Skip to content
Perceived pattern similarity comparison user study with Peax
Branch: master
Clone or download
Fetching latest commit…
Cannot retrieve the latest commit at this time.
Permalink
Type Name Latest commit message Commit time
Failed to load latest commit information.
.gitignore
.no_jekyll
120KB-EA-2.png
120KB-EA.png
120KB-EB-2.png
120KB-EB.png
120KB-ET-2.png
120KB-T0.png
120KB-T00A.png
120KB-T00B.png
120KB-T01A.png
120KB-T01B.png
120KB-T02A.png
120KB-T02B.png
120KB-T03A.png
120KB-T03B.png
120KB-T04A.png
120KB-T04B.png
120KB-T0A.png
120KB-T0B.png
120KB-T0C.png
120KB-T0D.png
120KB-T0E.png
120KB-T0F.png
120KB-T0G.png
120KB-T1.png
120KB-T10A.png
120KB-T10B.png
120KB-T11A.png
120KB-T11B.png
120KB-T12A.png
120KB-T12B.png
120KB-T13A.png
120KB-T13B.png
120KB-T14A.png
120KB-T14B.png
120KB-T1A.png
120KB-T1B.png
120KB-T1C.png
120KB-T1D.png
120KB-T1E.png
120KB-T1F.png
120KB-T1G.png
120KB-T2.png
120KB-T20A.png
120KB-T20B.png
120KB-T21A.png
120KB-T21B.png
120KB-T22A.png
120KB-T22B.png
120KB-T23A.png
120KB-T23B.png
120KB-T24A.png
120KB-T24B.png
120KB-T2A.png
120KB-T2B.png
120KB-T2C.png
120KB-T2D.png
120KB-T2E.png
120KB-T2F.png
120KB-T2G.png
120KB-T3.png
120KB-T30A.png
120KB-T30B.png
120KB-T31A.png
120KB-T31B.png
120KB-T32A.png
120KB-T32B.png
120KB-T33A.png
120KB-T33B.png
120KB-T34A.png
120KB-T34B.png
120KB-T3A.png
120KB-T3B.png
120KB-T3C.png
120KB-T3D.png
120KB-T3E.png
120KB-T3F.png
120KB-T3G.png
120KB-T4.png
120KB-T40A.png
120KB-T40B.png
120KB-T41A.png
120KB-T41B.png
120KB-T42A.png
120KB-T42B.png
120KB-T43A.png
120KB-T43B.png
120KB-T44A.png
120KB-T44B.png
120KB-T4A.png
120KB-T4B.png
120KB-T4C.png
120KB-T4D.png
120KB-T4E.png
120KB-T4F.png
120KB-T4G.png
120KB-T5.png
120KB-T50A.png
120KB-T50B.png
120KB-T51A.png
120KB-T51B.png
120KB-T52A.png
120KB-T52B.png
120KB-T53A.png
120KB-T53B.png
120KB-T54A.png
120KB-T54B.png
120KB-T5A.png
120KB-T5B.png
120KB-T5C.png
120KB-T5D.png
120KB-T5E.png
120KB-T5F.png
120KB-T5G.png
120KB-T6.png
120KB-T60A.png
120KB-T60B.png
120KB-T61A.png
120KB-T61B.png
120KB-T62A.png
120KB-T62B.png
120KB-T63A.png
120KB-T63B.png
120KB-T64A.png
120KB-T64B.png
120KB-T6A.png
120KB-T6B.png
120KB-T6C.png
120KB-T6D.png
120KB-T6E.png
120KB-T6F.png
120KB-T6G.png
120KB-T7.png
120KB-T70A.png
120KB-T70B.png
120KB-T71A.png
120KB-T71B.png
120KB-T72A.png
120KB-T72B.png
120KB-T73A.png
120KB-T73B.png
120KB-T74A.png
120KB-T74B.png
120KB-T7A.png
120KB-T7B.png
120KB-T7C.png
120KB-T7D.png
120KB-T7E.png
120KB-T7F.png
120KB-T7G.png
120KB-T8.png
120KB-T80A.png
120KB-T80B.png
120KB-T81A.png
120KB-T81B.png
120KB-T82A.png
120KB-T82B.png
120KB-T83A.png
120KB-T83B.png
120KB-T84A.png
120KB-T84B.png
120KB-T8A.png
120KB-T8B.png
120KB-T8C.png
120KB-T8D.png
120KB-T8E.png
120KB-T8F.png
120KB-T8G.png
12KB-EA-2.png
12KB-EA.png
12KB-EB-2.png
12KB-EB.png
12KB-ET-2.png
12KB-T0.png
12KB-T00A.png
12KB-T00B.png
12KB-T01A.png
12KB-T01B.png
12KB-T02A.png
12KB-T02B.png
12KB-T03A.png
12KB-T03B.png
12KB-T04A.png
12KB-T04B.png
12KB-T0A.png
12KB-T0B.png
12KB-T0C.png
12KB-T0D.png
12KB-T0E.png
12KB-T0F.png
12KB-T0G.png
12KB-T1.png
12KB-T10A.png
12KB-T10B.png
12KB-T11A.png
12KB-T11B.png
12KB-T12A.png
12KB-T12B.png
12KB-T13A.png
12KB-T13B.png
12KB-T14A.png
12KB-T14B.png
12KB-T1A.png
12KB-T1B.png
12KB-T1C.png
12KB-T1D.png
12KB-T1E.png
12KB-T1F.png
12KB-T1G.png
12KB-T2.png
12KB-T20A.png
12KB-T20B.png
12KB-T21A.png
12KB-T21B.png
12KB-T22A.png
12KB-T22B.png
12KB-T23A.png
12KB-T23B.png
12KB-T24A.png
12KB-T24B.png
12KB-T2A.png
12KB-T2B.png
12KB-T2C.png
12KB-T2D.png
12KB-T2E.png
12KB-T2F.png
12KB-T2G.png
12KB-T3.png
12KB-T30A.png
12KB-T30B.png
12KB-T31A.png
12KB-T31B.png
12KB-T32A.png
12KB-T32B.png
12KB-T33A.png
12KB-T33B.png
12KB-T34A.png
12KB-T34B.png
12KB-T3A.png
12KB-T3B.png
12KB-T3C.png
12KB-T3D.png
12KB-T3E.png
12KB-T3F.png
12KB-T3G.png
12KB-T4.png
12KB-T40A.png
12KB-T40B.png
12KB-T41A.png
12KB-T41B.png
12KB-T42A.png
12KB-T42B.png
12KB-T43A.png
12KB-T43B.png
12KB-T44A.png
12KB-T44B.png
12KB-T4A.png
12KB-T4B.png
12KB-T4C.png
12KB-T4D.png
12KB-T4E.png
12KB-T4F.png
12KB-T4G.png
12KB-T5.png
12KB-T50A.png
12KB-T50B.png
12KB-T51A.png
12KB-T51B.png
12KB-T52A.png
12KB-T52B.png
12KB-T53A.png
12KB-T53B.png
12KB-T54A.png
12KB-T54B.png
12KB-T5A.png
12KB-T5B.png
12KB-T5C.png
12KB-T5D.png
12KB-T5E.png
12KB-T5F.png
12KB-T5G.png
12KB-T6.png
12KB-T60A.png
12KB-T60B.png
12KB-T61A.png
12KB-T61B.png
12KB-T62A.png
12KB-T62B.png
12KB-T63A.png
12KB-T63B.png
12KB-T64A.png
12KB-T64B.png
12KB-T6A.png
12KB-T6B.png
12KB-T6C.png
12KB-T6D.png
12KB-T6E.png
12KB-T6F.png
12KB-T6G.png
12KB-T7.png
12KB-T70A.png
12KB-T70B.png
12KB-T71A.png
12KB-T71B.png
12KB-T72A.png
12KB-T72B.png
12KB-T73A.png
12KB-T73B.png
12KB-T74A.png
12KB-T74B.png
12KB-T7A.png
12KB-T7B.png
12KB-T7C.png
12KB-T7D.png
12KB-T7E.png
12KB-T7F.png
12KB-T7G.png
12KB-T8.png
12KB-T80A.png
12KB-T80B.png
12KB-T81A.png
12KB-T81B.png
12KB-T82A.png
12KB-T82B.png
12KB-T83A.png
12KB-T83B.png
12KB-T84A.png
12KB-T84B.png
12KB-T8A.png
12KB-T8B.png
12KB-T8C.png
12KB-T8D.png
12KB-T8E.png
12KB-T8F.png
12KB-T8G.png
3KB-EA-2.png
3KB-EA.png
3KB-EB-2.png
3KB-EB.png
3KB-ET-2.png
3KB-T0.png
3KB-T00A.png
3KB-T00B.png
3KB-T01A.png
3KB-T01B.png
3KB-T02A.png
3KB-T02B.png
3KB-T03A.png
3KB-T03B.png
3KB-T04A.png
3KB-T04B.png
3KB-T0A.png
3KB-T0B.png
3KB-T0C.png
3KB-T0D.png
3KB-T0E.png
3KB-T0F.png
3KB-T0G.png
3KB-T1.png
3KB-T10A.png
3KB-T10B.png
3KB-T11A.png
3KB-T11B.png
3KB-T12A.png
3KB-T12B.png
3KB-T13A.png
3KB-T13B.png
3KB-T14A.png
3KB-T14B.png
3KB-T1A.png
3KB-T1B.png
3KB-T1C.png
3KB-T1D.png
3KB-T1E.png
3KB-T1F.png
3KB-T1G.png
3KB-T2.png
3KB-T20A.png
3KB-T20B.png
3KB-T21A.png
3KB-T21B.png
3KB-T22A.png
3KB-T22B.png
3KB-T23A.png
3KB-T23B.png
3KB-T24A.png
3KB-T24B.png
3KB-T2A.png
3KB-T2B.png
3KB-T2C.png
3KB-T2D.png
3KB-T2E.png
3KB-T2F.png
3KB-T2G.png
3KB-T3.png
3KB-T30A.png
3KB-T30B.png
3KB-T31A.png
3KB-T31B.png
3KB-T32A.png
3KB-T32B.png
3KB-T33A.png
3KB-T33B.png
3KB-T34A.png
3KB-T34B.png
3KB-T3A.png
3KB-T3B.png
3KB-T3C.png
3KB-T3D.png
3KB-T3E.png
3KB-T3F.png
3KB-T3G.png
3KB-T4.png
3KB-T40A.png
3KB-T40B.png
3KB-T41A.png
3KB-T41B.png
3KB-T42A.png
3KB-T42B.png
3KB-T43A.png
3KB-T43B.png
3KB-T44A.png
3KB-T44B.png
3KB-T4A.png
3KB-T4B.png
3KB-T4C.png
3KB-T4D.png
3KB-T4E.png
3KB-T4F.png
3KB-T4G.png
3KB-T5.png
3KB-T50A.png
3KB-T50B.png
3KB-T51A.png
3KB-T51B.png
3KB-T52A.png
3KB-T52B.png
3KB-T53A.png
3KB-T53B.png
3KB-T54A.png
3KB-T54B.png
3KB-T5A.png
3KB-T5B.png
3KB-T5C.png
3KB-T5D.png
3KB-T5E.png
3KB-T5F.png
3KB-T5G.png
3KB-T6.png
3KB-T60A.png
3KB-T60B.png
3KB-T61A.png
3KB-T61B.png
3KB-T62A.png
3KB-T62B.png
3KB-T63A.png
3KB-T63B.png
3KB-T64A.png
3KB-T64B.png
3KB-T6A.png
3KB-T6B.png
3KB-T6C.png
3KB-T6D.png
3KB-T6E.png
3KB-T6F.png
3KB-T6G.png
3KB-T7.png
3KB-T70A.png
3KB-T70B.png
3KB-T71A.png
3KB-T71B.png
3KB-T72A.png
3KB-T72B.png
3KB-T73A.png
3KB-T73B.png
3KB-T74A.png
3KB-T74B.png
3KB-T7A.png
3KB-T7B.png
3KB-T7C.png
3KB-T7D.png
3KB-T7E.png
3KB-T7F.png
3KB-T7G.png
3KB-T8.png
3KB-T80A.png
3KB-T80B.png
3KB-T81A.png
3KB-T81B.png
3KB-T82A.png
3KB-T82B.png
3KB-T83A.png
3KB-T83B.png
3KB-T84A.png
3KB-T84B.png
3KB-T8A.png
3KB-T8B.png
3KB-T8C.png
3KB-T8D.png
3KB-T8E.png
3KB-T8F.png
3KB-T8G.png
README.md
data-120kb.csv
data-12kb.csv
data-3kb.csv
data-all-2.csv
data-all.csv
environment.yml
search-targets.h5
template-2.html
template.html
user-study-1-2-combined-results.ipynb
user-study-1-2-results.png
user-study-1-results.ipynb
user-study-1-results.png
user-study-2-results-by-knn.png
user-study-2-results.ipynb
user-study-2-results.png

README.md

Peax - Pattern Similarity Expriments

We compared the perceived similarity of patterns in sequential data at 3 different sizes. The sequential data is a DNase-seq experiment from the ENCODE project. We extracted 9 different patterns at increasing sizes of 3 kilobase pairs (kb), 12 kb, and 120 kb.

Results of both user studies

Experiment 1: groupwise comparison of 7 similarity search techniques

Results of the groupwise similarity comparison

Experiment 2: pairwise comparison of CAE and ED

Results of the pairwise similarity comparison

Results of the pairwise similarity comparison per search result

Reproduce results

conda env create --file environment.yml
jupyter lab

The staistical analysis and the code for generating the figures is available in the following three notebooks:

You can’t perform that action at this time.