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+ @@ -18,7 +18,7 @@ - + @@ -187,262 +187,247 @@ - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - - - - - - - - - - - - - - - - - + + @@ -450,189 +435,198 @@ - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + - + - - - - + + + + + + - - - + + + + + + - - - + + + + + - - - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + + + + - - - - + + + + - - - - + + + + - - - - + + + + - - - - + + + + - - - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + + @@ -650,412 +644,381 @@ - + - + - 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- - + + + + + - - - + + + + + diff --git a/docs/figure/regime_optimize.Rmd/worst-1.png b/docs/figure/regime_optimize.Rmd/worst-1.png index 8fb4dc5..ef6c72f 100644 Binary files a/docs/figure/regime_optimize.Rmd/worst-1.png and b/docs/figure/regime_optimize.Rmd/worst-1.png differ diff --git a/docs/figure/regime_optimize_3.Rmd/best-1.png b/docs/figure/regime_optimize_3.Rmd/best-1.png index 633bed9..ef054f9 100644 Binary files a/docs/figure/regime_optimize_3.Rmd/best-1.png and b/docs/figure/regime_optimize_3.Rmd/best-1.png differ diff --git a/docs/figure/regime_optimize_3.Rmd/bestmodels-1.svg b/docs/figure/regime_optimize_3.Rmd/bestmodels-1.svg index dc9e55a..e7ae204 100644 --- a/docs/figure/regime_optimize_3.Rmd/bestmodels-1.svg +++ b/docs/figure/regime_optimize_3.Rmd/bestmodels-1.svg @@ -30,28 +30,28 @@ - + - + - + - + - + - + - + - + @@ -84,72 +84,69 @@ - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - - - @@ -322,10 +319,10 @@ - + - + @@ -421,7 +418,7 @@ - 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+ - - + + - - + + - - + + - + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - + - - + + - - + + - - + + @@ -1975,183 +1946,178 @@ - - - - - - - - + + + + + + + + - + - - - + + + - - - - - - + + + + + + - - - + + + - - - + + + - - + + - - - - - - - - + + + + + + + + - - - + + + - - + + - - - - - + + + + + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + + + + + + + + - - + + - + - + @@ -2210,64 +2176,64 @@ - - + + - + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - + - + - - + + - + - + - - + + - + - - + + @@ -2278,182 +2244,177 @@ - - - - - - - - + + + + + + + + - + - - - + + + - - - - - - + + + + + + - - - + + + - - - + + + - - + + - - - - - - - + + + + + + + - - - + + + - - + + - - - - - - + + + + + + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + - + @@ -2512,31 +2473,31 @@ - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - + @@ -2544,31 +2505,31 @@ - - + + - + - + - - + + - + - - + + - + @@ -2589,69 +2550,71 @@ - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + - + - - - + + + - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + - - - + + + - - + + - - - - - - + + + + + + + + diff --git a/docs/figure/regime_optimize_3.Rmd/global-1.svg b/docs/figure/regime_optimize_3.Rmd/global-1.svg index 75d6440..e97a41f 100644 --- a/docs/figure/regime_optimize_3.Rmd/global-1.svg +++ b/docs/figure/regime_optimize_3.Rmd/global-1.svg @@ -24,10 +24,10 @@ - + - + @@ -39,29 +39,17 @@ - + - + - + - - - - - - - - - - - - @@ -214,166 +202,91 @@ - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - + @@ -381,166 +294,106 @@ - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + + - + - - + + + + + + + + + + + + + + + + - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - + @@ -577,99 +430,99 @@ - - - - - - - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + + + + + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + + @@ -691,32 +544,23 @@ - + - - - - - - - - - - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + - - - - + + + + diff --git a/docs/figure/regime_optimize_3.Rmd/globalmodel-1.svg b/docs/figure/regime_optimize_3.Rmd/globalmodel-1.svg index f26b6f3..e3cb445 100644 --- a/docs/figure/regime_optimize_3.Rmd/globalmodel-1.svg +++ b/docs/figure/regime_optimize_3.Rmd/globalmodel-1.svg @@ -9,40 +9,40 @@ - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + @@ -63,19 +63,19 @@ - + - + - + - + - + @@ -232,411 +232,408 @@ - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - - - - - - - - - - - - - + - - + + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - - - - - - - - - - - + + - + + + + + + + + + + + + + - + + + - - + + + - - + + + - - + + + - - - - - - - - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + + + + + + + + - - - - + + + + - - - - + + + + - - - - + + + + - - - - + + + + - - - - + + + + - - - - + + + + - - - - + + + + - - - - + + + + - - - - + + + + @@ -659,218 +656,183 @@ - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - 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+ - + - + - + + + + @@ -289,76 +292,76 @@ - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + @@ -373,10 +376,10 @@ - + - + @@ -391,13 +394,13 @@ - + - + - + @@ -414,48 +417,42 @@ - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - - - - - - - + - - - + + + @@ -510,24 +507,32 @@ - - - - - - - + + + - + + + + - + + + + - + + + + - + + + + @@ -604,49 +609,58 @@ - + - + + + + + + + - + - + - + - + - + - + - + - - - - - - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -701,14 +715,19 @@ - - + + + + + + - + + - - + + @@ -746,13 +765,13 @@ - + - + - + @@ -767,17 +786,17 @@ - + - + - + - - + + @@ -833,20 +852,32 @@ - - - + + + - + + + + - + + + + - + + + + - + + + + diff --git a/docs/figure/regime_optimize_3.Rmd/importanceshap-1.svg b/docs/figure/regime_optimize_3.Rmd/importanceshap-1.svg index a2d1e96..36ed44e 100644 --- a/docs/figure/regime_optimize_3.Rmd/importanceshap-1.svg +++ b/docs/figure/regime_optimize_3.Rmd/importanceshap-1.svg @@ -12,13 +12,13 @@ - + - + @@ -139,175 +139,169 @@ - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - - - - + + + + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - - - - - - @@ -320,1327 +314,1327 @@ - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - + - - - + + + - - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + - - + + - - - + + + - - - + + + - - - + + + - - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + + + + + + + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + - 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+ - + - + - - - - + @@ -295,13 +292,13 @@ - + - + - + @@ -316,31 +313,31 @@ - + - + - + - + - + - + - + - + - + @@ -352,13 +349,13 @@ - + - + - + @@ -370,42 +367,36 @@ - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - - - - - - @@ -420,13 +411,13 @@ - + - + - + @@ -441,15 +432,18 @@ - + - + - - - + + + + + + @@ -504,16 +498,32 @@ - - + + + + + + + + + - + + + + - + + + + - + + + + @@ -590,23 +600,20 @@ - - - - + - + - + - + - + @@ -618,28 +625,27 @@ - + - + - - - - - - - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + + + + + @@ -694,17 +700,17 @@ - - - + + + - + - + - + @@ -742,45 +748,39 @@ - + - + - + - + - + - + - + - + - + - - - - - - - + - - - + + + @@ -835,34 +835,32 @@ - - - - - - - - - + + + - - - + + + + - - - + + + + - - - + + + + - - - + + + + diff --git a/docs/figure/regime_optimize_4.Rmd/importanceshap-1.svg b/docs/figure/regime_optimize_4.Rmd/importanceshap-1.svg index 9868367..af2d119 100644 --- a/docs/figure/regime_optimize_4.Rmd/importanceshap-1.svg +++ b/docs/figure/regime_optimize_4.Rmd/importanceshap-1.svg @@ -9,33 +9,36 @@ - + - + - + - + - + - + - + - + + + + @@ -142,2303 +145,2373 @@ - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + + + + + - + + + + + - + - + - - - - - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + + + + + + + - - - + + + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + - + - - + + + + + - - + + + + - + + + + - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + + + - - + + - - - + + + - - - + + + - - - + + + - - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - + - - - - - - + + + + + + - - - - - - + + + + + + - - - - - + + + + + - - - - - - + + + + + + + + + + + + + + - - - - - + - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - + - + - + - - - - - - - - - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + + + + + + + + - - - - + + + + - - - - + + + + - - - - + + + + - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - + + - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + - - - - + + + + - - - + + + + - - - + + + + - - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + - - - - + + + + - - - - + + + + - - - - + + + + - - - - - - - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + + + + + + - - + + - - + + - - - + + + - - - + + + - - - + + + diff --git a/docs/figure/regime_optimize_4.Rmd/interaction-1.svg b/docs/figure/regime_optimize_4.Rmd/interaction-1.svg index 7b11e21..a75fef8 100644 --- a/docs/figure/regime_optimize_4.Rmd/interaction-1.svg +++ b/docs/figure/regime_optimize_4.Rmd/interaction-1.svg @@ -74,12 +74,6 @@ - - - - - - @@ -118,48 +112,39 @@ - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - - - - - - - - - @@ -171,51 +156,42 @@ - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - - - - - - - - - - + - + @@ -315,40 +291,36 @@ - - - - - + + + - - + + + + - - - - - - - - - - - - - + + + + + - - - + + + + + - - - + + + + + diff --git a/docs/figure/regime_optimize_4.Rmd/worst-1.png b/docs/figure/regime_optimize_4.Rmd/worst-1.png index 62ac9f2..6b3b76e 100644 Binary files a/docs/figure/regime_optimize_4.Rmd/worst-1.png and b/docs/figure/regime_optimize_4.Rmd/worst-1.png differ diff --git a/docs/regime_optimize.html b/docs/regime_optimize.html index a83f0f9..e734d57 100644 --- a/docs/regime_optimize.html +++ b/docs/regime_optimize.html @@ -374,7 +374,7 @@

Regime changes

Francisco Bischoff

-

on October 04, 2023

+

on November 30, 2023

@@ -425,7 +425,7 @@

on October 04, 2023

-Last updated: 2023-10-04 +Last updated: 2023-11-30

Checks: @@ -553,20 +553,20 @@

on October 04, 2023

-
+

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-The results in this page were generated with repository version d34d2ab. +The results in this page were generated with repository version c772fa0. See the Past versions tab to see a history of the changes made to the R Markdown and HTML files.

@@ -584,21 +584,13 @@

on October 04, 2023

Ignored: .Rhistory Ignored: .docker/ Ignored: .luarc.json - Ignored: analysis/regime_optimize_2.knit.md + Ignored: analysis/figure/ + Ignored: analysis/shiny/rsconnect/ + Ignored: analysis/shiny_land/rsconnect/ + Ignored: analysis/shiny_ventricular/rsconnect/ + Ignored: analysis/shiny_vtachy/rsconnect/ Ignored: dev/ Ignored: inst/extdata/ - Ignored: output/dbarts_fitted.bak.rds - Ignored: output/dbarts_fitted2.bak.rds - Ignored: output/dbarts_fitted2_lmk.bak.rds - Ignored: output/dbarts_fitted_lmk.bak.rds - Ignored: output/dbarts_fitted_mvds.bak.rds - Ignored: output/dbarts_fitted_vtds.bak.rds - Ignored: output/importances.bak.rds - Ignored: output/importances2.bak.rds - Ignored: output/importances2_lmk.bak.rds - Ignored: output/importances_lmk.bak.rds - Ignored: output/importances_mvds.bak.rds - Ignored: output/importances_vtds.bak.rds Ignored: renv/staging/ Ignored: tmp/ @@ -650,16 +642,16 @@

on October 04, 2023

Rmd -d34d2ab +c772fa0 Francisco Bischoff -2023-10-04 +2023-11-30 -revised floss score +update floss @@ -667,16 +659,33 @@

on October 04, 2023

Rmd -ca252b0 +5636465 Francisco Bischoff -2023-09-08 +2023-10-05 -main changes +regime 2 wip + + + + +html + + +5636465 + + +Francisco Bischoff + + +2023-10-05 + + +regime 2 wip @@ -1253,6 +1262,17 @@

1.3.1 Interactions

+5636465 + + +Francisco Bischoff + + +2023-10-05 + + + + 4887954 @@ -1329,11 +1349,10 @@

1.3.2.3 SHAP

1.3.3 Importance analysis

Using the three techniques above simultaneously allows a broad comparison of the model behavior4. All three methods are model-agnostic (separates interpretation from the model), but as we have seen above, each method has its advantages and disadvantages5.

Fig. 1.5 then shows the variable importance using three methods: Feature Importance Ranking Measure (FIRM) using Individual Conditional Expectation (ICE), Permutation-based, and Shapley Additive explanations (SHAP). The first line of this figure shows that the interaction between mp_threshold and window_size obscures the results, where except for time_constraint, the other variables have similar importance. In the second line, the most important feature that all three methods agree on is the regime_threshold.

-
Warning: Removed 31 rows containing non-finite values (`stat_boxplot()`).
-Variables importances using three different methods. A) Feature Importance Ranking Measure using ICE curves. B) Permutation method. C) SHAP (400 iterations). Line 1 refers to the original fit, and line 2 to the re-fit, taking into account the interactions between variables (Fig. \@ref(fig:interaction)). +Variables importances using three different methods. A) Feature Importance Ranking Measure using ICE curves. B) Permutation method. C) SHAP (100 iterations). Line 1 refers to the original fit, and line 2 to the re-fit, taking into account the interactions between variables (Fig. \@ref(fig:interaction)).

-Figure 1.5: Variables importances using three different methods. A) Feature Importance Ranking Measure using ICE curves. B) Permutation method. C) SHAP (400 iterations). Line 1 refers to the original fit, and line 2 to the re-fit, taking into account the interactions between variables (Fig. 1.4). +Figure 1.5: Variables importances using three different methods. A) Feature Importance Ranking Measure using ICE curves. B) Permutation method. C) SHAP (100 iterations). Line 1 refers to the original fit, and line 2 to the re-fit, taking into account the interactions between variables (Fig. 1.4).

@@ -1360,6 +1379,17 @@

1.3.3 Importance analysis

+5636465 + + +Francisco Bischoff + + +2023-10-05 + + + + 4887954 @@ -1415,6 +1445,17 @@

1.3.3 Importance analysis

+5636465 + + +Francisco Bischoff + + +2023-10-05 + + + + 3328477 @@ -1458,6 +1499,17 @@

1.3.3 Importance analysis

+5636465 + + +Francisco Bischoff + + +2023-10-05 + + + + 3328477 @@ -1614,6 +1666,17 @@

1.4.1 By recording

+5636465 + + +Francisco Bischoff + + +2023-10-05 + + + + f9f551d @@ -1669,6 +1732,17 @@

1.4.1 By recording

+5636465 + + +Francisco Bischoff + + +2023-10-05 + + + + f9f551d @@ -1729,6 +1803,17 @@

1.4.2 By model

+5636465 + + +Francisco Bischoff + + +2023-10-05 + + + + 4887954 @@ -1795,6 +1880,17 @@

1.4.2 By model

+5636465 + + +Francisco Bischoff + + +2023-10-05 + + + + f9f551d @@ -1880,7 +1976,7 @@

References

collate en_US.UTF-8 ctype en_US.UTF-8 tz Europe/Lisbon - date 2023-10-04 + date 2023-11-30 pandoc 2.17.0.1 @ /usr/bin/ (via rmarkdown) ─ Packages ─────────────────────────────────────────────────────────────────── @@ -1951,7 +2047,7 @@

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remotes 2.4.2.1 2023-07-18 [1] CRAN (R 4.3.1) renv 0.17.3 2023-04-06 [1] CRAN (R 4.3.1) rlang 1.1.1 2023-04-28 [1] CRAN (R 4.3.0) - rmarkdown 2.23.4 2023-08-13 [1] Github (rstudio/rmarkdown@054d735) - rpart 4.1.19 2022-10-21 [2] CRAN (R 4.3.0) + rmarkdown 2.25.1 2023-10-10 [1] Github (rstudio/rmarkdown@65a352e) + rpart 4.1.21 2023-10-09 [2] CRAN (R 4.3.1) rprojroot 2.0.3 2022-04-02 [1] CRAN (R 4.3.1) rsample 1.1.1 2022-12-07 [1] CRAN (R 4.3.0) rstudioapi 0.15.0 2023-07-07 [1] CRAN (R 4.3.1) @@ -2004,7 +2100,7 @@

References

signal 0.7-7 2021-05-25 [1] CRAN (R 4.3.0) stringi 1.7.12 2023-01-11 [1] CRAN (R 4.3.1) stringr 1.5.0 2022-12-02 [1] CRAN (R 4.3.1) - survival 3.5-5 2023-03-12 [2] CRAN (R 4.3.1) + survival 3.5-7 2023-08-14 [2] CRAN (R 4.3.1) svglite 2.1.1.9000 2023-05-05 [1] Github (r-lib/svglite@6c1d359) sys 3.4.2 2023-05-23 [1] CRAN (R 4.3.1) systemfonts 1.0.4 2022-02-11 [1] CRAN (R 4.3.0) diff --git a/docs/regime_optimize_3.html b/docs/regime_optimize_3.html index c510887..491a293 100644 --- a/docs/regime_optimize_3.html +++ b/docs/regime_optimize_3.html @@ -372,7 +372,7 @@

Regime changes 3.0 - malignantventricular dataset

Francisco Bischoff

-

on October 04, 2023

+

on November 30, 2023

@@ -422,7 +422,7 @@

on October 04, 2023

-Last updated: 2023-10-04 +Last updated: 2023-11-30

Checks: @@ -550,20 +550,20 @@

on October 04, 2023

-
+

Great! You are using Git for version control. Tracking code development and connecting the code version to the results is critical for reproducibility.

-The results in this page were generated with repository version d34d2ab. +The results in this page were generated with repository version c772fa0. See the Past versions tab to see a history of the changes made to the R Markdown and HTML files.

@@ -581,21 +581,12 @@

on October 04, 2023

Ignored: .Rhistory Ignored: .docker/ Ignored: .luarc.json - Ignored: analysis/regime_optimize_2.knit.md + Ignored: analysis/shiny/rsconnect/ + Ignored: analysis/shiny_land/rsconnect/ + Ignored: analysis/shiny_ventricular/rsconnect/ + Ignored: analysis/shiny_vtachy/rsconnect/ Ignored: dev/ Ignored: inst/extdata/ - Ignored: output/dbarts_fitted.bak.rds - Ignored: output/dbarts_fitted2.bak.rds - Ignored: output/dbarts_fitted2_lmk.bak.rds - Ignored: output/dbarts_fitted_lmk.bak.rds - Ignored: output/dbarts_fitted_mvds.bak.rds - Ignored: output/dbarts_fitted_vtds.bak.rds - Ignored: output/importances.bak.rds - Ignored: output/importances2.bak.rds - Ignored: output/importances2_lmk.bak.rds - Ignored: output/importances_lmk.bak.rds - Ignored: output/importances_mvds.bak.rds - Ignored: output/importances_vtds.bak.rds Ignored: renv/staging/ Ignored: tmp/ @@ -647,16 +638,16 @@

on October 04, 2023

Rmd -d34d2ab +c772fa0 Francisco Bischoff -2023-10-04 +2023-11-30 -revised floss score +update floss @@ -664,16 +655,33 @@

on October 04, 2023

Rmd -ca252b0 +5636465 Francisco Bischoff -2023-09-08 +2023-10-05 -main changes +regime 2 wip + + + + +html + + +5636465 + + +Francisco Bischoff + + +2023-10-05 + + +regime 2 wip @@ -896,6 +904,17 @@

1.3.1 Interactions

+5636465 + + +Francisco Bischoff + + +2023-10-05 + + + + 4887954 @@ -964,6 +983,17 @@

1.3.3 Importance analysis

+5636465 + + +Francisco Bischoff + + +2023-10-05 + + + + 4887954 @@ -1026,6 +1056,17 @@

1.3.3 Importance analysis

+5636465 + + +Francisco Bischoff + + +2023-10-05 + + + + f9f551d @@ -1082,6 +1123,17 @@

1.4.1 By recording

+5636465 + + +Francisco Bischoff + + +2023-10-05 + + + + 4887954 @@ -1140,6 +1192,17 @@

1.4.1 By recording

+5636465 + + +Francisco Bischoff + + +2023-10-05 + + + + f9f551d @@ -1184,6 +1247,17 @@

1.4.1 By recording

+5636465 + + +Francisco Bischoff + + +2023-10-05 + + + + f9f551d @@ -1236,6 +1310,17 @@

1.4.2 By model

+5636465 + + +Francisco Bischoff + + +2023-10-05 + + + + 4887954 @@ -1294,6 +1379,17 @@

1.4.2 By model

+5636465 + + +Francisco Bischoff + + +2023-10-05 + + + + f9f551d @@ -1344,7 +1440,7 @@

References

collate en_US.UTF-8 ctype en_US.UTF-8 tz Europe/Lisbon - date 2023-10-04 + date 2023-11-30 pandoc 2.17.0.1 @ /usr/bin/ (via rmarkdown) ─ Packages ─────────────────────────────────────────────────────────────────── @@ -1415,7 +1511,7 @@

References

knitr 1.43 2023-05-25 [1] CRAN (R 4.3.0) labeling 0.4.2 2020-10-20 [1] CRAN (R 4.3.0) later 1.3.1 2023-05-02 [1] CRAN (R 4.3.1) - lattice 0.21-8 2023-04-05 [2] CRAN (R 4.3.0) + lattice 0.22-5 2023-10-24 [2] CRAN (R 4.3.1) lava 1.7.2.1 2023-02-27 [1] CRAN (R 4.3.0) lhs 1.1.6 2022-12-17 [1] CRAN (R 4.3.0) lifecycle 1.0.3 2022-10-07 [1] CRAN (R 4.3.1) @@ -1423,7 +1519,7 @@

References

lubridate 1.9.2 2023-02-10 [1] CRAN (R 4.3.0) magrittr 2.0.3 2022-03-30 [1] CRAN (R 4.3.1) MASS 7.3-60 2023-05-04 [2] CRAN (R 4.3.1) - Matrix 1.6-0 2023-07-08 [2] CRAN (R 4.3.1) + Matrix 1.6-1.1 2023-09-18 [2] CRAN (R 4.3.1) memoise 2.0.1 2021-11-26 [1] CRAN (R 4.3.0) mgcv 1.9-0 2023-07-11 [2] CRAN (R 4.3.1) mime 0.12 2021-09-28 [1] CRAN (R 4.3.0) @@ -1455,8 +1551,8 @@

References

remotes 2.4.2.1 2023-07-18 [1] CRAN (R 4.3.1) renv 0.17.3 2023-04-06 [1] CRAN (R 4.3.1) rlang 1.1.1 2023-04-28 [1] CRAN (R 4.3.0) - rmarkdown 2.23.4 2023-08-13 [1] Github (rstudio/rmarkdown@054d735) - rpart 4.1.19 2022-10-21 [2] CRAN (R 4.3.0) + rmarkdown 2.25.1 2023-10-10 [1] Github (rstudio/rmarkdown@65a352e) + rpart 4.1.21 2023-10-09 [2] CRAN (R 4.3.1) rprojroot 2.0.3 2022-04-02 [1] CRAN (R 4.3.1) rsample 1.1.1 2022-12-07 [1] CRAN (R 4.3.0) rstudioapi 0.15.0 2023-07-07 [1] CRAN (R 4.3.1) @@ -1469,7 +1565,7 @@

References

signal 0.7-7 2021-05-25 [1] CRAN (R 4.3.0) stringi 1.7.12 2023-01-11 [1] CRAN (R 4.3.1) stringr 1.5.0 2022-12-02 [1] CRAN (R 4.3.1) - survival 3.5-5 2023-03-12 [2] CRAN (R 4.3.1) + survival 3.5-7 2023-08-14 [2] CRAN (R 4.3.1) svglite 2.1.1.9000 2023-05-05 [1] Github (r-lib/svglite@6c1d359) sys 3.4.2 2023-05-23 [1] CRAN (R 4.3.1) systemfonts 1.0.4 2022-02-11 [1] CRAN (R 4.3.0) diff --git a/docs/regime_optimize_4.html b/docs/regime_optimize_4.html index 977e097..d1ac4a3 100644 --- a/docs/regime_optimize_4.html +++ b/docs/regime_optimize_4.html @@ -372,7 +372,7 @@

Regime changes 4.0 - vtachyarrhythmias dataset

Francisco Bischoff

-

on October 04, 2023

+

on November 30, 2023

@@ -422,7 +422,7 @@

on October 04, 2023

-Last updated: 2023-10-04 +Last updated: 2023-11-30

Checks: @@ -550,20 +550,20 @@

on October 04, 2023

-
+

Great! You are using Git for version control. Tracking code development and connecting the code version to the results is critical for reproducibility.

-The results in this page were generated with repository version d6ca657. +The results in this page were generated with repository version c772fa0. See the Past versions tab to see a history of the changes made to the R Markdown and HTML files.

@@ -581,20 +581,12 @@

on October 04, 2023

Ignored: .Rhistory Ignored: .docker/ Ignored: .luarc.json + Ignored: analysis/shiny/rsconnect/ + Ignored: analysis/shiny_land/rsconnect/ + Ignored: analysis/shiny_ventricular/rsconnect/ + Ignored: analysis/shiny_vtachy/rsconnect/ Ignored: dev/ Ignored: inst/extdata/ - Ignored: output/dbarts_fitted.bak.rds - Ignored: output/dbarts_fitted2.bak.rds - Ignored: output/dbarts_fitted2_lmk.bak.rds - Ignored: output/dbarts_fitted_lmk.bak.rds - Ignored: output/dbarts_fitted_mvds.bak.rds - Ignored: output/dbarts_fitted_vtds.bak.rds - Ignored: output/importances.bak.rds - Ignored: output/importances2.bak.rds - Ignored: output/importances2_lmk.bak.rds - Ignored: output/importances_lmk.bak.rds - Ignored: output/importances_mvds.bak.rds - Ignored: output/importances_vtds.bak.rds Ignored: renv/staging/ Ignored: tmp/ @@ -643,19 +635,19 @@

on October 04, 2023

-html +Rmd -d6ca657 +c772fa0 Francisco Bischoff -2023-10-04 +2023-11-30 -wf publish +update floss @@ -663,33 +655,33 @@

on October 04, 2023

Rmd -d34d2ab +5636465 Francisco Bischoff -2023-10-04 +2023-10-05 -revised floss score +regime 2 wip -Rmd +html -ca252b0 +5636465 Francisco Bischoff -2023-09-08 +2023-10-05 -main changes +regime 2 wip @@ -946,13 +938,13 @@

1.3.1 Interactions

-d6ca657 +5636465 Francisco Bischoff -2023-10-04 +2023-10-05 @@ -1025,13 +1017,13 @@

1.3.3 Importance analysis

-d6ca657 +5636465 Francisco Bischoff -2023-10-04 +2023-10-05 @@ -1098,13 +1090,13 @@

1.3.3 Importance analysis

-d6ca657 +5636465 Francisco Bischoff -2023-10-04 +2023-10-05 @@ -1165,13 +1157,13 @@

1.4.1 By recording

-d6ca657 +5636465 Francisco Bischoff -2023-10-04 +2023-10-05 @@ -1234,13 +1226,13 @@

1.4.1 By recording

-d6ca657 +5636465 Francisco Bischoff -2023-10-04 +2023-10-05 @@ -1289,13 +1281,13 @@

1.4.1 By recording

-d6ca657 +5636465 Francisco Bischoff -2023-10-04 +2023-10-05 @@ -1352,13 +1344,13 @@

1.4.2 By model

-d6ca657 +5636465 Francisco Bischoff -2023-10-04 +2023-10-05 @@ -1421,13 +1413,13 @@

1.4.2 By model

-d6ca657 +5636465 Francisco Bischoff -2023-10-04 +2023-10-05 @@ -1482,7 +1474,7 @@

References

collate en_US.UTF-8 ctype en_US.UTF-8 tz Europe/Lisbon - date 2023-10-04 + date 2023-11-30 pandoc 2.17.0.1 @ /usr/bin/ (via rmarkdown) ─ Packages ─────────────────────────────────────────────────────────────────── @@ -1553,7 +1545,7 @@

References

knitr 1.43 2023-05-25 [1] CRAN (R 4.3.0) labeling 0.4.2 2020-10-20 [1] CRAN (R 4.3.0) later 1.3.1 2023-05-02 [1] CRAN (R 4.3.1) - lattice 0.21-8 2023-04-05 [2] CRAN (R 4.3.0) + lattice 0.22-5 2023-10-24 [2] CRAN (R 4.3.1) lava 1.7.2.1 2023-02-27 [1] CRAN (R 4.3.0) lhs 1.1.6 2022-12-17 [1] CRAN (R 4.3.0) lifecycle 1.0.3 2022-10-07 [1] CRAN (R 4.3.1) @@ -1561,7 +1553,7 @@

References

lubridate 1.9.2 2023-02-10 [1] CRAN (R 4.3.0) magrittr 2.0.3 2022-03-30 [1] CRAN (R 4.3.1) MASS 7.3-60 2023-05-04 [2] CRAN (R 4.3.1) - Matrix 1.6-0 2023-07-08 [2] CRAN (R 4.3.1) + Matrix 1.6-1.1 2023-09-18 [2] CRAN (R 4.3.1) memoise 2.0.1 2021-11-26 [1] CRAN (R 4.3.0) mgcv 1.9-0 2023-07-11 [2] CRAN (R 4.3.1) mime 0.12 2021-09-28 [1] CRAN (R 4.3.0) @@ -1593,8 +1585,8 @@

References

remotes 2.4.2.1 2023-07-18 [1] CRAN (R 4.3.1) renv 0.17.3 2023-04-06 [1] CRAN (R 4.3.1) rlang 1.1.1 2023-04-28 [1] CRAN (R 4.3.0) - rmarkdown 2.23.4 2023-08-13 [1] Github (rstudio/rmarkdown@054d735) - rpart 4.1.19 2022-10-21 [2] CRAN (R 4.3.0) + rmarkdown 2.25.1 2023-10-10 [1] Github (rstudio/rmarkdown@65a352e) + rpart 4.1.21 2023-10-09 [2] CRAN (R 4.3.1) rprojroot 2.0.3 2022-04-02 [1] CRAN (R 4.3.1) rsample 1.1.1 2022-12-07 [1] CRAN (R 4.3.0) rstudioapi 0.15.0 2023-07-07 [1] CRAN (R 4.3.1) @@ -1607,7 +1599,7 @@

References

signal 0.7-7 2021-05-25 [1] CRAN (R 4.3.0) stringi 1.7.12 2023-01-11 [1] CRAN (R 4.3.1) stringr 1.5.0 2022-12-02 [1] CRAN (R 4.3.1) - survival 3.5-5 2023-03-12 [2] CRAN (R 4.3.1) + survival 3.5-7 2023-08-14 [2] CRAN (R 4.3.1) svglite 2.1.1.9000 2023-05-05 [1] Github (r-lib/svglite@6c1d359) sys 3.4.2 2023-05-23 [1] CRAN (R 4.3.1) systemfonts 1.0.4 2022-02-11 [1] CRAN (R 4.3.0)