Calcolo dell'indice di riproduzione R_t del Covid-19

Riportiamo qui i materiali didattici accessori collegati alla pagina presente in www.lorenzoroi.net e relativa al calcolo dell'indice R_t del Covid-19.

I supporti didattici sono costituiti da

• un foglio di calcolo Excel, nuoviPositivi-IT.xlsx dove seguendo il diagramma di flusso presente nella pagina di riferimento, si riportano formule, calcoli e rappresentazioni grafiche associati a tutti i parametri coinvolti.

• Seguono quindi cinque notebook di Jupyter ciascuno dei quali ha per obiettivi,

  • prelevaRinomina.ipynb preleva dal repository Dipartimento della Protezione Civile DPC Covid-19 i file di dati necessari ai successivi quattro notebook e li rinomina coerentemente alla data di prelievo;
  • medieMobiliNuoviPositivi.ipynb sulla base dei due file prelevati con il precedente notebook, rappresenta i dati giornalieri dei nuovi positivi ed esegue, di questi, due medie mobili di 7 e 14 giorni;
  • tassoCrescitaLambda.ipynb calcola il tasso di crescita λ tramite una regressione lineare, esegue una sua media mobile e ne rappresenta l'andamento;
  • indiceRiproduzioneRt.ipynb calcola l'indice di riproduzione sulla base di una stima del tempo di generazione e del parametro λ, esegue una sua media mobile e rappresenta i risultati assieme, eventualmente, agli intervalli di confidenza;
  • indiceRt-30giorni.ipynb calcola l'indice di riproduzione e gli intervalli di confidenza degli ultimi 30 giorni e li riporta in forma numerica a video.

Consultazione

Nel caso si intenda visualizzare solo il contenuto dei cinque notebook avviare Nbviewer con il pulsante sottostante.

Sperimentazione

Se invece si vuole sperimentare online in modo interattivo con i notebook lanciare Binder.

In alternativa al prelievo dei dati più recenti dal repository del DPC tramite il notebook prelevaRinomina.ipynb, si può comunque iniziare la sperimentazione con i due file di dati già presenti nella cartella e relativi alla data ISO 20211002.

In ogni caso il caricamento sul server di Binder dell'intero ambiente richiede, per poter iniziare l'elaborazione, alcuni minuti di attesa.

Lorenzo Roi