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4.Network

Table of Contents

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方法1: 使用docker

4.1 Co-expression Network

docker images的下载链接如附表所示,下载 bioinfo-coexp.tar.gz 启动新的docker.

1)Mac

docker load -i ~/Downloads/bioinfo-coexp.tar.gz # 请根据下载文件的实际位置调整输入内容
mkdir ~/Downloads/data
docker run -dt --name coexpression --restart unless-stopped -v ~/Downloads/data:/data gangxu/coexpression:1.5

2) Windows

docker load -i Downloads\bioinfo-coexp.tar.gz # 请根据下载文件的实际位置调整输入内容
mkdir ~/Downloads/data
docker run -dt --name coexpression --restart unless-stopped -v ~/Downloads/data:/data gangxu/coexpression:1.5

加载完我们提供的image后,文件都已经准备好了,可以这样查看:

docker exec -it coexpression bash
cd /home/bioc
ls

本教程docker使用方式:

  • 1) 运行容器: docker exec -it coexpression bash
  • 2) 进行Linux系统的相关操作
  • 3) 退出容器:exit

4.2 miRNA target

docker load -i ~/Downloads/bioinfo_mirna_target.tar.gz

docker run -dt --name mirna --restart unless-stopped -v ~/Downloads/data:/data mirna_targets:1.0

docker exec -it mirna bash

cd /home/test/mirna

4.3 RBP-RNA Interactions

docker load -i ~/Downloads/bioinfo_rbp.tar.gz

docker run -dt --name rbp --restart unless-stopped -v ~/Downloads/data:/data gangxu/bioinfo_rbp:2.0

docker exec -u root -it rbp bash

cd /home/test/rbp

注意:4.2,4.3的docker安装均以Mac为例,Windows用户请按4.1案例将"docker load -i ~/..."改为"docker load -i ..."

方法2: 直接下载

  • 如果不使用docker,也可以直接下载教程所需文件:Download Link
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