kamo-ja.md

KAMO

Author: Keitaro Yamashita. English version is here.

概要

KAMO (Katappashikara Atsumeta data wo Manual yorimoiikanjide Okaeshisuru) systemは，（高分子）単結晶X線回折データの自動処理＆マージのために開発中のプログラムです． 積分・スケーリングには基本的にXDS packageを用いることを想定していますが，オプションでDIALSやAimlessも使用可能です． 現在のところ，small wedgeデータ(5-10°/結晶)の自動処理・マージを主眼に開発しています．

SPring-8でのオンラインデータ解析のために設計されていますが，ローカルのデータに対しても使えるようになっています．

本マニュアルは2018-02-22現在のものです．

• KAMO
  • 概要
    • 依存プログラム・ライブラリ
    • 注意
  • 使用方法
    • GUIの起動
    • GUIの説明
    • Small wedgeデータのマージ
    • index ambiguityの解消 (kamo.resolve_indexing_ambiguity)
  • KAMOは内部で何をやるのか
    • データセットの検出
    • 各wedgeの処理 (kamo)
    • マージの準備 (kamoの"Multi-merge strategy"ボタン)
    • 複数結晶に由来するデータのマージ (kamo.multi_merge)
      • データのクラスタリング
      • bad frameの検出
      • bad datasetの検出
      • scaling referenceの選定
  • FAQ
    • KAMO
      • チェックボックスを1つ1つチェックしていくのが面倒
      • 特定のディレクトリだけ処理したい（除きたい）
      • 格子定数が既知なのでそれを使って欲しい
      • ヘッダが間違っているので正しい値を与えたい
    • kamo.multi_merge
      • 精密化に使うためのデータはどこ？
  • ローカル環境での使用方法
    • DIALSを利用した環境構築 * トラブルシューティング
    • KAMOのアップデート
    • 起動
  • SPring-8以外の場所でオンライン処理を行う方法
  • 文献
    • KAMOの引用
    • KAMOを利用した研究
  • バージョン履歴

依存プログラム・ライブラリ

以下のプログラム・ライブラリを使用しています．

• CCTBX with CBFlib
• wxPython 2.8, Matplotlib 1.3, Networkx, Numpy, SciPy
• XDS, xdsstat, H5ToXds (H5ToXdsはEIGERの場合のみ)
• CCP4 (BLEND, Pointless, Aimless, Ctruncate)
• R with rjson (BLENDを使う場合必要)
• DIALS (完全には未対応)

注意

KAMOはまだ発展途上のプログラムです．インタフェース面や機能面などで，多くの欠陥・バグがありますので，何か不具合に気づかれたり，ご要望などありましたら，決して遠慮せず開発者までご連絡ください．

このマニュアルもまだ不足してる点が多いですが，とりあえず公開します．

使用方法

GUIの起動

起動した場所の下（サブディレクトリを含む）にあるデータを処理します．

特定のサブディレクトリのみを対象にしたいときは，include_dir=hoge-1111-\*という感じでディレクトリ名を指定する(複数指定可)か，あるいは対象ディレクトリ名が書かれたリストファイルを与えます．

• 例1: BL32XUで実験中に自動処理を開始

  kamo bl=32xu

• 例2: BL32XUで自動データ収集(ZOO)を使っているときの自動処理

  kamo bl=32xu mode=zoo

• 例3: ローカルにあるデータを処理（ディレクトリを直接探索．上記の場合はBSSのログからデータセットの場所を探索）

  kamo bl=other

-hオプションを付けるとヘルプ＆全パラメータリストが見れます．

ビームラインにおいて過去のデータを処理する際は例えばdate=2015-12-31とすると，指定日の2日前から指定日までのデータを探索します（デフォルトはdate=today）．bl=other指定時は，date指定は関係なく単に指定したディレクトリ以下のデータがすべて処理されます．

起動すると自動的にデータセットを探索し，処理を開始します． 処理結果は，workdir=で指定した場所(デフォルト:_kamoproc/)に，同じディレクトリ構造で，prefix_startimage-endimage/という名前のディレクトリができ，その下がXDS/DIALSの実行場所になっています．たとえば以下のような感じです．

~/151126_BL32XU/
│
└ mydata/ <- ここでKAMOを起動したとする
   ├ sample1/
   │  ├ data1_000{001..180}.img
   │  └ data2_000{001..360}.img
   ├ sample2/
   │  ├ data3_000{001..180}.img
   │  └ data4_000{001..360}.img
   │
   └ _kamoproc/ <- これが自動的に作られる (workdir=オプションで変更可)
      ├ sample1/ <- 同じツリー構造が作られる
      │  ├ data1_1-180/ <- これがデータ処理の作業ディレクトリ
      │  └ data2_1-360/
      └ sample2/
         ├ data3_1-180/
         └ data4_1-360/

GUIの説明

テーブルのカラムの説明は以下のとおりです．カラムをクリックすることでソートできます．

カラム名	説明
Path	データセットの相対パス
Sample ID	Unipuck ID (Well ID)
Wavelength	波長 (A)
TotalPhi	トータルの振動幅(°)
DeltaPhi	1枚あたりの振動幅(°)
Cstatus	data collectionのステータス(never/running/finished)
Pstatus	data processingのステータス(never/running/giveup/finished)
Cmpl.	データセットのCompleteness
SG	推定された空間群
Resn.	分解能リミットの推定値 (small-wedgeの場合あまりアテにならない！)

Small wedgeデータのマージ

1. マージ対象のデータにチェックを入れ（失敗してるものを含んでもエラーにはなりません），Multi merge strategyのボタンを押し，少し待つ
2. 同じ格子（reindexも考慮して同じ格子になるもの）がグループ化され，データセットの数でソートされる
3. マージするグループと対称性を選ぶ．対称性は，一番頻度の高いものがデフォルトで選択されているが，既知の場合はそれを選ぶ．
4. Proceedボタンを押し，ターミナル画面を見る．指定した対称性と異なる対称で処理されたデータを，指定した対称で処理しなおしている
5. "Do It Yourself!"と表示されたら完了．Reindex operatorが存在する場合は表示されるので，留意する(kamo.resolve_indexing_ambiguityを使って解決できます)
6. ターミナルで指示された場所に移動し，スクリプトを修正・実行する． スクリプト(たとえばmerge_blend.sh)は以下のようになっている

# settings
dmin=2.8 # resolution
anomalous=false # true or false
lstin=formerge.lst # list of XDS_ASCII.HKL files
use_ramdisk=true # set false if there is few memory or few space in /tmp
# _______/setting

kamo.multi_merge \\
        workdir=blend_${dmin}A_framecc_b+B \\
        lstin=${lstin} d_min=${dmin} anomalous=${anomalous} \\
        space_group=None reference.data=None \\
        program=xscale xscale.reference=bmin xscale.degrees_per_batch=None \\
        reject_method=framecc+lpstats rejection.lpstats.stats=em.b+bfactor \\
        clustering=blend blend.min_cmpl=90 blend.min_redun=2 blend.max_LCV=None blend.max_aLCV=None \\
        max_clusters=None xscale.use_tmpdir_if_available=${use_ramdisk} \\
#        batch.engine=sge batch.par_run=merging batch.nproc_each=8 nproc=8 batch.sge_pe_name=par

8. このスクリプトを実行すると，まずBLENDによる格子定数に基づいた階層的クラスタリングが行われ，見つかったクラスタのうちcompletenessが90%以上・redundancy 2以上になるクラスタすべてについて，マージを試みる．まず単純にxscaleでマージ(run_01/)し，そのマージ結果とのCCを計算することで悪いフレームを見つける．悪いフレームを除いてマージした結果(run_02/)から，スケールのB値とerror modelのbを基準にOutlierを検出し，悪いデータセットを除いてマージした結果がrun_03/に保存される．これが最終結果となる．各結果のディレクトリ/ccp4にはmtzおよびctruncateとphenix.xtirageのログも保存される．
9. 処理完了後，作業ディレクトリ(blend_*/)以下のreport.htmlをブラウザで表示すれば全最終結果の統計値を一望できる．結果を受けて，場合によっては分解能リミットを変えて再実行する．精密化に使うクラスタの選び方は，だいたいCC_1/2が最大になるものを選べば問題ないと思われる（フィードバックお待ちしています）．

index ambiguityの解消 (kamo.resolve_indexing_ambiguity)

P6やP4など，あるいはP2でもβ~90°の場合など，格子の対称性が空間群の対称性よりも高い場合，index ambiguityが生じます．複数の結晶を用いる場合，これを揃えておかなければなりません．

この作業は，上記のマージの前に行う必要があります．ただし，上記の作業中でReindex operatorが表示されなかったときは必要ありません．

kamo.resolve_indexing_ambiguity formerge.lst

とすると，必要に応じてreindexを行い，formerge_reindexed.lstを出力します． kamo.multi_mergeの際にはlstin=formerge_reindexed.lstを指定して下さい．

デフォルトはmethod=selective_breedingで，Kabschによる"Selective Breeding"アルゴリズムを使用します．これはReferenceデータを必要としません．同じくRefererenceデータを必要としないmethod=brehm_diederichs (Algorithm 2 in Brehm and Diederichs paper)も選択可能です．

Referenceデータに合わせたい場合は，method=referenceを選択し，reference_file=にReferenceのMTZファイルを与えてください．

KAMOは内部で何をやるのか

データセットの検出

2つのモードがある

• BSSのログファイルからJob情報を検索（オンライン解析用）
• サブディレクトリを掘って探索（ファイルシステムのアクセス速度に依存）

bl=otherを指定すると後者のモードになる． 前者の場合は，date=の指定とあわせて，BSSのログファイルを探索する．よって，ファイルやディレクトリがリネームor移動されているとデータセットが発見できない．

各wedgeの処理 (kamo)

XDSを使って処理を行う．基本的にgenerate_XDS.INPと同じ内容のXDS.INPを用いるが，指数付けには全フレームを用いる． また，指数付け失敗時には，以下のことを検討する．

• IDXREF.LPの差ベクトルクラスタリングの結果から格子が半分になっていると思われる場合は，倍にして試す
• 既知の格子定数＆対称性が与えられている場合は，その利用を試す

対称性の判断は，まずINTEGRATE.HKLに対してpointlessを実行し，次にXDS_ASCII.HKLに対しても実行する．両者で判断が一致しない場合，Probabilityが大きい方を採用する．

高分解能カットオフはユーザが決めるべきとの立場を取るが，あまりにノイズの多い高角をスケーリングに含めると結果が適切にならないため，細かく切ったシェルでCC1/2が0.5を下回るところで分解能を切り，そのスケール結果をXDS_ASCII.HKL/CORRECT.LPとしている(GUIにはその結果が表示される)．分解能を切ってないXDS_ASCII_fullres.HKL/CORRECT_fullres.LPは別に保存される．

small_wedges=trueのときは，CORRECTで経験的補正を行わない（つまりスケーリングを行わない；対称反射の数が少なすぎるため）バージョンの出力も作成(XDS_ASCII.HKL_noscale)し，マージの際にはそれが使われる．XDS_ASCII.HKL/XDS_ASCII_fullres.HKLの方は通常どおりスケーリング済みのものになっている．

マージの準備 (kamoの"Multi-merge strategy"ボタン)

以下の処理が行われます．

1. 選択されたデータを，P1の格子でお互いに比較し，等価なものであるかどうかを調べる
2. 等価なもの同士を繋いでいき，グループ分けを行う
3. 各グループごとに，格子対称(格子定数から許される最大の対称性)を調べ，そのサブグループを選択可能な対称性として列挙する
4. 各wedgeごとに推定された対称性の頻度も表示する
5. ユーザがグループ番号と対称性を選択すると，各ファイル(XDS_ASCII.HKL_noscale)をその対称性の格子に変換する(reindexおよび格子定数の変換を行う)．

• 同じ空間群でも異なる格子定数の候補がある場合があるので，頻度の表示(および既知情報があればそれも参考)に注意して選択して下さい．
• XDS_ASCII.HKL_noscaleのファイルはreindexの時上書きされるので，複数の候補を並行して用意することはできません． "into the workdir"にチェックを入れておけば各作業ディレクトリにコピーされるので，複数の候補を試すことが可能です．

6. Index ambiguityが存在するかどうかを調べ，存在する場合はユーザに通知する．

複数結晶に由来するデータのマージ (kamo.multi_merge)

種々のオプションがありますが，基本的な流れは以下のとおりです．

1. 格子定数またはデータ間相関係数を用いて階層的クラスタリングを行い，見つかった各クラスタに対してマージを試みる．
2. 対象ファイルをXSCALEを使ってスケール＆マージ (run_01)
3. bad frameの検出＆除去 (run_02)
4. bad datasetの検出＆除去 (run_03)

データのクラスタリング

BLENDまたはデータセット間CCを用いたクラスタリングが可能です．BLENDについては本家のマニュアル・論文を参照のこと．

clustering=ccとすると，CCを用いたクラスタリングを利用できます．さらに，cc_clustering.b_scale=でWilson-Bによるスケーリングを行うかどうか，cc_clustering.use_normalized=で規格化構造因子を用いるかどうかを選択できます(true/false)． cc_clustering.d_min=でCCの計算に使用する分解能リミットを制限できます．今の方法では，他のすべてのデータと共通反射を持つデータしかクラスタリングに用いることができないため，対称性の低い結晶の場合での使用は現実的ではありません．

bad frameの検出

全データをマージした結果と，各フレーム上強度とのCCを計算し，CCの悪いフレームを捨てる(reject_method=framecc)． デフォルトではrejection.framecc.method=tukey rejection.framecc.iqr_coeff=1.5になっており，Tukeyの基準(1.5*IQR)で悪いフレームを検出する．例えばrejection.framecc.method=abs rejection.framecc.abs_cutoff=0.9とすることで，絶対的な閾値を設定することも可能．

bad datasetの検出

XSCALE.LPの統計値からbad datasetを検出する(reject_method=lpstats)． デフォルトの挙動では，スケールのBとerror modelのbからTukeyの方法でOutlierを検出する(rejection.lpstats.stats=em.b+bfactor rejection.lpstats.iqr_coeff=1.5)．rejection.lpstats.stats=にはpairwise_ccも選択可能である．pairwise_ccはデータセット間のCCを悪くしているデータセットを除くもので，デフォルトでは0.8以下になるデータセットを除くようになっている(rejection.lpstats.pwcc.method=abs rejection.lpstats.pwcc.abs_cutoff=0.8)が，Tukeyの方法を選ぶこともできる.

scaling referenceの選定

主に，最終的なOverall B-factorに影響を及ぼします．XSCALEでは最初に書いたINPUT_FILE=がリファレンスになる仕様ですが，KAMOのデフォルトではxscale.reference=bminになっており，Bが最も小さい，つまり（XSCALEでは）最も分解能に対するfall-offが小さい（高分解能まで強度が出ている）ものをリファレンスにします．

FAQ

KAMO

チェックボックスを1つ1つチェックしていくのが面倒

全部にチェックを入れたいときは"Check all"ボタンを押すと，全部にチェックが入ります． また，1つチェックを入れて，Shiftキーを押しながらもう1つにチェックを入れると，間にあるもの全てにチェックが入ります．

特定のディレクトリだけ処理したい（除きたい）

include_dir=あるいはexclude_dirを使います．複数指定(include_dir=を何度も書く)やリストファイル(*.lst)も指定可能です．

格子定数が既知なのでそれを使って欲しい

KAMOを起動するときに，たとえば

kamo known.unit_cell=10,20,30,90,90,90 known.space_group=p222

という形で格子定数を与えることができます（必ずspace_groupとセットで与えてください）． 格子定数は指数付けの時の事前情報として使われ，また，一致しない場合はデータ処理が行われません． この方法だと全処理対象に対して同じ格子定数を用いますので，複数種類のデータがあるときは気をつけて下さい．

また，格子定数を指定する事によって，かえって結果が悪くなるケースも見られますので，慎重に使って下さい．

ヘッダが間違っているので正しい値を与えたい

該当イメージが存在するディレクトリに，kamo_override.configというファイルを用意すると，処理開始時にそこから情報を読んで使用します．以下の例のように書いて下さい．上書きする必要の無い情報は書かないで下さい．

wavelength= 1
distance= 100
orgx= 2500
orgy= 2500
osc_range= 0.1
rotation_axis= -1 0 0

kamo.multi_merge

精密化に使うためのデータはどこ？

run_03/ccp4/xscale.mtzを使って下さい．run_03/が無いときは，run_*のうち一番数字が大きいディレクトリが最終サイクルです．

report.htmlで樹形図のcompletenessと表の統計値が一致しない

kamo.multi_mergeでは，クラスタリング処理の直後に仮に全てマージされた場合のcompleteness, multiplicityを計算し，その後にrejection込みのマージ処理を行います． よって最初に表示されるcompleteness/multiplicityと，最終結果のcompleteness/multiplicityは，rejectionのために一致しません．

ローカル環境での使用方法

DIALSを利用した環境構築

注: これまでPHENIXの環境を利用することを推奨していましたが，最新機能の一部がDIALSのモジュールを利用するようになったため，今後はDIALSを利用することを推奨します．基本的にはPHENIX環境でも動かせます(以下のDIALSをPHENIXに読み替えてください)．

DIALS/PHENIXにはCCTBXおよびその依存関係が含まれているため，DIALS/PHENIXを利用することで簡単にKAMOを導入できます(CCTBXを手動で導入する必要がありません)．

1. CCP4, R (rjson packageも含め), XDS, Adxv (任意)をインストールする
   • XDS/XDSSTATのインストールはXDSwiki/Installationを参照
   • EIGERデータを処理する場合はH5ToXdsも必要です
   • rjsonは，Rを導入後，Rをインストールしたユーザ(rootまたはソフトウェア管理用のユーザアカウント)で起動し，install.packages("rjson")とタイプすることでインストールできます．サーバを尋ねられた場合は適当に選択します．
2. DIALSをインストールする
3. networkxをdials.pythonから使えるようにする
   1. cd $DIALS/build
   2. ./bin/libtbx.python -mpip install networkx
4. 以下のコマンドを実行する

cd $DIALS/modules
git clone https://github.com/keitaroyam/yamtbx.git
cd $DIALS/build
./bin/libtbx.configure yamtbx

KAMOセットアップ後，

kamo.test_installation

を実行することで必要なパッケージがインストールされているかどうか確認できます．

トラブルシューティング

• scipyのインストールに失敗する（ビルドが始まった場合）
  • Macの場合，Xcodeのバージョンに合ったCommand-line toolsを導入し，gfortranをインストールして再度試す．
  • Linuxの場合はパッケージマネージャ(yum等)でblas-develとlapack-develをインストールして再度試す．
• (Mac) scipyのビルド時にas: I don't understand 'm' flag!というエラーで止まる
  • 上記の方法でgfortranを導入したか確認する．MacPortsを使用している場合は/opt/local/binを環境変数PATHから外してもう一度試す．参考URL. あるいは/usr/local/gfortran/bin/gfortranが優先利用されるようにPATHの設定を見直す．
• (Mac) scipyのビルド時にgcc: error: unrecognized command line option ‘-stdlib=libc++’というエラーで止まる
  • Xcode付属のgccが使われているか確認する(Xcodeおよびcommand-line toolsは導入済みか？他の方法で入れたgccがシステムに無いか)．/usr/bin/g++が使われるようにPATHの設定を見直す．
• DIALS/PHENIX環境を使っているのに，kamo.test_installationでwxPythonがNGになる
  • まずDIALS/PHENIXのGUIがちゃんと立ち上がるか確認してください(dials.image_viewerなど)．Ubuntuの場合，libjpeg62などを導入する必要があるそうです．

KAMOのアップデート

以下の手順で最新版にアップデートできます

1. cd $DIALS/modules/yamtbx
2. git pull
3. $DIALS/build/bin/libtbx.refresh
4. kamo.test_installation

起動

基本的には上記と一緒ですが，イメージファイルをファイルシステムから探すため常にbl=otherを指定してください．

kamo bl=other [batch.sge_pe_name=par]

また，SGEのparallel environment (qsub -pe の後に書く文字列)を上記のように指定して下さい(デフォルト: par)．SGEの環境が無く，ローカルコンピュータのみで動かすときは，

kamo bl=other batch.engine=sh batch.sh_max_jobs=2

として，同時に動かす最大ジョブ数を指定して下さい．

ゴニオメータの回転軸については，ヘッダから取得できない場合，generate_XDS.INPと同様の方法で(つまりヘッダ情報を見て)判断します． 明示的に指示する場合は，reverse_phi=false (or true)やrotation_axis=1,0,0という形で指定してください． あるいはuse_dxtbx=trueを指定すると，dxtbxを使って判断します．

SPring-8以外の場所でオンライン処理を行う方法

この項目はビームラインスタッフ向けの記述です．

SPring-8以外の環境でのオンライン処理に対応するため，KAMOの起動オプションにdataset_paths_txt=を追加しました．このオプションはbl=otherと一緒に指定します． このオプションにはファイル名を指定し，そのテキストファイルは各行にデータセットのテンプレートと開始・終了番号を含みます（カンマ区切り）． 例えば以下のような感じです

# comment line
/hoge/fuga/180730/01/data1_??????.img, 1, 360
/hoge/fuga/180730/02/data2_??????.img, 1, 3600

このようなファイルをデータ収集プログラムに（必ずデータ収集が完了してから）出力してもらえれば，KAMOは実験と並行して処理を進めることが可能です． このテキストファイルはlogwatch_interval=で指定した間隔でチェックされます(デフォルトは30秒)．

つまり例えば上記テキストファイルの名前がdataset_paths.txtだとすると，以下のようにしてKAMOを起動します．

kamo bl=other dataset_paths_txt=dataset_paths.txt logwatch_interval=10

文献

KAMOの引用

以下の論文を引用ください．

• Yamashita, Hirata, and Yamamoto (2018) "KAMO: towards automated data processing for microcrystals." Acta Cryst. D74, 441-449. doi: 10.1107/S2059798318004576.

論文出版前は，当英語版ドキュメントのURL https://github.com/keitaroyam/yamtbx/blob/master/doc/kamo-en.md を引用して頂いていました． 両方引いて頂いても構いません．

また，XDS, DIALS, POINTLESS, BLENDなど一緒に使ったプログラムの文献も引用して頂くようお願いします．

KAMOを利用した研究

1. Lu et al. (2020) "B/N-Doped p-Arylenevinylene Chromophores: Synthesis, Properties, and Microcrystal Electron Crystallographic Study." Journal of the American Chemical Society doi: 10.1021/jacs.0c10337 CCDC: 2033443 Raw data: Zenodo#3909305
2. Xu et al. (2020) "Binding pathway determines norepinephrine selectivity for the human β₁AR over β₂AR" Cell Research doi: 10.1038/s41422-020-00424-2 PDB: 7BVQ 7BU7 7BU6 7BTS
3. Hasegawa et al. (2020) "A unique clade of light-driven proton-pumping rhodopsins evolved in the cyanobacterial lineage" Scientific Reports doi: 10.1038/s41598-020-73606-y PDB: 6LM0 6LM1
4. Tanaka et al. (2020) "Structural basis for unique color tuning mechanism in heliorhodopsin" Biochemical and Biophysical Research Communications doi: 10.1016/j.bbrc.2020.06.124 PDB: 7CLJ Raw data: Zenodo#3871080
5. Endo et al. (2020) "Development of Novel AKR1C3 Inhibitors as New Potential Treatment for Castration-Resistant Prostate Cancer" Journal of Medicinal Chemistry doi: 10.1021/acs.jmedchem.0c00939 PDB: 7C7F 7C7G 7C7H
6. Maeki et al. (2020) "Room-temperature crystallography using a microfluidic protein crystal array device and its application to protein–ligand complex structure analysis" Chemical Science doi: 10.1039/d0sc02117b PDB:
7. Katoh et al. (2020) "Ribosomal synthesis and de novo discovery of bioactive foldamer peptides containing cyclic β-amino acids" Nature Chemistry doi: 10.1038/s41557-020-0525-1 PDB: 6L63
8. Shiimura et al. (2020) "Structure of an antagonist-bound ghrelin receptor reveals possible ghrelin recognition mode" Nature Communications doi: 10.1038/s41467-020-17554-1 PDB: 6KO5 6KS2
9. Yoshiwara et a. (2020) "Crystal structure of bacterial L-arabinose 1-dehydrogenase in complex with L-arabinose and NADP⁺" Biochemical and Biophysical Research Communications doi: 10.1016/j.bbrc.2020.07.071 PDB: 7CGR 7CGQ
10. Tanaka et al. (2020) "Crystal structure of a YeeE/YedE family protein engaged in thiosulfate uptake" Science advances doi: 10.1126/sciadv.aba7637 PDB: 6LEO 6LEP
11. Watanabe et al. (2020) "Biochemical and Structural Characterization of l-2-Keto-3-deoxyarabinonate Dehydratase: A Unique Catalytic Mechanism in the Class I Aldolase Protein Superfamily" Biochemistry doi: 10.1021/acs.biochem.0c00515 PDB: 7C0C 7C0D 7C0E
12. Miyagi et al. (2020) "The discovery of a new antibody for BRIL-fused GPCR structure determinatio" Scientific reports doi: https://doi.org/10.1038/s41598-020-68355-x PDB: 7C61 7C6A
13. Yonemura et al. (2020) "Systematic Evolution of Decoy Molecules for the Highly Efficient Hydroxylation of Benzene and Small Alkanes Catalyzed by Wild-Type Cytochrome P450BM3" ACS Catalysis doi: 10.1021/acscatal.0c01951 PDB:
14. Sugiyama et al. (2020) "Structural comparison of the C-terminal domain of functionally divergent lyssavirus P proteins" Biochemical and Biophysical Research Communications doi: 10.1016/j.bbrc.2020.05.195 PDB: 7C20 7C21
15. Watanabe et al. (2020) "Functional and structural characterization of a novel L-fucose mutarotase involved in non-phosphorylative pathway of L-fucose metabolism" Biochemical and Biophysical Research Communications doi: 10.1016/j.bbrc.2020.05.094 PDB: 7BYU 7BYW
16. Imaizumi et al. (2020) "Crystal structure of chalcone synthase, a key enzyme for isoflavonoid biosynthesis in soybean" Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics doi: 10.1002/prot.25988 PDB: 7BUS 7BUR
17. Jiang et al. (2020) "Structural basis for blocking sugar uptake into the malaria parasite Plasmodium falciparum" Cell doi: 10.1016/j.cell.2020.08.015 PDB: 6M20 6M2L
18. Hamada et al. "Spiro-Conjugated Carbon/Heteroatom-Bridged p-Phenylenevinylenes: Synthesis, Properties, and Microcrystal Electron Crystallographic Analysis of Racemic Solid Solutions." Bulletin of the Chemical Society of Japan doi: 10.1246/bcsj.20200065 CCDC: 1986103 Raw data: Zenodo#3686381
19. Umeda et al. (2020) "Structural insights into tetraspanin CD9 function" Nature Communications doi: 10.1038/s41467-020-15459-7 PDB: 6K4J Raw data: Zenodo#3716303
20. Kitadokoro et al. (2020) "Crystal structure of pathogenic Staphylococcus aureus lipase complex with the anti-obesity drug orlistat" Scientific Reports doi: 10.1038/s41598-020-62427-8 PDB: 6KSI, 6KSL, and 6KSM
21. Minato et al. (2020) "Biochemical and structural characterization of a thermostable Dps protein with His‐type ferroxidase centers and outer metal‐binding sites" FEBS Open Bio doi: 10.1002/2211-5463.12837
22. Wu et al. (2020) "Full-length human GLP-1 receptor structure without orthosteric ligands" Nature communications doi: 10.1038/s41467-020-14934-5 PDB: 6LN2
23. Yamaguchi et al. (2020) "Crystal structure of Drosophila Piwi" Nature Communications doi:10.1038/s41467-020-14687-1 PDB: 6KR6 Raw data: Zenodo#3603539
24. Yoshizawa et al. (2020) "Crystal structures of the cell-division protein FtsZ from Klebsiella pneumoniae and Escherichia coli" Acta Cryst. F doi:10.1107/S2053230X2000076X PDB: 6LL5 6LL6
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44. Tanaka et al. (2018) "Crystal structure of Escherichia coli YidC revealing all core regions, including flexible C2 loop." Biochemical and Biophysical Research Communications doi: 10.1016/j.bbrc.2018.09.043 PDB: 6AL2
45. Shimizu et al. (2018) "GEF mechanism revealed by the structure of SmgGDS-558 and farnesylated RhoA complex and its implication for a chaperone mechanism." PNAS doi: 10.1073/pnas.1804740115 PDB: 5ZHX Raw data: Zenodo#1134209
46. Kim et al. (2018) "Crystal structure of the natural anion-conducting channelrhodopsin GtACR1." Nature doi: 10.1038/s41586-018-0511-6 PDB: 6CSM Raw data and processing note: link
47. Kato et al. (2018) "Structural mechanisms of selectivity and gating in anion channelrhodopsins." Nature doi: 10.1038/s41586-018-0504-5 PDB: 6CSN 6CSO Raw data and processing note: link
48. Ganasen et al. (2018) "Structural basis for promotion of duodenal iron absorption by enteric ferric reductase with ascorbate." Communications Biology doi: 10.1038/s42003-018-0121-8 PDB: 5ZLE 5ZLG Raw data and processing note: link
49. Maestre-Reyna et al. (2018) "Twist and turn: a revised structural view on the unpaired bubble of class II CPD photolyase in complex with damaged DNA." IUCrJ doi: 10.1107/S205225251800996X PDB: 5ZCW
50. Franz et al. (2018) "Structure of the bifunctional cryptochrome aCRY from Chlamydomonas reinhardtii." Nucleic Acids Research doi: 10.1093/nar/gky621 PDB: 5ZM0
51. Asada et al. (2018) "Crystal structure of the human angiotensin II type 2 receptor bound to an angiotensin II analog." Nature Structural & Molecular Biology doi: 10.1038/s41594-018-0079-8 PDB: 5XJM
52. Tsuyuguchi et al. (2018) "Crystal structures of human CK2α2 in new crystal forms arising from a subtle difference in salt concentration." Acta Cryst. F doi: 10.1107/S2053230X18005204 PDB: 5Y9M
53. Furukawa et al. (2018) "Remote Coupled Drastic β-Barrel to β-Sheet Transition of the Protein Translocation Motor." Structure doi: 10.1016/j.str.2018.01.002 PDB: 5YHF
54. Negishi et al. (2018) "Supramolecular protein cages constructed from a crystalline protein matrix." Chemical Communications doi: 10.1039/C7CC08689J PDB: 5YR1 5YR9 5YRA 5YRB 5YRC 5YRD Raw data: Zenodo#1470889
55. Hori et al. (2018) "Na⁺-mimicking ligands stabilize the inactive state of leukotriene B₄ receptor BLT1." Nature Chemical Biology doi: 10.1038/nchembio.2547 PDB: 5X33 Raw data and processing note: link
56. Suno et al. (2018) "Crystal Structures of Human Orexin 2 Receptor Bound to the Subtype-Selective Antagonist EMPA." Structure doi: 10.1016/j.str.2017.11.005 PDB: 5WQC Raw data and processing note: link
57. Miyauchi et al. (2017) "Structural basis for xenobiotic extrusion by eukaryotic MATE transporter." Nature Communications doi: 10.1038/s41467-017-01541-0 PDB: 5Y50 Raw data and processing note: link
58. Abe et al. (2017) "Structure of in cell protein crystals containing organometallic complexes." Phys. Chem. Chem. Phys. doi: 10.1039/C7CP06651A PDB: 5YHA 5YHB Raw data: Zenodo#1470891
59. Lee et al. (2017) "Structure of the triose-phosphate/phosphate translocator reveals the basis of substrate specificity." Nature Plants doi: 10.1038/s41477-017-0022-8 PDB: 5Y78 5Y79 Raw data and processing note: link
60. Tanaka et al. (2017) "Crystal Structure of a Plant Multidrug and Toxic Compound Extrusion Family Protein." Structure doi: 10.1016/j.str.2017.07.009 PDB: 5XJJ
61. Shihoya et al. (2017) "X-ray structures of endothelin ET_B receptor bound to clinical antagonist bosentan and its analog." Nature Structural & Molecular Biology doi: 10.1038/nsmb.3450 PDB: 5XPR 5X93 Raw data and processing note: link
62. Taniguchi et al. (2017) "Structural insights into ligand recognition by the lysophosphatidic acid receptor LPA₆." Nature doi: 10.1038/nature23448 PDB: 5XSZ Raw data and processing note: link
63. Abe et al. (2017) "Crystal Engineering of Self-Assembled Porous Protein Materials in Living Cells." ACS Nano doi: 10.1021/acsnano.6b06099 PDB: 5GQM 5GQN Raw data and processing note: link

バージョン履歴

日付はGitHub公開時

• 2022-03-27
  • Python 3とSlurmに対応
  • kamo.multi_merge: 無限ループバグを修正
• 2021-05-18
  • KAMO: DIALS >=2をサポート
• 2021-04-27
  • インストール方法を修正 (networkxとpython 2関係)
  • networkx 2.2 (python 2用の最新版)に対応
  • KAMO: include_dirに起動時に存在しないディレクトリを書けるように修正
• 2020-01-06
  • XDS BUILT=20191015への対応 (SNRC= パラメータが導入され，XSCALEではMINIMUM_I/SIGMA=が廃止)
  • kamo.multi_prep_merging: GUIのMulti-mergeボタンの機能をコマンド化
  • KAMO: multi trigger dataに対してsplit_data_by_deg オプションが指定されたとき正しく動作してなかったバグを修正
• 2019-10-05
  • kamo.auto_multi_merge: filtering.choice=cell 指定時に実際は除外されてなかった(indexing ambiguityがある場合を除く)バグを修正
  • KAMO: SLS Eiger2 の試験的サポート(use_dxtbx=true の指定およびdials 1.14.12以降が必要)
• 2019-09-05
  • KAMO: 1枚目がほぼゼロカウントのときDATA_RANGE=を変更 (EIGERトラブル対処)
  • KAMO: dataset_paths_txtモードをデフォルトに．
  • kamo.multi_merge: cc_clustering選択時の樹形図サイズを制限
  • kamo.auto_multi_merge: 指定されたreference symmetryに合うグループを自動選択
• 2019-06-17
  • kamo.multi_merge: bfactorによるrejectionのバグを修正 (reported by Dr. Shimamura)
  • kamo.auto_multi_merge: 格子定数ベースのフィルタリングオプションを追加 (filtering.choice=cell)
  • KAMO: dataset_paths_txt=で指定するファイルでコメント行(#はじまり)を許容．
  • KAMO: EIGER or PILATUSのときXDS.INPでSEPMIN=4 CLUSTER_RADIUS=2をデフォルトで設定.
• 2019-05-20
  • kamo.test_installation: 新しいxdsstatに対応
  • KAMO: スポット数プロットのバグ修正，scan_varyingオプションのサポート(DIALS)，BL45XUのオンライン使用のサポート
• 2019-03-02
  • kamo.auto_multi_merge: 格子定数・対称性を指定可能に
  • kamo.test_installation: dxtbxのEIGER対応の仕方が変わったため修正(cctbx#282)
• 2018-07-30
  • KAMO: SP8以外の施設でのオンライン処理に対応するため，dataset_paths_txt=オプションを追加．
• 2018-05-22
  • kamo.test_installation: 2018-04-25の更新によるバグを修正(Numpy 1.11以前でも動くように)
  • マージ準備ルーチンのバグを修正
• 2018-04-25
  • 論文公開にあわせてドキュメントを更新
  • kamo.test_installation: H5ToXdsの実行テストを追加
• 2018-02-22
  • kamo.multi_merge: cc_clustering.min_common_refs= オプションを追加(共通反射数の最小値を設定．下回るデータは除外されます)
  • CC_1/2 vs resolutionのカーブフィッティングのパラメータを改善
  • LCV計算におけるバグを修正
• 2018-01-30
  • KAMO: XDS Nov 11, 2017 (BUILT=20171218)のサポートを追加 (このバージョンから精密化に失敗した際にGXPARM.XDSが生成されない)
  • kamo.multi_prep_merging: formerge.lst等でファイル名がソートされるようにした
  • kamo.multi_merge: cc_clusteringにおけるエラー処理と樹形図サイズの設定を改善
• 2017-12-26
  • KAMO: マージ用スクリプトのデフォルト設定を変更．rejectionをb+Bに．filter_cell.Rのバグを修正．
  • kamo.multi_merge: cc_clusteringでRでは無くSciPyを利用するように変更(SciPy >=0.18.1が必要)．共通反射数が3未満の場合はデータを除外．クラスタリングの方法を選択可能に．
  • kamo.multi_merge: resolution.estimate=をデフォルトでTrueに．また分解能を実際に切るのでは無く，CC_1/2 vs d^-2のカーブフィッティングの結果からカットオフを推定するように挙動を変更．
• 2017-12-03
  • kamo.multi_merge cc_clustering時の重大なバグを修正 (共通反射が少ないために除外されるデータが存在する場合に正しく動作していなかった; 特に対称性の低い空間群ではよく起こる)．また，意図していなかったが実質的にはsqrt(1-cc)でWard法を実行していた事を報告します(実際にはsqrt(2-2cc)は距離としての意味を持つので，これは正しい取扱でした)．
  • kamo.multi_merge: 異方性分析に関するバグ修正．
  • kamo.auto_multi_merge: postrefine=パラメータをcell_method=に名称変更．コード整理．
  • KAMO: batch.engine=sgeが指定されているがqsubが利用できない場合に分かりやすいメッセージを表示．batch.sh_max_jobs=Autoをデフォルトに.
  • KAMO: logger登録時のバグを修正 (例外が無視されてしまい，何が悪いのか気づけなかった)．
• 2017-11-02
  • KAMO: 空間群の選択方法を変更 (既知の格子が与えられている場合はスケーリングでそれを必ず使用．未知の場合はPointlessのProbabilityに基づいて選択). GUI起動時に既知格子の値をチェック．HTML reportのバグ修正．
  • kamo.multi_merge: frame_ccを元のファイルでは無くxscale.hklを用いて計算するように変更
  • kamo.multi_merge: Pointlessの空間群がreference settingになっていない場合のバグを修正
  • kamo.auto_multi_merge: batch.engine=sh時に動かなかったバグを修正．分解能決定のステップを細かく．
  • kamo.resolve_indexing_ambiguity: 異常なファイルが含まれている場合に警告を表示．無視するオプションを追加．
• 2017-10-12
  • kamo: XDSがexpireしている場合に警告を表示
  • kamo.multi_merge: d_max=の指定が動くように修正
  • kamo.auto_multi_merge: コマンドスクリプトをコミットし忘れてました
• 2017-09-30
  • kamo.multi_merge: summary, report html等でXSCALE.LPからR値,Completenessを読む際に小数点以下が捨てられていたバグを修正
  • kamo.multi_merge: Pointlessの実行時間を短縮 (xscale.hklを予めP1でマージして螺旋判定)，全体の実行時間をログに記録
  • KAMO: known.method=オプションにcorrect_onlyを追加 (CORRECT時にのみ指定した格子定数・対称性を使用．xds.repeat>1時に有用かも)
  • kamo.resolve_indexing_ambiguity: reference-based modeで結果の表示法を変更 (selective-breedingと同じに)
• 2017-08-31
  • kamo.multi_merge: 異方性分析の結果をHTMLレポートに追加．Anisoカラムを廃止して最良／最悪の軸沿いの分解能を表示．
  • kamo.multi_merge: degrees_per_batch=パラメータを追加(frames_per_batch=の角度量版)
  • kamo.multi_merge: cc_clustering時にCCの平均・最小値を表示
  • kamo.auto_multi_merge: root_dirをCSVの非必須パラメータに(datadir=引数でグローバル設定可能)
  • kamo.auto_multi_merge: 最良結果を最終runのみから選択するように変更．基準にOverall CC1/2に加えてOutershell CC1/2も使用．
• 2017-07-22
  • MarCCDの拡張子なし形式(hoge.0001など)に対応
• 2017-07-20
  • (new) kamo.multi_determine_symmetry: 複数の(small wedge)データから空間群(点群対称のみ)を推定するプログラムを追加
  • KAMO: 既知格子定数の使い方を指定するknown.method=オプションを追加 (デフォルトはnot_use_firstで先ず事前情報無しで指数付け．use_firstを指定すると最初から使用)
  • KAMO: マージ準備時に指定した格子定数にreindexしたHKLファイルをマージ用のディレクトリ以下にコピーするオプションを追加(デフォルトでON)
  • KAMO: ADSC検出器のビームセンターの読み取り方やreverse phiかどうかをヘッダ情報から判断するように変更 (デフォルトでON)
  • KAMO: (experimental) use_dxtbx=オプションを追加．trueを指定するとdxtbxを使ってビーム・ゴニオメータ・検出器のジオメトリを取得．
  • KAMO: 動作ログを作業ディレクトリにも保存するように変更．log_root=オプションの指定は任意．
  • GUIを軽量化 (ジョブ状況取得でGUIをブロックしないように変更; 格子定数によるデータのグループ化をバックグラウンドで進行)
  • kamo.resolve_indexing_ambiguity: selective breedingで並列計算を実装(nproc>1)
  • 各プログラムで基本的にmax_delta=5をデフォルトに設定
  • filter_cell.Rでplotを出力
• 2017-05-24
  • 2017-03-10の修正に含まれていたバグを修正(batchjob実行時の環境変数コピー)
• 2017-05-23
  • KAMO: DIALSのサポート(engine=dials)
  • KAMO: multi-merge準備作業の並列化，DIALSでjoint refinementを行うためのファイル出力オプションを追加(DIALS環境へ組み込まれていることが必要)．
  • kamo.multi_merge: 異方性分析のバグ修正
• 2017-04-19
  • KAMO: eiger2cbfで作成されたCBFファイルのサポートを追加．ビームラインでのオンライン処理時にEiger h5ファイルのダウンロードを待つように修正+minisetサポートを追加．
• 2017-03-24
  • kamo.test_installation: XDS.INPのある場所で実行すると走り出してしまう問題を回避．H5ToXdsのテストを追加．
  • KAMO: Multi-merge strategy開始時にP1 cellをCORRECT.LP_noscaleから読むように変更
• 2017-03-10
  • KAMO: 新しいMac (El Capitan以降)でローカル実行できなかった問題を修正.
• 2017-02-16
  • yamtbx.xds_aniso_analysis: 強度の異方性分析のプログラムを追加．kamo.multi_merge内でも実行．
  • KAMO: nprocからDELPHI=を決める際のバグを修正
  • kamo.resolve_indexing_ambiguity: selective-breedingにおけるバグを修正(少数のファイルの時に失敗する場合があった)
  • kamo.multi_merge: add_test_flag=trueのときに同一のテストセットを全結果に対して与えるように変更
• 2017-02-02
  • kamo.auto_multi_mergeを追加（テスト中）．複数サンプルのデータを同時にマージ
  • kamo.multi_merge reference.data= (test flagをコピー), resolution.estimate= (高分解能カットオフを自動決定)のオプションを追加．Pointlessを使用して螺旋を決定
  • kamo: blconfig= を複数指定可に．mode=を両方(zoo+normal)指定可に．
• 2017-01-18
  • yamtbx.beam_direction_plot: 複合格子の場合におかしくなるバグを修正
• 2016-12-26
  • kamo.multi_merge: space_group= オプションを追加(マージ時に使用)．指定がない場合Pointlessの結果をmtzに反映
  • kamo.multi_merge: 出力MTZにMULTIPLICITYカラムを追加
  • qsubするスクリプトの先頭でcdするように変更(bashrcなどでcdしている場合に，適切にcdされなかったバグを修正)
• 2016-12-06
  • GUI: exclude_ice_resolutions=オプションを追加．プロットがMacで更新されないバグを修正
  • XSCALE実行後の処理を高速化(ファイル名の置換)
  • kamo.resolve_indexing_ambiguity: reference_label=が与えられてない場合にクラッシュするバグを修正
  • kamo.test_installation: Adxvのチェックを追加
• 2016-10-05
  • auto_frame_exclude_spot_based=オプションを追加．最初と最後でセンタリングが外れているなど反射が写っていないフレームを含むデータに有効（かも）．
• 2016-07-18
  • XDS/XSCALE実行時にRAMディスクまたは一時ディレクトリを使用するオプションを追加(デフォルト)
  • 対称性でグルーピングする際，頻度計算に格子定数も考慮するよう変更（同じ空間群で異なるa,b,cがある場合に区別される）
  • OSX (phenix-1.10.1環境下?)におけるバグ（Multi mergeでProceedしても先に進まない）を修正
  • KAMOのHTML report作成の軽微なバグを修正
  • 非SGE環境でkamo.multi_mergeが実行できないバグを修正
  • LCVとaLCVを実際にマージされた結晶の格子定数から計算するように変更
  • phenix.xtriageのログのパースを修正．Anisotropyをmax(B_cart)-min(B_cart)と定義．