International SARS-CoV-2 genomic surveillance

This repository uses the genomicsurveillance model to estimate daily growth rates of a variety of SARS-CoV-2 lineages in selected countries. It fits a logistic linear model to daily lineage counts using a Dirichlet-Multinomial model. The growth rates are modelled in a hierarchical Bayesian fashion using stochastic variational inference.

The model is described in detail in our publication Genomic reconstruction of the SARS-CoV-2 epidemic in England.

The current code pulls aggregated data from cov-spectrum.org; the underlying data is proved by GISAID. Case data is from Our World in Data.

Latest update: 2023-01-19, based on 8562043 genomic sequences.

Growth rates

Each dot represents a country (MAP estimate). Bars denote the shared mean, errorbars are the 90% posterior interval.

In tabular form, per country

Other countries are grouped into geographic regions.

	Australia	Austria	Brazil	Canada	Chile	Denmark	France	Germany	India	Indonesia	Israel	Japan	Mexico	Other - Africa	Other - Asia	Other - Europe	Other - North America	Other - Oceania	Other - South America	Russia	Singapore	South Africa	South Korea	Spain	Sweden	Turkey	USA	United Kingdom
B.1.1.529	-10±1	-8±0	-10±1	-4±1	-1±1	-7±1	-9±1	-5±0	-4±0	-6±1	-5±1	-2±1	-3±1	-7±0	-4±0	-16±0	-16±1	-9±1	-10±1	-11±1	-4±1	-9±0	0±1	-5±1	-8±0	-13±1	-3±0	-11±0
BA.1	-18±0	-15±0	-18±0	-21±0	-18±0	-21±0	-19±0	-20±0	-13±0	-15±0	-21±0	-21±0	-17±0	-14±0	-12±0	-20±0	-20±0	-21±0	-17±0	-17±0	-16±0	-15±0	-21±0	-18±0	-20±0	-20±0	-21±0	-21±0
BA.1.1	-16±0	-12±0	-16±0	-18±0	-16±0	-16±0	-17±0	-17±0	-11±0	-16±0	-18±0	-17±0	-15±0	-13±0	-10±0	-17±0	-18±0	-13±0	-16±0	-16±0	-9±0	-14±0	-17±0	-16±0	-17±0	-15±0	-18±0	-18±0
BA.2	-9±0	-8±0	-11±0	-12±0	-10±0	-12±0	-9±0	-11±0	-4±0	-8±0	-10±0	-10±0	-9±0	-7±0	-5±0	-10±0	-12±0	-9±0	-10±0	-11±0	-4±0	-8±0	-9±0	-8±0	-12±0	-8±0	-10±0	-10±0
BA.2.3.20	4±0	0±0	-6±4	4±0	5±1	4±0	5±0	4±0	14±2	5±1	4±0	3±0	-7±7	-2±4	4±0	5±0	3±1	3±0	-3±2	1±2	3±0	-5±4	3±0	5±1	4±1	3±2	4±0	4±0
BA.2.12.1	-5±0	-4±0	-8±0	-8±0	-7±0	-5±0	-4±0	-4±0	-5±0	-5±0	-6±0	-7±0	-6±0	-4±0	-3±0	-4±0	-7±0	-6±0	-7±0	-7±1	-2±0	-2±1	-5±0	-3±0	-6±0	-4±0	-7±0	-4±0
BA.2.75	2±0	1±0	0±1	2±0	5±0	3±0	4±0	3±0	4±0	6±0	3±0	2±0	3±1	5±0	3±0	4±0	3±1	2±0	4±0	1±0	1±0	-1±1	3±0	6±0	4±0	5±0	3±0	4±0
CH.1.1	9±0	5±0	12±3	10±1	10±2	11±0	13±1	11±1	14±1	15±1	12±1	5±0	6±3	9±2	9±0	10±0	15±4	8±0	9±1	6±4	8±1	4±2	7±0	15±2	12±0	12±1	9±0	11±0
BR.2	8±0	4±1	<NA>	8±1	-2±5	9±1	7±2	6±1	16±2	10±5	-10±8	5±1	<NA>	<NA>	9±2	9±1	<NA>	10±0	7±4	<NA>	6±1	<NA>	6±1	14±4	-6±7	<NA>	8±1	9±1
BN.1	7±0	4±0	5±1	6±0	4±1	7±0	7±0	6±0	10±0	9±0	7±0	5±0	6±1	6±0	7±0	6±0	4±1	6±0	9±1	6±1	5±0	4±1	7±0	8±0	8±0	7±0	7±0	6±0
BA.4	-3±0	-2±0	-3±0	-3±0	-2±0	-2±0	-1±0	-2±0	-3±0	-2±0	-2±0	-3±0	-2±0	-2±0	-2±0	-2±0	-2±0	-3±0	-3±0	-4±1	-2±0	-2±0	-3±0	-1±0	-2±0	-2±0	-2±0	-2±0
BA.4.6	1±0	0±0	0±0	1±0	2±0	2±0	2±0	2±0	3±1	2±0	2±0	1±0	1±0	2±0	2±0	2±0	0±0	1±0	1±0	0±1	1±0	0±0	1±0	3±0	2±0	2±1	1±0	1±0
BA.5	0±0	0±0	0±0	0±0	0±0	0±0	0±0	0±0	0±0	0±0	0±0	0±0	0±0	0±0	0±0	0±0	0±0	0±0	0±0	0±0	0±0	0±0	0±0	0±0	0±0	0±0	0±0	0±0
BA.5.2	0±0	0±0	-2±0	1±0	1±0	1±0	1±0	1±0	0±0	1±0	0±0	1±0	0±0	0±0	0±0	1±0	1±0	0±0	0±0	0±0	1±0	-1±0	2±0	1±0	1±0	1±0	1±0	1±0
BF.7	4±0	2±0	1±0	4±0	2±0	3±0	4±0	4±0	14±1	4±1	4±0	5±0	3±0	2±1	13±0	3±0	3±0	4±0	3±0	1±0	8±1	1±1	5±0	4±0	3±0	1±1	4±0	3±0
BA.5.2.6	4±0	2±0	-2±1	4±0	2±1	3±0	4±0	4±0	4±1	5±0	4±0	4±0	-1±2	3±0	3±0	4±0	1±1	4±0	1±1	3±0	2±0	0±0	3±0	5±0	3±0	3±0	4±0	4±0
BA.5.2.13	2±0	4±1	<NA>	5±0	-11±6	2±0	3±1	5±0	<NA>	2±1	5±1	1±1	0±2	0±2	5±1	4±0	0±2	-5±3	-12±5	2±2	3±2	-8±4	-3±2	3±1	3±1	0±2	4±0	3±0
CK.2.1.1	4±1	2±0	-3±2	4±1	1±3	3±0	7±1	4±0	<NA>	<NA>	6±1	2±1	2±1	<NA>	-2±3	5±0	<NA>	1±1	8±2	-4±4	2±2	-7±4	0±2	6±0	6±1	-1±4	5±0	5±0
BQ.1	6±0	4±0	6±0	6±0	6±0	6±0	7±0	6±0	19±1	9±0	8±0	5±0	7±0	5±0	7±0	6±0	5±0	6±0	8±0	7±1	6±0	3±0	6±0	8±0	6±0	7±0	6±0	6±0
BQ.1.1	7±0	6±0	5±0	7±0	8±0	6±0	7±0	7±0	19±1	10±0	8±0	5±0	7±0	6±0	7±0	7±0	7±0	7±0	10±0	5±1	6±0	6±0	5±0	10±0	8±0	6±0	7±0	7±0
BQ.1.1.20	<NA>	6±5	<NA>	<NA>	<NA>	8±0	2±3	11±1	<NA>	<NA>	-8±7	<NA>	<NA>	<NA>	<NA>	9±2	<NA>	<NA>	<NA>	<NA>	<NA>	<NA>	-8±7	<NA>	11±1	<NA>	-9±8	5±3
BQ.1.9	<NA>	4±0	<NA>	-15±6	<NA>	<NA>	-10±6	<NA>	-4±6	<NA>	-7±4	<NA>	<NA>	-4±5	<NA>	3±1	<NA>	<NA>	-4±4	<NA>	<NA>	<NA>	6±1	<NA>	<NA>	<NA>	4±0	<NA>
CQ.2	-2±4	3±3	<NA>	3±2	-2±4	5±1	3±2	-7±4	<NA>	<NA>	4±2	4±0	-3±5	<NA>	<NA>	5±2	-1±3	<NA>	-4±4	<NA>	-1±4	-3±5	-7±4	<NA>	<NA>	<NA>	6±0	-7±4
XAY	-9±6	3±1	<NA>	-10±7	<NA>	8±0	1±3	6±2	<NA>	<NA>	-12±5	<NA>	<NA>	3±5	<NA>	9±1	<NA>	<NA>	<NA>	<NA>	<NA>	-1±1	-11±5	1±5	-8±4	<NA>	2±1	6±2
XBB	4±0	1±0	8±2	4±0	10±1	6±0	6±0	5±0	12±0	10±0	7±0	2±0	5±2	6±1	5±0	5±0	10±1	6±1	10±0	9±1	3±0	4±1	3±0	11±1	6±1	8±1	7±0	7±0
XBB.1	5±0	3±0	6±1	7±0	8±1	7±0	7±0	6±0	13±0	12±0	7±0	3±0	10±1	8±1	6±0	6±0	10±0	4±0	11±1	9±0	3±0	1±2	4±0	10±1	7±0	9±1	8±0	8±0
XBB.1.5	12±2	14±1	4±4	15±1	14±3	15±1	12±1	14±2	20±1	<NA>	17±1	5±3	1±6	<NA>	9±4	14±1	19±2	3±9	22±2	<NA>	14±3	6±7	8±2	19±2	15±2	<NA>	14±0	17±1
XBF	9±0	6±1	<NA>	12±2	-4±8	11±1	9±2	7±3	11±1	-1±9	15±2	4±1	-4±9	<NA>	6±3	10±1	<NA>	10±1	<NA>	<NA>	8±1	-6±8	8±1	17±2	15±1	8±3	9±1	13±1

Shown is the daily growth advantage over BA.5 in percent. Errors are standard errors.

Variant share by country

The variant share is extrapolated from the last day with observed data. In countries where a variant hasn't been detected yet, it is assumed to be introduced at levels of 1% of the international average.

Latest estimated variant proportion.

In tabular form, per country

	Australia	Austria	Brazil	Canada	Chile	Denmark	France	Germany	India	Indonesia	Israel	Japan	Mexico	Russia	Singapore	South Africa	South Korea	Spain	Sweden	Turkey	USA	United Kingdom	Other - Africa	Other - Asia	Other - Europe	Other - North America	Other - Oceania	Other - South America
B.1.1.529	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
BA.1	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
BA.1.1	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
BA.2	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
BA.2.3.20	0.4	0.1	0.0	0.3	0.2	0.1	0.2	0.3	0.4	0.0	0.1	0.9	0.2	0.0	1.4	0.0	1.1	0.0	0.0	0.2	0.2	0.0	0.0	0.5	0.4	0.0	0.2	0.0
BA.2.12.1	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
BA.2.75	0.3	0.7	0.0	0.2	1.5	0.2	0.4	0.7	0.0	0.1	0.1	0.5	0.2	0.1	1.2	0.0	2.3	0.5	0.3	1.4	0.1	0.3	6.3	0.4	0.7	0.0	0.2	0.0
CH.1.1	7.1	5.8	5.6	2.0	2.4	15.0	8.3	9.3	1.8	6.1	7.9	3.1	0.6	1.8	11.0	0.5	4.2	4.3	15.0	18.7	1.0	34.8	6.1	7.3	13.4	3.0	36.0	0.6
BR.2	29.0	0.2	(0.0)	0.2	0.0	1.2	0.1	0.1	2.4	0.6	0.0	0.5	(0.0)	(0.0)	2.5	(0.0)	0.2	1.8	0.0	(0.0)	0.1	0.3	(0.1)	0.4	0.2	(0.0)	28.1	0.3
BN.1	10.3	9.2	1.2	1.7	0.3	15.4	3.8	9.8	0.7	1.8	3.0	15.6	3.3	3.9	10.2	1.9	60.8	1.4	5.0	8.4	1.9	3.4	25.0	10.3	5.3	0.1	4.0	1.0
BA.4	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.1	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
BA.4.6	0.1	0.2	0.2	0.3	1.3	0.1	0.1	0.2	0.0	0.0	0.0	0.1	0.1	0.0	0.0	0.2	0.0	0.0	0.1	0.0	0.1	0.0	0.1	0.0	0.1	0.0	0.0	0.0
BA.5	0.1	2.8	1.8	0.4	0.1	0.2	0.1	0.6	0.0	0.0	0.0	1.0	0.7	0.7	0.1	9.1	0.2	0.0	0.2	0.1	0.1	0.1	0.1	0.0	0.3	0.1	0.2	0.0
BA.5.2	0.3	1.6	0.1	1.7	1.1	0.5	0.3	3.5	0.0	0.0	0.1	24.4	0.8	2.8	1.4	0.3	10.1	0.1	0.4	0.7	0.4	0.2	0.0	0.1	1.1	0.2	0.4	0.0
BF.7	0.6	2.6	0.0	2.8	0.1	1.0	1.9	10.6	0.6	0.0	0.4	18.7	0.4	0.2	7.7	0.2	3.3	0.3	1.5	0.0	0.6	0.4	0.0	64.7	2.5	0.0	1.1	0.0
BA.5.2.6	0.3	0.2	0.0	0.3	0.0	0.1	0.3	1.1	0.0	0.1	0.1	7.1	0.0	1.0	0.4	0.1	0.4	0.0	0.1	0.5	0.2	0.1	0.5	0.1	0.4	0.0	0.3	0.0
BA.5.2.13	0.0	0.1	(0.0)	0.8	0.0	0.0	0.0	0.6	(0.0)	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.1	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.1	0.0	0.1	0.1	0.0	0.0	0.0
CK.2.1.1	0.0	0.6	0.0	0.0	0.0	0.0	0.3	0.4	(0.0)	(0.0)	0.1	0.0	0.1	0.0	0.1	0.0	0.0	0.2	0.2	0.0	0.1	0.1	(0.0)	0.0	0.2	(0.0)	0.0	0.1
BQ.1	5.5	8.3	26.7	20.1	7.8	6.7	15.6	19.3	33.7	4.3	16.9	5.6	36.0	12.0	21.6	5.4	11.4	18.2	14.7	52.1	15.5	6.6	9.5	2.6	18.6	1.5	4.5	4.6
BQ.1.1	10.6	19.0	59.6	52.2	54.0	19.8	63.2	32.7	23.1	6.5	28.4	21.1	35.6	1.0	12.3	74.7	2.4	53.6	26.4	4.0	21.7	27.6	26.3	3.0	41.8	9.5	10.4	25.9
BQ.1.1.20	(0.0)	0.2	(0.0)	(0.0)	(0.0)	22.3	0.0	1.7	(0.0)	(0.0)	0.0	(0.0)	(0.0)	(0.0)	(0.0)	(0.0)	0.0	(0.0)	1.6	(0.0)	0.0	0.0	(0.0)	(0.0)	0.2	(0.0)	(0.0)	(0.0)
BQ.1.9	(0.0)	22.1	(0.0)	0.0	(0.0)	(0.0)	0.0	(0.0)	0.0	(0.0)	0.0	(0.0)	(0.0)	(0.0)	(0.0)	(0.0)	0.5	(0.0)	(0.0)	(0.0)	0.0	(0.0)	0.6	(0.0)	0.0	(0.0)	(0.0)	0.0
CQ.2	0.0	0.1	(0.0)	0.0	0.0	0.1	0.0	0.0	(0.0)	(0.0)	0.0	0.6	0.0	(0.0)	0.0	0.1	0.0	(0.0)	(0.0)	(0.0)	0.2	0.0	(0.0)	(0.0)	0.0	0.0	(0.0)	0.0
XAY	0.0	0.1	(0.0)	0.0	(0.0)	2.7	0.0	0.1	(0.0)	(0.0)	0.0	(0.0)	(0.0)	(0.0)	(0.0)	0.1	0.0	0.0	0.0	(0.0)	0.0	0.0	1.6	(0.0)	0.3	(0.0)	(0.0)	(0.0)
XBB	0.3	0.2	1.7	0.2	19.1	0.5	0.5	0.4	11.8	6.5	0.9	0.1	0.8	24.1	3.9	2.9	0.2	2.0	0.4	1.0	0.9	0.9	7.2	1.7	0.5	3.0	0.8	21.2
XBB.1	1.0	2.2	2.6	1.1	4.4	4.0	1.1	1.8	10.4	73.8	2.0	0.3	20.3	52.2	14.8	0.3	0.8	1.3	6.7	11.5	2.5	2.2	15.8	8.7	2.6	64.2	0.3	4.6
XBB.1.5	0.8	22.1	0.3	14.8	7.5	7.0	3.3	6.2	15.1	(0.1)	33.1	0.1	0.7	(0.1)	7.8	3.4	0.9	9.0	3.1	(0.0)	54.1	20.6	(0.7)	0.3	9.8	18.3	1.0	41.6
XBF	33.4	1.3	(0.0)	1.0	0.0	3.0	0.3	0.4	0.0	0.1	6.8	0.2	0.1	(0.0)	3.6	0.5	1.2	7.1	24.3	1.3	0.2	2.3	(0.1)	0.1	1.3	(0.0)	12.4	(0.0)

Shown is the estimated variant proportion on 2023-01-19 in percent.

Values in parentheses mean that the variant has not been detected in the specific country and are imputed instead.