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hondoumachi edited this page Jan 14, 2021
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stmsa的核心为星比对策略,主要步骤如下:
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选择一条中心序列,构建后缀树。
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通过后缀树得到中心序列和其它序列中的同源子序列对,刨除这些子序列后得到差异子序列对。
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之后完成这些差异子序列对的比对,和同源子序列对进行拼接,得到中心序列和当前序列的完整比对结果。
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最后以中心序列为媒介,融合前一步中所有序列的比对结果。
在新版本中,stmsa加入了聚类的特性,以使比对更加精确。
在双序列比对中,stmsa使用了needleman-wunsch算法。
星比对基于这样一个假设:当模式串和文本串包含大于一定长度的相同子串时,该子串即为模式串和主串的同源子序列。同源区段匹配中会更详细地讨论该问题。
此外,stmsa也对软件进行了一些优化。
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