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Common Workflow Language Shell Dockerfile
Branch: master
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Fetching latest commit…
Cannot retrieve the latest commit at this time.
Permalink
Type Name Latest commit message Commit time
Failed to load latest commit information.
.circleci
1_setup.sh
Dockerfile
README.md
bustools-correct.cwl
bustools-count.cwl
bustools-sort.cwl
kallisto-bus.cwl
kallisto-index.cwl
kallisto-tutorial.cwl
kallisto-tutorial.yml
memo.txt
test.yml

README.md

CircleCI

かいてあること

ツールのバージョン

  • kallisto 0.45.0
    • quay.io/biocontainers/kallisto:0.45.0--hdcc98e5_0
  • bustools 0.39.3
    • この repository にある Dockerfile
    • もともとは、 bioconda にある。

テストの実行方法

cwltest

cwltest --test test.yml

CircleCIをローカル実行する

circleci local execute --job buildlocal

流れとしては

  • CWL CommandLineToolで、チュートリアルの各ステップのコマンドを書く
  • 雑に始める CWL!方式でCWLにしたい。参加者募集中
  • ツールがあつまったら、CWL Workflowを書く。
  • 書き方については、Live Share 先のREADME.mdにかいてあります(ここにもはりつけます)
  • テストを書く

雑に始めるCWLワークフロー

前提条件

  • ツールは、できているとする
    • ワークフロー内で run したい CommandLineTool の定義ファイル
    • ツールがないときは、まずツールをそろえてから。並行は大変

ワークフロー書き方の手順

  1. ヘッダを書く
cwlVersion: v1.0
class: Workflow
doc: the workflow to analyze hogehoge
inputs: []
steps: []
outputs: []
  1. stepsid を全部書く
  2. steprun に実行すべき CommandLineTool の CWL ファイルを指定する
  3. run に指定した CommandLineTool 定義を参照して、各CWLの outputs を全部 stepout に書く
  4. out に指定したもののうち、別のツールの in になるものを記述する (ツール間の依存関係の解決)
  5. out に指定したもののうち、workflow終了時に手元に残っておいてほしいものを outputs に書く

注意事項

  • 分岐については、考えない
    • 今回は条件分岐は考えない
      • 条件分岐は、CWL側には書くべきではない。スクリプトに書いてコンテナにいれる。
    • 単純に、2つとか複数の処理をしたいだけなら、雑に始めるワークフローの対象
  • InitialWorkdirなどは、今回はパス
    • step での CommandLineTool も今回はパス
  • テストを書く

雑に書くコンテナ

  • bioconda にあれば楽

確認事項

  • (別のインプット|グローバルなアウトプット)に使われないステップのoutはどうなるか?
You can’t perform that action at this time.