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SFC 2016年度 秋学期 水曜日3時限 λ18

基礎バイオインフォマティクス

  • 科目概要:大規模で複雑な生物学的データの解析にはバイオインフォマティクスの技術が不可欠である。この科目では、コンピュータ実習を通して、再現可能な研究のためのデータスキルを習得する。
  • 前提知識:生物学の基礎知識(例えば、DNA、RNA、タンパク質、遺伝子、セントラルドグマ)
  • 成績評価:提出課題と最終発表とレポート
  • 教科書:"Bioinformatics Data Skills By Vince Buffalo (O'Reilly)"

Bioinformatics Data Skills

講義日程と資料


projects_2015

2015年度秋学期「基礎バイオインフォマティクス」履修者のプロジェクト・ディレクトリを取得する:

bash
curl -O https://dl.dropboxusercontent.com/u/33495171/introBI_2016/projects_2015.tar.gz
tar xvzf projects_2015.tar.gz
cd projects_2015/

最終発表

日時:2017年1月18日(水) 3限(13:00~14:30)
場所:λ18
発表時間:1人あたり最低1分、最大5分
スライドは最低1枚。スライドのサンプル

レポート

提出期限:2017年1月25日(水) 23:59
提出先:SFC-SFSの課題にレポートのファイルを含むプロジェクト・ディレクトリを登録する。
レポートはA4で5枚以内。

成績

  • A:最終発表+レポート+提出プロジェクト・ディレクトリの総合評価が上位20%以内。
  • B:最終発表+レポート+提出プロジェクト・ディレクトリの総合評価がB基準を満たしている。
  • C:最終発表を行い、レポートを提出し、プロジェクト・ディレクトリを提出している。

評価基準

  • 解析結果の考察
  • 解析結果の再現に必要な全ての情報を含むプロジェクト・ディレクトリを作成した。
  • 解析結果の再現性を自分の実行環境で確認した。
  • 解析結果の再現性を他人の実行環境で確認した。
  • その他、再現可能な研究 Reproducible Research に必要なプロジェクト管理をした。

イントロダクション

What is a bioinformatician

http://www.slideshare.net/ChristianFrech/how-to-be-a-bioinformatician

バイオインフォマティクスの研究対象

http://www.nature.com/nature/focus/humanmicrobiota/

TED Talks


準備

λ18のiMac Retina 5k 27inch


Unixシェル

ターミナルを起動する。

http://techacademy.jp/magazine/5155

ターミナルでbashコマンドを入力する:

bash

ターミナルで以下のコマンドを実行する:

cd
pwd
ls
date
touch test.txt

ここをクリックして、教科書Bioinformatics Data Skillsの補足資料をダウンロードする。
mvコマンドでディレクトリの移動・名前の変更をする:

mv ~/Downloads/bds-files-master/ ~/bds-files/

ターミナルで以下のコマンドを実行し、Markdown文書をダウンロードする:

wget https://dl.dropboxusercontent.com/u/33495171/introBI/markdown/markdown.md

または

curl -O https://dl.dropboxusercontent.com/u/33495171/introBI/markdown/markdown.md

テキストエディタ

テキストエディタ「Atom」 でファイルを開く:

atom markdown.md

Markdown文書のプレビュー(Control + Shift + M)


R言語

R の起動と終了

http://cse.naro.affrc.go.jp/takezawa/r-tips/r/02.html

Rコンソールで以下のコマンドを実行する。

graphicsのデモ:

demo(graphics)

Rのバージョンを確認:

sessionInfo()

Rを終了:

quit()

学習サイト


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