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Méthodes biostatistiques

Pré-requis

Si R n'est pas déjà installé sur votre machine, vous pouvez télécharger la dernière version sur le site CRAN. Le logiciel RStudio peut également être installé afin de faciliter l'édition des scripts R et la visualisation des données tabulaires et des sorties graphiques. Le cas échéant, un éditeur de texte supportant l'édition de script R tel que Atom, VS Code ou Sublime Text devrait être suffisant.

Organisation

Le répertoire handout contient l'ensemble des documents de travail. Il s'agit de fichiers HTML (standalone, donc qui peuvent être copiés sur une clé USB ou envoyés par mail) avec le code R et les sorties. Tous les exemples ont été testés avec R version 3.4.3 (2017-11-30) sur Mac OS X 10.13.4. Les packages nécessaires à l'exécution des commandes R sont mentionnés dans chaque document.

Fichiers de données

Les différents jeux de données utilisés pour illustrer les concepts abordés dans cette formation sont soit accesibles depuis des packages installés avec R, soit dans le répertoire data de ce dépôt. Pour les sources de données externes disponibles dans ce répertoire, l'origine ou la source du fichier est mentionnée dans un fichier à part.

Ressources

Les traitements réalisés avec R font extensivement appel aux packages Hmisc et rms pour la modélisation statistique et au package ggplot2 pour les visualisations graphiques. Le reste des commandes R se conforme au langage R de base (et non au tidyverse en vogue).

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