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yang-yangfeng committed Apr 21, 2018
2 parents 4a06df6 + 9c06227 commit 6e50005254efc0ec514d11eaf587a0a09b619d44
Showing with 40 additions and 0 deletions.
  1. +38 −0 Dockerfile
  2. +2 −0 README.md
@@ -0,0 +1,38 @@
################################################################################
##################### Set Inital Image to work from ############################
FROM ubuntu:16.04
################################################################################
##################### Add Container Labels #####################################
LABEL "Regtools_License"="MIT"
LABEL "Description"="Software package which integrate DNA-seq and RNA-seq data\
to help interpret mutations in a regulatory and splicing\
context."
################################################################################
##################### Install System Dependencies ##############################
RUN apt-get update
RUN apt-get install -y git
RUN apt-get install -y build-essential
RUN apt-get install -y cmake
RUN apt-get install -y zlib1g-dev
################################################################################
##################### Install Regtools #########################################
# clone git repository
RUN git clone https://github.com/griffithlab/regtools.git
# make a build directory for regtools
WORKDIR /regtools/
RUN mkdir build
# compile from source
RUN cd /regtools/build && cmake ..
RUN cd /regtools/build && make
################################################################################
###################### set environment path #################################
# add regtools executable to path
ENV PATH="/regtools/build:${PATH}"
@@ -26,6 +26,8 @@ Clone and install regtools by running:
make
```
For convienience we also maintain a docker image available at [https://hub.docker.com/r/griffithlab/regtools/](https://hub.docker.com/r/griffithlab/regtools/)
## Usage:
```

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