Prior to running Gnuid!

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Install mpich2 
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Install PETSc
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Download libMesh 0.8.0 at sourceforge

Install libMesh with PETSc support
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Set the LIBMESH_DIR in the Gnuid Makefile to link your libMesh installation 
run make

Go to the syphon directory for an example  
run 
mpiexec -n <number_of_processes> ../gnuid-opt ./ 

common solver options 
-ksp_gmres_restart <number_of_krylov_spaces(default 30, 60 or more for large scale simulations)> 

common preconditioner options
if <number_of_processes> is big use -pc_type asm -pc_asm_overlap <default 1, use 2 or 3>

for example
mpiexec -n 32 ../gnuid-opt ./ -ksp_gmres_restart 60 -pc_type asm -pc_asm_overlap 2
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The following paper describes in detail the Gnuid temporal and spatial discretization 
L. Botti, D. A. Di Pietro. A pressure-correction scheme for convection-dominated incompressible flows with discontinuous velocity and continuous pressure. Journal of Computational Physics, 230(3): 572-585, 2011.