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Fumihiro Kato edited this page Jul 16, 2015 · 1 revision

Table of Contents

国内の様々なDBからリンクされたい、したい

  • 日本産昆虫学名和名辞書(DJI)
http://konchudb.agr.agr.kyushu-u.ac.jp/dji/index-j.html
  • 昆虫学文献データベース(KONCHUR)
http://konchudb.agr.agr.kyushu-u.ac.jp/konchur/index-j.html
  • Asian Insect Information Center (AIIC) ==
http://aiic.jp/
  • 農環研の昆虫データベース統合インベントリーシステム
http://insect.niaes.affrc.go.jp/

http://insect.niaes.affrc.go.jp/insectWeb/LinkDetail.do?categoryId=BB00006567

そとのDBからLODAC をさしてもらうには

  • 種名の揺らぎをどうするか
    • アルファベット以外があるとシステムごとに扱いが違ったりする
    • 植物だと著者indexがある。これがあれば著者部分は正規化できる
International Plant Names Index

http://www.ipni.org/ipni/authorsearchpage.do

    • といてもLinneでも二つでる ん?
http://www.ipni.org/ipni/advAuthorSearch.do?find_forename=&find_surname=Linn%C3%A9&find_abbreviation=&find_isoCountry=&output_format=normal&back_page=authorsearch&query_type=by_query

http://www.ipni.org/ipni/idAuthorSearch.do?id=12653-1

http://www.ipni.org/ipni/idAuthorSearch.do?id=22405-1

  • だが動物は難しいらしい
  • 一つの種に沢山の名前がBDLSにはあるが、それはそれでいい。そとからもそのどれかにリンクしてもらえればよい。
  • かわりにBDLS内で同じと思われる種名をskos:closeMatachのようなpredicate
でつないでおく。また簡便のためそのグループの代表となる名前をひとつ定める。
  • これをTaxaMatchでできるか。論文を読んで確認==

LODACからGBIFにリンクを張るにはどうしたらよいか?

  • BIFのDBをダウンロードすればよい。種・亜種とGBIF URIの関係がわかる。
Catalogue of Life: 2011 Annual Checklist http://data.gbif.org/datasets/provider/2
  • 各種・亜種には上位タクソンもついているが、これはstringでURIはない。
  • 上位タクソンは別のCatologue of Lifeからの別のDBにあるはず
BIF自体が使っている分類情報は別にありました(神保)

GBIF Backbone Taxonomy - GBIF Portal

http://data.gbif.org/datasets/resource/1/

このbackbone taxonomyのデータセットがどのように作られたのか、どのように標本の種名とassignしているのか、については、ぼくの方では情報を持っておりません。調べてみます。
  • だから、分野ごとに個別のDBと上位タクソンのDBを両方いれないといけない。
  • まずは蝶類のDBをやる。とりあえずDBLSにあるかどうかは関係なく、全部いれてみる
Global Butterfly Information System http://data.gbif.org/datasets/resource/1588

武田の理解したGBIFにあるタクソン情報の管理方法

  • 分野ごとのDBをCatalogue of Lifeに登録する。
    • このときに上位タクソンのすりあわせを行う?
    • このときにGlobally unique identifierが決まる?
  • CoLからGBIFへDBの登録・アップデート?
    • このときにURI(ID)が決まる?それとも事前にCoLが分野ごとにID範囲みたいなものを用意して、分野ごとのDBですきにはれるようにしてある?

wiki的環境をつくるには

  • datawiki, ontowiki?
  • ontowikiはwiki的にRDFを追加したり修正したりできるもの。RDFが分かる人向け。いわゆる人間がわかりすいようなwiki pageがあるわけではない
  • うらにRDF Storeがあれば大規模でもいけるのでは
  • でもこれはRDF操作環境としてはいいかも。
  • ただし、LODACのようなまだ構造が流動的なものにそれをすると、あとでデータの総入れ替えみたいなものができなくなるので、それは注意。
  • 美術館データはだいぶ固まってきたので、これで多くの人に修正してもらうとかありかな。
  • あとバックリンクを取り組む仕組みがあるようだ。これを使えば、外からリンクで飛んできたものから、その逆リンクをつけることができそう

3月の研究会

  • 加藤さん概要
  • BDLSとSPEICES、現在は分離しているがどうしようか?それを研究会で問うの
もよい。