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finally got subsurface rotating gif working in docs ☸☸☸

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sslivkoff committed Jun 19, 2018
1 parent b4c2807 commit de80ecdc5f8900776086a5f493fa750d42c1cb77
@@ -7,6 +7,8 @@
"""
import tempfile
import matplotlib.pyplot as plt
import numpy as np
@@ -19,7 +21,7 @@
left_surface = cortex.polyutils.Surface(left[0], left[1])
right_surface = cortex.polyutils.Surface(right[0], right[1])
##########################################################
################################################################################
# create subsurface
center = 125000
@@ -28,7 +30,7 @@
patch = left_surface.get_geodesic_patch(center, radius=radius)
subsurface = left_surface.create_subsurface(vertex_mask=patch['vertex_mask'])
##########################################################
################################################################################
# plot data on subsurface
data = subsurface.geodesic_distance([0]) + 20
@@ -37,17 +39,23 @@
plt.title('example subsurface data')
plt.show()
##########################################################
################################################################################
# plot subsurface as gif
# .. image:: ../../surface_analyses/example_subsurface.gif
#
pass
# f, path = tempfile.mkstemp()
# path = path + '.gif'
f, path = tempfile.mkstemp()
path = path + '.gif'
# subsurface.plot_subsurface_rotating_gif(path=path)
##########################################################
################################################################################
# .. image:: ../../example_subsurface.gif
################################################################################
# create many patches
#
patches = left_surface.get_geodesic_patches(
seeds=np.arange(0, 150000, 1000),
@@ -65,7 +73,7 @@
plt.title('patches')
plt.show()
##########################################################
################################################################################
# create geodesic strip patch
patch = left_surface.get_geodesic_strip_patch(v0=70000, v1=125000, radius=5)

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