diff --git a/.gitignore b/.gitignore
index 6bc33eb..4956909 100644
--- a/.gitignore
+++ b/.gitignore
@@ -1,2 +1,8 @@
.coverage
coverage.lcov
+bowtie2.1.bt2
+bowtie2.2.bt2
+bowtie2.3.bt2
+bowtie2.4.bt2
+bowtie2.rev.1.bt2
+bowtie2.rev.2.bt2
diff --git a/Indexed_bt2/code_for_reference/create_annoted_ref.py b/Indexed_bt2/code_for_reference/create_annoted_ref.py
index d19bde5..257e88b 100644
--- a/Indexed_bt2/code_for_reference/create_annoted_ref.py
+++ b/Indexed_bt2/code_for_reference/create_annoted_ref.py
@@ -7,7 +7,18 @@
from os import path as p
-def write(region, seq_chrom, annoted_ref):
+region = {'V1_start': '', 'V1_end': '',
+ 'V2_start': '', 'V2_end': '',
+ 'V3_start': '', 'V3_end': '',
+ 'V4_start': '', 'V4_end': '',
+ 'V5_start': '', 'V5_end': '',
+ 'V6_start': '', 'V6_end': '',
+ 'V7_start': '', 'V7_end': '',
+ 'V8_start': '', 'V8_end': '',
+ 'V9_start': '', 'V9_end': ''}
+
+
+def write(seq_chrom, annoted_ref):
with open(annoted_ref, 'a') as t:
if region['V1_start'] != '':
for counter, key in enumerate(region):
@@ -20,7 +31,7 @@ def write(region, seq_chrom, annoted_ref):
t.write(words)
-def index(line, region):
+def index(line):
boundary = {'V1_start': 189, 'V1_end': 471,
'V2_start': 485, 'V2_end': 1867,
'V3_start': 1915, 'V3_end': 2231,
@@ -36,7 +47,6 @@ def index(line, region):
list1 = ''.join(str(e) for e in list1)
list1 = list1.replace('-', '')
region[key] = int(list1.index('1')) + 1
- return region
def main():
@@ -44,21 +54,12 @@ def main():
annoted_ref = f'{p.dirname(p.dirname(__file__))}/annoted_ref.bed'
with open(file_, 'r') as f:
for line in f:
- region = {'V1_start': '', 'V1_end': '',
- 'V2_start': '', 'V2_end': '',
- 'V3_start': '', 'V3_end': '',
- 'V4_start': '', 'V4_end': '',
- 'V5_start': '', 'V5_end': '',
- 'V6_start': '', 'V6_end': '',
- 'V7_start': '', 'V7_end': '',
- 'V8_start': '', 'V8_end': '',
- 'V9_start': '', 'V9_end': ''}
if line.startswith('>'):
seq_chrom = line[1:]
seq_chrom = seq_chrom.strip('\n')
else:
- index(line, region)
- write(region, seq_chrom, annoted_ref)
+ index(line)
+ write(seq_chrom, annoted_ref)
if __name__ == '__main__':
diff --git a/README.md b/README.md
index 7c4b084..12fc82f 100644
--- a/README.md
+++ b/README.md
@@ -17,3 +17,4 @@ Requirements:
bowtie2
samtools
bedtools
+ Module: pandas
diff --git a/environment.yml b/environment.yml
index 32ec06c..ee1108e 100644
--- a/environment.yml
+++ b/environment.yml
@@ -7,3 +7,4 @@ dependencies:
- flake8
- nose
- coverage >= 6 # to ensure lcov option is available
+ - pandas
diff --git a/setup.py b/setup.py
new file mode 100644
index 0000000..17380e2
--- /dev/null
+++ b/setup.py
@@ -0,0 +1,45 @@
+#!/usr/bin/env python
+
+from setuptools import find_packages, setup
+
+classifiers = [
+ 'Development Status :: 1 - Pre-Alpha',
+ 'License :: OSI Approved :: BSD License',
+ 'Environment :: Console',
+ 'Topic :: Software Development :: Libraries :: Application Frameworks',
+ 'Topic :: Scientific/Engineering',
+ 'Topic :: Scientific/Engineering :: Bio-Informatics',
+ 'Programming Language :: Python',
+ 'Programming Language :: Python :: 3',
+ 'Programming Language :: Python :: 3.3',
+ 'Programming Language :: Python :: 3.4',
+ 'Operating System :: Unix',
+ 'Operating System :: POSIX',
+ 'Operating System :: MacOS :: MacOS X',
+ 'Operating System :: Microsoft :: Windows']
+
+
+description = 'VXdetector'
+
+
+setup(name='vxdetector',
+ version='1.0.0',
+ license='BSD',
+ #description=description,
+ #long_description=long_description,
+ #keywords=keywords,
+ classifiers=classifiers,
+ author="Johannes Groos",
+ author_email="Johannes.Groos@bio.uni-giessen.de",
+ maintainer="http://jlab.bio",
+ maintainer_email="stefan.m.janssen@gmail.com",
+ url='https://github.com/jlab/algorithm_vxdetector/',
+ test_suite='nose.collector',
+ packages=find_packages(),
+ install_requires=[
+ #'click >= 6',
+ #'scikit-bio >= 0.4.0',
+ ],
+ #extras_require={'test': ["nose", "pep8", "flake8"],
+ # 'coverage': ["coverage"]}
+)
diff --git a/vxdetector/Output_counter.py b/vxdetector/Output_counter.py
index 9abaf31..118ec14 100644
--- a/vxdetector/Output_counter.py
+++ b/vxdetector/Output_counter.py
@@ -1,17 +1,26 @@
#!/usr/bin/python
import os
-import csv
+import pandas as pd
from itertools import (takewhile, repeat)
-regions = {'V1': 0, 'V2': 0, 'V3': 0, 'V4': 0, 'V5': 0,
- 'V6': 0, 'V7': 0, 'V8': 0, 'V9': 0}
+
+new_row = pd.DataFrame({'Read-file': [''], 'Number of Reads': [0],
+ 'Unaligned Reads [%]': [0],
+ 'Not properly paired': ['unpaired'],
+ 'Sequenced variable region': ['V'],
+ 'V1': [0], 'V2': [0], 'V3': [0],
+ 'V4': [0], 'V5': [0], 'V6': [0],
+ 'V7': [0], 'V8': [0], 'V9': [0],
+ 'Not aligned to a variable region': [0]})
# declares the dictionary containing all variable regions as
# a global variable. That way it can be easily accessed and modified
def directory_navi(file_name, path, dir_name, dir_path):
dir_path = dir_name.replace(dir_path, '', 1)
+ if dir_name.endswith('/'):
+ dir_name = dir_name.rstrip('/')
# only leaves the part in the directory tree between
# the file and the original given directory path
dir_name = os.path.basename(dir_name)
@@ -24,7 +33,6 @@ def directory_navi(file_name, path, dir_name, dir_path):
file_name = file_name.rsplit('.', 2)[0]
else:
file_name = file_name.rsplit('.', 1)[0]
-
return file_name, dir_name, dir_path
@@ -32,96 +40,64 @@ def rawincount(filename):
f = open(filename, 'rb')
bufgen = takewhile(lambda x: x, (f.raw.read(1024*1024)
for _ in repeat(None)))
-
return sum(buf.count(b'\n') for buf in bufgen)
-def region_count(unaligned_count, temp_path, mode, all_reads):
+def region_count(temp_path, mode):
if mode == 'paired':
- unpaired = round(rawincount(f'{temp_path}bed.log')/all_reads, 2)
+ new_row['Not properly paired'] = rawincount(
+ f'{temp_path}bed.log') \
+ / new_row['Number of Reads']
# counts the amount of error messages given by bedtools
# during bam to bed conversion each error message reprensents
# one improperly paired read
- elif mode == 'unpaired':
- unpaired = 'unpaired Reads'
- no_V = rawincount(f'{temp_path}noOver.bed')
+ new_row['Not aligned to a variable region'] = rawincount(
+ f'{temp_path}noOver.bed')
# counts the number of reads not mapped to any variable region
- aligned_count = 100 - unaligned_count
- count = sum([regions['V1'], regions['V2'], regions['V3'],
- regions['V4'], regions['V5'], regions['V6'],
- regions['V7'], regions['V8'], regions['V9'], no_V])
- for key in regions:
- regions[key] = (regions[key] / count) * aligned_count
- no_V = (no_V/count)*aligned_count
+ aligned_count = 100 - new_row.iat[0, 2]
+ count = sum(new_row.iloc[0, 5:])
+ for column in new_row.columns[5:]:
+ new_row[column] = (new_row[column] / count) * aligned_count
# Calculates the percantage of reads mapped to either a specific
# region or no region
- if aligned_count == 0 or (no_V/aligned_count) == 1:
- most_probable_V = 'No variable Region'
+ if aligned_count == 0 or (new_row.iat[0, 14]/aligned_count) == 1:
+ new_row['Sequenced variable region'] = 'No variable Region'
else:
- most_probable_V = [x[0].replace('V', '') for x in
- sorted(list(regions.items()))
- if ((x[1] / aligned_count) * 100) > 20]
- most_probable_V = 'V' + ''.join(most_probable_V)
- if most_probable_V == 'V':
- most_probable_V = 'No variable Region'
+ most_probable_V = [x.replace('V', '') for x in
+ new_row.columns[5:14]
+ if ((new_row.at[0, x] / aligned_count) * 100) > 20]
+ new_row['Sequenced variable region'] = 'V' + ''.join(most_probable_V)
+ if new_row.iat[0, 4] == 'V':
+ new_row['Sequenced variable region'] = 'No variable Region'
# finds the variable regions with the highest probability
# any region having a percentage of 20% or higher will be listed.
# The percentage is calculated within the regions.
- return most_probable_V, unpaired, no_V
-
-def create_output(path, file_name, unaligned_count, dir_name,
- dir_path, temp_path, all_reads, mode):
+def create_row(path, file_name, dir_name, dir_path, temp_path, mode):
file_name, dir_name, dir_path = directory_navi(file_name, path,
dir_name, dir_path)
if mode == 'paired':
- file_name = file_name.replace('_R1_001', '')
+ new_row['Read-file'] = file_name.replace('_R1_001', '')
new_file = f'{dir_path}/{dir_name}.csv'
# The new file is named after the directory containing the reads
- most_probable_V, unpaired, no_V = region_count(unaligned_count, temp_path,
- mode, all_reads)
- if os.path.exists(new_file):
- header = True
- else:
- header = False
- # The header will only be written if it wasnt written before
- foo = {'file_name': file_name, 'all_reads': all_reads,
- 'unaligned_count': unaligned_count, 'unpaired': unpaired,
- 'no_V': no_V, 'most_probable_V': most_probable_V}
- foo.update(regions)
- with open(new_file, 'a', newline='') as o:
- fieldnames = ['Read-file', 'Number of Reads', 'Unaligned Reads [%]',
- 'Not properly paired', 'Sequenced variable region', 'V1',
- 'V2', 'V3', 'V4', 'V5', 'V6', 'V7', 'V8', 'V9',
- 'Not aligned to a variable region']
- writer = csv.DictWriter(o, fieldnames=fieldnames)
- if header is False:
- writer.writeheader()
- for key in foo:
- if isinstance(foo[key], float):
- foo[key] = round(foo[key], 2)
- writer.writerow({'Read-file': foo['file_name'], 'Number of Reads':
- foo['all_reads'], 'Unaligned Reads [%]':
- foo['unaligned_count'], 'Not properly paired':
- foo['unpaired'], 'Sequenced variable region':
- foo['most_probable_V'], 'V1': foo['V1'],
- 'V2': foo['V2'], 'V3': foo['V3'],
- 'V4': foo['V4'], 'V5': foo['V5'],
- 'V6': foo['V6'], 'V7': foo['V7'],
- 'V8': foo['V8'], 'V9': foo['V9'],
- 'Not aligned to a variable region': foo['no_V']})
-
-
-def print_output(unaligned_count, temp_path, mode):
- most_probable_V, unpaired, no_V = region_count(unaligned_count, temp_path,
- mode, all_reads='')
- print(f'\n{str(unaligned_count)}% were unaligned.')
- print(f'Of all the aligned Reads most were aligned to: {most_probable_V}')
+ region_count(temp_path, mode)
+ for column in new_row:
+ if isinstance(new_row.at[0, column], float):
+ new_row.at[0, column] = round(new_row.at[0, column], 2)
+ return new_file
+
+
+def print_output(temp_path, mode):
+ region_count(temp_path, mode)
+ print(f"\n{round(new_row.iat[0, 2], 2)}% were unaligned.")
+ print(f"Of all the aligned Reads most were aligned to: \
+ {new_row.iat[0, 4]}")
print('The probabilities of all regions is as follows [%]:')
- print('\n'.join(':'.join((key, str(round(val, 2))))
- for (key, val) in regions.items()))
- print(f'\nAnd {round(no_V, 2)}% were not mapped to any variable region\n')
+ print('\n'.join(':'.join((column, str(round(new_row.at[0, column], 2))))
+ for column in new_row.columns[5:14]))
+ print(f"\nAnd {round(new_row.iat[0, -1], 2)}% were not mapped \
+ to any variable region\n")
def count(temp_path, file_name, file_type, path, dir_name, dir_path, mode):
@@ -130,20 +106,22 @@ def count(temp_path, file_name, file_type, path, dir_name, dir_path, mode):
with open(BED_path, 'r') as bed:
for line in bed:
line_list = line.split('\t')
- regions[line_list[-1].strip('\n')] += 1
+ new_row[line_list[-1].strip('\n')] += 1
# counts all appearing variable Regions
with open(Log_path, 'r') as log:
lines = log.readlines()
- all_reads = int(lines[0].strip('\n\t ').split()[0])
+ new_row['Number of Reads'] = int(lines[0].strip('\n\t ').split()[0])
unaligned_count = lines[-1].strip('\n\t ')
# Reads the bowtie2 stdout which is normally seen in the terminal
unaligned_count = unaligned_count.split()[0].replace('%', '')
- unaligned_count = 100 - float(unaligned_count)
+ new_row['Unaligned Reads [%]'] = 100 - float(unaligned_count)
if file_type is None:
- print_output(unaligned_count, temp_path, mode)
+ print_output(temp_path, mode)
# should file_type be None only a single file was given
# therefore output will be printed in the terminal rather
# than in a file
else:
- create_output(path, file_name, unaligned_count,
- dir_name, dir_path, temp_path, all_reads, mode)
+ new_file = create_row(path, file_name, dir_name, dir_path,
+ temp_path, mode)
+ if file_type is not None:
+ return new_row, new_file
diff --git a/vxdetector/VXdetector.py b/vxdetector/VXdetector.py
index 91ba75e..236d6d2 100644
--- a/vxdetector/VXdetector.py
+++ b/vxdetector/VXdetector.py
@@ -2,29 +2,76 @@
import argparse
import os
-import interact_bowtie2
-import interact_bedtools
-import Output_counter
-import files_manager
+from vxdetector.interact_bowtie2 import mapbowtie2, buildbowtie2
+from vxdetector.interact_bedtools import overlap
+from vxdetector import Output_counter
+import vxdetector.files_manager
+import pandas as pd
+output = pd.DataFrame({'Read-file': [], 'Number of Reads': [],
+ 'Unaligned Reads [%]': [],
+ 'Not properly paired': [],
+ 'Sequenced variable region': [],
+ 'V1': [], 'V2': [], 'V3': [],
+ 'V4': [], 'V5': [], 'V6': [],
+ 'V7': [], 'V8': [], 'V9': [],
+ 'Not aligned to a variable region': []})
-def workflow(path, temp_path, file_path, file_type, file_name, dir_name,
- dir_path, mode, read2_file):
- interact_bowtie2.buildbowtie2(path)
+
+def do_statistic():
+ global output
+ average = output.mean(numeric_only=True).round(2).to_frame().T
+ average['Read-file'] = ['Average']
+ region = (output.iloc[:, [4]].mode().values)
+ region = ' / '.join(str(r) for r in region)
+ region = region.replace('\'', '')
+ region = region.replace('[', '')
+ region = region.replace(']', '')
+ average['Sequenced variable region'] = region
+ if 'Not properly paired' not in average.index:
+ average['Not properly paired'] = 'not paired'
+ std_dev = output.std(numeric_only=True).round(2).to_frame().T
+ std_dev['Read-file'] = ['Standard deviation']
+ statistic = pd.concat([average, std_dev], axis=0)
+ statistic = statistic[['Read-file', 'Number of Reads',
+ 'Unaligned Reads [%]', 'Not properly paired',
+ 'Sequenced variable region', 'V1', 'V2', 'V3',
+ 'V4', 'V5', 'V6', 'V7', 'V8', 'V9',
+ 'Not aligned to a variable region']]
+ output = pd.concat([statistic, output], axis=0)
+
+
+def workflow(path, temp_path, file_path, file_type, old_file_name,
+ file_name, dir_name, dir_path, mode, read2_file):
+ buildbowtie2(path)
if file_type is not None:
- aligned_path = interact_bowtie2.mapbowtie2(file_path, read2_file,
+ aligned_path = mapbowtie2(file_path, read2_file,
path, temp_path, mode,
file_type)
else:
- aligned_path = interact_bowtie2.mapbowtie2(file_path, read2_file,
+ aligned_path = mapbowtie2(file_path, read2_file,
path, temp_path, mode,
file_type=' -q')
# The Programm bowtie2 is used to align the Reads to a reference
# 16S database.
- interact_bedtools.overlap(path, temp_path, aligned_path)
+ overlap(path, temp_path, aligned_path)
# look which reads intersect with which variable Region
- Output_counter.count(temp_path, file_name, file_type, path,
- dir_name, dir_path, mode)
+ if file_type is not None:
+ global output
+ new_row, new_file = Output_counter.count(temp_path, file_name,
+ file_type, path, dir_name,
+ dir_path, mode)
+ if new_file != old_file_name and old_file_name is not None:
+ output.sort_values(by=['Read-file'], inplace=True)
+ do_statistic()
+ output.to_csv(old_file_name, index=False)
+ output = output.iloc[0:0]
+ output = pd.concat([output, new_row], axis=0)
+ old_file_name = new_file
+ return new_file, old_file_name
+ else:
+ Output_counter.count(temp_path, file_name, file_type, path,
+ dir_name, dir_path, mode)
# counts the Variable Regions that are found with bedtools and prints the
# highest probable variable Region (single file) or
# writes a new file (directory)
@@ -50,6 +97,7 @@ def main():
file_type = None
fasta_ext = ('.fasta', '.fa', '.ffa', '.ffn', '.faa', '.frn')
fastq_ext = ('.fq', '.fastq',)
+ old_file_name = None
if args.fasta_file is None:
# If a directory was given as input the programm will walk through
# that directory and search for forward reads.
@@ -82,16 +130,22 @@ def main():
file_type = ' -f'
else:
continue
- workflow(path, temp_path, file_path, file_type, file_name,
- dir_name, args.dir_path, mode, read2_file)
+ new_file, old_file_name = workflow(path, temp_path, file_path,
+ file_type, old_file_name,
+ file_name, dir_name,
+ args.dir_path, mode,
+ read2_file)
if file_type is None:
print('There were no FASTA or FASTQ files with 16S sequences '
'in this directory')
else:
- workflow(path, temp_path, args.fasta_file, file_type,
+ workflow(path, temp_path, args.fasta_file, file_type, old_file_name,
file_name='Your file', dir_name='', dir_path='',
mode='unpaired', read2_file='')
files_manager.tmp_dir(path, temp_path)
+ if old_file_name is not None:
+ do_statistic()
+ output.to_csv(old_file_name, index=False)
if __name__ == '__main__':
diff --git a/vxdetector/__init__.py b/vxdetector/__init__.py
new file mode 100644
index 0000000..8d1c8b6
--- /dev/null
+++ b/vxdetector/__init__.py
@@ -0,0 +1 @@
+
diff --git a/vxdetector/tests/data/87340_RF42TP0_S10_L001_R1_001.fastq b/vxdetector/tests/data/87340_RF42TP0_S10_L001_R1_001.fastq
new file mode 100644
index 0000000..f21e0c9
--- /dev/null
+++ b/vxdetector/tests/data/87340_RF42TP0_S10_L001_R1_001.fastq
@@ -0,0 +1,68920 @@
+@M01186:142:000000000-A81P9:1:1101:15586:1739 1:N:0:10
+AGAGTTTGATCATGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGAGACGGAGCTGGAAGGGACAGTTTACTGTAACGGAAAGATCTGTCTTAGTGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGGGCAACCTGCCCTGTA
++
+>AAA>BFFFFBFGGGF4FGFGGHHCHFHGDGCEGGEGEEFGHCGGFHHHHHHFGGHDEFHGGGGGGGFGGGHHHFHHGGEGGFBGGHHDGGHHHGG?ECGEHHHGHHHHBGGFHGGGFG-D@-<..0==0.--;-AFEHGHHCGFFGG?FF
+@M01186:142:000000000-A81P9:1:1101:16849:1891 1:N:0:10
+AGATACCCCTGTAGTCCAGATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCACACTTGAATCTCGTATGCCGTCTACTGCTTGAAAAAAAAACCCAACAACACTCACGAGAAACGACAACATATACAGCCTCCTCCTTAAAAACACAACCAAA
++
+AA?AAFFF1AAFGGDFGG11EFCECFGHHFHFCGAAAFADFFD11AGHBGFHHGHFFHE1FGFFEBEBFEE/B/12B1@@GFHFGH?/>////?G///>?/10B.<...
+@M01186:142:000000000-A81P9:1:1101:13096:1967 1:N:0:10
+AGAGTTTGAGCATGGCTCAGGATAAACGCTGGCGGCGCACATAAGACATGCAAGTCGAACGAACTTAACCTTTAGTTTACTATTGGAGCGGTTAGTGGCGGACTGGTGAGTAACACGTAAGCAACCTGCCTATCAGAGGGGAACAACAGTT
++
+ABBBA55@FAFFGFCFGGGFGFCGHHFEEGFGFGGG?EGGGHHHHHHHHHHFHF5FEGGHEGGGFEGBGH3G3FD444FGHHDGHHGHHE@EEGAF?GGCC@C@EH1/0>2?F?//??/FCDGB<00BDFFFFFGFFF11C1FDFGDGBGEEEEEEEGCAEECFHFHHFHFFHHFGHHGGGGEGGHGEGFGGHGHHFFHHHHHF1@BGEFG//BEAEEHGEECCC?CCGC/01@D1F?G1F0//F/2212BF11BFDGHEGEC//01>0000.<..//=CC.--.--;;
+@M01186:142:000000000-A81P9:1:1101:12880:2874 1:N:0:10
+AGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGGGTATATAAGCGGAAGTTTACGGATGGAAGGTTATATACTTAGTGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGGGCAACCTGCCCCGTGCCGGGG
++
+A>AAAFFFFFFFGBGGFGGG44GFHHHFGGGCGECFEEFEGHHHHHGHHHFGHHGGDGGHGGGGCEHGHHHHHGEC?EFGHHHGG?EGGHEFD3BBFGGHHHHGFGHFGCGGCCFG-AGG1=GD<--D@ACCFFEFCGEFEF-.;AE?-9B
+@M01186:142:000000000-A81P9:1:1101:11290:2884 1:N:0:10
+AGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCTTAACACATGCAAGTCGAACGGAGCACCCCTGATGGAGTTTTCGGACAACAGATGGGAATGCTTAGTGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGAGGAACCTGCCTTGGAGAGGG
++
+BBBABFFFFFFFGGCGCGFGGGHHHGHHGGEEEGGECGGGDHHHHGHGFHH3FGHHEAEGGGGGGHHAEEGGHHHHHHHBEHFGGGGGHGGHEGFHFBF2GFHFHHGHHEFC/<@DGGG.GDGHHD-<<-CAG0CGEBC.CCGHH0//;9D
+@M01186:142:000000000-A81P9:1:1101:19097:2953 1:N:0:10
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