20180530

Manabu ISHII edited this page May 30, 2018 · 12 revisions

第4回研究会開催案内

開催後、まとめ

まとめはこちら

以下案内

趣旨:ワークフローシステム、再現性、自動化、及びそれに関連する様々な事柄について、知見を交換したり、技術を高めるための研究会です

日程:2018年5月30日

時間:10時から19時

場所:理化学研究所、東京連絡事務所(15階)    第4会議室第1会議室に変更になりました、部屋の前に、10:00-19:00 Workflow Meetupと書いてある看板があると思います。

アクセス:東京連絡事務所・革新知能統合研究センター・医科学イノベーションハブ推進プログラムへのアクセス | 理化学研究所

  1. 地下鉄できたときは、1階まで行く
  2. 1階から6階まであがるエレベータにのる(ドラッグストアの近くのエレベータです。)
  3. 6階から15階まであがるエレベータにのる(会社の受付のようなところをとおりすぎ奥の方へいくとエレベータがあります、入場ゲートはとおらないです)

東京連絡事務所に入った後、第1会議室への行き方

  1. 入って、右手に進むとすぐにみつかるとおもいます。

プログラム

時間 内容 備考
10:00-11:30 作業
11:30-12:30 昼食 まわりがこみそうなので、とりあえずこの時間に設定しました
12:30-13:30 作業
14:00-15:00 作業
15:00-15:30 中間報告、問題点共有
15:30-18:00 作業
18:00-19:00 まとめ

事前計画

石井学 (理化学研究所 バイオインフォマティクス研究開発ユニット)

具体的な開発予定

他参加者からの情報提供を希望すること,自分が調査したいと思っていること

  1. ご自身で開発中のシステムを含めて、CWLやNextflowなどワークフローシステムを使っているところや、使っている情報があれば知りたいです
  2. Nextflowの Kubernetes サポートについてどうやっているのかなど
  3. uDockerの中身、具体的な挙動

その他

  • Azure Batchや、AWS Batchなどを使ったジョブ実行方式について調べたいと思っています。dockerコンテナつかえるのかなど。
  • セキュリティ関連
  • 下記のシステムなど使用(開発)経験はあるので、そのあたりは応えられるかもしれません。
    • Puppet, Ansible, Chef, Jenkins
    • Java, Python
    • Galaxy, CWL
    • 各種エディタでの、言語ハイライト

雛形(Template)

お名前 (所属など)

具体的な開発予定

  • 当日やることを書く、複数あれば複数書く

他参加者からの情報提供を希望すること,自分が調査したいと思っていること

  1. こんなこと知りたい、調査したいということを書く。複数あれば複数書く

その他

  • なにかその他の情報など、自分が詳しい分野とか、まわりへの告知など

連絡先など

Slack

ハッシュタグ

#WorkflowDevMeetup

#WorkflowDevMeetup - Twitter検索

メール

石井: manabu.ishii.rb@gmail.com

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