Générer un masque là ou les fluorescence se croisent

[madgtroy1]

No description provided.

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Questions à poser :

• Au dessus d'un seuil ?
• Là où cela ce superpose ? (quand pixel à une valeur au même indice) ?

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Questions à poser :

* Au dessus d'un seuil ?

* Là où cela ce superpose ? (quand pixel à une valeur au même indice) ?

Pour #3: Il y aurait plusieurs façons d'analyser la fluo pour trouver les zones où il y a recoupement. Par exemple, on pourrait

• Calculer la corrélation croisée normalisée voxel-par-voxel entre fluo1 et fluo2 et trouver les voxels intéressants an appliquant un seuil sur le résultat
• Boucle sur chaque région du cerveau dans le atlas du Allen, et définir la région comme un ROI si elle contient une densité élevée de fluo pour fluo1 et fluo2 (je crois qu'on peut faire ça avec les unionized structures du AllenSDK)

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Questions à poser :

* Au dessus d'un seuil ?

* Là où cela ce superpose ? (quand pixel à une valeur au même indice) ?

Pour #3: Il y aurait plusieurs façons d'analyser la fluo pour trouver les zones où il y a recoupement. Par exemple, on pourrait

* Calculer la corrélation croisée normalisée voxel-par-voxel entre fluo1 et fluo2 et trouver les voxels intéressants an appliquant un seuil sur le résultat

* Boucle sur chaque région du cerveau dans le atlas du Allen, et définir la région comme un ROI si elle contient une densité élevée de fluo pour fluo1 et fluo2 (je crois qu'on peut faire ça avec les unionized structures du AllenSDK)

A revoir :

• Forme du masque en sortie (doit être binaire) et pas coupé
• combiner les tableaux séparés initialement (optional, pour optimiser)

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Debuger le fait que les indices sont décalés et qu'une région apparaisse 2 fois.

[madgtroy1]

attention signification threshold, si une couleur domine ça enregistre quand même