@HD SO:coordinate @SQ SN:chr1 LN:248956422 @SQ SN:chr10 LN:133797422 @SQ SN:chr11 LN:135086622 @SQ SN:chr12 LN:133275309 @SQ SN:chr13 LN:114364328 @SQ SN:chr14 LN:107043718 @SQ SN:chr15 LN:101991189 @SQ SN:chr16 LN:90338345 @SQ SN:chr17 LN:83257441 @SQ SN:chr18 LN:80373285 @SQ SN:chr19 LN:58617616 @SQ SN:chr2 LN:242193529 @SQ SN:chr20 LN:64444167 @SQ SN:chr21 LN:46709983 @SQ SN:chr22 LN:50818468 @SQ SN:chr3 LN:198295559 @SQ SN:chr4 LN:190214555 @SQ SN:chr5 LN:181538259 @SQ SN:chr6 LN:170805979 @SQ SN:chr7 LN:159345973 @SQ SN:chr8 LN:145138636 @SQ SN:chr9 LN:138394717 @SQ SN:chrM LN:16569 @SQ SN:chrX LN:156040895 @SQ SN:chrY LN:57227415 @SQ SN:KI270728.1 LN:1872759 @SQ SN:KI270727.1 LN:448248 @SQ SN:KI270442.1 LN:392061 @SQ SN:KI270729.1 LN:280839 @SQ SN:GL000225.1 LN:211173 @SQ SN:KI270743.1 LN:210658 @SQ SN:GL000008.2 LN:209709 @SQ SN:GL000009.2 LN:201709 @SQ SN:KI270747.1 LN:198735 @SQ SN:KI270722.1 LN:194050 @SQ SN:GL000194.1 LN:191469 @SQ SN:KI270742.1 LN:186739 @SQ SN:GL000205.2 LN:185591 @SQ SN:GL000195.1 LN:182896 @SQ SN:KI270736.1 LN:181920 @SQ SN:KI270733.1 LN:179772 @SQ SN:GL000224.1 LN:179693 @SQ SN:GL000219.1 LN:179198 @SQ SN:KI270719.1 LN:176845 @SQ SN:GL000216.2 LN:176608 @SQ SN:KI270712.1 LN:176043 @SQ SN:KI270706.1 LN:175055 @SQ SN:KI270725.1 LN:172810 @SQ SN:KI270744.1 LN:168472 @SQ SN:KI270734.1 LN:165050 @SQ SN:GL000213.1 LN:164239 @SQ SN:GL000220.1 LN:161802 @SQ SN:KI270715.1 LN:161471 @SQ SN:GL000218.1 LN:161147 @SQ SN:KI270749.1 LN:158759 @SQ SN:KI270741.1 LN:157432 @SQ SN:GL000221.1 LN:155397 @SQ SN:KI270716.1 LN:153799 @SQ SN:KI270731.1 LN:150754 @SQ SN:KI270751.1 LN:150742 @SQ SN:KI270750.1 LN:148850 @SQ SN:KI270519.1 LN:138126 @SQ SN:GL000214.1 LN:137718 @SQ SN:KI270708.1 LN:127682 @SQ SN:KI270730.1 LN:112551 @SQ SN:KI270438.1 LN:112505 @SQ SN:KI270737.1 LN:103838 @SQ SN:KI270721.1 LN:100316 @SQ SN:KI270738.1 LN:99375 @SQ SN:KI270748.1 LN:93321 @SQ SN:KI270435.1 LN:92983 @SQ SN:GL000208.1 LN:92689 @SQ SN:KI270538.1 LN:91309 @SQ SN:KI270756.1 LN:79590 @SQ SN:KI270739.1 LN:73985 @SQ SN:KI270757.1 LN:71251 @SQ SN:KI270709.1 LN:66860 @SQ SN:KI270746.1 LN:66486 @SQ SN:KI270753.1 LN:62944 @SQ SN:KI270589.1 LN:44474 @SQ SN:KI270726.1 LN:43739 @SQ SN:KI270735.1 LN:42811 @SQ SN:KI270711.1 LN:42210 @SQ SN:KI270745.1 LN:41891 @SQ SN:KI270714.1 LN:41717 @SQ SN:KI270732.1 LN:41543 @SQ SN:KI270713.1 LN:40745 @SQ SN:KI270754.1 LN:40191 @SQ SN:KI270710.1 LN:40176 @SQ SN:KI270717.1 LN:40062 @SQ SN:KI270724.1 LN:39555 @SQ SN:KI270720.1 LN:39050 @SQ SN:KI270723.1 LN:38115 @SQ SN:KI270718.1 LN:38054 @SQ SN:KI270317.1 LN:37690 @SQ SN:KI270740.1 LN:37240 @SQ SN:KI270755.1 LN:36723 @SQ SN:KI270707.1 LN:32032 @SQ SN:KI270579.1 LN:31033 @SQ SN:KI270752.1 LN:27745 @SQ SN:KI270512.1 LN:22689 @SQ SN:KI270322.1 LN:21476 @SQ SN:GL000226.1 LN:15008 @SQ SN:KI270311.1 LN:12399 @SQ SN:KI270366.1 LN:8320 @SQ SN:KI270511.1 LN:8127 @SQ SN:KI270448.1 LN:7992 @SQ SN:KI270521.1 LN:7642 @SQ SN:KI270581.1 LN:7046 @SQ SN:KI270582.1 LN:6504 @SQ SN:KI270515.1 LN:6361 @SQ SN:KI270588.1 LN:6158 @SQ SN:KI270591.1 LN:5796 @SQ SN:KI270522.1 LN:5674 @SQ SN:KI270507.1 LN:5353 @SQ SN:KI270590.1 LN:4685 @SQ SN:KI270584.1 LN:4513 @SQ SN:KI270320.1 LN:4416 @SQ SN:KI270382.1 LN:4215 @SQ SN:KI270468.1 LN:4055 @SQ SN:KI270467.1 LN:3920 @SQ SN:KI270362.1 LN:3530 @SQ SN:KI270517.1 LN:3253 @SQ SN:KI270593.1 LN:3041 @SQ SN:KI270528.1 LN:2983 @SQ SN:KI270587.1 LN:2969 @SQ SN:KI270364.1 LN:2855 @SQ SN:KI270371.1 LN:2805 @SQ SN:KI270333.1 LN:2699 @SQ SN:KI270374.1 LN:2656 @SQ SN:KI270411.1 LN:2646 @SQ SN:KI270414.1 LN:2489 @SQ SN:KI270510.1 LN:2415 @SQ SN:KI270390.1 LN:2387 @SQ SN:KI270375.1 LN:2378 @SQ SN:KI270420.1 LN:2321 @SQ SN:KI270509.1 LN:2318 @SQ SN:KI270315.1 LN:2276 @SQ SN:KI270302.1 LN:2274 @SQ SN:KI270518.1 LN:2186 @SQ SN:KI270530.1 LN:2168 @SQ SN:KI270304.1 LN:2165 @SQ SN:KI270418.1 LN:2145 @SQ SN:KI270424.1 LN:2140 @SQ SN:KI270417.1 LN:2043 @SQ SN:KI270508.1 LN:1951 @SQ SN:KI270303.1 LN:1942 @SQ SN:KI270381.1 LN:1930 @SQ SN:KI270529.1 LN:1899 @SQ SN:KI270425.1 LN:1884 @SQ SN:KI270396.1 LN:1880 @SQ SN:KI270363.1 LN:1803 @SQ SN:KI270386.1 LN:1788 @SQ SN:KI270465.1 LN:1774 @SQ SN:KI270383.1 LN:1750 @SQ SN:KI270384.1 LN:1658 @SQ SN:KI270330.1 LN:1652 @SQ SN:KI270372.1 LN:1650 @SQ SN:KI270548.1 LN:1599 @SQ SN:KI270580.1 LN:1553 @SQ SN:KI270387.1 LN:1537 @SQ SN:KI270391.1 LN:1484 @SQ SN:KI270305.1 LN:1472 @SQ SN:KI270373.1 LN:1451 @SQ SN:KI270422.1 LN:1445 @SQ SN:KI270316.1 LN:1444 @SQ SN:KI270340.1 LN:1428 @SQ SN:KI270338.1 LN:1428 @SQ SN:KI270583.1 LN:1400 @SQ SN:KI270334.1 LN:1368 @SQ SN:KI270429.1 LN:1361 @SQ SN:KI270393.1 LN:1308 @SQ SN:KI270516.1 LN:1300 @SQ SN:KI270389.1 LN:1298 @SQ SN:KI270466.1 LN:1233 @SQ SN:KI270388.1 LN:1216 @SQ SN:KI270544.1 LN:1202 @SQ SN:KI270310.1 LN:1201 @SQ SN:KI270412.1 LN:1179 @SQ SN:KI270395.1 LN:1143 @SQ SN:KI270376.1 LN:1136 @SQ SN:KI270337.1 LN:1121 @SQ SN:KI270335.1 LN:1048 @SQ SN:KI270378.1 LN:1048 @SQ SN:KI270379.1 LN:1045 @SQ SN:KI270329.1 LN:1040 @SQ SN:KI270419.1 LN:1029 @SQ SN:KI270336.1 LN:1026 @SQ SN:KI270312.1 LN:998 @SQ SN:KI270539.1 LN:993 @SQ SN:KI270385.1 LN:990 @SQ SN:KI270423.1 LN:981 @SQ SN:KI270392.1 LN:971 @SQ SN:KI270394.1 LN:970 @RG ID:Village_Day2:MissingLibrary:1:HKKJLDSXY:4 SM:Village_Day2 LB:MissingLibrary.1 PU:Village_Day2:MissingLibrary:1:HKKJLDSXY:4 PL:ILLUMINA @RG ID:Village_Day2:MissingLibrary:1:HKKJLDSXY:1 SM:Village_Day2 LB:MissingLibrary.1 PU:Village_Day2:MissingLibrary:1:HKKJLDSXY:1 PL:ILLUMINA @RG ID:Village_Day2:MissingLibrary:1:HKKJLDSXY:3 SM:Village_Day2 LB:MissingLibrary.1 PU:Village_Day2:MissingLibrary:1:HKKJLDSXY:3 PL:ILLUMINA @RG ID:Village_Day2:MissingLibrary:1:HKKJLDSXY:2 SM:Village_Day2 LB:MissingLibrary.1 PU:Village_Day2:MissingLibrary:1:HKKJLDSXY:2 PL:ILLUMINA @CO 10x_bam_to_fastq:R1(SEQ:QUAL,TR:TQ) @CO 10x_bam_to_fastq:R2(SEQ:QUAL,TR:TQ) @CO 10x_bam_to_fastq:I1(BC:QT) @CO 10x_bam_to_fastq:I2(CR:CY) @CO 10x_bam_to_fastq_seqnames:R1,R3,I1,R2 @PG ID:samtools PN:samtools VN:1.13 CL:samtools view -H atac_possorted_bam.bam