diff --git a/README.md b/README.md index 9fa3f7e..ac602af 100644 --- a/README.md +++ b/README.md @@ -3,26 +3,38 @@ gatk-tools-java Tools for using Picard and GATK with Genomics API. - Common classes for getting Reads from GA4GH Genomics API and -exposing them as SAMRecord "Iterable" resource. -These will be used for subsequent work on enabling HTSJDK to use APIs data as -input. +exposing them as SAMRecord "Iterable" resource. -- Ga4GHPicardRunner wrapper around Picard tools that allows for INPUTS into -Picard tools to be ga4gh:// urls. +- Implementation of a custom reader that can be plugged into Picard tools +to handle reading of the input data specified via a url and coming from GA4GH API. + +- Requires htsjdk version 1.128 and greater and Picard latest version (past this commit https://github.com/iliat/picard/commit/ebe987313d799d58b0673351b95d3ca91fed82bf). + +- A set of shell scripts (src/main/scripts) that demonstrate how to run Picard +tools with Ga4GH custom reader. + +The typical command line would look like: +java -jar \ +-Dsamjdk.custom_reader=https://www.googleapis.com/genomics, \ +-Dga4gh.client_secrets= +dist/picard.jar + +E.g +java -jar \ +-Dsamjdk.custom_reader=https://www.googleapis.com/genomics,com.google.cloud.genomics.gatk.htsjdk.GA4GHReaderFactory,gatk-tools-java-1.0.jar \ +-Dga4gh.client_secrets=/client_secrets.json \ +dist/picard.jar ViewSam \ +INPUT=https://www.googleapis.com/genomics/v1beta2/readgroupsets/CK256frpGBD44IWHwLP22R4/ +The test read group set used here is the ex1_sorted.bam that can be found in testdata/ folder. +The data has been uploaded to the cloud project: https://console.developers.google.com/project/genomics-test-data/ + +- For Picard tools that have not yet been instrumented to work with a custom reader, +you can use Ga4GHPicardRunner. +It is a wrapper around Picard tools that allows for INPUTS into +Picard tools to be ga4gh:// urls by consuming the data via the API and using pipes +to send it to Picard tool. Build/Run: No Maven setup yet, builds and runs in Eclipse. - -Arguments for running: ---client_secrets_filename= --path= --tool=ValidateSamFile.jar -INPUT=`ga4gh://www.googleapis.com/genomics/v1beta/readsets///` -E.g. `ga4gh://www.googleapis.com/genomics/v1beta/readsets/CLqN8Z3sDRCwgrmdkOXjn_sB/*/` - -Current limitations: -(These will be removed in subsequent versions) -- Supports only a single input so will not work for tools expecting -multiple INPUT parameters. -- Supports only SAM format, not using any indexing (BAM/BAI) so may not be -suitable for more complex tools. +To build with ant: ant gatk-tools-java-jar. diff --git a/lib/genomics-tools-client-java-v1beta2.jar b/lib/genomics-tools-client-java-v1beta.jar similarity index 92% rename from lib/genomics-tools-client-java-v1beta2.jar rename to lib/genomics-tools-client-java-v1beta.jar index 11d261e..a309dee 100644 Binary files a/lib/genomics-tools-client-java-v1beta2.jar and b/lib/genomics-tools-client-java-v1beta.jar differ diff --git a/lib/google-genomics-utils-v1beta2-0.13-SNAPSHOT.jar b/lib/google-genomics-utils-v1beta2-0.13-SNAPSHOT.jar deleted file mode 100644 index 35a088b..0000000 Binary files a/lib/google-genomics-utils-v1beta2-0.13-SNAPSHOT.jar and /dev/null differ diff --git a/lib/google-genomics-utils-v1beta2-0.20-SNAPSHOT.jar b/lib/google-genomics-utils-v1beta2-0.20-SNAPSHOT.jar new file mode 100644 index 0000000..ffedf94 Binary files /dev/null and b/lib/google-genomics-utils-v1beta2-0.20-SNAPSHOT.jar differ diff --git a/lib/htsjdk-1.121.jar b/lib/htsjdk-1.127.jar similarity index 65% rename from lib/htsjdk-1.121.jar rename to lib/htsjdk-1.127.jar index 128d936..3469782 100644 Binary files a/lib/htsjdk-1.121.jar and b/lib/htsjdk-1.127.jar differ diff --git a/src/main/java/com/google/cloud/genomics/gatk/common/GenomicsApiDataSource.java b/src/main/java/com/google/cloud/genomics/gatk/common/GenomicsApiDataSource.java index ec72c7b..8dde2f9 100644 --- a/src/main/java/com/google/cloud/genomics/gatk/common/GenomicsApiDataSource.java +++ b/src/main/java/com/google/cloud/genomics/gatk/common/GenomicsApiDataSource.java @@ -145,6 +145,10 @@ public ReadIteratorResource getReadsFromGenomicsApi(String readsetId, } LOG.info("Searching for reads in sequence " + sequenceName + String.valueOf(sequenceStart) + "-" + String.valueOf(sequenceEnd)); + UnmappedReads unmappedReads = null; + if (sequenceName.isEmpty()) { + unmappedReads = getUnmappedMatesOfMappedReads(readsetId); + } Paginator.Reads searchReads = Paginator.Reads.create(stub); SearchReadsRequest readRequest = new SearchReadsRequest() .setReadGroupSetIds(Arrays.asList(readsetId)) @@ -156,8 +160,9 @@ public ReadIteratorResource getReadsFromGenomicsApi(String readsetId, readRequest.setEnd(Long.valueOf(sequenceEnd)); } Iterable reads = searchReads.search(readRequest); + return new ReadIteratorResource(readGroupSet, - Lists.newArrayList(references.values()), reads); + Lists.newArrayList(references.values()), unmappedReads, reads); } catch (GoogleJsonResponseException ex) { LOG.warning("Genomics API call failure: " + ex.getMessage()); if (ex.getDetails() == null) { @@ -176,11 +181,16 @@ public ReadIteratorResource getReadsFromGenomicsApi(String readsetId, throws IOException, GeneralSecurityException { Set referenceSetIds = Sets.newHashSet(); if (readGroupSet.getReferenceSetId() != null) { + LOG.info("Found reference set from read group set " + + readGroupSet.getReferenceSetId()); referenceSetIds.add(readGroupSet.getReferenceSetId()); } if (readGroupSet.getReadGroups() != null) { + LOG.info("Found read groups"); for (ReadGroup readGroup : readGroupSet.getReadGroups()) { if (readGroup.getReferenceSetId() != null) { + LOG.info("Found reference set from read group: " + + readGroup.getReferenceSetId()); referenceSetIds.add(readGroup.getReferenceSetId()); } } @@ -204,4 +214,21 @@ public ReadIteratorResource getReadsFromGenomicsApi(String readsetId, } return references; } + + private UnmappedReads getUnmappedMatesOfMappedReads(String readsetId) + throws GeneralSecurityException, IOException { + LOG.info("Collecting unmapped mates of mapped reads for injection"); + final Paginator.Reads searchUnmappedReads = Paginator.Reads.create(getApi()); + final SearchReadsRequest unmappedReadRequest = new SearchReadsRequest() + .setReadGroupSetIds(Arrays.asList(readsetId)) + .setReferenceName("*"); + final Iterable unmappedReadsIterable = searchUnmappedReads.search(unmappedReadRequest); + final UnmappedReads unmappedReads = new UnmappedReads(); + for (Read read : unmappedReadsIterable) { + unmappedReads.maybeAddRead(read); + } + LOG.info("Finished collecting unmapped mates of mapped reads: " + + unmappedReads.getReadCount() + " found."); + return unmappedReads; + } } diff --git a/src/main/java/com/google/cloud/genomics/gatk/common/GenomicsConverter.java b/src/main/java/com/google/cloud/genomics/gatk/common/GenomicsConverter.java index e46a5e2..ac11583 100644 --- a/src/main/java/com/google/cloud/genomics/gatk/common/GenomicsConverter.java +++ b/src/main/java/com/google/cloud/genomics/gatk/common/GenomicsConverter.java @@ -29,20 +29,25 @@ import com.google.api.services.genomics.model.Reference; import com.google.common.collect.Lists; -import htsjdk.samtools.SAMTagUtil; - import htsjdk.samtools.SAMFileHeader; import htsjdk.samtools.SAMProgramRecord; import htsjdk.samtools.SAMReadGroupRecord; import htsjdk.samtools.SAMRecord; import htsjdk.samtools.SAMSequenceDictionary; import htsjdk.samtools.SAMSequenceRecord; +import htsjdk.samtools.SAMTextHeaderCodec; +import htsjdk.samtools.SamFileHeaderMerger; import htsjdk.samtools.TagValueAndUnsignedArrayFlag; import htsjdk.samtools.TextTagCodec; +import htsjdk.samtools.ValidationStringency; +import htsjdk.samtools.util.StringLineReader; +import java.io.IOException; +import java.util.ArrayList; import java.util.HashMap; import java.util.List; import java.util.Map; +import java.util.logging.Logger; /** * A utility class for converting between genomics data representations by the Cloud Genomics API @@ -57,7 +62,10 @@ * HeaderSection <-> SAMFileHeader */ public abstract class GenomicsConverter { + private static final Logger LOG = Logger.getLogger(GenomicsConverter.class.getName()); + // Prefix for SAM tag in the info array of ReadGroupSet. + private static final String HEADER_SAM_TAG_INFO_KEY_PREFIX = "SAM:"; /** * Standard tags defined in SAM spec. and their types. * See http://samtools.github.io/hts-specs/SAMv1.pdf, section 1.5. @@ -115,6 +123,9 @@ SAM_TAGS.put("U2", "Z"); SAM_TAGS.put("UQ", "i"); + SAM_TAGS.put("MF", "i"); + SAM_TAGS.put("Aq", "i"); + CIGAR_OPERATIONS = new HashMap(); CIGAR_OPERATIONS.put("ALIGNMENT_MATCH","M"); CIGAR_OPERATIONS.put("CLIP_HARD", "H"); @@ -144,47 +155,51 @@ public static final SAMRecord makeSAMRecord(Read read, SAMFileHeader header) { if (read.getReadGroupId() != null) { record.setAttribute("RG" ,read.getReadGroupId()); } - { // Set flags, as advised in http://google-genomics.readthedocs.org/en/latest/migrating_tips.html - int flags = 0; + // Set flags, as advised in http://google-genomics.readthedocs.org/en/latest/migrating_tips.html + int flags = 0; - flags += (read.getNumberReads() != null && - read.getNumberReads() == 2) ? 1 : 0 ;// read_paired - flags += (read.getProperPlacement() != null && - read.getProperPlacement()) ? 2 : 0; // read_proper_pair - final boolean unmapped = (read.getAlignment() == null || - read.getAlignment().getPosition() == null || - read.getAlignment().getPosition().getPosition() == null); - flags += unmapped ? 4 : 0; // read_unmapped - flags += (read.getNextMatePosition() == null || - read.getNextMatePosition().getPosition() == null) ? 8 : 0; // mate_unmapped - flags += (read.getAlignment() != null && - read.getAlignment().getPosition() != null && - read.getAlignment().getPosition().getReverseStrand()) ? 16 : 0 ; // read_reverse_strand - flags += (read.getNextMatePosition() != null && - read.getNextMatePosition().getReverseStrand()) ? 32 : 0; // mate_reverse_strand - flags += (read.getReadNumber() != null && - read.getReadNumber() == 0) ? 64 : 0; // first_in_pair - flags += (read.getReadNumber() != null && - read.getReadNumber() == 1) ? 128 : 0; // second_in_pair - flags += (read.getSecondaryAlignment() != null - && read.getSecondaryAlignment()) ? 256 : 0; // secondary_alignment - flags += (read.getFailedVendorQualityChecks() != null && - read.getFailedVendorQualityChecks()) ? 512 : 0;// failed_quality_check - flags += (read.getDuplicateFragment() != null && - read.getDuplicateFragment()) ? 1024 : 0; // duplicate_read - flags += (read.getSupplementaryAlignment() != null && - read.getSupplementaryAlignment()) ? 2048 : 0; //supplementary_alignment - record.setFlags(flags); - } + final boolean paired = (read.getNumberReads() != null && + read.getNumberReads() == 2); + flags += paired ? 1 : 0 ;// read_paired + flags += (read.getProperPlacement() != null && + read.getProperPlacement()) ? 2 : 0; // read_proper_pair + final boolean unmapped = (read.getAlignment() == null || + read.getAlignment().getPosition() == null || + read.getAlignment().getPosition().getPosition() == null); + flags += unmapped ? 4 : 0; // read_unmapped + flags += ((read.getNextMatePosition() == null || + read.getNextMatePosition().getPosition() == null)) ? 8 : 0; // mate_unmapped + flags += (read.getAlignment() != null && + read.getAlignment().getPosition() != null && + read.getAlignment().getPosition().getReverseStrand()) ? 16 : 0 ; // read_reverse_strand + flags += (read.getNextMatePosition() != null && + read.getNextMatePosition().getReverseStrand()) ? 32 : 0; // mate_reverse_strand + flags += (read.getReadNumber() != null && + read.getReadNumber() == 0) ? 64 : 0; // first_in_pair + flags += (read.getReadNumber() != null && + read.getReadNumber() == 1) ? 128 : 0; // second_in_pair + flags += (read.getSecondaryAlignment() != null + && read.getSecondaryAlignment()) ? 256 : 0; // secondary_alignment + flags += (read.getFailedVendorQualityChecks() != null && + read.getFailedVendorQualityChecks()) ? 512 : 0;// failed_quality_check + flags += (read.getDuplicateFragment() != null && + read.getDuplicateFragment()) ? 1024 : 0; // duplicate_read + flags += (read.getSupplementaryAlignment() != null && + read.getSupplementaryAlignment()) ? 2048 : 0; //supplementary_alignment + record.setFlags(flags); + + String referenceName = null; + Long alignmentStart = null; if (read.getAlignment() != null) { - if (read.getAlignment().getPosition() !=null ) { - String referenceName = read.getAlignment().getPosition().getReferenceName(); + if (read.getAlignment().getPosition() != null ) { + referenceName = read.getAlignment().getPosition().getReferenceName(); if (referenceName != null) { record.setReferenceName(referenceName); } - Long position = read.getAlignment().getPosition().getPosition(); - if (position != null) { - record.setAlignmentStart(position.intValue()); + alignmentStart = read.getAlignment().getPosition().getPosition(); + if (alignmentStart != null) { + // API positions are 0-based and SAMRecord is 1-based. + record.setAlignmentStart(alignmentStart.intValue() + 1); } } Integer mappingQuality = read.getAlignment().getMappingQuality(); @@ -203,6 +218,7 @@ public static final SAMRecord makeSAMRecord(Read read, SAMFileHeader header) { record.setCigarString(cigarString.toString()); } } + if (read.getNextMatePosition() != null) { String mateReferenceName = read.getNextMatePosition().getReferenceName(); if (mateReferenceName != null) { @@ -210,9 +226,11 @@ public static final SAMRecord makeSAMRecord(Read read, SAMFileHeader header) { } Long matePosition = read.getNextMatePosition().getPosition(); if (matePosition != null) { - record.setMateAlignmentStart(matePosition.intValue()); + // API positions are 0-based and SAMRecord is 1-based. + record.setMateAlignmentStart(matePosition.intValue() + 1); } - } + } + if (read.getFragmentLength() != null) { record.setInferredInsertSize(read.getFragmentLength()); } @@ -254,11 +272,13 @@ public static final SAMRecord makeSAMRecord(Read read, SAMFileHeader header) { } public static final SAMRecord makeSAMRecord(Read read, - ReadGroupSet readGroupSet, List references) { + ReadGroupSet readGroupSet, List references, + boolean forceSetMatePositionToThisPosition) { return makeSAMRecord(read, makeSAMFileHeader(readGroupSet, references)); } - public static final SAMRecord makeSAMRecord(Read read) { + public static final SAMRecord makeSAMRecord(Read read, + boolean forceSetMatePositionToThisPosition) { return makeSAMRecord(read, new SAMFileHeader()); } @@ -267,7 +287,9 @@ public static final SAMRecord makeSAMRecord(Read read) { */ public static final SAMFileHeader makeSAMFileHeader(ReadGroupSet readGroupSet, List references) { + List samHeaders = new ArrayList(2); SAMFileHeader samHeader = new SAMFileHeader(); + samHeaders.add(samHeader); // Reads are always returned in coordinate order form the API. samHeader.setSortOrder(SAMFileHeader.SortOrder.coordinate); @@ -283,13 +305,19 @@ public static final SAMFileHeader makeSAMFileHeader(ReadGroupSet readGroupSet, } samHeader.setSequenceDictionary(dict); } - + List programs = null; if (readGroupSet.getReadGroups() != null && readGroupSet.getReadGroups().size() > 0) { List readgroups = Lists.newArrayList(); for (ReadGroup RG : readGroupSet.getReadGroups()) { - if (RG.getId() != null) { - SAMReadGroupRecord readgroup = new SAMReadGroupRecord(RG.getName()); + if (RG.getId() != null && RG.getName() != null) { + String readGroupName = RG.getName(); + if (readGroupName == null|| readGroupName.isEmpty()) { + // We have to set the name to something, so if for some reason the proper + // SAM tag for name was missing, we will use the generated id. + readGroupName = RG.getId(); + } + SAMReadGroupRecord readgroup = new SAMReadGroupRecord(readGroupName); if (RG.getDescription() != null) { readgroup.setDescription(RG.getDescription()); } @@ -342,7 +370,45 @@ public static final SAMFileHeader makeSAMFileHeader(ReadGroupSet readGroupSet, samHeader.setProgramRecords(programs); } } - - return samHeader; + + // If BAM file is imported with non standard reference, the SQ tags + // are preserved in the info key/value array. + // Attempt to read them form there. + @SuppressWarnings("unchecked") + Map> tags = + (Map>)readGroupSet.get("info"); + if (tags != null) { + LOG.info("Getting @SQ header data from readgroupset info"); + StringBuffer buf = new StringBuffer(); + for (String tag : tags.keySet()) { + if (!tag.startsWith(HEADER_SAM_TAG_INFO_KEY_PREFIX)) { + continue; + } + final String headerName = tag.substring(HEADER_SAM_TAG_INFO_KEY_PREFIX.length()); + List values = tags.get(tag); + if (values == null) { + continue; + } + for (String value : values) { + buf.append(headerName); + buf.append("\t"); + buf.append(value); + buf.append("\r\n"); + } + final String headerString = buf.toString(); + final SAMTextHeaderCodec codec = new SAMTextHeaderCodec(); + codec.setValidationStringency(ValidationStringency.STRICT); + final SAMFileHeader parsedHeader = codec.decode( + new StringLineReader(headerString), null); + samHeaders.add(parsedHeader); + } + } + + final SAMFileHeader finalHeader = + (new SamFileHeaderMerger( + SAMFileHeader.SortOrder.coordinate, samHeaders, true)) + .getMergedHeader(); + + return finalHeader; } } diff --git a/src/main/java/com/google/cloud/genomics/gatk/common/ReadIteratorResource.java b/src/main/java/com/google/cloud/genomics/gatk/common/ReadIteratorResource.java index 588a7bf..bea6f95 100644 --- a/src/main/java/com/google/cloud/genomics/gatk/common/ReadIteratorResource.java +++ b/src/main/java/com/google/cloud/genomics/gatk/common/ReadIteratorResource.java @@ -19,11 +19,16 @@ import com.google.api.services.genomics.model.ReadGroupSet; import com.google.api.services.genomics.model.Reference; +import htsjdk.samtools.SAMRecordCoordinateComparator; import htsjdk.samtools.SAMFileHeader; import htsjdk.samtools.SAMRecord; +import java.util.ArrayList; +import java.util.Collections; +import java.util.Comparator; import java.util.Iterator; import java.util.List; +import java.util.logging.Logger; /** * Provides reads data in the from of SAMRecords and SAMFileHeader, by wrapping @@ -31,15 +36,25 @@ * GenomicsConverter. */ public class ReadIteratorResource { + private static final Logger LOG = Logger.getLogger(ReadIteratorResource.class.getName()); + private ReadGroupSet readGroupSet; + private SAMFileHeader cachedSAMFileHeader; private List references; private Iterable iterable; + private UnmappedReads unmappedReads; + private Iterator unmappedMatesIterator; + private Iterator samePositionIterator; + private SAMRecord recordAtNextPosition; + private static Comparator samRecordCoordinateComparator = new SAMRecordCoordinateComparator(); public ReadIteratorResource(ReadGroupSet readGroupSet, List references, + UnmappedReads unmappedReads, Iterable iterable) { super(); this.readGroupSet = readGroupSet; this.references = references; + this.unmappedReads = unmappedReads; this.iterable = iterable; } @@ -68,7 +83,11 @@ public void setIterable(Iterable iterable) { } public SAMFileHeader getSAMFileHeader() { - return GenomicsConverter.makeSAMFileHeader(getReadGroupSet(), getReferences()); + if (cachedSAMFileHeader == null) { + cachedSAMFileHeader = + GenomicsConverter.makeSAMFileHeader(getReadGroupSet(), getReferences()); + } + return cachedSAMFileHeader; } public Iterable getSAMRecordIterable() { @@ -78,21 +97,164 @@ public SAMFileHeader getSAMFileHeader() { @Override public Iterator iterator() { return new Iterator() { - + private SAMRecord nextRecord = peek(); + private Read mappedRead; + private final boolean injectingUnmappedPairsOfMappedRead = + unmappedReads != null; + @Override public boolean hasNext() { - return readIterator.hasNext(); + return nextRecord != null; } @Override public SAMRecord next() { - return GenomicsConverter.makeSAMRecord(readIterator.next(), - header); + SAMRecord toReturn = nextRecord; + nextRecord = peek(); + return toReturn; } + private SAMRecord peek() { + + // If we are traversing the list of reads at same position we + // have collected and sorted beforehand, return elements from the list until + // we exhaust it. + if (samePositionIterator != null && samePositionIterator.hasNext()) { + return samePositionIterator.next(); + } + if (recordAtNextPosition == null) { + recordAtNextPosition = getNextSAMRecord(); + if (recordAtNextPosition == null) { + return null; + } + } + + // Fetch more records and if they are all on the same position, + // collect them and sort them in HTSJDK coordinate order + // to satisfy expectations of Picard tools. + ArrayList readsAtSamePosition = null; + SAMRecord currentRecord; + while (true) { + currentRecord = recordAtNextPosition; + recordAtNextPosition = getNextSAMRecord(); + if (recordAtNextPosition != null && + recordAtNextPosition.getAlignmentStart() == currentRecord.getAlignmentStart() && + recordAtNextPosition.getReferenceName() != null && + recordAtNextPosition.getReferenceName().equals(currentRecord.getReferenceName())) { + if (readsAtSamePosition == null) { + readsAtSamePosition = new ArrayList(2); + readsAtSamePosition.add(currentRecord); + } + readsAtSamePosition.add(recordAtNextPosition); + } else { + break; + } + } + if (readsAtSamePosition == null) { + return currentRecord; + } + if (readsAtSamePosition.size() >= 2) { + Collections.sort(readsAtSamePosition, samRecordCoordinateComparator); + } + samePositionIterator = readsAtSamePosition.iterator(); + return samePositionIterator.next(); + } + + /** + * Fetches the next SAMRecord, dealing with Read->SAMRecord + * conversion and fixup of unmapped pairs of mapped reads. + */ + private SAMRecord getNextSAMRecord() { + Read nextRead = getNextRead(); + + if (nextRead == null) { + return null; + } + + SAMRecord record = GenomicsConverter.makeSAMRecord(nextRead, + header); + + // See https://github.com/ga4gh/schemas/issues/224 + // We fix up both the mapped read of unmapped mate pair and the mate + // pair itself according to SAM best practices: + // "For a unmapped paired-end or mate-pair read whose mate is mapped, + // the unmapped read should have RNAME and POS identical to its mate." + if (unmappedMatesIterator != null && mappedRead != null) { + if (mappedRead != nextRead) { + record.setReferenceName(mappedRead.getAlignment().getPosition().getReferenceName()); + record.setAlignmentStart(record.getMateAlignmentStart()); + record.setReadNegativeStrandFlag(record.getMateNegativeStrandFlag()); + } else { + record.setMateReferenceName(record.getReferenceName()); + record.setMateAlignmentStart(record.getAlignmentStart()); + record.setMateNegativeStrandFlag(record.getReadNegativeStrandFlag()); + } + } + + return record; + } + + /** + * Fetches next read, dealing with injection of unmapped mate pairs if needed. + */ + private Read getNextRead() { + // Are we iterating through unmapped mates ? + if (unmappedMatesIterator != null) { + if (unmappedMatesIterator.hasNext()) { + return unmappedMatesIterator.next(); + } else { + unmappedMatesIterator = null; + mappedRead = null; + } + } + + Read nextReadToReturn = getNextReadFromMainIterator(); + if (nextReadToReturn == null) { + return null; + } + + // If we have unmapped mates to inject, see if we need to do it now + if (injectingUnmappedPairsOfMappedRead && + UnmappedReads.isMappedMateOfUnmappedRead(nextReadToReturn)) { + final ArrayList unmappedMates = unmappedReads + .getUnmappedMates(nextReadToReturn); + if (unmappedMates != null) { + unmappedMatesIterator = unmappedMates.iterator(); + mappedRead = nextReadToReturn; + } + } + return nextReadToReturn; + } + + /** + * Fetches next read from the underlying iterator, taking care + * to skipped unmapped mate pairs that we have injected elsewhere. + */ + private Read getNextReadFromMainIterator() { + Read result; + if (readIterator.hasNext()) { + result = readIterator.next(); + + if (injectingUnmappedPairsOfMappedRead) { + // If we are going through unmapped reads, skipped the ones + // that are mates of mapped ones - we would have injected them. + while (UnmappedReads.isUnmappedMateOfMappedRead(result)) { + if (readIterator.hasNext()) { + result = readIterator.next(); + } else { + return null; + } + } + } + } else { + return null; + } + return result; + } + @Override public void remove() { - readIterator.remove(); + LOG.warning("ReadIteratorResource does not implement remove() method"); } }; } diff --git a/src/main/java/com/google/cloud/genomics/gatk/common/UnmappedReads.java b/src/main/java/com/google/cloud/genomics/gatk/common/UnmappedReads.java new file mode 100644 index 0000000..eca7968 --- /dev/null +++ b/src/main/java/com/google/cloud/genomics/gatk/common/UnmappedReads.java @@ -0,0 +1,150 @@ +package com.google.cloud.genomics.gatk.common; + +import com.google.api.services.genomics.model.Position; +import com.google.api.services.genomics.model.Read; + +import java.util.ArrayList; +import java.util.Collections; +import java.util.Comparator; +import java.util.HashMap; +import java.util.Map; +import java.util.logging.Logger; + +/** + * In-memory container for unmapped reads, so we can inject them + * at the right positions to satisfy Picard tools expectations of the order, + * which are violated by the current API implementation. + * See https://github.com/ga4gh/schemas/issues/224 + * SAM format *best practice* (not requirement), states: + * "For a unmapped paired-end or mate-pair read whose mate is mapped, the unmapped read should have RNAME and POS identical to its mate." + * But the API returns pairs where an unmapped mate has no alignment + * and references its mapped mate and so fails this condition. + * We fix this by reading all unmapped reads and injecting them right after their mapped mates + * as we iterate. + * This is NOT feasible if the number of unmapped reads is very large. + * We detect this condition and if that happens we will output such unmapped + * reads with flags changed to make it look like they are not paired. + * Since most of the tools do precious little with unmapped reads we hope + * we can get away with this. + */ +public class UnmappedReads { + private static final Logger LOG = Logger.getLogger(UnmappedReads.class.getName()); + + /** + * Maximum number of reads we are prepared to keep in memory. + * If this number is exceeded, we will switch to the mode of ignoring + * unmapped mate pairs. + */ + private static final long MAX_READS = 100000000; + + public static boolean isUnmappedMateOfMappedRead(Read read) { + final boolean paired = (read.getNumberReads() != null && + read.getNumberReads() >= 2); + if (!paired) { + return false; + } + final boolean unmapped = (read.getAlignment() == null || + read.getAlignment().getPosition() == null || + read.getAlignment().getPosition().getPosition() == null); + if (!unmapped) { + return false; + } + final Position matePosition = read.getNextMatePosition(); + if (matePosition == null) { + return false; + } + if (read.getFragmentName() == null) { + return false; + } + if (matePosition.getReferenceName() != null && matePosition.getPosition() != null) { + return true; + } + return false; + } + + public static boolean isMappedMateOfUnmappedRead(Read read) { + return read.getNumberReads() > 0 && + (read.getNextMatePosition() == null || + read.getNextMatePosition().getPosition() == null); + } + + /** + * Checks and adds the read if we need to remember it for injection. + * Returns true if the read was added. + */ + public boolean maybeAddRead(Read read) { + if (!isUnmappedMateOfMappedRead(read)) { + return false; + } + final String reference = read.getNextMatePosition().getReferenceName(); + String key = getReadKey(read); + Map> reads = unmappedReads.get(reference); + if (reads == null) { + reads = new HashMap>(); + unmappedReads.put(reference, reads); + } + ArrayList mates = reads.get(key); + if (mates == null) { + mates = new ArrayList(); + reads.put(key, mates); + } + if (getReadCount() < MAX_READS) { + mates.add(read); + readCount++; + return true; + } else { + LOG.warning("Reached the limit of in-memory unmapped mates for injection."); + } + return false; + } + + /** + * Checks if the passed read has unmapped mates that need to be injected and + * if so - returns them. The returned list is sorted by read number to + * handle the case of multi-read fragments. + */ + public ArrayList getUnmappedMates(Read read) { + if (read.getNumberReads() == null || + read.getNumberReads() < 2 || + (read.getNextMatePosition() != null && + read.getNextMatePosition().getPosition() != null) || + read.getAlignment() == null || + read.getAlignment().getPosition() == null || + read.getAlignment().getPosition().getReferenceName() == null || + read.getFragmentName() == null) { + return null; + } + final String reference = read.getAlignment().getPosition().getReferenceName(); + final String key = getReadKey(read); + + Map> reads = unmappedReads.get(reference); + if (reads != null) { + final ArrayList mates = reads.get(key); + if (mates != null && mates.size() > 1) { + Collections.sort(mates, matesComparator); + } + return mates; + } + return null; + } + + public long getReadCount() { + return readCount; + } + + private static String getReadKey(Read read) { + return read.getFragmentName(); + } + + private static Comparator matesComparator = new Comparator() { + @Override + public int compare(Read r1, Read r2) { + return r1.getReadNumber() - r2.getReadNumber(); + } + }; + + private Map>> unmappedReads = + new HashMap>>(); + + private long readCount = 0; +} diff --git a/src/main/java/com/google/cloud/genomics/gatk/htsjdk/GA4GHReaderFactory.java b/src/main/java/com/google/cloud/genomics/gatk/htsjdk/GA4GHReaderFactory.java index 4156b9d..5534f6e 100644 --- a/src/main/java/com/google/cloud/genomics/gatk/htsjdk/GA4GHReaderFactory.java +++ b/src/main/java/com/google/cloud/genomics/gatk/htsjdk/GA4GHReaderFactory.java @@ -31,6 +31,8 @@ public SamReader open(URL url) { try { return new GA4GHSamReader(url); + } catch (RuntimeException rex) { + throw rex; } catch (Exception ex) { LOG.warning("Error creating SamReader " + ex.toString()); return null; diff --git a/src/main/java/com/google/cloud/genomics/gatk/htsjdk/GA4GHSamRecordIterator.java b/src/main/java/com/google/cloud/genomics/gatk/htsjdk/GA4GHSamRecordIterator.java index 62cfb5b..3ac500e 100644 --- a/src/main/java/com/google/cloud/genomics/gatk/htsjdk/GA4GHSamRecordIterator.java +++ b/src/main/java/com/google/cloud/genomics/gatk/htsjdk/GA4GHSamRecordIterator.java @@ -102,7 +102,9 @@ ReadIteratorResource queryForInterval(GA4GHQueryInterval interval) { void seekMatchingRead() { while (!isAtEnd()) { if (iterator == null || !iterator.hasNext()) { - LOG.info("Getting next interval from the API"); + LOG.info("Getting " + + (iterator == null ? "first" : "next") + + "interval from the API"); // We have hit an end (or this is first time) so we need to go fish // to the API. ReadIteratorResource resource = queryNextInterval(); diff --git a/src/main/java/com/google/cloud/genomics/gatk/picard/runner/GA4GHPicardRunner.java b/src/main/java/com/google/cloud/genomics/gatk/picard/runner/GA4GHPicardRunner.java index a963f24..6c0794e 100644 --- a/src/main/java/com/google/cloud/genomics/gatk/picard/runner/GA4GHPicardRunner.java +++ b/src/main/java/com/google/cloud/genomics/gatk/picard/runner/GA4GHPicardRunner.java @@ -166,16 +166,17 @@ void parseCmdLine(String[] args) { */ private void buildPicardCommand() throws IOException, GeneralSecurityException, URISyntaxException { - File picardToolPath = new File(picardPath, picardTool); - if (!picardToolPath.exists()) { + File picardJarPath = new File(picardPath, "picard.jar"); + if (!picardJarPath.exists()) { throw new IOException("Picard tool not found at " + - picardToolPath.getAbsolutePath()); + picardJarPath.getAbsolutePath()); } command.add("java"); command.add(picardJVMArgs); command.add("-jar"); - command.add(picardToolPath.getAbsolutePath()); + command.add(picardJarPath.getAbsolutePath()); + command.add(picardTool); for (String picardArg : picardArgs) { if (picardArg.startsWith(INPUT_PREFIX)) { diff --git a/src/main/scripts/mark_duplicates.sh b/src/main/scripts/mark_duplicates.sh new file mode 100755 index 0000000..f3a738f --- /dev/null +++ b/src/main/scripts/mark_duplicates.sh @@ -0,0 +1,9 @@ +#!/bin/bash +OUTPUT_FILE=$(readlink -f ../../../../ex1_deduped_picard_api.bam) +METRICS_FILE=$(readlink -f ../../../../ex1_deduped_picard_api.metrics) + +./run_picard.sh \ +MarkDuplicates \ +INPUT=https://www.googleapis.com/genomics/v1beta2/readgroupsets/CK256frpGBD44IWHwLP22R4/ \ +OUTPUT=$OUTPUT_FILE \ +METRICS_FILE=$METRICS_FILE diff --git a/src/main/scripts/mark_duplicates_cigar.sh b/src/main/scripts/mark_duplicates_cigar.sh new file mode 100755 index 0000000..0d44440 --- /dev/null +++ b/src/main/scripts/mark_duplicates_cigar.sh @@ -0,0 +1,9 @@ +#!/bin/bash +OUTPUT_FILE=$(readlink -f ../../../../ex1_deduped_picard_cigar_api.bam) +METRICS_FILE=$(readlink -f ../../../../ex1_deduped_picard_cigar_api.metrics) + +./run_picard.sh \ +MarkDuplicatesWithMateCigar \ +INPUT=https://www.googleapis.com/genomics/v1beta2/readgroupsets/CK256frpGBD44IWHwLP22R4/ \ +OUTPUT=$OUTPUT_FILE \ +METRICS_FILE=$METRICS_FILE diff --git a/src/main/scripts/run_picard.sh b/src/main/scripts/run_picard.sh new file mode 100755 index 0000000..fb3a3de --- /dev/null +++ b/src/main/scripts/run_picard.sh @@ -0,0 +1,27 @@ +#!/bin/bash +# Runs Picard tool specified on the command line, using GA4GH custom reader +# for getting the data from url based INPUTs. +# E.g. run_picard.sh ViewSam INPUT=. +# Assumes directory structure where gatk-tools-java and picard repos reside +# in the same folder and client_secrets is in the same folder: +# .../... +# /gatk-tools-java +# /picard +# /client_secrets.json +# If your setup is different, please modify paths below. +GATK_TOOLS_JAVA_JAR=$(readlink -f ../../../dist/gatk-tools-java-1.0.jar) +CLIENT_SECRETS=$(readlink -f ../../../../client_secrets.json) +PICARD_JAR=$(readlink -f ../../../../picard/dist/picard.jar) + +echo Running Picard form $PICARD_JAR +echo Using gatk-tools-java from $GATK_TOOLS_JAVA_JAR +echo Using client_secrets form $CLIENT_SECRETS + +java -jar \ +-Dsamjdk.custom_reader=https://www.googleapis.com/genomics,\ +com.google.cloud.genomics.gatk.htsjdk.GA4GHReaderFactory,\ +$GATK_TOOLS_JAVA_JAR \ +-Dga4gh.client_secrets=$CLIENT_SECRETS \ +$PICARD_JAR \ +"$@" \ +VERBOSITY=DEBUG QUIET=false \ No newline at end of file diff --git a/src/main/scripts/view_sam_file.sh b/src/main/scripts/view_sam_file.sh new file mode 100755 index 0000000..ecc9dd5 --- /dev/null +++ b/src/main/scripts/view_sam_file.sh @@ -0,0 +1,4 @@ +#!/bin/bash +./run_picard.sh \ +ViewSam \ +INPUT=https://www.googleapis.com/genomics/v1beta2/readgroupsets/CK256frpGBD44IWHwLP22R4/ diff --git a/testdata/ex1_sorted.bam b/testdata/ex1_sorted.bam new file mode 100644 index 0000000..dcf8084 Binary files /dev/null and b/testdata/ex1_sorted.bam differ diff --git a/testdata/ex1_sorted.sam b/testdata/ex1_sorted.sam new file mode 100644 index 0000000..c5d5d7d --- /dev/null +++ b/testdata/ex1_sorted.sam @@ -0,0 +1,3311 @@ +@HD VN:1.4 SO:coordinate +@SQ SN:seq1 LN:5000 +@SQ SN:seq2 LN:5000 +@CO Example of SAM/BAM file format. +B7_591:4:96:693:509 73 seq1 1 99 36M * 0 0 CACTAGTGGCTCATTGTAAATGTGTGGTTTAACTCG <<<<<<<<<<<<<<<;<<<<<<<<<5<<<<<;:<;7 MF:i:18 Aq:i:73 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS54_65:7:152:368:113 73 seq1 3 99 35M * 0 0 CTAGTGGCTCATTGTAAATGTGTGGTTTAACTCGT <<<<<<<<<<0<<<<655<<7<<<:9<<3/:<6): MF:i:18 Aq:i:66 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS51_64:8:5:734:57 137 seq1 5 99 35M * 0 0 AGTGGCTCATTGTAAATGTGTGGTTTAACTCGTCC <<<<<<<<<<<7;71<<;<;;<7;<<3;);3*8/5 MF:i:18 Aq:i:66 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +B7_591:1:289:587:906 137 seq1 6 63 36M * 0 0 GTGGCTCATTGTAATTTTTTGTTTTAACTCTTCTCT (-&----,----)-)-),'--)---',+-,),''*, MF:i:130 Aq:i:63 NM:i:5 UQ:i:38 H0:i:0 H1:i:0 +EAS56_59:8:38:671:758 137 seq1 9 99 35M * 0 0 GCTCATTGTAAATGTGTGGTTTAACTCGTCCATGG <<<<<<<<<<<<<<<;<;7<<<<<<<<7<<;:<5% MF:i:18 Aq:i:72 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS114_28:5:296:340:699 137 seq1 13 99 36M * 0 0 ATTGTAAATGTGTGGTTTAACTCGTCCATGGCCCAG <<<<<;<<<;<;<<<<<<<<<<<8<8<3<8;<;<0; MF:i:18 Aq:i:73 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS56_61:6:18:467:281 73 seq1 13 99 35M * 0 0 ATTGTAAATGTGTGGTTTAACTCGTCCCTGGCCCA <<<<<<<<;<<<8<<<<<;8:;6/686&;(16666 MF:i:18 Aq:i:39 NM:i:1 UQ:i:5 H0:i:0 H1:i:1 +B7_597:6:194:894:408 73 seq1 15 99 35M * 0 0 TGTAAATGTGTGGTTTAACTCGTCCATTGCCCAGC <<<<<<<<<7<<;<<<<;<<<7;;<<<*,;;572< MF:i:18 Aq:i:43 NM:i:1 UQ:i:9 H0:i:0 H1:i:1 +EAS188_4:8:12:628:973 89 seq1 18 75 35M * 0 0 AAATGTGTGGTTTAACTCGTCCATGGCCCAGCATT ==;=:;:;;:====;=;===:=======;==;=== MF:i:64 Aq:i:0 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS114_30:6:298:115:564 137 seq1 22 99 35M * 0 0 GTGTGGTTTAACTCGTCCATGGCCCAGCATTAGGG <<<<<<<<<<<<<;<<<;<<<;<<<;<:<<;;5;; MF:i:18 Aq:i:72 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS51_66:7:68:402:50 137 seq1 22 99 35M * 0 0 GTGTGGTTTAACTCGTCCATGGCCCAGCATTTGGG <<<<<<<<<<<<<<:<<<9<6;9;;&697;7&<55 MF:i:18 Aq:i:66 NM:i:1 UQ:i:5 H0:i:1 H1:i:0 +B7_591:3:188:662:155 73 seq1 24 99 36M * 0 0 GTGGTTTAACTCGTCCATGGCCCAGCATTAGGGAGC <<<<<<<<<<<<<<<<<<:;<<<4<<+<<14991;4 MF:i:18 Aq:i:71 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS56_59:2:225:608:291 73 seq1 28 99 35M * 0 0 TTTAACTCGTCCATGGCCCAGCATTAGGGATCTGT <<<<<<<<<<<<<<8&<<<;6<9;;+2++(%59(< MF:i:18 Aq:i:58 NM:i:1 UQ:i:4 H0:i:1 H1:i:0 +EAS51_66:7:328:397:316 73 seq1 29 99 35M * 0 0 TTAACTCGTCCATGGCCCAGCATTAGGGAGCTGTG <<<<<<<<<<<<<6=<<<;<<5<<<+<15:'<;;4 MF:i:18 Aq:i:69 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS51_64:5:257:960:682 73 seq1 31 75 35M * 0 0 AACTCGTCCATGGCCCAGCATTAGGGAGCTGTGGA <<<<<<<<<<<;<<<<<<<<<<<<<<<<<<9;;9< MF:i:64 Aq:i:0 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS54_61:4:143:69:578 99 seq1 36 98 35M = 185 184 GTACATGGCCCAGCATTAGGGAGCTGTGGACCCCG ===;=====48=844;=;+=5==*57,2+5&,5+5 MF:i:18 Aq:i:35 NM:i:2 UQ:i:38 H0:i:0 H1:i:1 +EAS114_32:5:78:583:499 163 seq1 37 74 35M = 229 227 TCCATGGCCCAGCATTAGGGCGCTGTGGACCCTGC <<8;<<<<<<1<<-1<+8<<&;:555;5-*77/51 MF:i:18 Aq:i:37 NM:i:1 UQ:i:5 H0:i:0 H1:i:1 +EAS1_93:7:252:171:323 163 seq1 43 99 35M = 234 226 GCCCAGCATTAGGGAGCTGTGGACCCTGCAGCCTG <<<):<<<<<<<<<:<<<&5<<2<562<<<<-7-- MF:i:18 Aq:i:62 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +B7_593:4:106:316:452 99 seq1 49 99 36M = 224 211 CATTAGGGAGCTGTGGACCCTGCAGCCTGGCTGTTG ;<<;<<<<;<;;;;7;<;<<<;<<;<<;4:<<;+&+ MF:i:18 Aq:i:71 NM:i:1 UQ:i:5 H0:i:1 H1:i:0 +B7_589:8:113:968:19 163 seq1 50 99 35M = 219 204 ATTAGGGAGCTGTGGACCCTGCAGCCTGGCTGGGG <<<<;<;<<<<<<:;;;.;;<75;);;;<.2+(;5 MF:i:18 Aq:i:63 NM:i:1 UQ:i:7 H0:i:1 H1:i:0 +EAS54_65:3:321:311:983 99 seq1 51 99 35M = 228 212 TTAGGGAGCTGTGGACCCTGCAGCCTGGCTGTGGG <<<;<<<<<<<<+;;<47;<9;94430499<88+6 MF:i:18 Aq:i:62 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +B7_591:6:155:12:674 163 seq1 52 99 36M = 224 208 TAGGGAGCTGTGGACCCTGCAGCCTGGCTGTGGGGG <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<;<<+:9-<< MF:i:18 Aq:i:74 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS219_FC30151:7:51:1429:1043 163 seq1 59 99 35M = 209 185 CTGTGGACCCTGCAGCCTGGCTGTGGGGGGCGCCG <<<<<<<<<<<<<:<<<;<<<<:):;<;;-15)+1 MF:i:18 Aq:i:68 NM:i:2 UQ:i:22 H0:i:1 H1:i:0 +B7_591:5:42:540:501 99 seq1 60 99 36M = 224 200 TGTGGACCCTGCAGCCTGGCTGTGGGGGCCGCAGTG <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<.;<<<<,804,858 MF:i:18 Aq:i:69 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS192_3:5:223:142:410 99 seq1 60 99 35M = 235 210 TGTGGACCCTGCAGCCTGGCTGGGGGGGGCGCAGT <<<<<<<<<<<<<<:<5<<2<<(<:<<<:5,((7( MF:i:18 Aq:i:39 NM:i:2 UQ:i:32 H0:i:0 H1:i:1 +EAS1_108:1:65:787:74 163 seq1 61 88 35M = 213 187 GTGGACCCTGCAGCCTGGCTGGGGGGGGCACGGGG <<<<<8-82<2823;-<;822222888,*(2%2-2 MF:i:18 Aq:i:21 NM:i:5 UQ:i:51 H0:i:0 H1:i:0 +EAS56_61:6:227:259:597 99 seq1 61 99 35M = 248 222 GTGGACCCTGCAGCCTGGCTGTGGGGGCCGCAGTG <<<<<<<<<<;;<<<6;8:68333;<8(8,1,$$+ MF:i:18 Aq:i:61 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS114_30:1:243:10:911 163 seq1 63 99 35M = 236 208 GGACCCTGCAGCCTGGCTGTGGGGGCCGCTGTGGG <<;<<<<<<<<<<7<<<<<7<<<<<:4<((<%;<+ MF:i:18 Aq:i:64 NM:i:2 UQ:i:22 H0:i:1 H1:i:0 +EAS221_1:2:90:986:1224 163 seq1 67 99 35M = 267 235 CCTGCAGCCTGGCTGTGGGGGCCGCAGCGGGTGGG <<:<<<<<<<<<<<<0<<<<<)<<63<+<<2'<-< MF:i:18 Aq:i:41 NM:i:3 UQ:i:39 H0:i:0 H1:i:1 +EAS54_67:3:175:730:949 163 seq1 70 99 35M = 230 195 GCAGCCTGGCTGTGGGGGCCGCAGTGGCTGAGGGG <<<<<<<<<<8<;<<<<<0(<<;;,<<7<4%7626 MF:i:18 Aq:i:65 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS54_65:8:76:493:708 99 seq1 73 44 35M = 229 191 GCCTGGCTGTGGGGGCACCAGCCGCTGCGGGGGGT <<<<1<<1<;626<;<''+;-'';+2'+;;)6--+ MF:i:130 Aq:i:44 NM:i:5 UQ:i:34 H0:i:0 H1:i:0 +EAS114_26:3:284:261:124 163 seq1 79 99 35M = 263 219 CTGTGGGGGCCGCAGTGGGTGAGGGGTGGAGGGGG ============'8====':=+====,=8,8'=++ MF:i:18 Aq:i:39 NM:i:5 UQ:i:64 H0:i:0 H1:i:1 +EAS1_97:7:20:979:96 163 seq1 79 99 35M = 254 210 CTGTGGGGGCCGCAGTGGCTGAGGGGGGGAGGGGC <<<<<<;<<<<<7<<,<<,:;,<<<<17)++':.' MF:i:18 Aq:i:37 NM:i:4 UQ:i:43 H0:i:0 H1:i:1 +EAS221_1:2:29:1486:672 99 seq1 79 99 35M = 256 212 CTGTGGGGGCCGCAGTGGCTGAGGGGTGCAGAGCC <<<<<<<<<<<<<;<;<<<<<;<<<<8;;;<8;-; MF:i:18 Aq:i:29 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS188_7:2:218:877:489 163 seq1 80 10 35M = 250 205 TGTGGGGGCCGCAGTGGCTGGGGGGGGGCGGGCGG <<<<<<<;<<<07640<2<9(<9<<&9%(<(6%%3 MF:i:18 Aq:i:10 NM:i:6 UQ:i:34 H0:i:0 H1:i:0 +EAS51_64:7:242:862:732 73 seq1 95 66 35M = 95 0 GGCTGAGGGGTGCAGAGCCGAGTCACGGGGTTGCC <<<<<<<<<<<<<<<;<<<:<;+<3<::3<';:'; MF:i:64 Aq:i:0 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS51_64:7:242:862:732 133 seq1 95 0 * = 95 0 GGGTCTATGTGAACAAAGGCACTAAACACAGCTGT <<<<<<<<<<8<<<<<78<<<378<<<77755++2 MF:i:192 +EAS56_57:6:190:289:82 69 seq1 100 0 * = 100 0 CTCAAGGTTGTTGCAAGGGGGTCTATGTGAACAAA <<<7<<<;<<<<<<<<8;;<7;4<;<;;;;;94<; MF:i:192 +EAS56_57:6:190:289:82 137 seq1 100 73 35M = 100 0 AGGGGTGCAGAGCCGAGTCACGGGGTTGCCAGCAC <<<<<<;<<<<<<<<<<;<<;<<<<;8<6;9;;2; MF:i:64 Aq:i:0 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS51_64:3:190:727:308 99 seq1 103 99 35M = 263 195 GGTGCAGAGCCGAGTCACGGGGTTGCCAGCACAGG <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<::<<<844 MF:i:18 Aq:i:73 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS112_34:7:141:80:875 99 seq1 110 99 35M = 265 190 AGCCGAGTCACGGGGTTGCCAGCACAGGGGCTTAA <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<:<<8;<<8+7;-7 MF:i:18 Aq:i:69 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS219_FC30151:3:40:1128:1940 163 seq1 112 99 35M = 291 214 CCGAGTCACGGGGTTGCCAGCACAGGGGCTTAACC <<<<<<<<<<<<<<<<<<<;<<5;;<<<9;;;;7: MF:i:18 Aq:i:70 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS51_62:5:290:319:736 69 seq1 113 0 * = 113 0 GTTCTCAAGGTTGTTGCAAGGGGGTCTATGTGAAC <<<<<<:7:<.<<<<7<<.<.<<.9*<4<:<4%74 MF:i:192 +EAS51_62:5:290:319:736 137 seq1 113 73 35M = 113 0 CGAGTCACGGGGTTGCCAGCACAGGGGCTTAACCT ==;=======7====6=;==:;;====66=::27: MF:i:64 Aq:i:0 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +B7_597:2:132:493:921 69 seq1 119 0 * = 119 0 GTTCTCAAGGTTGTTGCAAGGGGGTCTATGTGAAC <<<<<<<<<<<<<<<<<<<;<<<<77;0<;;6777 MF:i:192 +B7_597:2:132:493:921 137 seq1 119 75 35M = 119 0 ACGGGGTTGCCAGCACAGGGGCTTAACCTCTGGTG <<<<<<<<<<<<<<<<;<<<<<<<<;<<<<;;88: MF:i:64 Aq:i:0 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS114_30:7:283:799:560 163 seq1 121 66 35M = 283 197 GGGGTTGCCAGCACAGGGGCTTAACCTCTGGTGAC <<<<+<<<<8<<<+<<<<<;<<:07;8;7402447 MF:i:18 Aq:i:66 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS192_3:1:225:195:543 99 seq1 123 99 35M = 299 211 GGTTGCCAGCACAGGGGCTTAACCTCTGGTGACTG <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<9<<;::388998 MF:i:18 Aq:i:72 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +B7_589:6:114:714:317 99 seq1 126 99 35M = 311 220 TGCCAGCACAGGGGCTTAACCTCTGGTGACTGCCA <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<;<<<5;<; MF:i:18 Aq:i:75 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS114_39:1:70:147:84 163 seq1 128 73 35M = 285 192 CCAGCACAGGGGCTTAACCTCTGGTGACTGCCAGA <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<;<<<<<<<<<;(5<< MF:i:18 Aq:i:73 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS188_7:2:187:227:818 163 seq1 129 99 35M = 290 196 CAGCACAGGGGCTTAACCTCTGGTGACTGCCAGAG <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<3<;<< MF:i:18 Aq:i:76 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS1_97:4:77:29:126 99 seq1 131 99 35M = 315 219 GCACAGGGGCTTAACCTCTGGTGACTGCCAGAGCT <<<<<<<<<<3<<<<<<<;;;7<;<<449<-:977 MF:i:18 Aq:i:69 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS114_30:4:327:795:103 99 seq1 133 99 35M = 302 204 ACAGGGGCTTAACCTCTGGTGACTGCCAGAGCTGC <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<;<<; MF:i:18 Aq:i:75 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS114_30:3:139:117:262 69 seq1 135 0 * = 135 0 GTTCTCAAGGTTGTTGCAAGGGGGTCTATGTGAAC <<<7<<<<<<<<<<<<<<<<<<<;<;<<<<<37;3 MF:i:192 +EAS114_30:3:139:117:262 137 seq1 135 76 35M = 135 0 AGGGGCTTAACCTCTGGTGACTGCCAGAGCTGCTG <<<<;<<<<<<<<<<<<<:<<<<<:<<8<<<<:<: MF:i:64 Aq:i:0 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS219_FC30151:5:29:817:854 73 seq1 135 77 35M = 135 0 AGGGGCTTAACCTCTGGTGACTGCCAGAGCTGCTG <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< MF:i:64 Aq:i:0 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS219_FC30151:5:29:817:854 133 seq1 135 0 * = 135 0 GTTCTCAAGGTTGTTGCAAGGGGGTTTATGTGAAC <<<<<<<<<<<<<<<1..;:;;;;1%407)07&7. MF:i:192 +EAS192_3:6:170:169:57 163 seq1 138 99 35M = 296 193 GGCTTGACCTCTGGTGACTGCCAGAGCTGCTGGCC <<<<<;<<<<<<;<<<<<<<<<<<<:<<<<<;;+% MF:i:18 Aq:i:45 NM:i:2 UQ:i:30 H0:i:0 H1:i:1 +B7_595:4:84:802:737 99 seq1 140 68 35M = 284 179 CTTAACCTCTGGTGACTGCCAGAGCTGCTGGCAAG <<<<<<<<<<;9<9<<<;<<;73;<<<<<37;1+. MF:i:18 Aq:i:68 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS188_4:7:78:583:670 163 seq1 142 99 35M = 316 209 TAACCTCTGGTGACTGCCAGAGCTGCTGGCAAGCT <<<<<<<<<<;;;<;;<<<:7;5;<5;;<2--8-; MF:i:18 Aq:i:66 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS51_64:3:90:435:691 99 seq1 147 99 35M = 318 206 TCTGGTGACTGCCAGAGCTGCTGGCAAGCTAGAGT <<<<<<<<<<;<<<;<<<<:<<<;<81;<<1;784 MF:i:18 Aq:i:72 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS188_7:3:13:122:187 163 seq1 153 99 35M = 343 225 GACTGCCAGAGCTGCTGGCAAGCTAGAGTCCCCTT <<<<<<<;<;<<<;<<<<:;6<<<<;;;;:<<%%< MF:i:18 Aq:i:69 NM:i:1 UQ:i:4 H0:i:1 H1:i:0 +EAS221_1:6:69:735:1915 99 seq1 154 99 35M = 321 202 ACTGCCAGAGCTGCTGGCAAGCTAGAGTCCCATTT <<<<<<<<;<<<<<<<<<;<<<<;<8<<<<;1:<< MF:i:18 Aq:i:74 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS114_45:5:66:959:1311 163 seq1 159 95 35M = 336 212 CAGAGCTGCTGGCAAGCTAGAGGCCCATCTGGAGC ;;4;;;+;;;-01;;&-;;4;;&;;73)(&**274 MF:i:18 Aq:i:31 NM:i:2 UQ:i:12 H0:i:0 H1:i:1 +EAS56_57:6:325:759:288 99 seq1 163 99 35M = 341 213 GCTGCTGGCAAGCTAGAGTCCCATTTGGAGCCCCT 8<;<<<<81<<<<<;<<;<<<;9<<<<1>><<<< MF:i:18 Aq:i:21 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS51_66:4:240:264:231 121 seq1 213 66 35M = 213 0 TGTAATGAAAACTATATTTATGCTATTCAGTTCTA 9;,;;62<9<)29<<<;96<<<;<<7<<<<<<;<< MF:i:64 Aq:i:0 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS51_66:4:240:264:231 181 seq1 213 0 * = 213 0 CAACAGATCAAGAAGGAGGGGCAATGGACGAGTTA %15+5022))0&<<)0)+7:4+&<0<<:0<<<7<< MF:i:192 +EAS1_93:7:14:426:613 99 seq1 214 99 35M = 379 200 GTAATGAAAACTATATTTATGCTATTCAGTTCTAA ======;=;==========;;==3=;==-=<;<;< MF:i:18 Aq:i:71 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS1_93:2:173:995:93 163 seq1 215 99 35M = 382 202 TAATGAAAACTATATTTATGCTATTCAGTTCTAAA <<<<<<<<<<<<<<<<<<<7:<<<<;:<:<<<<:7 MF:i:18 Aq:i:73 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS51_64:6:195:348:703 163 seq1 215 99 35M = 353 173 TAATGAAAACTATATTTATGCTATTCAGTTCTAAA <<<<<<<;<<<<<;:<<<<<<<<<<<<:<1:<:7< MF:i:18 Aq:i:72 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS1_108:2:62:879:264 163 seq1 216 99 35M = 396 215 AATGAAAACTATATTTATGCTATTCAGTTCTAAAT <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<2<< MF:i:18 Aq:i:74 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS54_61:4:83:452:970 99 seq1 216 99 35M = 379 198 AATGAAAACTATATTTATGCTATTCAGTTCTAAAT ==========================;======== MF:i:18 Aq:i:74 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS218_1:2:64:1318:1711 99 seq1 218 99 35M = 389 206 TGAAAACTATATTTATGCTATTCAGTTCTAAATAT <<<<<<<<<<<<<<<<7<<<<<<<:<<<<<2<<<< MF:i:18 Aq:i:77 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +B7_589:8:113:968:19 83 seq1 219 99 35M = 50 -204 GAAAACTATATTTATGCTATTCAGTTCTAAATATA 8;<;8;9<<<<<<<9<:<<<<<<<<<;<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:63 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS1_93:4:160:896:275 163 seq1 220 99 35M = 387 202 AAAACTATATTTATGCTATTCAGTTCTAAATATAG ============<====<==<====<==<==;=:6 MF:i:18 Aq:i:76 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +B7_591:6:181:191:418 163 seq1 221 99 36M = 387 202 AAACTATATTTATGCTATTCAGTTCTAAATATAGAA <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<988 MF:i:18 Aq:i:77 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS114_28:7:242:354:637 99 seq1 222 99 36M = 417 231 AACTATATTTATGCTATTCAGTTCTAAATATAGAAA <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<;<<<<<6<;; MF:i:18 Aq:i:75 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +B7_589:1:122:77:789 163 seq1 223 99 35M = 396 208 ACTATATTTATGCTATTCAGTTCTAAATATAGAAA <<<:<4<<9<:7<<<:<<<7<<<<<<<<<<9<9<< MF:i:18 Aq:i:72 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +B7_591:5:42:540:501 147 seq1 224 99 36M = 60 -200 CTATATTTATGCTATTCAGTTCTAAATATAGAAATT ;<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:69 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +B7_591:6:155:12:674 83 seq1 224 99 36M = 52 -208 CTATATTTATGCTATTCAGTTCTAAATATAGAAATT ;<<<<<<<<<<;<<<<;<<<<8<<<<<<<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:74 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +B7_593:4:106:316:452 147 seq1 224 99 36M = 49 -211 CTATATTTATGCTATTCAGTTCTAAATATAGAAATT :<<<<<;<<<<:<<:<<<<<<7<<<<<<<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:71 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS139_19:5:89:525:113 163 seq1 227 78 40M = 397 210 TATTTATGCTATTCAGTTATAAATATAGAAATTGAAACAG <1<7<6;+0;7;7'<70;-<7<:<:<<5<<:9<5:7:%:7 MF:i:18 Aq:i:39 NM:i:1 UQ:i:12 H0:i:0 H1:i:1 +EAS54_65:3:321:311:983 147 seq1 228 99 35M = 51 -212 ATTTATGCTATTCAGTTCTAAATATAGAAATTGAA ;;4;;<7<<<<<<77<<<<<<<<<<17<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:62 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS54_71:2:125:628:79 163 seq1 229 99 35M = 400 205 TTTATGCTATTCAGTTCTAAATATAGAAATTGAAA ==================<6<====<<:<==7;:: MF:i:18 Aq:i:69 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS114_32:5:78:583:499 83 seq1 229 74 35M = 37 -227 TTTACGCTATTCAGTACTAAATATAGAAATTGAAA &6&9774&<;67<44&-4<;<9<7<<<<<;<<<<< MF:i:18 Aq:i:37 NM:i:2 UQ:i:27 H0:i:0 H1:i:1 +EAS54_65:8:76:493:708 147 seq1 229 44 35M = 73 -191 TTTATGCTATTCAGTTCTAAATATAGAAATTGAAA 5/)63.&1517(544(055(0454&7706566679 MF:i:18 Aq:i:44 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS114_45:1:84:275:1572 163 seq1 230 99 35M = 394 199 TTATGCTATTCAGTTCTAAATATAGAAATTGAAAC /6;;;4;;;;;;;;7;;4;.4;;;;;6;;;77077 MF:i:18 Aq:i:62 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS54_67:3:175:730:949 83 seq1 230 99 35M = 70 -195 TTATGCTATTCAGTTCTAAATATAGAAATTGAAAC <<<<;+<<<<7<;<<;<<<<<<<<<<<<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:65 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS114_45:1:9:1289:215 99 seq1 231 99 35M = 394 198 TATGCTATTCAGTTCTAAATATAGAAATTGAAACA ;;;;;;9;;;67;;;;;99;9;;;;;;;;977747 MF:i:18 Aq:i:59 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS1_108:4:248:753:731 99 seq1 231 99 35M = 402 206 TATGCTATTCAGTTCTAAATATAGAAATTGAAACA <<<<<<<<<<<8<<<<<<<<<<<<:<<<<&<:<.: MF:i:18 Aq:i:70 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +B7_595:7:188:802:71 163 seq1 232 99 35M = 415 218 ATGCTATTCAGTTCTAAATATAGAAATTGAAACAG <<<<<<<<<;<<<<<9<<<:<<<:<<<<<<:<<<; MF:i:18 Aq:i:75 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS1_93:7:252:171:323 83 seq1 234 99 35M = 43 -226 GCTATTCAGTTCTAAATATAGAAATTGAAACAGCT ;8<;<=3=6==:====;;======;========== MF:i:18 Aq:i:62 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS192_3:5:223:142:410 147 seq1 235 99 35M = 60 -210 CTATTCAGTTCTAAATATAGAAATTGAAACAGCTG 8;<<<;<<<<;<<<<<<;<;<<<<<<<<<<<<;<< MF:i:18 Aq:i:39 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS114_45:6:5:730:1436 163 seq1 236 99 35M = 403 202 TATTCAGTTCTAAATATAGAAATTGAAACAGCTGT ;;;;;;;;;;;;;;;;;;8;;;;;8;;;;;67777 MF:i:18 Aq:i:67 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS114_30:1:243:10:911 83 seq1 236 99 35M = 63 -208 TATTCAGTTCTAAATATAGAAATTGAAACAGCTGT ;<;;;<4;9:<<<;<<;<<<<<;;<<<<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:64 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS139_19:2:57:1672:1890 121 seq1 236 75 40M = 236 0 TATTCAGTTCTAAATATAGAAATTGAAACAGCTGTGTTTA :;;;9<8;;*<<<<<<:<<<<<<<<1:<<<<<<<<<<<7< MF:i:64 Aq:i:0 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS139_19:2:57:1672:1890 181 seq1 236 0 * = 236 0 CCCCCCCCCCCCCCCCCAGCCACTGCGGCCCCCCCAGCCA -+)%)'-'+,,<066,))090+:&486083:5&&:<<5<0 MF:i:192 +EAS1_105:2:299:360:220 99 seq1 237 99 35M = 403 201 ATTCAGTTCTAAATATAGAAATTGAAACAGCTGTG <<<<<<<9<9<<<<<<<<<<<<<<<<<5<;<0<<< MF:i:18 Aq:i:43 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS221_1:2:24:1037:84 163 seq1 238 99 35M = 415 212 TTCAGTTCTAAATATAGAAATTGAAACAGCTGTGT <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<;<<<<<<;:<57< MF:i:18 Aq:i:73 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS1_105:3:86:823:683 163 seq1 240 99 35M = 408 203 CAGTTCTAAATATAGAAATTGAAACAGCTGTGTTT <<<<<<<<;<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<;;9<<< MF:i:18 Aq:i:72 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS114_45:4:73:1208:495 163 seq1 246 99 35M = 431 220 TAAATATAGAAATTGAAACAGCTGTGTTTAGTGCC ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;5;;;;;37377 MF:i:18 Aq:i:67 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS56_53:4:130:568:978 99 seq1 246 88 35M = 434 223 TAAATATAGAAATTGAAACAGCTGTGTTTAGTGAC 7<<;<<;<7<:;<7<<<<<<<<);4;+<7+3+%;< MF:i:18 Aq:i:24 NM:i:1 UQ:i:26 H0:i:1 H1:i:0 +EAS114_28:5:104:350:749 163 seq1 247 99 36M = 415 204 AAATATAGAAATTGAAACAGCTGTGTTTAGTGCCTT <<8<<<<<<<<<<<;<<<<<<<<0;<<<9;<85;;; MF:i:18 Aq:i:73 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS1_97:7:264:642:506 99 seq1 247 99 35M = 420 208 AAATATAGAAATTGAAACAGCTGTGTTTATTGTAT <<;<<<<<<;<<<;:;;:;;<<;<<<<;*+;*&.4 MF:i:18 Aq:i:56 NM:i:3 UQ:i:28 H0:i:1 H1:i:0 +EAS56_61:6:227:259:597 147 seq1 248 99 35M = 61 -222 AATATAGAAATTGAAACAGCTGTGTTTAGTGCCTT <8<;2;9;<;;-92<;;;<;<<<<<<<<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:61 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS112_32:7:113:809:364 99 seq1 250 99 35M = 413 198 TATAGAAATTGAAACAGCTGTGTTTAGTGCCTTTG <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<7<;<;<<<4 MF:i:18 Aq:i:77 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS188_7:2:218:877:489 83 seq1 250 86 35M = 80 -205 TATAGAAATTGAAACAGCTGTGTTTAGTGCCTTTG 9<<<8<<<;<9<<<<<<<<<<;<<<<<<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:10 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS188_7:2:259:219:114 99 seq1 254 99 35M = 411 192 GAAATTGAAACAGCTGTGTTTAGTGCCTTTGTTCA <<<<<<<<<<<<<<<;<<<<<<7<7<<<<<0<<9< MF:i:18 Aq:i:69 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS1_97:7:20:979:96 83 seq1 254 99 35M = 79 -210 GAAATTGAAACAGCTGTGTTTAGTGCCTTTGTTCA '9996;(:;-<;1<<<<=<<<<=<<<<<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:37 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS114_39:6:13:1034:1144 99 seq1 256 99 35M = 429 208 AATTGAAACAGCTGTGTTTAGTGCCTTTGTTCACA <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<3<<<;<<;<++ MF:i:18 Aq:i:69 NM:i:2 UQ:i:48 H0:i:1 H1:i:0 +EAS221_1:2:29:1486:672 147 seq1 256 99 35M = 79 -212 AATTGAAACAGCTGTGTTTAGTGCCTTTGTTCACA <<:<<<<;<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<++ MF:i:18 Aq:i:29 NM:i:2 UQ:i:54 H0:i:0 H1:i:0 +EAS139_11:7:46:695:738 163 seq1 259 74 35M = 428 204 TGAAACAGCTGAGTTTAGCGCCTGTGTTCACATAG <;<<<<;<<),&4<3<<7&7<0;)).3;79;7<;0 MF:i:130 Aq:i:74 NM:i:3 UQ:i:18 H0:i:0 H1:i:0 +EAS139_11:8:26:1221:222 163 seq1 261 99 35M = 446 220 AAACAGCTGTGTTTAGTGCCTTTGTTCAACCCCCT <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:78 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS114_26:3:284:261:124 83 seq1 263 99 35M = 79 -219 ACAGCTGTGTTTAGTGCCTTTGTTCAACCCCCTTG ===27===.====&===========;;======== MF:i:18 Aq:i:39 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS51_64:3:190:727:308 147 seq1 263 99 35M = 103 -195 ACAGCTGTGTTTAGTGCCTTTGTTCAACCCCCTTG ;;<;;<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:73 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS112_34:7:141:80:875 147 seq1 265 99 35M = 110 -190 AGCTGTGTTTAGTGCCTTTGTTCAACCCCCTTGCA 6/<;84<;<;<<<<<<5<<<<<<<<<<<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:69 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS139_19:3:24:1135:563 163 seq1 266 99 40M = 446 220 GCTGTGTTTAGTGCCTTTGTTCAACCCCCTTGCAACAACC <<<<:<<<<:1:<<<<<<.<<<<<<<<;<;;;43+:30:: MF:i:18 Aq:i:72 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS221_1:2:90:986:1224 83 seq1 267 99 35M = 67 -235 CTGTGTTTAGTGCCTTTGTTCAACCCCCTTGCAAC <7*37;;;;;;;9<<;<7<<<<<<<<<<<;;<<<< MF:i:18 Aq:i:41 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS114_28:7:287:492:169 99 seq1 269 99 36M = 449 216 GTGTTTAGTGCCTTTGTTCAACCCCCTTGCAACAAC <<<7<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<8;;<;6<<; MF:i:18 Aq:i:69 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS218_4:1:48:9:409 99 seq1 271 75 18M5I12M = 464 228 GTTTAGTGCCTTTGTTCACATAGACCCCCTTGCAA <<<<<<<<<<<<<:<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< MF:i:130 Aq:i:75 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:0 H1:i:0 +EAS139_19:1:87:1222:878 163 seq1 272 10 40M = 435 203 TATAGGGCCTTTGTTCAAACCCCTTGCAACAACCTTGAGA &+6<6&<:<<9<1112<<;)9227>>>>>>>>>>>>>;<>>>>><<>>>;<+<>=>>+==>>==<==<=8=><:;8/;7<<<<<<<<;<:<<<< MF:i:18 Aq:i:77 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +B7_591:7:129:956:115 163 seq1 740 99 36M = 927 223 GCTCCCCAGAGGGAAAGCTTTCAACGCTTCTAGCCA <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<;877- MF:i:18 Aq:i:75 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +B7_591:2:240:603:890 83 seq1 740 99 36M = 590 -186 GCTCCCAAGAGGGAAAGCTTTCAACGCTTCTAGCCA ;+&+//&<<<<<<<<<<9<<<8<<<<9<<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:66 NM:i:1 UQ:i:5 H0:i:1 H1:i:0 +EAS56_53:4:168:528:288 83 seq1 740 99 35M = 570 -205 GCTCCCCAGAGGGAAAGCTTTCAACGCTTCTAGCC 8<%<31;<<;<;<<<<<<<;<<<<<<<<<<;<<<< MF:i:18 Aq:i:72 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS188_7:6:205:873:464 147 seq1 743 99 35M = 552 -226 CCCCAGAGGGAAAGCTTTCAACGCTTCTAGCCATT <-((+:+;289<--;<;-;<:;;<<<;;<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:63 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS56_65:8:275:851:240 147 seq1 743 99 35M = 561 -217 CCCCAGAGGGAAAGCTTTCAACGTTTCTAGCCATT 66614/&3616630666&66666&66666868666 MF:i:18 Aq:i:31 NM:i:1 UQ:i:5 H0:i:0 H1:i:1 +EAS56_65:6:37:610:260 163 seq1 745 99 35M = 913 203 CCAGAGGGAAAGCTTTCAACGCTTCTAGCCATTTC <<<;<;<<7<<<<<<<<<<<<<<;6<963;;;3;1 MF:i:18 Aq:i:68 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS192_3:7:93:945:176 147 seq1 745 99 35M = 582 -198 CCAGAGGGAAAGCTTTCAACGCTTCTAGCCATTTC 6;;;8<<3<<8.<;6)<<<<<9<<<<<<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:70 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +B7_593:6:61:628:681 83 seq1 746 99 36M = 586 -196 CAGAGGGAAAGCTTTCAACGCTTCTAGCCATTTCTT 95<<<<<<<<;<<<<;<<<:<<;;<<<<<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:76 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS56_65:7:288:552:440 83 seq1 747 87 35M = 560 -222 AGAGGGAACGCTTTCAACTCTTCTAGCCATTTCTT 9<<%'%<<.2<<<<<<<<5:<<<<<<<<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:26 NM:i:2 UQ:i:33 H0:i:0 H1:i:0 +EAS56_53:2:170:265:818 163 seq1 748 10 35M = 920 207 GAGGGGAAGCTTTCAACGCTTCTAGCACTTTCTTT <<<<<(5/959<8.<9<8<<<2<&59&&:22:8+( MF:i:18 Aq:i:10 NM:i:3 UQ:i:17 H0:i:0 H1:i:0 +B7_595:2:251:121:479 83 seq1 750 99 35M = 572 -213 GGGAAAGCTTTCAACGCTTCTAGCCATTTCTTTTG <<<<<6'..663;&<<;<<9<<<9<<<<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:65 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS221_1:8:67:1797:1931 147 seq1 750 99 35M = 562 -223 GGGAAAGCTTTCAACGCTTCTAGCCATTTCTTTTG <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:77 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS114_32:2:163:618:570 83 seq1 751 99 35M = 571 -215 GGAAAGCTGTCAACGCTTCTAGCCATTTCTTTTGG <9774<88&:8<:8<8:8<8<<<<<;88<88<<<< MF:i:18 Aq:i:41 NM:i:1 UQ:i:5 H0:i:0 H1:i:1 +EAS1_103:2:226:302:758 83 seq1 751 99 35M = 556 -230 GGAAAGCTTTCAACGCTTCTAGCCATTTCTTTTGG ;<<<<9;<<<<<<<<<<7<<<<<<<<<<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:33 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS1_108:3:82:356:253 99 seq1 752 99 35M = 927 210 GAAAGCTTTCAACGCTTCTAGCCATTTCTTTTGGC ===================<========;===39= MF:i:18 Aq:i:72 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS1_97:3:73:292:429 99 seq1 752 99 35M = 920 203 GAAAGCTTTCAACGCTTCTAGCCATTTCTTTTTGC <<<<<<<<<<7<<;<<<<<<<2<<<5<<<<<:%)< MF:i:18 Aq:i:69 NM:i:1 UQ:i:4 H0:i:1 H1:i:0 +EAS114_30:6:62:386:959 147 seq1 752 99 35M = 594 -193 AAAAGCTTTCAACGCTTCTAGCCATTTCTTTTGGC %;71131((<<6<92(+<1<<;<-3<8<<;<;;<< MF:i:18 Aq:i:57 NM:i:1 UQ:i:4 H0:i:1 H1:i:0 +EAS51_62:3:263:74:407 83 seq1 754 99 35M = 574 -215 AAGCTTTCAACGCTTCTAGCCATTTCTTTTGGCAT ;;88<::+;<)<5<<:<<<<<<<<<<<<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:68 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +B7_597:3:67:620:344 99 seq1 755 99 35M = 905 185 AGCTTTCAACGCTTCTAGCCATTTCTTTTGGCATT <<<<2<:2<<<<<<7<<<<:<<*<<<<<<***3<< MF:i:18 Aq:i:33 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +B7_610:6:148:776:486 83 seq1 755 99 35M = 578 -212 AGCTTTCAACGCTTCTAGCCATTTCTTTTGGCATT ;:<<<;<<;<<<<<;<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:76 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS54_61:3:150:933:810 83 seq1 755 99 35M = 593 -197 AGCTTTCAACGCTTCTAGCCATTTCTTTTGGCATT :89===:=:=;;==;==================== MF:i:18 Aq:i:76 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS51_64:4:102:467:897 99 seq1 756 97 35M = 940 219 GCTTTCAACGCTTCTAGCCATTTCTTTTGTCTTTT <<<<9<<<<9<2<<<&,/=====>=>=>>>=>>==>=>>>>>> MF:i:18 Aq:i:77 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS54_73:5:3:233:911 83 seq1 868 99 35M = 688 -215 GTCTCATCTAGGGGAACAGGGAGGTGCACTAATGC <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:75 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS56_65:5:75:637:650 83 seq1 868 99 35M = 691 -212 GTCTCATCTAGGGGAACAGGGAGGTGCACTAATGC <<<<8<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:76 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +B7_595:3:297:637:86 83 seq1 869 99 35M = 704 -200 TCTCAGCTAGGGGAACAGGGAGGTGCACTAATGCG <:75<;<;;<<<<<<;;<<<<<<<<<<<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:68 NM:i:1 UQ:i:26 H0:i:1 H1:i:0 +EAS54_65:3:290:558:349 147 seq1 869 99 35M = 719 -185 TCTCAGCTAGGGGAACAGGGAGGTGCACTAATGCG 2;2;;'5&;<<5<<;5/<<<<<7<<;+;<<+1<8< MF:i:18 Aq:i:59 NM:i:1 UQ:i:6 H0:i:1 H1:i:0 +EAS1_95:3:308:956:873 99 seq1 870 99 35M = 1068 233 CTCATCTAGGGGAACAGGGAGGTGCACTAATGCGC <<<<<<<<<<<<<;<;<;1<<<<<.<9<;<<<<+; MF:i:18 Aq:i:31 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS51_78:7:147:64:416 147 seq1 870 99 35M = 701 -204 CTCATCTAGGGGAACAGGGAGGTGCACTAATGCGC /;49;:6<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:47 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +B7_593:4:30:812:345 163 seq1 871 99 36M = 1036 201 TCATCTAGGGGAACAGGGAGGTGCACTAATGCGCTC <<<<<<<7<;<<7<;77;3<&0-;<5<;6<1'13<: MF:i:18 Aq:i:64 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS54_73:7:134:243:630 163 seq1 871 99 35M = 1052 216 TCATCTAGGGGAACAGGGAGGCGCACTAATGAGCT <<<:<<<<::1:818;;&::<>.; MF:i:18 Aq:i:35 NM:i:1 UQ:i:5 H0:i:0 H1:i:1 +EAS54_81:2:31:98:804 147 seq1 982 99 35M = 805 -212 CTTTACTGTCATAACTATGAAGAGACTATTGCCAG ====;========7===================== MF:i:18 Aq:i:74 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS114_28:5:11:868:62 99 seq1 983 99 36M = 1154 207 TTTACTGTCATAACTATGAAGAGACTATTGCCAGAT <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<:<<<;<<<<(7:7039 MF:i:18 Aq:i:69 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS1_103:2:235:805:373 163 seq1 983 99 35M = 1146 198 TTTACTGTCATAACTATGAAGAGACTATTTCCAGA <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<;<;<<<<<<;;<99; MF:i:18 Aq:i:74 NM:i:1 UQ:i:26 H0:i:1 H1:i:0 +EAS54_81:2:280:512:316 163 seq1 984 99 35M = 1159 210 TTACTGTCATAACTATGAAGAGACTATTGCCAGCT ==<========6==4==6;;==:===;=2/:+8%6 MF:i:18 Aq:i:68 NM:i:1 UQ:i:4 H0:i:1 H1:i:0 +EAS114_45:7:33:1566:588 99 seq1 985 76 35M = 1166 216 TACTGTCATAACTATGAAGAGCCTATTGCCAGATG <;.;;;;6;;;;6;;29;;;<+9;;;.3;;73797 MF:i:18 Aq:i:37 NM:i:1 UQ:i:10 H0:i:0 H1:i:1 +EAS1_93:5:292:122:666 99 seq1 985 99 35M = 1159 209 TACTGTCATAACTATGAAGAGACTATTGTCAGATG <<<<<<6<<<<<<<<8;<<<<<<<<<<3&9+;;(; MF:i:18 Aq:i:68 NM:i:1 UQ:i:5 H0:i:1 H1:i:0 +EAS56_53:1:23:403:981 99 seq1 985 99 35M = 1151 201 TACTGTCATAACTATGAAGAGACTATTGCCAGATG <8<<<;<<<<<<;<<<<<<8;<<<9<9,3;,6(91 MF:i:18 Aq:i:65 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS139_11:7:92:367:1495 83 seq1 987 99 35M = 820 -202 CTGTCATAACTATGAAGAGACTATTGCCAGATGAA <8<88<<<<7<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:78 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS220_1:8:38:1576:1923 83 seq1 987 99 35M = 822 -200 CTGTCATAACTATGAAGAGACTATTGCCAGATGAA 8;<98<<<<<<<;<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:77 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +B7_595:7:190:481:295 163 seq1 990 99 35M = 1161 206 TCATAACTATGAAGAGACTATTGCCAGATGAACCA <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<9<<<<<9<7<2:: MF:i:18 Aq:i:72 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS112_32:7:168:117:441 99 seq1 990 99 35M = 1151 196 TCATAACTATGAAGAGACTATTGCCAGATGAACCA <<3<<<<<<<<<<<<<<<<<<<+<<17;<;:<995 MF:i:18 Aq:i:71 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS54_73:3:239:796:221 163 seq1 992 99 35M = 1160 203 ATAACTATGAAGAGACTATTGCCAGCTGACCCCCC <<<7<<7<<7<<7<;<<<<<,;;,+'<+/+99%:' MF:i:18 Aq:i:37 NM:i:4 UQ:i:26 H0:i:0 H1:i:1 +EAS220_1:4:69:88:1154 147 seq1 992 99 35M = 805 -222 ATAACTATGAAGAGACTATTGCCAGATGAACCACA <<<<9<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:47 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS221_3:8:34:956:1309 99 seq1 994 99 35M = 1168 209 AACTATGAAGAGACTATTGCCAGATGAACCACACA <<<<<<7<<<<<<<<<<<6<<<<<<<<<<<:<8<8 MF:i:18 Aq:i:74 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS1_108:5:229:717:121 99 seq1 995 99 35M = 1150 190 ACTATGAAGAGACTATTGCCAGATGAACCACACAC =================<)=<4<0=.<<<71;41& MF:i:18 Aq:i:43 NM:i:1 UQ:i:5 H0:i:1 H1:i:0 +EAS219_1:1:67:191:668 99 seq1 995 99 35M = 1134 174 ACTATGAAGAGACTATTGCCAGATGAACCACACCT <<<<<<<<<<<<<<<<<6<<;<;<;<<<<<<6;%2 MF:i:18 Aq:i:74 NM:i:1 UQ:i:4 H0:i:1 H1:i:0 +EAS221_1:8:60:1020:1259 99 seq1 996 99 35M = 1157 196 CTATGAAGAGACTATTGCCAGATGAACCACACATT <;<<<<;<<<<<<<<<;<<<<<<<8<<<<<:<:<< MF:i:18 Aq:i:77 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS51_64:3:309:303:278 163 seq1 996 99 35M = 1178 217 CTATGAAGAGACTATTGCCAGATGAACCACACATT <<<<<<<<<<<<<<<<+<<+<<7<<<<<5<<<;;; MF:i:18 Aq:i:72 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS218_4:7:89:1487:520 83 seq1 997 99 35M = 805 -227 TATGAAGAGACTATTGCCAGATGAACCACACATTA 4;;/<<<<<:<;<;<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:70 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +B7_610:4:15:805:420 163 seq1 998 35 35M = 1164 201 ATGAAGAGACTATTCACATGTGAACCACACATTTA ;73;;;;67.;1<<+*.;*&<4947<&474&*9*( MF:i:130 Aq:i:35 NM:i:4 UQ:i:33 H0:i:0 H1:i:0 +EAS112_34:7:142:457:584 99 seq1 999 99 35M = 1160 196 TGAAGAGACTATTTCCAGATGAACCACACATTAAT <<<<<<<<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:72 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS56_63:7:190:95:706 147 seq1 1078 99 35M = 920 -193 TTGTGTCCATGTACACACGCTGTCCTATGTACTTA 9;97437;<;;<<;<;<<<<<<;<<<<<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:72 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +B7_589:1:101:825:28 83 seq1 1079 99 35M = 879 -235 TGTGTCCATGTACACACGCTGTCCTATGTACTTAT 0;0'0;<<<<<<8<;<<<<;;3<<;;<<<8<<<<< MF:i:18 Aq:i:39 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS51_66:4:188:460:1000 99 seq1 1080 99 35M = 1251 206 GTGTCCATGTACACACGCTGTCCTATGTACTTATC <<<<<<<<<<<<<<<<7<<;:4;44<;;:8;;9;; MF:i:18 Aq:i:70 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS114_28:6:54:263:585 99 seq1 1081 99 36M = 1254 209 TGTCCATGTACACACGCTGTCCTATGTACTTATCAT <<<<<<<<<<<<<<<<<<<:;<<;<:;::<<;;:;4 MF:i:18 Aq:i:72 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS1_95:3:268:523:511 99 seq1 1081 99 35M = 1241 195 TGTCCATGTACACACGCTGTCCTATGTACTTATCA <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<;<<<<6<:9<<3<44 MF:i:18 Aq:i:72 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS114_45:1:12:1296:358 99 seq1 1082 96 35M = 1252 205 GTCCATGTACACACGCTGTCCTATGTACTTATCAT ;;;6;7;7;;;;;7;9;;-*1;9;699/99/7477 MF:i:18 Aq:i:37 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS54_71:6:224:932:942 99 seq1 1082 99 34M = 1250 203 GTCCATGTACACACGCTGTCCTATGTACTTATCA <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<;<<<<7<<(;3, MF:i:18 Aq:i:69 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS51_66:7:174:987:334 83 seq1 1082 99 35M = 908 -209 GTCCATGTACACACGCTGTCCTATGTACTTATCAT ,;<;;<<<&<<<1<<<<<<<<<<<<<;<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:41 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS114_32:2:306:119:56 147 seq1 1083 99 35M = 919 -199 TCCATGTACACACGCTGTCCTATGTACTTATCATG ;;;;;<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:74 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS1_105:2:110:584:649 99 seq1 1084 99 35M = 1266 217 CCATGTACACACGCTGTCCTATGTACTTATCATGA <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<;<<<<<::<38 MF:i:18 Aq:i:43 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS1_95:4:66:179:118 163 seq1 1084 99 35M = 1262 213 CCATGTACACACGCTGTCCTATGTACTTATCATGA <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<:<<;<<6<< MF:i:18 Aq:i:75 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS218_1:4:28:315:310 163 seq1 1085 99 35M = 1242 192 CATGTACACACGCTGTCCTATGTACTTATCATGAC <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<:<+.<<.<+7<*17 MF:i:18 Aq:i:68 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +B7_595:7:242:4:593 147 seq1 1086 99 35M = 905 -216 ATATACACACGCTGTCCTATGTACTTATCATGACT 1.%55877+8+88808887+7;7;18:8;;;.&;8 MF:i:18 Aq:i:53 NM:i:1 UQ:i:4 H0:i:1 H1:i:0 +EAS1_93:1:131:946:353 163 seq1 1087 99 35M = 1249 197 TGTACACACGCTGTCCTATGTACTTATCATGACTC <<<<<<<<<<<<<;<<<<;;<<<<<<<;<:52;<2 MF:i:18 Aq:i:73 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS221_1:4:4:1732:88 99 seq1 1087 99 35M = 1265 213 TGTACACACGCTGTCCTATGTACTTATCATGACTC <<<<<<<<<<<<<<<<<2<8;8<;<8;<2;2:<:< MF:i:18 Aq:i:45 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS56_59:5:113:694:725 163 seq1 1088 99 35M = 1266 213 GTACACACGCTGTCCTATGTACTTATCATGACTCT <<<<<<<<<<<<9<<<<<:<<<<<<<<<<:;;<;; MF:i:18 Aq:i:47 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +B7_595:4:58:703:72 83 seq1 1088 99 35M = 905 -218 GTACACACGCTGTCCTATGTACTTATCATGACTCT 5&<<7;+95;7'6<<<<<.<<<<<;<<9<7<<<<< MF:i:18 Aq:i:65 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS56_65:5:278:848:765 147 seq1 1088 99 35M = 920 -203 GTACACACGCTGTCCTATGTACTTATCATGACTCT 7;;<;5<55<<;;<;<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:74 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS56_57:6:234:787:12 163 seq1 1092 97 35M = 1257 200 ACACGCTGGCCTATGTACTTATAATGACTCTATCC <;<<<9<<&+9;3;<993;<9<+94;9&41;08%9 MF:i:18 Aq:i:24 NM:i:2 UQ:i:15 H0:i:0 H1:i:0 +EAS218_1:4:15:856:340 147 seq1 1093 99 35M = 936 -192 CACGCTGTCCTATGTACTTATCATGACTCTATCCC <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:47 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS51_62:2:258:266:101 163 seq1 1094 99 35M = 1285 226 ACGCTGTCCTATGTACTTATCATGACTCTATCCCA <<<<<<<<<<<<<<<<<<5<;,<-2<<<<;68<<6 MF:i:18 Aq:i:68 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS56_59:2:177:552:234 147 seq1 1094 99 35M = 903 -226 ACGCTGTCCTATGTACTTATCATGACTCTATCCCA ::;:=;=99=====;;====;==========<=== MF:i:18 Aq:i:72 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS114_30:1:134:379:893 147 seq1 1095 99 35M = 927 -203 CGCTGTCCTATGTACTTATCATGACTCTATCCCAA 7137::;<<<<<<<;<<<<<<<<<<;<<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:71 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS114_30:4:317:378:535 163 seq1 1096 99 35M = 1258 197 GCTGTCCTATGTACTTATCATGACTCTATCCCAAA <<<<<<<<<<<<:<<<<<<<<<;<<;<8<;:7:1( MF:i:18 Aq:i:72 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS1_105:8:256:404:584 147 seq1 1096 99 35M = 928 -203 ACTGTCCTATGTACTTATCATGACTCTATCCCAAA &&326+23<3<<<+:<<<<<< MF:i:18 Aq:i:76 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +B7_595:3:57:735:151 99 seq1 1121 94 35M = 1314 228 CTATCCCAAATTCCCAATTACGTCCTATCTTCTTC <<<<<<<<8<<8<:<<*<:<<<4<<<;,<<<<:<: MF:i:18 Aq:i:26 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS139_19:3:75:732:442 99 seq1 1121 99 40M = 1293 212 CTATCCCAAATTCCCAATTACGTCCTATCTTCTTCTTAGG <<<<<;<<<<<9<<<;<<;<<<5<<;8<<<<<<<<;:9%% MF:i:18 Aq:i:60 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS54_81:8:142:858:903 147 seq1 1121 99 35M = 943 -213 CTATCCCAAATTCCCAATTACGTCCTATCTTCTTC <<<<<;<<<<9<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:76 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS56_57:7:247:522:670 83 seq1 1121 99 35M = 960 -196 CTATCCCAAATTCCCAATTACGTCCTATCTTCTTC ;;;9;:<<<<<;<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:75 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS1_99:7:183:645:699 99 seq1 1122 86 35M = 1281 194 TATCCCAAATTCCCAATTACGTCCTATCTTCTTCT <<9<9<<<<<<<<<;<<;<<*175;173<;;;<-/ MF:i:18 Aq:i:21 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS192_3:6:175:437:950 163 seq1 1126 99 35M = 1298 207 CCAAATTCCCAATTACGTCCTATCTTCTTCTTAGG <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<:59 MF:i:18 Aq:i:74 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS56_63:3:93:1002:845 83 seq1 1129 99 35M = 954 -210 AATTCCCAATTACGTCCTATCTTCTTCTTAGGGAA <<::;;;<<<<<<<<<<<<<<<<;<<<<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:76 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS51_62:6:50:542:881 163 seq1 1132 99 35M = 1324 227 TCCCAATTACGTCCTATCTTCTTCTTAGGTAAGAA <<<<<4<09<<9<<2<<<<<<<<<<<2/.&2<%<7 MF:i:18 Aq:i:63 NM:i:1 UQ:i:5 H0:i:1 H1:i:0 +EAS1_99:3:118:851:285 83 seq1 1133 99 35M = 953 -215 CCCAATTACGTCCTATCTTCTTCTTAGGGAAGAAC 3+7<<<;<;<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:72 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS219_1:1:67:191:668 147 seq1 1134 99 35M = 995 -174 CCAATTACGTCCTATCTTCTTCTTAGGGAAGAACA <<<<<7<<7<<<<<<<;<<<<<<<<<<<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:74 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS114_45:2:15:1497:1530 99 seq1 1136 99 35M = 1314 213 AATTACGTCCTATCTTCTTCTTAGGGAAGAACAGC 0<;;;9;;86<;;;<<&<<.<<;)3;7;654-471 MF:i:18 Aq:i:57 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +B7_595:7:166:203:416 83 seq1 1136 99 35M = 963 -208 AATTACGTCCTATCTTCTTCTTAGGGAAGAACAGC <<<<<<<<::<<<<<<<<<;<<<<<<<<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:75 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS114_26:4:40:352:151 99 seq1 1137 99 35M = 1327 225 ATTACGTCCTATCTTCTTCTTAGGGAAGAACAGCT <<<<<<<<<<<<<<<;<<9<<<<:<<<<;<99<3< MF:i:18 Aq:i:72 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS56_65:8:206:563:262 83 seq1 1137 99 35M = 971 -201 ATTACGTCCTATCTTCTTCTTAGGGAAGAACAGCT <<<<7<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<7 MF:i:18 Aq:i:75 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +B7_593:7:67:302:762 99 seq1 1138 99 36M = 1313 211 TTACGTCCTATCTTCTTCTTAGGGAAGAACAGCTTA <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<;;65;<-<;<:8<<<3 MF:i:18 Aq:i:73 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS1_97:5:84:927:843 147 seq1 1138 99 35M = 938 -235 TTACGTCCTATCTTCTTCTTAGGGAAGAACAGCTT 588;<:<<<<<<<6<<<<;<<<:/<<3<:;<*<<< MF:i:18 Aq:i:69 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS1_99:5:147:479:41 163 seq1 1139 99 35M = 1322 218 TACGTCCTATCTTCTTCTTAGGGAAGAACAGCTTA <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<::6<<;<<<;;9;;6 MF:i:18 Aq:i:72 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS1_105:3:329:177:267 83 seq1 1139 99 35M = 962 -212 TACGTCCTATCTTCTTCTTAGGGAAGAACAGCTTA <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:75 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +B7_589:7:72:916:763 163 seq1 1142 99 35M = 1340 233 GTCCTATCTTCTTCTTAGGGAAGAACAGCTTAGGT ==7>==9>=7=>=>>=>> MF:i:18 Aq:i:78 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS54_65:4:91:267:655 147 seq1 1365 99 35M = 1204 -196 TGTTGTTGGTTTTCTGTTTCTTTGTTTGATTTGGT ;,:;5:<6:<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:71 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS221_1:2:91:856:504 99 seq1 1366 99 35M = 1520 189 GTTGTTGGTTTTCTGTTTCTTTGTTTGATTTGGTT <<<<<<<<<<<<<<7<<<<<<<7<<<&;<<<&&<& MF:i:18 Aq:i:68 NM:i:1 UQ:i:5 H0:i:1 H1:i:0 +EAS1_108:2:170:326:433 99 seq1 1367 99 35M = 1535 203 TTGTTGGTTTTCTGTTTCTTTGTTTGATTTGGTGG =====<=9===:=<:==2=======2:===9==/5 MF:i:18 Aq:i:72 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS139_19:1:14:420:712 99 seq1 1368 99 40M = 1525 197 TGTTGGTTTTCTGTTTCTTTGTTTGATTTTTTTGAAGACA <<<<<<<<<<<<;<<<<<<<;<<<-;<<<&,<&*8111:6 MF:i:18 Aq:i:66 NM:i:3 UQ:i:21 H0:i:1 H1:i:0 +EAS1_93:6:132:717:233 99 seq1 1368 99 35M = 1529 196 TGTTGGTTTTCTGTTTCTTTGTTTGATTTGGTGGA <<<<<<<<<<<<;<<<<<<<<<<<7<<<<&-<4<1 MF:i:18 Aq:i:47 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS114_39:4:43:1047:1626 163 seq1 1369 99 35M = 1523 189 GTTGGTTTTCTGTTTCTTTGTTTGATTTGGTGGAA <<<<<<<<<<<<<<<<<<<:<<<:<<<<:+;-4:( MF:i:18 Aq:i:70 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS114_45:2:20:413:1334 147 seq1 1370 99 35M = 1215 -190 TTGGTTTTCTGTTTCTTTGTTTGATTTGGTGGAAG 88878777;:;:1:;9;;;6;;;6;9;;;;;296; MF:i:18 Aq:i:60 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS51_62:5:154:669:853 83 seq1 1371 99 35M = 1193 -213 TGGTTTTCTGTTTCTTTGTTTGATTTGGTGGAAGA <::<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:77 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +B7_610:7:117:857:942 99 seq1 1372 99 35M = 1527 190 GGTTTTCTGTTTCTTTGTTTGATTTGGTGGAAGAC <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<:6<;;7;9<; MF:i:18 Aq:i:73 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS114_32:6:88:162:587 147 seq1 1372 99 35M = 1189 -218 GGTTTTCTGTTTCTTTGTTTGATTTGGTGGAAGAC 386;;388-<8;<;68<<;;<;<6<<<8<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:63 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS56_57:6:145:144:796 147 seq1 1372 99 35M = 1181 -226 GGTTTTCTGTTTCTTTGTTTGATTTGGTGGAAGAC ;<<<;<<<<<<<<<;<<<;<<<<<<<<<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:74 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS221_1:8:73:108:1621 99 seq1 1373 99 35M = 1532 194 GTTTTCTGTTTCTTTGTTTGATTTGGTGGAAGACA <<<<<<<<71<<<<<<<<<+<<<<70:0<9<<61< MF:i:18 Aq:i:71 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS188_7:2:152:765:744 163 seq1 1374 99 35M = 1534 195 TTTTCTGTTTCTTTGTTTGATTTGGTGGAAGACAT <<<<<<<<<<<<<<<<<<:<<<<<<<<&<7293<< MF:i:18 Aq:i:74 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS112_34:6:127:153:861 147 seq1 1374 99 35M = 1202 -207 TTTTCTGTTTCTTTGTTTGATTTGGTGGAAGACAT :;:6;9<<1;<<95<<<9<<<<<<<<<<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:72 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS54_73:3:313:827:992 147 seq1 1379 99 35M = 1197 -217 TGTTTCTTTGTTTGATTTGGTGGAAGACATAATCC '187:1'<75<.*<<:5<..<<*<<917<<7<<17 MF:i:18 Aq:i:57 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS51_64:3:7:268:263 121 seq1 1381 22 35M = 1381 0 TTGCGTTATTTGAGTTGGTGGAAGACATAATCCCA ',)*&2<$7+<<<'<-<7<<<<<<<7<<7><>;>+>>/;>>=>=>=:>><>=<<==;)<=8; MF:i:18 Aq:i:73 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +B7_597:7:5:753:806 83 seq2 197 99 35M = 45 -187 ATGTAAAGTAACTGAACCTATGAGTCACAGGTATT ;:<:<<<<:<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:27 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS218_4:7:85:923:726 147 seq2 199 99 35M = 43 -191 GTAAAGTAACTGAACCTATGAGTCACAGGTATTCC <:<<<%3<<1<<86<<-<<<<<<<<<<<<6<<1<< MF:i:18 Aq:i:44 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS114_30:6:41:461:436 163 seq2 200 74 35M = 389 224 TAAAGTAACTGAACCTATGAGTCACAGGTATTCCT <<<<<<<<<<<<<<<<<<<:<<<<<<<<;<;;;:; MF:i:18 Aq:i:0 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS1_103:5:285:241:560 83 seq2 200 99 35M = 37 -198 TAAAGTAACTGAACCTATGAGTCACAGGTATTCCT :<<<<;<<,<<<<5<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:72 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS221_3:2:60:590:1760 99 seq2 201 99 35M = 376 210 AAAGTAACTGAACCTATGAGTCACAGGTATTCCTG <:<<<<<2<<<<:<::<<<::<<<<<6<<<<<<<6 MF:i:18 Aq:i:51 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS54_61:6:25:949:33 99 seq2 201 99 35M = 383 217 AAAGTAACTGAACCTATGAGTCACAGGTATTCCTG =;===/8========*==&;6=&=&:=6&:=::67 MF:i:18 Aq:i:63 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS114_45:6:86:693:234 163 seq2 202 82 35M = 388 221 AAGTAACTGAACCTATGAGTCACAGGTATTCCTGA ;;;;;;;;;;;;;;;;9;;;;;;;;99;;&70777 MF:i:18 Aq:i:18 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS114_39:3:88:84:1558 99 seq2 203 95 35M = 394 226 AGTAACTGAACCTATGAGTCACAGGTATTCCTGTG <<;<<<<<<<<<<<<;;<<<<<<<::<<<<<<7&< MF:i:18 Aq:i:22 NM:i:1 UQ:i:5 H0:i:1 H1:i:0 +EAS56_57:6:4:223:776 163 seq2 203 93 35M = 387 219 AGTAACTGAACCTATGAGTCACAGGTATTCCTGAG <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<9<<<:;<;2< MF:i:18 Aq:i:19 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +B7_597:2:168:829:88 163 seq2 205 99 35M = 369 199 TAACTGAACCTATGAGTCACAGGTATTCCTGAGGA <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<6<<<<<<9;4;2 MF:i:18 Aq:i:68 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS114_28:1:168:389:889 147 seq2 205 99 36M = 37 -204 TAACTGAACCTATGAGTCACAGGTATTCCTGAGGAA ;<<;;56;==================8========8 MF:i:18 Aq:i:76 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS139_19:4:26:1312:1400 99 seq2 207 99 40M = 385 218 ACTGAACCTATGAGTCACAGGTATTCCTGAGGAAAAAGAA <<<<;<<<:<<:<;<:<<<;:;<<<<<<:<8<1;;:::88 MF:i:18 Aq:i:30 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS54_71:5:81:685:141 99 seq2 207 85 34M = 382 210 ACTGAACCTATGAGTCACAGGTATTCCTGAGGAA <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<;;<<;<<<',7,7 MF:i:18 Aq:i:17 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS188_7:2:19:736:559 99 seq2 209 99 35M = 370 196 TGAACCTATGAGTCACAGGTATTCCTGAGGAAAAA <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<;<<<<<< MF:i:18 Aq:i:70 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS54_71:4:127:725:381 83 seq2 209 99 34M = 39 -204 TGAACCTATGAGTCACAGGTATTCCTGAGGAAAA +<<.<<;<;<<<3;<;<<<<<<6<8;<<<<<<<1 MF:i:18 Aq:i:54 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS114_26:3:117:284:589 83 seq2 210 99 35M = 43 -202 GAACCTATGAGTCACAGGTATTCCTGAGGAAAAAG ==8==;==================;========== MF:i:18 Aq:i:56 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +B7_610:5:120:596:847 163 seq2 211 83 35M = 410 234 AACCTATGAGTCACAGGTATTCCTGAGGAAAAAGA <<<<<<<<<<<<<;<<<9<<<<<<<;:<62;58;2 MF:i:18 Aq:i:30 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:1 +B7_610:5:51:904:391 163 seq2 212 97 35M = 401 224 ACCTATGAGTCACAGGTATTCCTGAGGAAAAAGAA <<<<<<<<<<<<<<<<<;<<<<<;:;<2<6;;;;; MF:i:18 Aq:i:24 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS139_11:8:96:1314:1448 163 seq2 213 93 35M = 388 210 CCTATGAGTCACAGGTATTCCTGAGGAAAAATAAA <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<5<4<<<<-<<< MF:i:18 Aq:i:18 NM:i:1 UQ:i:12 H0:i:1 H1:i:0 +EAS139_19:3:73:1158:535 163 seq2 213 99 40M = 377 204 CCTATGAGTCACAGGTATTCCTGAGGAAAAAGAAAAAGTG <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<8<;;<<<<<9<<9::8:8 MF:i:18 Aq:i:72 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS1_97:3:160:173:889 163 seq2 215 99 35M = 379 199 TATGAGTCACAGGTATTCCTGAGGAAAAAGAAAAA <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<;0<7<<;<<<;7<09 MF:i:18 Aq:i:72 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +B7_591:2:223:583:968 147 seq2 215 88 36M = 47 -204 TATGAGGCACAGGTATTCCTGAGGAAAAAGAAAAAG 1<';<<&%-:<<<<<:66%<<<<<<<<<<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:30 NM:i:1 UQ:i:5 H0:i:1 H1:i:0 +EAS114_39:1:28:350:895 83 seq2 215 95 35M = 48 -202 TATGAGTCACAGGTATTCCTGAGGAAAAAGAAAAA :<;<<<:;<-<<<<<4;77<<<<<<<<<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:30 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS220_1:8:18:1757:95 99 seq2 216 45 35M = 374 193 ATGAGTCGCAGGTATTCCTGAGGAAAAAGAAAAAG <<<<<<<<<<<<<<<<<<<1<:<<<<<<:<<<;:< MF:i:18 Aq:i:0 NM:i:1 UQ:i:27 H0:i:0 H1:i:1 +EAS56_53:4:45:707:147 163 seq2 216 99 35M = 424 243 ATGAGTCACAGGTATTCCTGAGGAAAAAGAAAAAG <<<<<<<<<<<<&<<<<:<<9<<<9<<<<75;;;< MF:i:18 Aq:i:51 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS51_66:6:310:747:415 163 seq2 217 99 35M = 387 205 TGAGTCACAGGTATTCCTGAGGAAAAAGAAAAAGT <<<<<<<<<<<<<<<<<<:<<<<<;<<<<<;<;<; MF:i:18 Aq:i:24 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS114_28:2:114:938:216 147 seq2 218 99 36M = 63 -191 GAGTCACAGGTATTCCTGAGGAAAAAGAAAAAGTGA <<<<7<6<<<<<<<6<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:30 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS114_45:4:88:55:1187 99 seq2 220 66 35M = 391 206 GTCACAGGTATTCCTGAGGAAAAAGAAAAAGTGAG ;;<;;;<<99<<;;<;;;;;:;49;:;;;;87898 MF:i:18 Aq:i:0 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS1_93:1:179:629:513 163 seq2 220 99 35M = 409 224 GTCACAGGTATTCCTGAGGAAAAAGAAAAAGTGAG <<<<<<<<<<<<<<<;<;<<<<<<<<<<<<<;<<< MF:i:18 Aq:i:49 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS51_62:5:119:38:945 99 seq2 221 99 35M = 428 242 TCACAGGTATTCCTGAGGAAAAAGAAAAAGTGAGA <<<<<<<<<<<<<<<8<<<<<8<<<8<;<<7<:<< MF:i:18 Aq:i:74 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS56_65:6:67:800:450 147 seq2 221 99 35M = 41 -215 TCACAGGTATTCCTGAGGAAAAAGAAAAAGTGAGA 9-<9<;<<<<9;5<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:49 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS114_26:1:113:367:659 163 seq2 222 72 35M = 390 203 CACAGGTATTCCTGAGGAAAAAGAAAAAGCGAGAA =9====8==========:=:=====9=:=&====5 MF:i:18 Aq:i:0 NM:i:1 UQ:i:5 H0:i:1 H1:i:0 +B7_610:5:102:915:87 147 seq2 222 99 35M = 65 -192 CACAGGTATTCCTGAGGAAAAAGAAAAAGTGAGAA ;<8<;;<<<<7;<<<;<<<<<<<<<<<<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:30 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS218_1:2:26:211:481 147 seq2 222 99 35M = 43 -214 CACAGGTATTCCTGAGGAAAAAGAAAAAGTGAGAA :<:<<<<<<9:5<<<<<<<<<<<<<<:<:<<<<<< MF:i:18 Aq:i:54 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS219_FC30151:3:90:1906:1528 83 seq2 222 99 35M = 41 -216 CACAGGTATTCCTGAGGAAAAAGAAAAAGTGAGAA :<<<<<<<<<3:<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:49 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +B7_591:2:13:100:876 163 seq2 223 73 36M = 397 210 ACAGGGATTCCTGAGGAAAAAGAAAAAGTGAGAAGT <8<<<*<2<7<<<6<<<<<<6<<8<<<<5<<<<4<9 MF:i:18 Aq:i:30 NM:i:1 UQ:i:9 H0:i:0 H1:i:1 +EAS56_63:5:117:570:971 163 seq2 223 99 35M = 413 225 ACAGGTATTCCTGAGGAAAAAGAAAAAGTGAGAAG <<<<<<<<<<<<<;;;<<<<6<7;9;<:;<;<;;< MF:i:18 Aq:i:30 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS221_3:8:50:1203:1094 83 seq2 223 99 35M = 46 -212 ACAGGTATTCCTGAGGAAAAAGAAAAAGTGAGAAG <7<<<<<5:+63<<<<<<<<<<<<<<<<2<<<<<< MF:i:18 Aq:i:30 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS54_67:6:107:395:312 83 seq2 224 99 35M = 44 -215 CAGGTATTCCTGAGGAAAAAGAAAAAGTGAGAAGT ;<;;<<<<;<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:27 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS54_73:3:29:833:612 83 seq2 224 99 35M = 58 -201 CAGGTATTCCTGAGGAAAAAGAAAAAGTGAGAAGT <<;<<<;<::<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:27 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS56_59:2:201:768:529 163 seq2 225 99 35M = 396 206 AGGTATTCCTGAGGAAAAAGAAAAAGTGAGAAGTT ==========================1=======; MF:i:18 Aq:i:54 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +B7_610:7:158:943:467 83 seq2 225 99 35M = 57 -203 AGGTATTCCTGAGGAAAAAGAAAAAGTGAGAAGTT <:<<;;<:5<<<<<<<<<<<<<<<<<<;<<<;<<< MF:i:18 Aq:i:46 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS188_7:6:11:994:584 99 seq2 226 97 35M = 417 226 GGTATTCCTGAGGAAAAAGAAAAAGTGAGAAGTTT <<<<<<<<<<<7<<<<<<<<<<<<<6<<<<<<3<6 MF:i:18 Aq:i:24 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS56_57:2:206:873:186 83 seq2 227 99 35M = 66 -196 GTATTCCTGAGGAAAAAGAAAAAGTGAGAAGTTTG ;<<;--7<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:30 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS56_63:4:38:28:122 83 seq2 227 99 35M = 46 -216 GTATTCCTGAGGAAAAAGAAAAAGTGAGAAGTTTG ;9;9;-1<<<<<<<<<<<<<<<<<;<<<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:30 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS139_19:6:21:1601:1666 83 seq2 228 99 40M = 56 -212 TATTACTGAGGAAAAAGAAAAAGTGAGAAGTTTGGAAAAA -;;3&1<<<<<<<<<<<<1<<<<<<<<<<<7<<<<<<<<=<<<<<<<<<<<<<< MF:i:32 Aq:i:19 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS56_57:2:23:268:529 153 seq2 329 71 35M * 0 0 TGAAAGAGGCTCAAAGAATGCCAGGAAGATACATT 7;<<<<<<57;-<<<<<<:<77<<<<<<<;<;<<< MF:i:32 Aq:i:28 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS114_26:2:315:219:7 153 seq2 330 69 35M * 0 0 GAAAGAGGCTCAAAGAATGCCAGGAAGATACATTG 7==::<2=8<<<=====>888<=2=>==>,>,>>8 MF:i:32 Aq:i:19 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS192_3:4:63:5:870 83 seq2 330 75 35M = 148 -217 GAAAGAGGCTCAAAGAATGCCAGGAAGATACATTG :<;<;<<<4:;<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:75 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +B7_591:5:243:557:560 163 seq2 331 75 36M = 499 204 AAAGAGGCTCAAAGAATGCCAGGAAGATACATTGCA <<<<<<<9<<<<<<<<<<<<<<<<<<;<<89<<9<; MF:i:18 Aq:i:0 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +B7_593:2:270:430:269 163 seq2 331 99 36M = 519 224 AAAGAGGCTCAAAGAATGCCAGGAAGATACATTGCA <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<;;;7;: MF:i:18 Aq:i:76 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS218_4:7:71:31:1973 89 seq2 331 76 35M * 0 0 AAAGAGGCTCAAAGAATGCCAGGAAGATACATTGC <<<<<7<:<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< MF:i:32 Aq:i:29 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS51_66:6:284:442:747 89 seq2 331 75 35M * 0 0 AAAGAGGCTCAAAGAATGCCAGGAAGATACATTGC <;<<<<<:<;<<<<<<<<;<<<<<<<<<<<<<<<< MF:i:32 Aq:i:29 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS114_45:1:95:1530:28 163 seq2 332 74 35M = 490 193 AAGAGGCTCAAAGAATGCCAGGAAGATACATTGCA ;;;;;;;;;;:;;;;;;;8;;;;;;;;;;;77747 MF:i:18 Aq:i:9 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS1_93:2:30:466:652 147 seq2 332 98 35M = 163 -204 AAGAGGCTAAAAGAATGCCAGGAAGATACATTGCA <<<<<;3;&<<<<<<<============= MF:i:18 Aq:i:22 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:4 H1:i:13 +EAS114_39:3:88:84:1558 147 seq2 394 95 35M = 203 -226 ATCAGACTATCTAAAGTCAACATGAAGGAAAAAAA ;;<<;<<;<<5<<<<<<;<<:<<<;<<<<<<;<<< MF:i:18 Aq:i:22 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:2 H1:i:3 +EAS56_59:2:201:768:529 83 seq2 396 99 35M = 225 -206 CAGACTATCTAAAGTCAACATGAAGGAAAAAAATT 3<:<9<<;<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:54 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS139_11:4:26:137:1382 99 seq2 397 99 35M = 579 217 AGACTATCTAAAGTCAACATGAAGGAAAAAAATTC <<<<<<7<<<77<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:49 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS112_34:7:96:489:453 99 seq2 445 99 35M = 625 215 AGAAAAGCATACAGTCATCTATAAAGGAAATCCCA <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<;;;;: MF:i:18 Aq:i:54 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS114_28:2:167:905:852 163 seq2 445 99 36M = 647 238 AGAAAAGCATACAGTCATCTATAAAGAAAATCCCAT <<<7<<<<<<<<<<<<<<:<:<<:::&.<:<66:3< MF:i:18 Aq:i:43 NM:i:1 UQ:i:5 H0:i:0 H1:i:1 +EAS219_FC30151:3:13:674:1717 163 seq2 445 99 35M = 623 213 AGAAAAGCATGCAGTCATCTATAAAGGAAATCCCA <<<<<<<<<<%<<<<<<<<<<<<<<<<<<<;:;;; MF:i:18 Aq:i:45 NM:i:1 UQ:i:4 H0:i:0 H1:i:1 +EAS114_26:6:46:13:880 147 seq2 445 99 35M = 290 -190 AGAAAAGCATACAGTCATCTATAAAGGAAATCCCA =&====8==========0================= MF:i:18 Aq:i:43 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS56_59:1:93:490:901 83 seq2 445 99 35M = 280 -200 AGAAAAGCATACAGTCATCTATAAAGGAAATCCCA <<<<<<<;<<<;<<<;<<;<<;<<<<<<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:53 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS51_62:7:196:511:896 83 seq2 446 99 35M = 283 -198 GAAAAGCATACAGTCATCTATAAAGGAAATCCCAT 8<<<<<;<<<:<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:52 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS114_28:4:215:246:640 99 seq2 447 99 36M = 624 213 AAAAGCATACAGTCATCTATAAAGGAAATCCCATCA <<<<<<<<<<9<;<<<<<<<<<<9;<<<<<<3;<;3 MF:i:18 Aq:i:54 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS56_53:1:154:118:488 163 seq2 447 99 35M = 624 212 AAAAGCATACAGTCATCTATAAAGGAAATCCCATC <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<:7<<<<7<:;;:: MF:i:18 Aq:i:54 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS219_1:7:94:1655:1921 147 seq2 447 85 35M = 258 -224 AAAAGCATACAGTCATCTATAAAGGAAATCCCATC <<<<;:===<==;<==<;================; MF:i:18 Aq:i:30 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS221_1:6:60:1037:1146 147 seq2 447 99 35M = 250 -232 AAAAGCATACAGTCATCTATAAAGGAAATCCCATC <<<<<<<<<;<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:53 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS56_57:2:44:153:969 83 seq2 447 95 35M = 245 -237 AAAAGCATACAGTCATCTATAAAGGAAATCCCATC <<5<:7<72<51<7<*79<<<<<5<<<<<<<<<2< MF:i:18 Aq:i:36 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS112_34:6:130:865:838 163 seq2 448 99 35M = 649 236 AAAGCATACAGTCATCTATAAAGGAAATCCCATCA <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<;;:<;3 MF:i:18 Aq:i:54 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS56_65:1:23:536:229 99 seq2 448 99 35M = 614 201 AAAGCATACAGTCATCTATAAAGGAAATCCCATCA <<<<<<<<<<<<<<<<<:<8<:<<;<<<<<<7<<< MF:i:18 Aq:i:54 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS56_59:2:239:1001:406 99 seq2 450 99 35M = 634 219 AGCATACAGTCATCTATAAAGGAAATCCCATCAGA <<<<<<7<<<<<<<<8<;<<<7<<<<36<<3<:33 MF:i:18 Aq:i:49 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS54_67:3:172:196:746 99 seq2 451 99 35M = 620 204 GCATACAGTCATCTATAAAGGAAATCCCATCAGAA <<<<<<<<9<<<<9<<<<<<<<<;<<<<6<<<<;< MF:i:18 Aq:i:71 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS1_97:3:147:423:584 147 seq2 451 99 35M = 277 -209 GCATACAGTCATCTATAAAGGAAATCCCATCAGAA 27<;<3<<<+<<;<<<;;-4<<<<<;<<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:69 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS1_99:1:187:715:521 83 seq2 451 99 35M = 291 -195 GCATACAGTCATCTATAAAGGAAATCCCATCAGAA <7<:<9<<<<<<<<<;<<<<<<<<<<<<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:74 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS54_71:3:267:821:860 83 seq2 451 99 34M = 296 -189 GCATACAGTCATCTATAAAGGAAATCCCATCAGA $&<<<.<:;6<<;<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:30 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:3 +EAS56_61:7:7:682:201 83 seq2 452 99 35M = 288 -199 CATACAGTCATCTATAAAGGAAATCCCATCAGAAT 0:8;5<8<1:78<<<<<<<<<<<<:8<<2<<<<:< MF:i:18 Aq:i:66 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +B7_589:3:82:13:897 163 seq2 453 99 35M = 606 188 ATACAGTCATCTATAAAGGAAATCCCAGCAGAATA <<<<;<<<<<<;<;<;5<51;<1<<<<%<<<<,58 MF:i:18 Aq:i:41 NM:i:1 UQ:i:4 H0:i:0 H1:i:1 +EAS56_53:6:180:695:621 99 seq2 453 99 35M = 637 219 ATACAGTCATCTATAAAGGAAATCCCATCAGAATA <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<;::<<< MF:i:18 Aq:i:68 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS56_57:2:158:909:321 83 seq2 453 99 35M = 271 -217 ATACAGTCATCTATAAAGGAAATCCCATCAGAATA <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:76 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS114_26:2:237:497:165 99 seq2 454 99 35M = 619 200 TACAGTCATCTATAAAGGAAATCCCATCAGAATAA 8===<8===========37=<===7=;7=8===== MF:i:18 Aq:i:68 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS220_1:4:100:20:1199 163 seq2 456 99 35M = 614 193 CAGTCATCTATAAAGGAAATCCCATCAGAATAACA 7<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<4<< MF:i:18 Aq:i:74 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS192_3:4:255:549:422 83 seq2 456 99 35M = 295 -196 AAGTCATCTATAAAGGAAATCCCATCAGAATAACA &<;;+<;4;<<<<<<<<<<<;<;<<;<<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:30 NM:i:1 UQ:i:5 H0:i:1 H1:i:2 +EAS1_99:2:152:355:962 83 seq2 456 99 35M = 269 -222 CAGTCATCTATAAAGGAAATCCCATCAGAATAACA &<.9.<;+;<;<<<<<<<<<<::<<:<<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:30 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:2 +EAS54_67:5:71:408:741 163 seq2 457 99 35M = 637 215 AGTCATCTATAAAGGAAATCCCATCAGAATAACAA <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<;< MF:i:18 Aq:i:72 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS188_7:6:107:636:642 163 seq2 458 99 35M = 630 207 GTCATCTATAAAGGAAATCCCATCAGAATAACAAT <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:77 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS54_73:3:4:854:140 99 seq2 458 72 35M = 638 215 GTCATCTATAAAGGAAATCCCATCAGAATAACAAT <<<6<<<:<6<<<:36:<<<<3<<8:.6<38::4< MF:i:18 Aq:i:0 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS114_28:7:57:324:546 83 seq2 458 99 36M = 281 -213 GTCATCTATAAAGGAAATCCCATCAGAATAACAATG ;;5<;,<<<;;<<<<<<<97<<<<<<<<<<9<<<<< MF:i:18 Aq:i:73 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS139_19:4:26:274:1078 83 seq2 458 99 40M = 282 -216 GTCATCTATAAAGGAAATCCCATCAGAATAACAATGGGCT 9:*:64<<;<<<<<<<<<;8;<<:<<<<<<<<<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:74 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS51_66:5:285:395:450 147 seq2 458 99 35M = 269 -224 GTCATCTATAAAGGAAATCCCATCAGAATAACAAT 8)3<8+;<)<<<<<<<<97:7<<<<<<<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:65 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS56_59:6:227:657:95 147 seq2 458 99 35M = 280 -213 GTCATCTATAAAGGAAATCCCATCAGAATAACAAT ;3;<);<<<<<<<<<<<<18<<<<<<<<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:59 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS192_3:4:312:915:751 99 seq2 461 99 35M = 621 195 ATCTATAAAGGAAATCCCATCAGAATAACAATGGG <2<<<<<<<8;<<<<<<<<:<<<<8<<<<<84,4: MF:i:18 Aq:i:41 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS54_81:7:226:869:36 147 seq2 461 99 35M = 273 -223 ATATATAAAGGAAATCCCATCAGAATAACAATGGG <0/)&<=,==4>4=>>= MF:i:18 Aq:i:68 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS54_67:3:172:196:746 147 seq2 620 99 35M = 451 -204 AAATAAAGTCAAGTCTTTCCTGACAAGCAAATGCT <<<;><<+<<<<:<<<<2<;<<<;<<<<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:71 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS54_73:7:97:892:419 163 seq2 621 99 35M = 800 214 AATAAAGTCAAGTCTTTCCTGACAAGCAAATGCTA <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:76 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS192_3:4:312:915:751 147 seq2 621 99 35M = 461 -195 AATAAAGTCAAGTCTTTCCTGACAAGCAAAAGCTA <:-<<<99:::);:7<4;8<<<<<<<;<2<+8<;< MF:i:18 Aq:i:41 NM:i:1 UQ:i:10 H0:i:0 H1:i:1 +EAS1_93:4:325:352:67 163 seq2 622 99 35M = 794 207 ATAAAGTCAAGTCTTTCCTGACAAGCAAATGCTAA ==================<========<=<;-=== MF:i:18 Aq:i:75 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS188_7:5:74:329:459 163 seq2 623 99 35M = 795 207 TAAAGTCAAGTCTTTCCTGACAAGCAAATGCTAAG <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<;<<;<<;9;599 MF:i:18 Aq:i:73 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS1_97:4:83:731:540 99 seq2 623 99 35M = 804 216 TAAAGTCAAGTCTTTCCTGACAAGCAAATGCTAAG <<<<<<<<<;<<<<<<<<<<<<<:<7<*;&;<;;9 MF:i:18 Aq:i:69 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS219_FC30151:3:13:674:1717 83 seq2 623 99 35M = 445 -213 TAAAGTCAAGTCTTTCCTGACAAGCAAATGCTAAG <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:45 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS1_105:1:141:415:738 69 seq2 624 0 * = 624 0 TTACCTAGTTGCTCTGTAGTCTCAATTAATTGTTT <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<;<<<<<;<8<<< MF:i:192 +EAS1_105:1:141:415:738 137 seq2 624 76 35M = 624 0 AAAGTCAAGTCTTTCCTGACAAGCAAATGCTAAGA <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<:<<;<<;<<<<6: MF:i:64 Aq:i:0 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS114_28:4:215:246:640 147 seq2 624 99 36M = 447 -213 AAAGTCAAGTCTTTCCTGACAAGCAAATGCTAAGAT ;<<,<<<96<<:<:<9<6<97<<<<<9<<<<9<<9< MF:i:18 Aq:i:54 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS56_53:1:154:118:488 83 seq2 624 99 35M = 447 -212 AAAGTCAAGTCTTTCCTGACAAGCAAATGCTAAGA <<<;58<<95:<<;<;<<<;<<<;;<<<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:54 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS56_59:5:198:929:684 83 seq2 624 99 35M = 471 -188 AAAGTCAAGTCTTTCCTGACAAGCAAATGCTAAGA <<;<<<<<:<<<<<<<<<<<<<<<<<;<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:72 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS112_34:7:96:489:453 147 seq2 625 99 35M = 445 -215 AAGTCAAGTCTTTCCTGACAAGCAAATGCTAAGAT ;<;;;<<<<5:<<:<<<<:<<<<<<<<<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:54 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS1_103:2:234:167:381 83 seq2 625 99 35M = 443 -217 AAGTCAAGTCTTTCCTGACAAGCAAATGCTAAGAT <<;<;<<<<;<<<<7<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:49 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS1_93:3:79:879:15 99 seq2 626 99 35M = 790 199 AGTCAAGTCTTTCCTGACAAGCAAATGCTAAGATA <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<2<;<<1< MF:i:18 Aq:i:72 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS56_53:2:59:286:290 147 seq2 628 99 35M = 467 -196 TCAAGTCTTTCCTGACAAGCAAATGCTAAGATAAT 77<<<<7<<<97<<,7<<<;<<<;<9<<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:72 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS1_95:5:263:511:936 99 seq2 629 99 35M = 801 207 CAAGTCTTTCCTGACAAGCAAATGCTAAGATAATT <<<<<<<<<<<<<<<<<;<<<<<;<<:<:<<<<<< MF:i:18 Aq:i:71 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS114_30:3:181:582:435 147 seq2 629 99 35M = 471 -193 CAAGTCTTTCCTGACAAGCAAATGCTAAGATAATT <<<<<<<<;<<<<<;<<4<<<<<<;<<<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:76 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS188_7:6:107:636:642 83 seq2 630 99 35M = 458 -207 AAGTCTTTCCTGACAAGCAAATGCTAAGATAATTC <<<<<<<;<<<<<;<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:77 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS112_34:4:12:273:89 83 seq2 631 99 35M = 477 -189 AGTCTTTCCTGACAAGCAAATGCTAAGATAATTCA <:737<288<<<7<<<<<<<<<:9<<<<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:71 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS56_59:2:239:1001:406 147 seq2 634 99 35M = 450 -219 CTTTCCTGACAAGCAAATGCTAAGATAATTCATCA 0':.71;;:9==9=;====;=;============= MF:i:18 Aq:i:49 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS188_4:7:96:899:106 147 seq2 636 99 35M = 462 -209 TTCCTGACAAGCAAATGCTAAGATAATTCATCATC ;;;;<<<<<<<;<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:75 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS114_30:6:49:656:507 147 seq2 637 99 35M = 468 -204 TCCTGACAAGCAAATGCTAAGATAATTCATCATCA %44;;<:<<;<;<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:72 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS54_65:6:67:56:806 147 seq2 637 99 35M = 464 -208 TCCTGACAAGCAAATGCTAAGATAATTCATCATCA 844:8;7<88;8<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:70 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS54_67:5:71:408:741 83 seq2 637 99 35M = 457 -215 TCCTGACAAGCAAATGCTAAGATAATTCATCATCA ;7;<;<0<<<<<<<<:;<<<<<<<<<<<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:72 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS56_53:6:180:695:621 147 seq2 637 99 35M = 453 -219 TACTGAAAAGCAAATGCTAAGATAATTCATCATCA ;&377<&<<;7<<<<<7<<<<<<<<<<<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:68 NM:i:2 UQ:i:10 H0:i:1 H1:i:0 +EAS54_73:3:4:854:140 147 seq2 638 72 35M = 458 -215 CCTGACAAGCAAATGCTAAGATAATTCATCATCAC :9':<;<<<;<<<;<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:0 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS139_19:1:85:1521:58 99 seq2 639 99 40M = 813 214 CTGACAAGCAAATGCTAAGATAATTCATCATCACTAAACC <<<<<<<<9<<<<<<<<<<<<<7<<<<<<<<<<<<;;:7: MF:i:18 Aq:i:74 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS114_39:2:57:1064:925 137 seq2 640 76 35M * 0 0 TGACAAGCAAATGCTAAGATAATTCATCATCACTA <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<:<<< MF:i:32 Aq:i:29 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS139_11:1:59:742:549 99 seq2 642 99 35M = 816 209 ACAAGCAAATGCTAAGATAATTCATCATCACTAAA <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<8< MF:i:18 Aq:i:48 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS1_103:3:323:196:855 163 seq2 642 99 35M = 809 202 ACAAGCAAATGCTAAGATAATTCATCATCACTAAA <<<<<<<7<<<<<<:<<<<<<<<<<<<<<<<<;7: MF:i:18 Aq:i:69 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS54_67:5:117:33:262 163 seq2 642 99 35M = 814 207 ACAAGCAAATGCTAAGATAATTCATCATCACTAAA <<<;<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<; MF:i:18 Aq:i:76 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS114_28:2:55:562:403 163 seq2 643 99 36M = 825 218 CAAGCAAATGCTAAGATAATTCATCATCACTAAACC <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<;<<;<<<<<<<;<;: MF:i:18 Aq:i:51 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS54_71:7:97:743:602 163 seq2 644 99 35M = 821 211 AAGCAAATGCTAAGATAATTCATCATCACTAAACC <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<;<<<: MF:i:18 Aq:i:26 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS114_28:2:167:905:852 83 seq2 647 99 36M = 445 -238 CAAATGCTAAGATAATTCATCATCACTAAACCAGTC +<<<9;7;<<+<<<<<39<;9<;9<<7<<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:43 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS219_1:1:60:1420:660 163 seq2 649 99 35M = 808 194 AATGCTAAGATAATTCATCATCACTAAACCAGTCC <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<;<<<8<<<< MF:i:18 Aq:i:77 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS112_34:6:130:865:838 83 seq2 649 99 35M = 448 -236 AATGCTAAGATAATTCATCATCACTAAACCAGTCC ;<:84<<<4<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:54 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +B7_593:3:180:89:582 99 seq2 650 99 36M = 809 195 ATGCTAAGATAATTCATCATCACTAAACCAGTCCTA <<<<<<<<<7<<<<<<<<<7<<<:<<<:<<::77:< MF:i:18 Aq:i:74 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS1_99:1:86:871:319 147 seq2 651 71 35M = 494 -192 TGCTAAGATAATTCATCATCACTAAACCAGTCCTA 7;+1;<:<<<<<<<<;<<;<<9<<<<<<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:0 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS56_57:2:236:841:20 83 seq2 652 99 35M = 467 -220 GCTAAGATAATTCATCATCACTAAACCAGTCCTAT 7;<<<;<<<<;;<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<;<< MF:i:18 Aq:i:75 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS51_62:2:133:8:379 83 seq2 653 99 35M = 470 -218 ATAAGATAATTCATCATCACTAAACCAGTCCTATA &=========='==7==0=2====28===00==== MF:i:18 Aq:i:70 NM:i:1 UQ:i:5 H0:i:1 H1:i:0 +EAS1_105:8:96:720:940 83 seq2 654 99 35M = 467 -222 TAAGATAATTCATCATCACTAAACCAGTCCTATAA *<<<<;<<<9<<;,<;0<;<<<<<<<<<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:69 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS56_57:5:71:994:576 99 seq2 655 99 35M = 805 185 AAGATAATTCATCATCACTAAACCAGTCCTATAAG <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<;<<5<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:76 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS139_19:6:78:1029:512 83 seq2 656 99 40M = 500 -196 AGATAATTCATCATCACTAAACCAGTCCTATAAGAAATGC ;;;;;<;;<<<.<<6;<<;<;8<<<<::<<<<<<<<;<<< MF:i:18 Aq:i:72 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS1_103:4:164:79:134 147 seq2 656 99 35M = 488 -203 AGATAATTCATCATCACTAAACCAGTCCTATAAGA <;<;<<<;<<;<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:47 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS220_1:4:6:1178:1105 99 seq2 657 93 35M = 830 208 GATAATTCATCATCACTAAACCAGTCCTATAAGAA <<<<<<:<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:17 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS1_93:1:214:784:690 147 seq2 657 99 35M = 472 -220 GATAATTCATCATCACTAAACCAGTCCTATAAGAA -<7<<7<:<<2<<<<;<<<<<;<<<<3<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:30 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:1 +EAS1_99:7:171:196:287 83 seq2 658 99 35M = 485 -208 ATAATTCATCATCACTAAACCAGTCCTATAAGAAA <;;;98;<;&<;;<<<<<<<;<<<<<<<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:72 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS114_28:1:220:801:282 99 seq2 660 99 36M = 837 213 AATTCATCATCACTAAACCAGTCCTATAAGAAATGC <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<;<+<;<<<<<::<<: MF:i:18 Aq:i:30 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:2 +EAS221_1:2:73:955:728 163 seq2 660 44 35M = 823 198 AATTCATCATCACTAAACCAGTCCTATAAGAAATG <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<;<<<<< MF:i:18 Aq:i:14 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:2 +EAS1_105:1:3:903:957 147 seq2 661 99 35M = 516 -180 ATTCATCATCACTAAACCAGTCCTATAAGAAATGC <%12<&<<<;<:<<<<<<<<<7<<<<<<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:30 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:1 +EAS56_65:2:224:579:433 83 seq2 662 99 35M = 485 -212 TTCATCATCACTAAACCAGTCCTATAAGAAATGCT '<08/8<+<>===> MF:i:18 Aq:i:75 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS51_78:7:164:727:977 83 seq2 689 99 35M = 513 -211 GAAATGCTCAAAAGAATTGTAAAAGTCAAAATTAA ;<;<;<:<:<<<<<<<:<<<<<<<<<<<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:75 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS1_105:2:146:374:692 99 seq2 690 99 35M = 874 219 AAATGCTCAAAAGAATTGTAAAAGTCAAAATTAAA <<<<<<<<<<<<<<<=>>>==>>===>==> MF:i:130 Aq:i:74 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:0 H1:i:0 +EAS139_11:1:81:1019:558 163 seq2 760 77 35M = 926 201 ACAAAACTCACAGGTTTTATAAAACAATTAATTGA <<<<<<<<<<<6<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<7< MF:i:130 Aq:i:77 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:0 H1:i:0 +EAS1_108:6:159:493:275 99 seq2 760 72 35M = 939 214 ACAAAACTCACAGGTTTTATAAAACAATTAATTGA =====3============================= MF:i:130 Aq:i:72 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:0 H1:i:0 +EAS51_62:7:162:195:761 163 seq2 767 30 18M4I13M = 922 190 TCACAGGTTTTATAAAACAATTAATTGAGACTACA <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<;<:<<<<;; MF:i:130 Aq:i:30 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:0 H1:i:0 +EAS114_30:6:243:209:110 163 seq2 768 48 17M4I14M = 920 187 CACAGGTTTTATAAAACAATTAATTGAGACTACAG <<<<<;<;<<<;<<<<<<<<<<<;<:;<<:;;+85 MF:i:130 Aq:i:48 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:0 H1:i:0 +B7_597:3:115:646:430 147 seq2 768 45 17M4I14M = 582 -217 CACAGGTTTTATAAAACAATTAATTGAGACTACAG 5;5<;<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< MF:i:130 Aq:i:45 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:0 H1:i:0 +EAS114_30:5:32:461:154 99 seq2 769 71 16M4I15M = 945 211 ACAGGTTTTATAAAACAATTAATTGAGACTACAGA <<<<<<<<<<<<<<<:<<<<<<<<<<<<<<<+<;; MF:i:130 Aq:i:71 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:0 H1:i:0 +EAS114_39:6:7:492:1088 99 seq2 769 57 16M4I15M = 926 192 ACAGGTTTTATAAAACAATTAATTGAGACTACAGA <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<7<:<<<<<<6; MF:i:130 Aq:i:57 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:0 H1:i:0 +EAS1_108:2:266:994:429 147 seq2 769 76 16M4I15M = 612 -188 ACAGGTTTTATAAAACAATTAATTGAGACTACAGA <<<<<<<<<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:54 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS188_7:4:164:719:947 99 seq2 813 99 35M = 1005 227 AAATTAACATTACAACAGGAACAAAACCTCATATA <<<<<<<<<<<<<<<<<<<;<<<<<<<<<;<<<<< MF:i:18 Aq:i:64 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS219_1:1:50:257:341 163 seq2 813 99 35M = 971 193 AAATTAACATTACAACAGGAACAAAACCTCATATA <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<7<6<<<< MF:i:18 Aq:i:77 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS139_19:1:85:1521:58 147 seq2 813 99 40M = 639 -214 AAATTAACATTACAACAGGAACAAAACCTCATATATCAAT :::86<<:<<8<<<<;<<8<<<<<<<<<<<<<<<;<<<<< MF:i:18 Aq:i:74 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS218_1:8:90:706:1276 163 seq2 814 99 35M = 980 201 AATTAACATTACAACAGGAACAAAACCTCATATAT <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<;<<<<<<<<:<:< MF:i:18 Aq:i:30 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS54_67:5:117:33:262 83 seq2 814 99 35M = 642 -207 AATTAACATTACAACAGGAACAAAACCTCATATAT <<;;<<;<:8<7<<;<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:76 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS1_108:2:116:966:193 163 seq2 815 99 35M = 967 187 ATTAACATTACAACAGGAACAAAACCTCATATATC <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<;<<<< MF:i:18 Aq:i:74 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS139_11:7:74:213:877 99 seq2 816 99 35M = 996 215 TTAACATTACAACAGGAACAAAACCTCATATATCA <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:30 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:2 +EAS139_11:1:59:742:549 147 seq2 816 99 35M = 642 -209 TTAACATTACAACAGGAACAAAACCTCATATATCA -<<<3<<<<6<<6<<<<<6<<<<6<<<<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:48 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +B7_610:3:85:219:371 163 seq2 817 99 35M = 967 185 TAACATTACAACAGGAACAAAACCTCATATATCAA <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<:<<<<<<<<<<;<; MF:i:18 Aq:i:54 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS114_30:1:64:526:339 163 seq2 819 96 35M = 1019 235 ACATTACAACAGGAACAAAACCTCATATATCAATA <<<<<<<<;<<<<<<<<<<7<:<<<<<<<<<8:<: MF:i:18 Aq:i:47 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS1_108:2:176:653:957 163 seq2 819 82 35M = 982 198 ACATTACAACAGGAACAAAACCTCATATATCAATA ????????????<==>=>=>=>>>==>>>=>>> MF:i:18 Aq:i:71 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS139_19:5:57:366:844 83 seq2 877 99 40M = 708 -209 AAATTCCCCCACTTAAGAGATATAGATTGGCAGAACAGAT ;;;7:8&555<,;<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:73 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS114_32:3:236:475:254 163 seq2 880 99 35M = 1051 206 TTCCCCCACTTAAGAGATATAGATTGGCAGAACAG <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<:::<:;>=>>>>==>=>>>==>=>=:=====;=:=6:::6 MF:i:18 Aq:i:74 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS218_1:2:10:686:1024 163 seq2 947 99 35M = 1103 191 ACAAGAAACTCATTAATAAAGACATGAGTTCAGGT <:<<<<:<<<<<<<<<<:<:<<<<<<<<<<<5<<< MF:i:18 Aq:i:30 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS56_61:6:10:106:737 163 seq2 947 99 35M = 1106 194 ACAAGAAACTCATTAATAAAGACATGAGTTCAGGT <<<;<1<;<<<<<<9<<<<;;<<<<<99<<94008 MF:i:18 Aq:i:30 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS54_73:5:53:61:31 163 seq2 949 99 35M = 1122 208 AAGAAACTCATTAATAAAGACATGAGTTCAGATAA <<<7;<7<<<;7<;;<7<7<7<;5<73<<<;>588>9<>7:<0<9; MF:i:18 Aq:i:30 NM:i:1 UQ:i:5 H0:i:0 H1:i:1 +B7_589:2:30:644:942 99 seq2 1045 83 35M = 1229 219 TATATCAGATAAAGCACACTTTAAATCAACAACAG <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<9<<<<<<9;<9< MF:i:18 Aq:i:22 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:3 +B7_591:2:123:924:645 83 seq2 1045 84 36M = 861 -220 TATATCAGATAAAGCACACTTTAAATCAACAACAGT ;<<<<*<<<<<<<<8<<<<<><<<<<><<<<<<<<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:47 NM:i:1 UQ:i:27 H0:i:0 H1:i:1 +EAS54_65:3:155:541:234 83 seq2 1319 99 35M = 1151 -203 TGCGCTTGTACTTCTAAATCTATAAAAAAATTAAA 78;<7<<<<<<<<<<<<<<;<<<<<<<<<<;<<<< MF:i:18 Aq:i:72 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS56_57:6:175:289:351 147 seq2 1319 99 35M = 1144 -210 TGCGCTTGTACTTCTAAATCTATAAAAAAATTAAA 9;;:+<<<<<;<<:<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:73 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS1_108:5:11:555:330 163 seq2 1321 99 35M = 1492 206 CGCTTGTACTTCTAAATCTATAAAAAAATTAAAAT <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<;<<4<;< MF:i:18 Aq:i:56 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +B7_593:7:283:186:707 83 seq2 1321 99 36M = 1154 -203 CGCTTGTACTTCTAAATCTATAACAAAATTAAAATT 889;<7;<7<<7<<<<<7<<<<<<<<<<<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:45 NM:i:1 UQ:i:27 H0:i:0 H1:i:1 +EAS1_105:3:308:66:538 147 seq2 1321 99 35M = 1138 -218 CGCTTGTACTTCTAAATCTATAACAAAATTAAAAT 996999;<9;<:<<<<<:<<7<<<<<<<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:45 NM:i:1 UQ:i:27 H0:i:0 H1:i:1 +EAS139_11:5:52:1278:1478 163 seq2 1322 47 35M = 1513 226 GCTTGTACTTCTAAATCTATAACAAAATTAAAATT <<<<<<<<<<<<<<9<<<<<<<<<<<<<<<<9<<< MF:i:18 Aq:i:0 NM:i:1 UQ:i:27 H0:i:0 H1:i:1 +EAS51_66:7:84:411:336 73 seq2 1322 75 35M * 0 0 GCTTGTACTTCTAAATCTATAAAAAAATTAAAATT <<<;<<<;<<<<<<<<<<<<:<<;<<<<<<;8<;< MF:i:32 Aq:i:0 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS56_53:3:101:809:776 147 seq2 1326 99 35M = 1160 -201 GTACTTCTAAATCTATAAAAAAATTAAAATTTAAC <<<-<;7;<<<<:;<<<7<<<<<<<<<<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:72 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS192_3:3:221:881:916 147 seq2 1327 96 35M = 1168 -194 TAATTCTAAATCTAGAACAAAATTAAAATTTAACA 44%-4(5<;9/,:<68:1<:8<:<<84;<<<<<;< MF:i:18 Aq:i:24 NM:i:3 UQ:i:41 H0:i:0 H1:i:0 +EAS114_45:2:23:1754:796 99 seq2 1329 99 35M = 1488 194 CTTCTAAATCTATAAAAAAATTAAAATTTAACAAA ;<<;<;<;<;<;<<;;;;;<<<<;;<<<<<97999 MF:i:18 Aq:i:69 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS1_105:1:28:745:352 147 seq2 1329 99 35M = 1159 -205 CTTCTAAATCTATAACAAAATTAAAATTTAACAAA 4;;*;<<<;;<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:45 NM:i:1 UQ:i:27 H0:i:0 H1:i:1 +EAS1_97:2:96:419:327 147 seq2 1331 99 35M = 1149 -217 TCTAAATCTATAACAAAATTAAAATTTAACAAAAG ;1<<<<<9<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:47 NM:i:1 UQ:i:27 H0:i:0 H1:i:1 +EAS1_97:4:274:287:423 163 seq2 1332 75 35M = 1515 218 CTAAATCTATAAAAAAATTAAAATTTAACAAAAGT <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<;<<< MF:i:18 Aq:i:0 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS219_1:7:35:392:2042 83 seq2 1332 99 35M = 1168 -199 ATAAATCTATAAAAAAATTAAAATTTAACAAAAGT +<<<<4<>>>>;>>&>->9>9;4>->>>>,4>9>,<1> MF:i:18 Aq:i:27 NM:i:1 UQ:i:5 H0:i:0 H1:i:1 +EAS139_19:2:82:154:1333 99 seq2 1349 77 40M = 1511 202 TTAAAATTTAACAAAAGTAAATAAAACACACAGCTAAAAC <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<;;<;;:;: MF:i:18 Aq:i:0 NM:i:1 UQ:i:27 H0:i:1 H1:i:0 +EAS188_7:1:290:286:763 99 seq2 1349 75 35M = 1515 201 TTAAAATTTAACAAAAGTAAATAAAACACATAGCT <<<<<<<<<<<<<<<<7<<<<<<<<<<<<<<<8<< MF:i:18 Aq:i:0 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS221_1:4:3:248:1491 73 seq2 1349 99 35M * 0 0 TTAAAATTTAACAAAAGTAAATAAAACACATAGCT <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<:8:< MF:i:18 Aq:i:76 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +B7_593:1:189:876:833 83 seq2 1349 99 36M = 1173 -212 TTAAAATTTAACAAAAGTAAATAAAACACATAGCTA 7;<<<<:;;<<<<<<<<<< MF:i:32 Aq:i:0 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:82 H1:i:85 +B7_589:6:33:356:636 73 seq2 1520 0 35M * 0 0 TTTTTTTCTTTTCTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT <<<<<<<8;<<<<<<<<<<<<<7<<<<<<<;;3&3 MF:i:32 Aq:i:0 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:14 H1:i:85 +EAS114_45:6:86:859:1779 137 seq2 1520 0 35M * 0 0 TTTTTTTCATTTCTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;8;;)7699 MF:i:32 Aq:i:0 NM:i:1 UQ:i:26 H0:i:0 H1:i:15 +EAS54_71:8:105:854:975 83 seq2 1523 71 33M = 1354 -202 TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTG <<<<;<:<<;<&<;<<<<<<<<<<<<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:0 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:85 H1:i:85 +EAS114_30:6:277:397:932 73 seq2 1524 0 35M * 0 0 TTTCTTTTCACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTACTT <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<:8(,0%( MF:i:32 Aq:i:0 NM:i:3 UQ:i:42 H0:i:2 H1:i:85 +EAS54_71:4:284:269:882 73 seq2 1524 0 34M * 0 0 TTTCTTTTCTCTTTTTTTTTTTTTTGTTTTTGCA <;<<<<<8<7<8;<<<;<7<<<<<;272;73&&) MF:i:32 Aq:i:0 NM:i:1 UQ:i:17 H0:i:0 H1:i:85 +EAS56_63:4:141:9:811 137 seq2 1524 10 35M * 0 0 TTTCTTTTCTCCTTTTTTTTTTTTTTTTTCTACAT <<<;<<<<<<<;<;<:<<<;<<<<<<<<..));;. MF:i:32 Aq:i:0 NM:i:3 UQ:i:47 H0:i:2 H1:i:27 +EAS51_62:4:187:907:145 153 seq2 1524 28 35M * 0 0 TTTCTTCTCTCTCTTTTTTTTTTTTTTTATTGCAT <<<+;;,6<<<<6<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< MF:i:32 Aq:i:28 NM:i:3 UQ:i:59 H0:i:0 H1:i:0 +EAS139_11:7:50:1229:1313 83 seq2 1528 77 35M = 1376 -187 TTTTTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGCATGCCA <<<<,<&<7<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:0 NM:i:1 UQ:i:11 H0:i:3 H1:i:7 +EAS54_65:3:320:20:250 147 seq2 1532 77 35M = 1367 -200 TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGCATGCCAGAAA +'''/<<<<7:;+<;::<<<;;<<<<<<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:6 NM:i:2 UQ:i:24 H0:i:1 H1:i:2 +EAS114_26:7:37:79:581 83 seq2 1533 68 35M = 1349 -219 TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTCATGCCAGAAAA 3,,,===6===<===<;=====-============ MF:i:18 Aq:i:27 NM:i:2 UQ:i:23 H0:i:0 H1:i:1 diff --git a/testdata/unmapped_mate.bam b/testdata/unmapped_mate.bam new file mode 100644 index 0000000..4c112c2 Binary files /dev/null and b/testdata/unmapped_mate.bam differ diff --git a/testdata/unmapped_mate.sam b/testdata/unmapped_mate.sam new file mode 100644 index 0000000..4db6734 --- /dev/null +++ b/testdata/unmapped_mate.sam @@ -0,0 +1,5 @@ +@HD VN:1.4 SO:coordinate +@SQ SN:seq1 LN:5000 +EAS188_7:2:218:877:489 163 seq1 80 10 35M = 250 205 TGTGGGGGCCGCAGTGGCTGGGGGGGGGCGGGCGG <<<<<<<;<<<07640<2<9(<9<<&9%(<(6%%3 MF:i:18 Aq:i:10 NM:i:6 UQ:i:34 H0:i:0 H1:i:0 +EAS51_64:7:242:862:732 73 seq1 95 66 35M = 95 0 GGCTGAGGGGTGCAGAGCCGAGTCACGGGGTTGCC <<<<<<<<<<<<<<<;<<<:<;+<3<::3<';:'; MF:i:64 Aq:i:0 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 +EAS51_64:7:242:862:732 133 seq1 95 0 * = 95 0 GGGTCTATGTGAACAAAGGCACTAAACACAGCTGT <<<<<<<<<<8<<<<<78<<<378<<<77755++2 MF:i:192