipulation de texte avancée (perl, sed, awk)
  • Expressions régulières
  • Compression de fichiers (gzip/gunzip, zip/unzip, tar)

Semaine 4

Document de cours : intro_linux_raq_semaine_04.pdf

  • Éditeurs de textes
  • Écrire et lancer des scripts
  • Permissions des fichiers et dossiers
  • Fichiers config .bashrc et .profile
  • Aliases
  • Screen

Semaine 5

Document de cours : intro_linux_raq_semaine_05.pdf

  • Transfers et téléchargement
  • Installation de programmes
  • Recherche de séquences similaires avec Blasts
  • Boucles for et while