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Getting Started

0) 预修课程准备

  1. 基本生物课程: 如《遗传学》和/或《分子生物学》
  2. 基本统计课程: 如《概率论》和/或《生物统计》
  3. 基本数学课程: 如《微积分》和《线性代数》
  4. 基本计算机课程:如《C语言》或《python》

1) GitHub & MarkDown - Document your work

GitHub 是一个源代码托管平台。

  • 我们鼓励学生在 GitHub 上建立自己的仓库(repo)来托管项目,并添加好 README.md ,使用下文介绍的 Markdown 语言来解释你的工作。
  • 我们也推荐有经验的读者用Git管理自己的代码,可以看这个简易Git教程
  • 在这里还可以找到海量的优秀开源项目代码,共同碰撞出思维的火花,实现 Social Coding。

Markdown 是一种通用标记语言,其语法远比 LaTeX 简洁,易于上手,使得用户能专心于写作,而不会被排版分心。

  • 我们建议在Linux里每个重要工作目录都用这个语言来编辑一个README.md文件。
  • md可以生成 HTML 文件发布在网站上。
  • md也可以生成 PDF,具有很高的兼容性。

实例有:

我们鼓励利用github,github自带的wiki,gitbook,清华云等云服务;对习惯离线编辑同学有如下软件推荐: Mac: typora, Bear, MWeb; Windows: typora, Madoko

Markdown Syntax | Excel Table to Markdown | Paste to Markdown

2) 本教程使用说明

  • 除非特殊说明,本章中的命令均是在自己电脑的 Terminal (终端)程序中进行。

特别注意: 在Linux中空格有着专门�的意义,所以要特别关注教程中列出的命令行中的空格符,不可以省略空格,否则Terminal里的命令会无法正确执行。

  • 后面每一章的操作都在 Docker 中的一个独立的目录(位于用户家目录/home/test下)中进行,我们称其为章节目录

例如, GSEA 这一章中提到 “以下操作均在 gsea/ 目录下进行。”,指的就是在 /home/test/gsea 下进行该章所有操作,所有相对目录均是相对于该目录。

3) Homework

  1. 注册一个GitHub账户,创建一个repo(仓库),写好README.md。尝试使用Git(初学者可以用github的桌面版软件)管理自己的代码并同步GitHub云端和本地文件。
  2. 尝试使用Markdown语言,熟悉其语法, 利用Markdown语言和github page功能写一个自己的网页,例如: https://lulab.github.io

4) Learning Materials

see more learning materials in Appendix I. Keep Learning

休息一会

Craig Venter & Francis Collins 人类基因组计划竞赛的故事

2000年6月26日,美国总统Clinton等六国领导人共同宣布人类基因组计划的草图完成。在新闻发布会现场,站在Clinton身侧的两位“科研明星”分别是人类基因组计划的官方领导人Collins和Celera 公司的领导人Venter。

此后,这两个人还共同出现在《时代》杂志的封面上。作为一个民间团体,并且是一个饱受争议的民间团体的领导人,Venter能够获得和政府资助的Collins平起平坐的机会。不论围绕在他身上的争议如何,正是由于他引发的这场“科研竞赛”,使原本预计 15年才能完成的计划,整整提前3年即告完成。

Francis Collins和Craig Venter两位杰出科学家身上的标签并不仅限于“人类基因组计划”。

Craig Venter

Craig Venter是一位极富有商业头脑的“科学狂人”,在Celera 公司之后,他又先后创建了合成基因组Synthetic Genomics 公司、J. Craig Venter 研究院和Human Longevity公司。他带领团队带领团队成功地把一个合成的基因组转移到了细胞里,这是全球第一个。 如今他也正在向延长人类寿命发出挑战。

Craig Venter 这位科学天才并不是一路优秀着长大的。他高中时期学习成绩并不理想,经常考C和D。据他自己所述,对他人生改变最大的是越南战争。

20岁的时候,他在越战中的海军医院服役,负责对从前线回来的受伤战士进行分组,他能决定哪些可以得到优先治疗。战争是残酷的,生命是如此脆弱,这种决定这谁能活谁会死的事情却让他承受了很大的心理压力,甚至多次想要自杀来逃避……在最艰苦、最恶劣的环境下,他对医学和科学开始产生兴趣。战场上生命如此廉价,这个二十岁的少年开始思考生命的意义,在越战的硝烟与血腥中他树立了自己人生的第一个小目标:如果活着离开越南就去研究生死。

经历了战争的九死一生之后, Craig Venter,这个当初高中都差点无法毕业的小伙子居然用6年是将拿到了生理和药理学的双料博士学位

Francis Collins

Francis Collins是优秀的医学-遗传学家,第一个受到两任美国总统(奥巴马和唐纳德川普)直接任命的美国国立卫生研究院院长(NIH director),领导美国精准医疗计划,向人类健康发出新挑战。

Francis Collins是美国国立卫生研究院院长(NIH director),领导人类基因组计划,并发现了多种疾病基因。

去年The David Rubenstein Show采访了 Francis Collins 。Rubenstein问他当年领导人类基因组计划的意义,他说到这些年癌症治疗的变化,个体化用药(personalized medicine),还举了个人例子。他做了基因测序,发现自己糖尿病的风险比普通人高许多,但父母都没有糖尿病,于是改变饮食增加运动,减了35磅体重,变成了另一个人。

Francis Collins是一位低调的科学家,但是他的两大爱好众所周知。他非常喜爱摇滚音乐,他和NIH同事组织了一个摇滚乐队,将生物研究的日常写进他们的歌词里面。摩托骑行是他的另一大爱好,据他自己所述,骑摩托车对他而言是一种享受生命的感觉,这种感觉难以用别的方式来代替。

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