生物種 NCBI Taxon ID 活用

Fumihiro Kato edited this page Jul 16, 2015 · 1 revision

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課題

https://docs.google.com/spreadsheet/ccc?key=0ArhAq0ffKFledDZXMXhiUWN1cE9TMUw3Q3ctT29aMHc

SPARQL例はこちら

Ncbi taxon id を使った検索拡張など

LODAC SPECIES を使った変換

基本操作

- NCBI IDをいれると学名を返す

- NCBI IDをいれると共通名を返す

- NCBI IDをいれると全ての学名(別名を含む)、共通名を返す

- 学名をいれると、NCBI IDを返す

- 共通名をいれると、NCBI IDを返す

階層操作

- NCBI IDをいれると、全ての下位taxonのIDを返す

- NCBI IDをいれると、一つ上位のtaxonのIDを返す

- NCBI IDをいれると、兄弟taxonのIDを返す

MEDALSのメタデータ検索

http://medals.jp/list/list_alldb/all にあるメタデータを検索する。

たとえば http://medals.jp/list/detail/77 にある「生物種」プロパティの値

Archaeoglobus fulgidus [Taxonomy_id: 2234, アーケオグロブス・フルギダス]
Pyrococcus sp. OT3 [Taxonomy_id: 70601]
Thermoplasma volcanium GSS1 [Taxonomy_id: 273116]

の部分検索対象とする。

ところこでこのメタデータはダウンロードできるのか?

実は、MEDALSのデータはintegbio.jpに含まれているようである。 したがって、下のintegbio.jpだけを対象にすればいいのかな。

- NCBI IDを指定すると、それを含むDB一覧をつくる

- NCBI IDを指定すると、それ自身あるいはそれの全ての下位タクソンを含むDB一覧をつくる

- NCBI IDを指定すると、その一つ上位タクソンの全ての下位タクソンを含むDB一覧をつくる

- 学名を指定すると、それを含むDB一覧をつくる

- 学名を指定すると、それ自身あるいはそれの全ての下位タクソンを含むDB一覧をつくる

- 学名を指定すると、その一つ上位タクソンの全ての下位タクソンを含むDB一覧をつくる

- 和名を指定すると、それを含むDB一覧をつくる

- 和名を指定すると、それ自身あるいはそれの全ての下位タクソンを含むDB一覧をつくる

- 和名を指定すると、その一つ上位タクソンの全ての下位タクソンを含むDB一覧をつくる

Integbioデータベース検索での利用

http://togodb.dbcls.jp/integbio_dbcatalog

たとえば http://togodb.dbcls.jp/integbio_dbcatalog/show/NBDC00008 にある「生物種」

Felis catus/9685;Gallus gallus/9031;Bos taurus/9913;Cervus elaphus/9860;Anas platyrhynchos/8839;Equus caballus/9796;Sus scrofa/9823;Coturnix japonica/93934;Salmo salar/8030;Dicentrarchus labrax/13489;Ovis aries/9940;Meleagris gallopavo/9103

を検索する。

これもこのデータはダウンロードできるのか?

やりたいことは、MEDALSと同じ。

統合検索での利用

http://biosciencedbc.jp/dbsearch/index.php

これはキーワード検索なので、基本は cinii x lodac と同じ。

- 共通名で入力すると、学名で検索する

- 学名で入力すると、共通名で検索する

- 学名で入力すると、synonym学名全てで検索する

- NCBI IDで入力すると、学名で検索する。

- 学名で入力すると、自分と全ての下位タクソンの学名でOR検索する

- 共通名で入力すると、自分と全ての下位タクソンの学名でOR検索する

- 学名で入力すると、自分と全ての下位タクソンの共通名でOR検索する

- NCBI IDで入力すると、自分と全ての下位タクソンの学名でOR検索する

- 学名で入力すると、一つ上位のタクソンの学名で検索する

- 共通名で入力すると、一つ上位のタクソンの学名で検索する

- 学名で入力すると、一つ上位のタクソンの共通名で検索する

- NCBI IDで入力すると、一つ上位のタクソンの学名で検索する

- 学名で入力すると、全ての兄弟タクソンの学名でOR検索する

- 共通名で入力すると、全ての兄弟タクソンの学名でOR検索する

- 学名で入力すると、全ての兄弟タクソンの共通名でOR検索する

- NCBI IDで入力すると、全ての兄弟タクソンの学名でOR検索する

- 学名で入力すると、一つ上位のタクソンの全ての下位タクソンの学名でOR検索する

- 共通名で入力すると、一つ上位のタクソンの全ての下位タクソンの学名でOR検索する

- 学名で入力すると、一つ上位のタクソンの全ての下位タクソンの和名でOR検索する

- NCBI IDで入力すると、一つ上位のタクソンの全ての下位タクソンの学名でOR検索する

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