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##################### Set Inital Image to work from ############################
FROM ubuntu:16.04
################################################################################
##################### Add Container Labels #####################################
LABEL "Regtools_License"="MIT"
LABEL "Description"="Software package which integrate DNA-seq and RNA-seq data\
to help interpret mutations in a regulatory and splicing\
context."
################################################################################
##################### Install System Dependencies ##############################
RUN apt-get update -y && apt-get install -y \
git \
build-essential \
cmake \
zlib1g-dev
################################################################################
##################### Install Regtools #########################################
# clone git repository
RUN git clone https://github.com/griffithlab/regtools.git
# make a build directory for regtools
WORKDIR /regtools/
RUN mkdir build
# compile from source
RUN cd /regtools/build && cmake ..
RUN cd /regtools/build && make
################################################################################
###################### set environment path #################################
# add regtools executable to path
ENV PATH="/regtools/build:${PATH}"