Improve GitHub workflow

labgem · Jun 7, 2024 · 1516f12 · 1516f12
1 parent b5b0e4d
commit 1516f12
Showing 1 changed file with 6 additions and 4 deletions.
diff --git a/.github/workflows/main.yml b/.github/workflows/main.yml
@@ -95,12 +95,12 @@ jobs:
         ppanggolin write_pangenome -p stepbystep/pangenome.h5 --output stepbystep -f --soft_core 0.9 --dup_margin 0.06  --gexf --light_gexf --csv --Rtab --stats --partitions --compress --json --spots --regions --borders --families_tsv --cpu 1 
         ppanggolin write_genomes  -p stepbystep/pangenome.h5 --output stepbystep -f --fasta genomes.fasta.list --gff --proksee --table
         ppanggolin fasta -p stepbystep/pangenome.h5 --output stepbystep -f --prot_families all --gene_families shell --regions all --fasta genomes.fasta.list
-        ppanggolin fasta -p stepbystep/pangenome.h5 --output stepbystep -f --prot_families rgp --gene_families rgp 
+        ppanggolin fasta -p stepbystep/pangenome.h5 --output stepbystep -f --prot_families rgp --gene_families rgp --compress 
         ppanggolin fasta -p stepbystep/pangenome.h5 --output stepbystep -f --prot_families softcore --gene_families softcore 
         ppanggolin fasta -p stepbystep/pangenome.h5 --output stepbystep -f --prot_families module_0
-        ppanggolin fasta -p stepbystep/pangenome.h5 --output stepbystep -f --prot_families core
-        ppanggolin fasta -p stepbystep/pangenome.h5 --output stepbystep -f --gene_families module_0 --genes module_0
-        ppanggolin fasta -p stepbystep/pangenome.h5 --output stepbystep -f --proteins cloud --cpu $NUM_CPUS --keep_tmp 
+        ppanggolin fasta -p stepbystep/pangenome.h5 --output stepbystep -f --genes core --proteins cloud
+        ppanggolin fasta -p stepbystep/pangenome.h5 --output stepbystep -f --gene_families module_0 --genes module_0 --compress
+        ppanggolin fasta -p stepbystep/pangenome.h5 --output stepbystep -f --proteins cloud --cpu $NUM_CPUS --keep_tmp --compress
 
         ppanggolin draw -p stepbystep/pangenome.h5 --draw_spots --spots all -o stepbystep -f
         ppanggolin metrics -p stepbystep/pangenome.h5 --genome_fluidity --no_print_info --recompute_metrics --log metrics.log
@@ -180,6 +180,8 @@ jobs:
         head genomes.gbff.list | sed 's/^/input_genome_/g' > genomes.gbff.head.list
         ppanggolin projection --pangenome stepbystep/pangenome.h5  -o projection_from_list_of_gbff --anno genomes.gbff.head.list --gff --proksee --cpu $NUM_CPUS
 
+        head genomes.fasta.list | sed 's/^/input_genome_/g' > genomes.fasta.head.list
+        ppanggolin projection --pangenome myannopang/pangenome.h5  -o projection_from_list_of_fasta --fasta genomes.fasta.head.list --gff --proksee --cpu $NUM_CPUS
 
         ppanggolin projection --pangenome mybasicpangenome/pangenome.h5  -o projection_from_single_fasta \
                               --genome_name chlam_A --fasta FASTA/GCF_002776845.1_ASM277684v1_genomic.fna.gz \